# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.225 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.035 0.064 0.647 2 D 0.022 0.855 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.004 0.038 3 A 0.011 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.003 0.036 4 K 0.006 0.866 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.010 0.076 5 F 0.042 0.744 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.073 0.017 0.095 6 L 0.092 0.556 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.119 0.026 0.141 7 E 0.209 0.305 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.049 0.048 0.373 8 I 0.197 0.037 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.062 0.103 0.560 9 L 0.007 0.087 0.011 0.004 0.002 0.002 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.057 0.219 0.555 10 V 0.050 0.058 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.043 0.112 0.679 11 C 0.184 0.047 0.043 0.001 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.156 0.080 0.444 12 P 0.147 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.048 0.128 0.594 13 L 0.127 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.033 0.109 0.649 14 C 0.005 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.041 0.135 0.730 15 K 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.022 0.101 0.807 16 G 0.057 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.014 0.076 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.116 0.062 0.105 0.465 17 P 0.035 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.042 0.100 0.612 18 L 0.017 0.028 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 0.004 0.001 0.002 0.002 0.030 0.011 0.029 0.002 0.218 0.030 0.070 0.534 19 V 0.015 0.006 0.001 0.001 0.014 0.043 0.567 0.044 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.006 0.102 0.039 0.020 0.130 20 F 0.008 0.009 0.001 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.032 0.051 0.724 21 D 0.149 0.032 0.013 0.002 0.080 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.181 0.044 0.443 22 K 0.050 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.012 0.071 0.801 23 S 0.112 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.018 0.068 0.735 24 K 0.050 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.058 0.138 0.673 25 D 0.012 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.346 0.070 0.087 0.401 26 E 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.004 0.695 0.010 0.009 0.004 0.003 0.002 0.087 0.025 0.016 0.101 27 L 0.004 0.012 0.003 0.001 0.058 0.103 0.458 0.016 0.001 0.002 0.001 0.009 0.002 0.006 0.001 0.002 0.115 0.022 0.035 0.152 28 I 0.002 0.004 0.001 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.011 0.599 0.004 0.197 0.005 0.014 0.119 29 C 0.273 0.145 0.063 0.002 0.015 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.028 0.040 0.150 0.029 0.230 30 K 0.173 0.058 0.004 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.041 0.071 0.588 31 G 0.060 0.037 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.023 0.069 0.768 32 D 0.110 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.058 0.084 0.576 33 R 0.056 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.114 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.044 0.074 0.560 34 L 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.005 0.464 0.002 0.041 0.002 0.009 0.003 0.140 0.028 0.043 0.235 35 A 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.023 0.001 0.002 0.104 0.024 0.114 0.670 36 F 0.011 0.017 0.001 0.009 0.002 0.104 0.001 0.003 0.004 0.003 0.011 0.001 0.022 0.014 0.192 0.009 0.172 0.050 0.070 0.303 37 P 0.078 0.037 0.033 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 0.246 0.071 0.463 38 I 0.270 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.050 0.081 0.514 39 K 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.033 0.105 0.652 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.011 0.118 0.810 41 G 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.017 0.128 0.805 42 I 0.038 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.160 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.060 0.103 0.442 43 P 0.184 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.057 0.090 0.519 44 M 0.063 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.036 0.007 0.001 0.112 0.121 0.106 0.502 45 M 0.013 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.003 0.175 0.087 0.121 0.513 46 L 0.120 0.571 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.052 0.032 0.193 47 E 0.112 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.063 0.022 0.151 48 S 0.094 0.454 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.095 0.047 0.296 49 E 0.181 0.380 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.048 0.041 0.328 50 A 0.220 0.281 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.109 0.037 0.342 51 R 0.213 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.065 0.682 52 E 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.056 0.910 53 L 0.030 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.023 0.087 0.788 54 A 0.358 0.235 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.076 0.041 0.281 55 P 0.094 0.237 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.045 0.586 56 E 0.036 0.297 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.040 0.049 0.562 57 E 0.037 0.424 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.049 0.037 0.052 0.391 58 E 0.037 0.260 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.044 0.059 0.566 59 V 0.036 0.271 0.006 0.002 0.003 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.093 0.077 0.074 0.420 60 K 0.100 0.227 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.094 0.058 0.461 61 L 0.170 0.168 0.013 0.003 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.096 0.071 0.428 62 E 0.104 0.095 0.006 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.053 0.081 0.605 63 H 0.116 0.064 0.010 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.076 0.089 0.587 64 H 0.114 0.031 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.079 0.084 0.630 65 H 0.102 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.038 0.083 0.721 66 H 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.025 0.095 0.811 67 H 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.022 0.103 0.830 68 H 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.034 0.033 0.121 0.784