# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.002 0.016 0.018 0.034 0.004 0.093 0.153 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.019 0.289 0.080 0.089 0.169 0.001 2 D 0.002 0.002 0.015 0.016 0.022 0.004 0.039 0.277 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.016 0.143 0.036 0.168 0.229 0.001 3 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.009 0.224 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.728 0.008 0.007 0.006 0.001 4 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.003 0.001 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.025 0.004 0.001 0.002 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.899 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 7 E 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.013 0.058 0.859 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.026 0.003 0.001 0.002 0.001 8 I 0.006 0.004 0.006 0.007 0.006 0.010 0.119 0.575 0.057 0.004 0.001 0.001 0.003 0.015 0.009 0.004 0.158 0.006 0.004 0.004 0.001 9 L 0.014 0.012 0.028 0.021 0.017 0.024 0.181 0.318 0.031 0.008 0.002 0.003 0.005 0.029 0.040 0.015 0.107 0.056 0.047 0.040 0.002 10 V 0.017 0.018 0.011 0.042 0.056 0.008 0.148 0.042 0.027 0.010 0.003 0.008 0.026 0.070 0.031 0.033 0.158 0.108 0.104 0.077 0.004 11 C 0.007 0.008 0.041 0.040 0.043 0.004 0.031 0.035 0.024 0.005 0.006 0.005 0.006 0.018 0.043 0.020 0.080 0.069 0.245 0.264 0.004 12 P 0.001 0.002 0.013 0.007 0.088 0.004 0.026 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.032 0.478 0.108 0.043 0.130 0.001 13 L 0.003 0.005 0.036 0.034 0.038 0.050 0.280 0.054 0.009 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.053 0.019 0.190 0.058 0.053 0.104 0.001 14 C 0.005 0.005 0.038 0.040 0.069 0.008 0.152 0.015 0.004 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.024 0.021 0.162 0.071 0.174 0.201 0.001 15 K 0.004 0.007 0.035 0.046 0.081 0.003 0.085 0.008 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.032 0.026 0.151 0.122 0.117 0.267 0.002 16 G 0.006 0.013 0.051 0.057 0.107 0.003 0.038 0.009 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.004 0.043 0.027 0.077 0.035 0.111 0.406 0.002 17 P 0.016 0.034 0.052 0.074 0.210 0.004 0.059 0.033 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.005 0.045 0.042 0.130 0.098 0.094 0.079 0.004 18 L 0.077 0.096 0.096 0.080 0.227 0.006 0.060 0.055 0.001 0.001 0.014 0.011 0.031 0.009 0.039 0.032 0.035 0.023 0.056 0.039 0.009 19 V 0.106 0.081 0.184 0.131 0.115 0.002 0.019 0.043 0.001 0.001 0.015 0.017 0.029 0.010 0.063 0.017 0.022 0.022 0.068 0.035 0.020 20 F 0.063 0.074 0.023 0.046 0.540 0.001 0.014 0.015 0.001 0.001 0.006 0.005 0.020 0.006 0.041 0.043 0.040 0.017 0.022 0.017 0.006 21 D 0.058 0.056 0.124 0.341 0.063 0.001 0.021 0.015 0.002 0.001 0.009 0.011 0.019 0.008 0.077 0.008 0.013 0.016 0.090 0.058 0.010 22 K 0.018 0.008 0.016 0.016 0.480 0.001 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.009 0.373 0.013 0.009 0.022 0.001 23 S 0.010 0.013 0.047 0.038 0.084 0.006 0.508 0.047 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 0.010 0.040 0.045 0.029 0.080 0.001 24 K 0.008 0.009 0.064 0.032 0.104 0.002 0.098 0.041 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.038 0.015 0.234 0.148 0.058 0.135 0.002 25 D 0.015 0.026 0.085 0.057 0.127 0.017 0.194 0.161 0.005 0.001 0.003 0.003 0.009 0.006 0.025 0.016 0.085 0.063 0.051 0.049 0.002 26 E 0.061 0.068 0.096 0.079 0.201 0.013 0.084 0.132 0.005 0.001 0.006 0.007 0.014 0.012 0.026 0.024 0.069 0.027 0.041 0.029 0.005 27 L 0.094 0.090 0.081 0.111 0.170 0.005 0.041 0.106 0.004 0.001 0.010 0.015 0.046 0.027 0.044 0.015 0.046 0.020 0.043 0.021 0.011 28 I 0.077 0.097 0.087 0.119 0.121 0.005 0.033 0.069 0.004 0.001 0.015 0.016 0.040 0.045 0.078 0.029 0.057 0.026 0.035 0.034 0.013 29 C 0.056 0.072 0.057 0.125 0.175 0.004 0.029 0.057 0.008 0.002 0.014 0.015 0.041 0.047 0.057 0.037 0.039 0.020 0.069 0.065 0.011 30 K 0.028 0.025 0.091 0.052 0.190 0.004 0.023 0.061 0.010 0.002 0.007 0.004 0.009 0.010 0.074 0.027 0.267 0.031 0.032 0.051 0.003 31 G 0.012 0.024 0.042 0.044 0.111 0.014 0.212 0.097 0.009 0.006 0.002 0.002 0.005 0.008 0.064 0.029 0.148 0.045 0.034 0.089 0.002 32 D 0.009 0.016 0.035 0.051 0.094 0.013 0.225 0.079 0.009 0.005 0.003 0.002 0.004 0.007 0.040 0.029 0.143 0.082 0.054 0.099 0.002 33 R 0.014 0.017 0.058 0.036 0.094 0.018 0.198 0.084 0.010 0.004 0.003 0.002 0.006 0.007 0.033 0.026 0.183 0.085 0.046 0.074 0.002 34 L 0.023 0.028 0.082 0.105 0.081 0.018 0.144 0.065 0.005 0.001 0.005 0.005 0.011 0.011 0.034 0.019 0.139 0.036 0.080 0.103 0.004 35 A 0.026 0.034 0.036 0.035 0.265 0.004 0.101 0.038 0.004 0.001 0.007 0.007 0.016 0.010 0.026 0.038 0.094 0.096 0.093 0.064 0.005 36 F 0.028 0.038 0.186 0.205 0.077 0.002 0.017 0.025 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.004 0.041 0.010 0.046 0.024 0.107 0.168 0.005 37 P 0.013 0.021 0.025 0.030 0.421 0.003 0.021 0.056 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.014 0.044 0.098 0.051 0.109 0.072 0.006 38 I 0.018 0.025 0.185 0.085 0.073 0.013 0.055 0.142 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.087 0.009 0.170 0.022 0.053 0.044 0.002 39 K 0.015 0.014 0.052 0.059 0.074 0.011 0.124 0.037 0.090 0.094 0.002 0.002 0.004 0.003 0.030 0.022 0.247 0.037 0.028 0.056 0.001 40 D 0.003 0.005 0.009 0.025 0.059 0.003 0.478 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.026 0.096 0.006 0.043 0.218 0.001 41 G 0.004 0.008 0.017 0.009 0.064 0.001 0.253 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.009 0.018 0.562 0.016 0.016 0.002 42 I 0.031 0.040 0.298 0.080 0.080 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.010 0.005 0.011 0.010 0.057 0.092 0.039 0.025 0.067 0.125 0.011 43 P 0.047 0.091 0.054 0.027 0.435 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.016 0.012 0.049 0.021 0.085 0.025 0.023 0.013 0.040 0.022 0.021 44 M 0.090 0.125 0.134 0.098 0.069 0.002 0.009 0.022 0.001 0.001 0.044 0.029 0.054 0.045 0.137 0.054 0.015 0.010 0.020 0.014 0.027 45 M 0.126 0.124 0.036 0.068 0.105 0.001 0.008 0.033 0.001 0.001 0.057 0.041 0.155 0.080 0.043 0.036 0.019 0.009 0.018 0.011 0.028 46 L 0.075 0.088 0.063 0.074 0.074 0.002 0.030 0.075 0.002 0.001 0.034 0.037 0.060 0.106 0.094 0.075 0.025 0.013 0.038 0.018 0.017 47 E 0.081 0.076 0.043 0.098 0.098 0.004 0.030 0.118 0.012 0.002 0.007 0.008 0.028 0.028 0.118 0.029 0.157 0.015 0.023 0.023 0.005 48 S 0.023 0.033 0.054 0.034 0.043 0.013 0.114 0.372 0.007 0.002 0.003 0.005 0.008 0.011 0.033 0.011 0.151 0.019 0.030 0.030 0.002 49 E 0.003 0.006 0.015 0.013 0.029 0.012 0.091 0.491 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.227 0.042 0.013 0.025 0.001 50 A 0.002 0.008 0.007 0.013 0.034 0.015 0.188 0.406 0.009 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.018 0.140 0.042 0.019 0.043 0.001 51 R 0.003 0.003 0.045 0.034 0.010 0.062 0.092 0.361 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.287 0.011 0.015 0.045 0.001 52 E 0.003 0.003 0.004 0.012 0.073 0.053 0.371 0.145 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.122 0.089 0.051 0.031 0.001 53 L 0.001 0.002 0.028 0.049 0.015 0.002 0.109 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.008 0.130 0.042 0.153 0.367 0.001 54 A 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.033 0.292 0.622 0.001 55 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.766 0.033 0.051 0.105 0.001 56 E 0.001 0.001 0.007 0.003 0.008 0.021 0.600 0.173 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.088 0.028 0.024 0.035 0.001 57 E 0.001 0.001 0.020 0.033 0.017 0.018 0.141 0.341 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.069 0.049 0.170 0.111 0.001 58 E 0.002 0.003 0.012 0.019 0.119 0.007 0.061 0.309 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.042 0.110 0.074 0.131 0.075 0.001 59 V 0.004 0.006 0.061 0.086 0.049 0.006 0.077 0.244 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.084 0.022 0.110 0.027 0.087 0.127 0.001 60 K 0.004 0.005 0.023 0.051 0.154 0.006 0.077 0.234 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.027 0.090 0.047 0.111 0.121 0.001 61 L 0.005 0.004 0.046 0.063 0.087 0.006 0.054 0.178 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.060 0.022 0.199 0.036 0.121 0.103 0.001 62 E 0.005 0.004 0.029 0.036 0.103 0.013 0.165 0.222 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.015 0.186 0.042 0.058 0.071 0.001 63 H 0.005 0.006 0.035 0.056 0.091 0.011 0.189 0.139 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.029 0.024 0.105 0.077 0.115 0.100 0.001 64 H 0.007 0.007 0.054 0.054 0.104 0.008 0.100 0.104 0.009 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.035 0.021 0.141 0.102 0.127 0.113 0.001 65 H 0.008 0.009 0.061 0.072 0.102 0.011 0.113 0.088 0.008 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.037 0.027 0.145 0.063 0.111 0.126 0.002 66 H 0.007 0.009 0.050 0.071 0.124 0.012 0.122 0.063 0.008 0.003 0.002 0.003 0.005 0.007 0.042 0.032 0.129 0.072 0.103 0.132 0.002 67 H 0.007 0.010 0.054 0.064 0.123 0.007 0.110 0.050 0.005 0.002 0.003 0.003 0.005 0.006 0.051 0.035 0.130 0.073 0.104 0.156 0.002 68 H 0.008 0.011 0.069 0.066 0.131 0.006 0.077 0.052 0.004 0.001 0.004 0.003 0.006 0.007 0.054 0.039 0.099 0.081 0.121 0.157 0.003