# TARGET T0348 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 159 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.024 0.867 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 0.002 0.064 0.005 0.004 0.005 2 D 0.001 0.024 0.837 0.001 0.002 0.099 0.001 0.001 0.002 0.022 0.003 0.001 0.009 3 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.930 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 7 E 0.002 0.001 0.009 0.001 0.022 0.920 0.001 0.001 0.002 0.005 0.034 0.002 0.002 8 I 0.002 0.001 0.004 0.001 0.011 0.932 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.001 0.002 9 L 0.003 0.003 0.007 0.001 0.005 0.839 0.001 0.001 0.001 0.009 0.127 0.001 0.003 10 V 0.005 0.007 0.100 0.001 0.003 0.652 0.002 0.001 0.003 0.044 0.175 0.003 0.005 11 C 0.001 0.005 0.743 0.001 0.002 0.059 0.001 0.001 0.003 0.147 0.020 0.011 0.009 12 P 0.001 0.015 0.387 0.003 0.084 0.046 0.001 0.001 0.004 0.124 0.306 0.001 0.028 13 L 0.007 0.016 0.169 0.002 0.194 0.024 0.001 0.001 0.004 0.131 0.414 0.026 0.011 14 C 0.004 0.037 0.170 0.004 0.185 0.022 0.001 0.001 0.009 0.168 0.348 0.014 0.038 15 K 0.004 0.007 0.246 0.057 0.048 0.013 0.001 0.001 0.002 0.286 0.289 0.012 0.034 16 G 0.009 0.017 0.441 0.031 0.026 0.012 0.001 0.001 0.003 0.281 0.059 0.075 0.045 17 P 0.012 0.028 0.412 0.020 0.023 0.011 0.002 0.001 0.005 0.116 0.051 0.042 0.277 18 L 0.128 0.023 0.271 0.045 0.011 0.014 0.028 0.001 0.015 0.044 0.031 0.109 0.280 19 V 0.206 0.012 0.092 0.002 0.002 0.003 0.019 0.001 0.008 0.009 0.006 0.486 0.152 20 F 0.229 0.022 0.078 0.012 0.002 0.004 0.022 0.001 0.003 0.009 0.004 0.037 0.580 21 D 0.040 0.020 0.399 0.013 0.005 0.006 0.006 0.001 0.005 0.034 0.006 0.191 0.276 22 K 0.004 0.003 0.108 0.013 0.058 0.082 0.001 0.001 0.001 0.149 0.505 0.009 0.067 23 S 0.002 0.003 0.079 0.004 0.066 0.053 0.001 0.001 0.001 0.159 0.606 0.016 0.011 24 K 0.002 0.013 0.193 0.009 0.066 0.026 0.001 0.001 0.002 0.140 0.494 0.012 0.043 25 D 0.006 0.003 0.267 0.060 0.016 0.011 0.001 0.001 0.002 0.216 0.363 0.017 0.039 26 E 0.290 0.023 0.154 0.003 0.003 0.005 0.035 0.001 0.005 0.016 0.007 0.157 0.302 27 L 0.367 0.035 0.035 0.001 0.002 0.003 0.053 0.001 0.008 0.004 0.002 0.065 0.424 28 I 0.367 0.037 0.123 0.012 0.001 0.003 0.057 0.001 0.007 0.005 0.003 0.231 0.154 29 C 0.022 0.005 0.516 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.006 0.011 0.002 0.017 0.410 30 K 0.001 0.001 0.064 0.004 0.061 0.041 0.001 0.001 0.001 0.092 0.725 0.003 0.008 31 G 0.001 0.001 0.016 0.001 0.036 0.037 0.001 0.001 0.001 0.079 0.825 0.002 0.001 32 D 0.001 0.004 0.094 0.002 0.054 0.045 0.001 0.001 0.001 0.143 0.647 0.004 0.005 33 R 0.001 0.010 0.296 0.011 0.018 0.011 0.001 0.001 0.002 0.066 0.562 0.002 0.022 34 L 0.012 0.111 0.349 0.005 0.021 0.020 0.009 0.001 0.006 0.088 0.035 0.134 0.210 35 A 0.021 0.089 0.118 0.033 0.019 0.011 0.020 0.001 0.019 0.047 0.038 0.031 0.554 36 F 0.007 0.022 0.242 0.043 0.004 0.006 0.012 0.001 0.012 0.073 0.009 0.514 0.055 37 P 0.004 0.025 0.492 0.017 0.005 0.004 0.016 0.001 0.015 0.022 0.016 0.021 0.363 38 I 0.020 0.040 0.289 0.022 0.072 0.016 0.024 0.001 0.012 0.091 0.218 0.093 0.102 39 K 0.014 0.045 0.278 0.011 0.071 0.016 0.008 0.001 0.017 0.109 0.296 0.065 0.071 40 D 0.001 0.005 0.142 0.009 0.054 0.014 0.001 0.001 0.006 0.157 0.594 0.007 0.011 41 G 0.001 0.010 0.198 0.018 0.016 0.008 0.001 0.001 0.004 0.332 0.399 0.002 0.011 42 I 0.001 0.029 0.578 0.002 0.010 0.005 0.001 0.001 0.011 0.216 0.014 0.115 0.018 43 P 0.003 0.051 0.433 0.013 0.032 0.008 0.005 0.001 0.021 0.053 0.056 0.004 0.322 44 M 0.033 0.105 0.293 0.028 0.058 0.012 0.029 0.002 0.035 0.061 0.105 0.177 0.062 45 M 0.028 0.158 0.338 0.001 0.033 0.007 0.015 0.001 0.016 0.128 0.027 0.080 0.168 46 L 0.001 0.044 0.601 0.001 0.014 0.016 0.001 0.001 0.010 0.174 0.012 0.005 0.121 47 E 0.001 0.001 0.060 0.001 0.122 0.630 0.001 0.001 0.001 0.046 0.138 0.001 0.002 48 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.121 0.734 0.001 0.001 0.001 0.009 0.130 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.096 0.776 0.001 0.001 0.001 0.014 0.098 0.001 0.001 50 A 0.001 0.012 0.081 0.001 0.053 0.757 0.001 0.001 0.001 0.044 0.038 0.001 0.013 51 R 0.001 0.010 0.063 0.001 0.016 0.816 0.001 0.001 0.001 0.027 0.033 0.029 0.005 52 E 0.001 0.015 0.150 0.005 0.015 0.578 0.001 0.001 0.001 0.060 0.124 0.001 0.053 53 L 0.001 0.038 0.432 0.007 0.010 0.300 0.001 0.001 0.001 0.147 0.035 0.023 0.006 54 A 0.001 0.009 0.892 0.001 0.007 0.035 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 0.003 0.014 55 P 0.001 0.003 0.206 0.003 0.383 0.158 0.001 0.001 0.001 0.029 0.209 0.001 0.008 56 E 0.001 0.004 0.039 0.002 0.505 0.172 0.001 0.001 0.001 0.054 0.211 0.006 0.005 57 E 0.011 0.010 0.090 0.003 0.350 0.289 0.001 0.001 0.007 0.096 0.082 0.015 0.047 58 E 0.024 0.034 0.219 0.005 0.060 0.332 0.004 0.001 0.018 0.075 0.080 0.052 0.096 59 V 0.014 0.017 0.375 0.007 0.018 0.259 0.001 0.001 0.012 0.099 0.061 0.050 0.088 60 K 0.002 0.033 0.435 0.006 0.016 0.164 0.001 0.001 0.008 0.196 0.059 0.030 0.051 61 L 0.001 0.014 0.285 0.004 0.033 0.157 0.001 0.001 0.004 0.360 0.109 0.011 0.021 62 E 0.001 0.012 0.419 0.004 0.051 0.151 0.001 0.001 0.004 0.189 0.141 0.010 0.018 63 H 0.005 0.024 0.337 0.004 0.079 0.152 0.001 0.001 0.010 0.144 0.177 0.031 0.035 64 H 0.009 0.025 0.302 0.005 0.087 0.150 0.002 0.001 0.013 0.183 0.155 0.024 0.046 65 H 0.015 0.025 0.240 0.005 0.069 0.166 0.002 0.001 0.009 0.210 0.190 0.034 0.035 66 H 0.009 0.032 0.300 0.002 0.040 0.109 0.003 0.001 0.007 0.223 0.213 0.022 0.040 67 H 0.002 0.026 0.668 0.001 0.017 0.045 0.001 0.001 0.008 0.078 0.118 0.008 0.028 68 H 0.001 0.005 0.937 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.027 0.010 0.001 0.004