# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.198 0.005 0.023 0.017 0.018 0.086 0.005 0.001 0.052 0.585 2 D 0.073 0.820 0.001 0.002 0.003 0.003 0.011 0.009 0.001 0.019 0.059 3 A 0.069 0.737 0.017 0.005 0.002 0.002 0.014 0.006 0.003 0.048 0.098 4 K 0.060 0.591 0.005 0.005 0.008 0.021 0.041 0.008 0.002 0.046 0.213 5 F 0.116 0.471 0.007 0.012 0.016 0.030 0.048 0.013 0.002 0.085 0.199 6 L 0.138 0.200 0.013 0.051 0.032 0.046 0.112 0.016 0.004 0.173 0.216 7 E 0.056 0.111 0.005 0.119 0.054 0.153 0.105 0.009 0.002 0.093 0.292 8 I 0.033 0.013 0.004 0.063 0.058 0.087 0.117 0.002 0.001 0.059 0.565 9 L 0.010 0.007 0.003 0.134 0.141 0.174 0.122 0.003 0.001 0.053 0.351 10 V 0.027 0.014 0.004 0.064 0.048 0.093 0.109 0.003 0.002 0.063 0.573 11 C 0.105 0.004 0.005 0.051 0.100 0.113 0.126 0.022 0.003 0.104 0.367 12 P 0.120 0.004 0.004 0.049 0.021 0.052 0.091 0.005 0.003 0.063 0.588 13 L 0.093 0.001 0.001 0.028 0.018 0.035 0.090 0.002 0.001 0.027 0.704 14 C 0.025 0.001 0.001 0.030 0.041 0.046 0.108 0.002 0.001 0.022 0.723 15 K 0.015 0.005 0.001 0.017 0.015 0.023 0.124 0.002 0.001 0.014 0.784 16 G 0.022 0.004 0.001 0.022 0.123 0.119 0.148 0.031 0.001 0.043 0.487 17 P 0.038 0.026 0.001 0.073 0.066 0.121 0.120 0.004 0.001 0.039 0.511 18 L 0.015 0.013 0.001 0.086 0.111 0.273 0.068 0.002 0.001 0.041 0.391 19 V 0.020 0.013 0.002 0.085 0.154 0.199 0.081 0.001 0.001 0.068 0.377 20 F 0.007 0.011 0.003 0.077 0.096 0.132 0.104 0.002 0.002 0.034 0.532 21 D 0.208 0.061 0.005 0.030 0.072 0.073 0.071 0.007 0.005 0.067 0.401 22 K 0.169 0.051 0.006 0.017 0.013 0.017 0.078 0.006 0.004 0.053 0.587 23 S 0.112 0.121 0.003 0.007 0.010 0.017 0.073 0.010 0.002 0.030 0.616 24 K 0.180 0.211 0.004 0.011 0.016 0.019 0.063 0.012 0.001 0.034 0.449 25 D 0.086 0.181 0.002 0.019 0.065 0.090 0.085 0.015 0.001 0.034 0.424 26 E 0.048 0.096 0.002 0.036 0.091 0.156 0.079 0.004 0.001 0.040 0.447 27 L 0.030 0.036 0.006 0.061 0.138 0.133 0.112 0.003 0.002 0.046 0.433 28 I 0.077 0.048 0.006 0.055 0.096 0.128 0.111 0.006 0.003 0.045 0.424 29 C 0.225 0.039 0.008 0.030 0.033 0.060 0.086 0.009 0.006 0.047 0.458 30 K 0.109 0.054 0.005 0.021 0.022 0.045 0.080 0.009 0.002 0.042 0.610 31 G 0.068 0.023 0.006 0.018 0.030 0.065 0.104 0.006 0.002 0.049 0.629 32 D 0.035 0.024 0.002 0.037 0.134 0.207 0.081 0.008 0.001 0.048 0.422 33 R 0.046 0.009 0.001 0.041 0.077 0.123 0.085 0.002 0.001 0.049 0.566 34 L 0.007 0.006 0.001 0.057 0.247 0.228 0.064 0.002 0.001 0.026 0.361 35 A 0.008 0.006 0.001 0.031 0.066 0.096 0.080 0.001 0.001 0.020 0.691 36 F 0.007 0.004 0.001 0.021 0.325 0.244 0.068 0.004 0.001 0.026 0.300 37 P 0.044 0.027 0.016 0.045 0.040 0.073 0.102 0.003 0.012 0.046 0.593 38 I 0.359 0.024 0.009 0.013 0.043 0.059 0.043 0.034 0.006 0.071 0.340 39 K 0.610 0.009 0.001 0.005 0.005 0.007 0.032 0.003 0.001 0.036 0.291 40 D 0.014 0.005 0.002 0.029 0.016 0.037 0.104 0.001 0.001 0.012 0.780 41 G 0.013 0.020 0.001 0.030 0.017 0.020 0.085 0.001 0.001 0.014 0.798 42 I 0.020 0.013 0.001 0.056 0.331 0.090 0.113 0.017 0.001 0.042 0.317 43 P 0.019 0.035 0.001 0.167 0.059 0.111 0.097 0.003 0.001 0.034 0.475 44 M 0.014 0.010 0.001 0.187 0.158 0.204 0.058 0.001 0.001 0.049 0.317 45 M 0.004 0.017 0.002 0.298 0.080 0.087 0.087 0.001 0.001 0.031 0.393 46 L 0.067 0.161 0.007 0.123 0.089 0.096 0.070 0.013 0.004 0.045 0.325 47 E 0.228 0.234 0.005 0.055 0.020 0.026 0.053 0.018 0.003 0.061 0.297 48 S 0.091 0.308 0.010 0.017 0.016 0.031 0.071 0.009 0.007 0.065 0.377 49 E 0.163 0.294 0.018 0.015 0.028 0.054 0.072 0.018 0.008 0.051 0.280 50 A 0.234 0.143 0.004 0.013 0.032 0.051 0.066 0.034 0.003 0.045 0.375 51 R 0.188 0.028 0.001 0.014 0.041 0.056 0.074 0.003 0.001 0.037 0.556 52 E 0.004 0.014 0.001 0.021 0.022 0.047 0.102 0.001 0.001 0.011 0.778 53 L 0.005 0.034 0.005 0.013 0.028 0.036 0.099 0.002 0.002 0.010 0.767 54 A 0.455 0.253 0.005 0.004 0.014 0.010 0.034 0.029 0.004 0.040 0.154 55 P 0.210 0.421 0.004 0.003 0.001 0.002 0.028 0.008 0.002 0.037 0.283 56 E 0.178 0.403 0.007 0.004 0.003 0.008 0.034 0.005 0.002 0.019 0.336 57 E 0.118 0.374 0.003 0.011 0.026 0.036 0.048 0.008 0.001 0.028 0.347 58 E 0.083 0.174 0.004 0.008 0.046 0.062 0.074 0.007 0.002 0.037 0.504 59 V 0.070 0.151 0.005 0.016 0.085 0.068 0.075 0.008 0.002 0.026 0.494 60 K 0.105 0.184 0.006 0.008 0.036 0.054 0.084 0.010 0.004 0.023 0.484 61 L 0.216 0.085 0.006 0.008 0.023 0.032 0.063 0.013 0.002 0.033 0.519 62 E 0.074 0.070 0.003 0.013 0.025 0.056 0.070 0.006 0.001 0.037 0.645 63 H 0.034 0.036 0.006 0.011 0.017 0.036 0.066 0.003 0.002 0.033 0.756 64 H 0.089 0.031 0.006 0.018 0.040 0.042 0.079 0.007 0.002 0.065 0.623 65 H 0.088 0.009 0.001 0.009 0.017 0.018 0.079 0.003 0.001 0.047 0.728 66 H 0.044 0.007 0.001 0.012 0.014 0.018 0.096 0.002 0.001 0.033 0.773 67 H 0.026 0.009 0.001 0.014 0.011 0.016 0.132 0.002 0.001 0.029 0.760 68 H 0.038 0.011 0.001 0.012 0.023 0.028 0.159 0.008 0.001 0.042 0.678