# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.475 0.009 0.009 0.007 0.048 0.125 0.309 2 D 0.043 0.884 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 0.014 3 A 0.020 0.861 0.004 0.002 0.002 0.012 0.053 0.046 4 K 0.012 0.893 0.006 0.003 0.007 0.010 0.029 0.040 5 F 0.064 0.591 0.027 0.005 0.011 0.031 0.200 0.071 6 L 0.047 0.325 0.060 0.035 0.037 0.058 0.281 0.156 7 E 0.141 0.153 0.066 0.029 0.059 0.074 0.114 0.364 8 I 0.072 0.046 0.083 0.033 0.047 0.145 0.080 0.494 9 L 0.011 0.022 0.194 0.074 0.152 0.129 0.054 0.362 10 V 0.018 0.009 0.070 0.050 0.088 0.107 0.056 0.602 11 C 0.097 0.015 0.084 0.110 0.078 0.113 0.126 0.377 12 P 0.221 0.012 0.036 0.048 0.066 0.101 0.055 0.461 13 L 0.094 0.004 0.027 0.014 0.025 0.128 0.043 0.665 14 C 0.022 0.004 0.022 0.013 0.023 0.113 0.019 0.785 15 K 0.059 0.005 0.018 0.012 0.024 0.087 0.025 0.770 16 G 0.137 0.016 0.018 0.046 0.049 0.100 0.037 0.599 17 P 0.020 0.008 0.063 0.074 0.211 0.099 0.039 0.487 18 L 0.018 0.006 0.044 0.092 0.190 0.075 0.023 0.552 19 V 0.005 0.002 0.060 0.418 0.264 0.039 0.027 0.185 20 F 0.008 0.004 0.038 0.052 0.064 0.074 0.033 0.728 21 D 0.402 0.043 0.037 0.081 0.064 0.060 0.095 0.218 22 K 0.135 0.022 0.009 0.011 0.012 0.075 0.012 0.723 23 S 0.083 0.100 0.006 0.007 0.014 0.058 0.031 0.702 24 K 0.083 0.213 0.012 0.019 0.045 0.114 0.051 0.463 25 D 0.022 0.169 0.019 0.073 0.132 0.066 0.123 0.397 26 E 0.027 0.139 0.042 0.136 0.162 0.071 0.075 0.348 27 L 0.027 0.073 0.073 0.174 0.231 0.081 0.072 0.269 28 I 0.041 0.057 0.071 0.105 0.144 0.082 0.117 0.384 29 C 0.139 0.084 0.074 0.081 0.076 0.065 0.157 0.324 30 K 0.156 0.078 0.016 0.025 0.035 0.093 0.043 0.555 31 G 0.134 0.039 0.021 0.018 0.029 0.072 0.063 0.624 32 D 0.120 0.038 0.015 0.041 0.078 0.106 0.058 0.544 33 R 0.029 0.006 0.011 0.025 0.049 0.069 0.032 0.779 34 L 0.014 0.010 0.038 0.112 0.179 0.134 0.027 0.488 35 A 0.008 0.007 0.042 0.055 0.129 0.079 0.027 0.651 36 F 0.020 0.012 0.094 0.229 0.196 0.091 0.049 0.309 37 P 0.018 0.007 0.276 0.085 0.096 0.060 0.112 0.346 38 I 0.579 0.013 0.042 0.045 0.039 0.042 0.055 0.185 39 K 0.491 0.005 0.028 0.009 0.009 0.038 0.077 0.342 40 D 0.005 0.004 0.022 0.007 0.022 0.150 0.009 0.781 41 G 0.002 0.005 0.019 0.004 0.014 0.057 0.008 0.892 42 I 0.081 0.088 0.065 0.165 0.047 0.124 0.091 0.338 43 P 0.143 0.126 0.174 0.034 0.045 0.070 0.105 0.303 44 M 0.066 0.071 0.196 0.051 0.073 0.057 0.191 0.297 45 M 0.019 0.087 0.333 0.039 0.062 0.067 0.105 0.288 46 L 0.052 0.399 0.106 0.037 0.047 0.046 0.067 0.245 47 E 0.056 0.543 0.065 0.016 0.024 0.042 0.048 0.206 48 S 0.070 0.530 0.051 0.018 0.019 0.045 0.058 0.210 49 E 0.156 0.324 0.040 0.017 0.020 0.057 0.104 0.281 50 A 0.354 0.145 0.037 0.017 0.022 0.059 0.094 0.271 51 R 0.174 0.071 0.014 0.018 0.018 0.079 0.047 0.580 52 E 0.010 0.026 0.008 0.007 0.012 0.074 0.019 0.844 53 L 0.030 0.049 0.009 0.008 0.011 0.118 0.026 0.749 54 A 0.242 0.244 0.010 0.017 0.011 0.079 0.069 0.327 55 P 0.141 0.311 0.004 0.004 0.006 0.048 0.034 0.451 56 E 0.140 0.433 0.010 0.007 0.009 0.049 0.062 0.290 57 E 0.057 0.484 0.009 0.016 0.018 0.054 0.041 0.319 58 E 0.077 0.255 0.017 0.015 0.024 0.084 0.049 0.479 59 V 0.058 0.191 0.023 0.036 0.039 0.105 0.116 0.433 60 K 0.089 0.183 0.019 0.022 0.034 0.087 0.138 0.428 61 L 0.142 0.185 0.017 0.023 0.028 0.076 0.122 0.406 62 E 0.073 0.097 0.022 0.036 0.048 0.113 0.073 0.538 63 H 0.087 0.049 0.021 0.028 0.048 0.101 0.082 0.584 64 H 0.092 0.035 0.026 0.044 0.062 0.132 0.078 0.532 65 H 0.100 0.015 0.021 0.032 0.053 0.110 0.052 0.616 66 H 0.063 0.011 0.016 0.034 0.050 0.121 0.050 0.654 67 H 0.028 0.008 0.018 0.025 0.051 0.119 0.041 0.710 68 H 0.044 0.012 0.023 0.042 0.071 0.114 0.052 0.642