# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.058 0.037 0.060 0.058 0.088 0.137 0.123 0.141 0.132 0.111 2 D 0.053 0.159 0.090 0.197 0.167 0.123 0.113 0.049 0.028 0.014 0.007 3 A 0.316 0.154 0.167 0.172 0.097 0.050 0.029 0.009 0.004 0.001 0.001 4 K 0.171 0.125 0.131 0.245 0.155 0.092 0.058 0.014 0.005 0.002 0.001 5 F 0.005 0.005 0.018 0.027 0.030 0.045 0.150 0.180 0.226 0.191 0.124 6 L 0.002 0.003 0.022 0.034 0.064 0.122 0.266 0.197 0.157 0.089 0.044 7 E 0.007 0.026 0.410 0.201 0.123 0.097 0.072 0.033 0.018 0.009 0.004 8 I 0.002 0.007 0.033 0.040 0.064 0.117 0.255 0.199 0.144 0.098 0.040 9 L 0.005 0.004 0.010 0.008 0.008 0.012 0.061 0.114 0.226 0.292 0.261 10 V 0.004 0.014 0.029 0.046 0.066 0.092 0.190 0.160 0.170 0.134 0.095 11 C 0.009 0.036 0.085 0.078 0.074 0.081 0.160 0.154 0.155 0.109 0.059 12 P 0.122 0.095 0.074 0.142 0.130 0.109 0.129 0.082 0.060 0.037 0.020 13 L 0.065 0.064 0.032 0.107 0.133 0.133 0.192 0.115 0.088 0.049 0.022 14 C 0.040 0.032 0.016 0.064 0.079 0.087 0.146 0.148 0.168 0.124 0.097 15 K 0.127 0.145 0.069 0.216 0.160 0.111 0.088 0.042 0.024 0.012 0.007 16 G 0.140 0.087 0.027 0.115 0.117 0.142 0.171 0.100 0.059 0.032 0.011 17 P 0.216 0.214 0.076 0.241 0.126 0.066 0.034 0.013 0.007 0.004 0.002 18 L 0.008 0.007 0.004 0.012 0.017 0.027 0.091 0.132 0.239 0.265 0.197 19 V 0.031 0.143 0.101 0.319 0.205 0.099 0.063 0.022 0.011 0.004 0.002 20 F 0.013 0.021 0.013 0.043 0.060 0.080 0.176 0.178 0.195 0.145 0.075 21 D 0.073 0.132 0.077 0.231 0.180 0.127 0.101 0.040 0.024 0.010 0.006 22 K 0.290 0.230 0.086 0.168 0.102 0.056 0.041 0.015 0.008 0.004 0.001 23 S 0.434 0.229 0.054 0.112 0.064 0.040 0.033 0.015 0.009 0.006 0.003 24 K 0.240 0.193 0.083 0.207 0.137 0.072 0.043 0.014 0.007 0.003 0.001 25 D 0.221 0.137 0.069 0.153 0.120 0.107 0.102 0.045 0.027 0.013 0.006 26 E 0.020 0.080 0.072 0.283 0.224 0.147 0.102 0.042 0.019 0.008 0.003 27 L 0.007 0.004 0.005 0.010 0.016 0.032 0.107 0.176 0.227 0.252 0.164 28 I 0.008 0.032 0.046 0.183 0.202 0.178 0.165 0.084 0.057 0.028 0.017 29 C 0.004 0.010 0.018 0.024 0.031 0.053 0.134 0.163 0.224 0.192 0.147 30 K 0.152 0.154 0.099 0.289 0.155 0.076 0.045 0.016 0.008 0.004 0.002 31 G 0.422 0.155 0.060 0.101 0.073 0.056 0.062 0.031 0.022 0.012 0.006 32 D 0.083 0.072 0.050 0.140 0.115 0.117 0.146 0.095 0.078 0.057 0.046 33 R 0.056 0.140 0.105 0.245 0.177 0.132 0.088 0.029 0.016 0.008 0.004 34 L 0.018 0.026 0.030 0.066 0.075 0.089 0.147 0.150 0.157 0.131 0.109 35 A 0.054 0.063 0.048 0.146 0.155 0.145 0.159 0.097 0.067 0.039 0.028 36 F 0.006 0.009 0.008 0.028 0.049 0.081 0.177 0.171 0.203 0.156 0.112 37 P 0.068 0.157 0.077 0.226 0.169 0.112 0.088 0.041 0.030 0.019 0.014 38 I 0.003 0.002 0.002 0.007 0.011 0.016 0.054 0.106 0.202 0.258 0.339 39 K 0.184 0.199 0.114 0.216 0.140 0.070 0.046 0.016 0.009 0.003 0.003 40 D 0.130 0.121 0.062 0.172 0.123 0.117 0.144 0.066 0.037 0.019 0.009 41 G 0.335 0.146 0.059 0.128 0.099 0.075 0.062 0.035 0.026 0.020 0.016 42 I 0.008 0.025 0.013 0.043 0.056 0.074 0.151 0.149 0.184 0.166 0.130 43 P 0.036 0.050 0.035 0.102 0.109 0.133 0.180 0.113 0.105 0.077 0.061 44 M 0.048 0.038 0.033 0.070 0.082 0.107 0.222 0.143 0.126 0.077 0.054 45 M 0.015 0.034 0.025 0.082 0.099 0.109 0.168 0.148 0.121 0.111 0.088 46 L 0.003 0.014 0.011 0.023 0.032 0.054 0.105 0.126 0.199 0.220 0.211 47 E 0.051 0.089 0.104 0.257 0.241 0.137 0.085 0.022 0.010 0.003 0.001 48 S 0.453 0.141 0.240 0.120 0.031 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.028 0.030 0.104 0.135 0.123 0.143 0.214 0.096 0.069 0.037 0.023 50 A 0.002 0.002 0.019 0.012 0.017 0.045 0.183 0.183 0.223 0.188 0.128 51 R 0.004 0.017 0.378 0.236 0.184 0.102 0.057 0.014 0.005 0.002 0.001 52 E 0.048 0.061 0.655 0.112 0.062 0.036 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 53 L 0.004 0.007 0.012 0.019 0.038 0.092 0.300 0.204 0.155 0.115 0.055 54 A 0.149 0.291 0.109 0.086 0.072 0.068 0.100 0.051 0.036 0.026 0.012 55 P 0.383 0.244 0.217 0.098 0.037 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.697 0.137 0.087 0.047 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.263 0.148 0.170 0.162 0.090 0.066 0.062 0.021 0.012 0.004 0.002 58 E 0.209 0.133 0.168 0.188 0.118 0.089 0.060 0.021 0.009 0.003 0.001 59 V 0.053 0.056 0.216 0.098 0.103 0.152 0.169 0.082 0.043 0.020 0.008 60 K 0.108 0.192 0.360 0.199 0.076 0.034 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 61 L 0.079 0.067 0.153 0.143 0.133 0.130 0.144 0.069 0.047 0.026 0.010 62 E 0.251 0.176 0.228 0.151 0.081 0.045 0.037 0.015 0.009 0.004 0.002 63 H 0.072 0.088 0.154 0.152 0.127 0.114 0.146 0.072 0.045 0.023 0.008 64 H 0.107 0.123 0.116 0.142 0.126 0.107 0.119 0.072 0.048 0.028 0.011 65 H 0.128 0.137 0.148 0.153 0.122 0.093 0.094 0.055 0.040 0.021 0.009 66 H 0.183 0.117 0.101 0.142 0.115 0.091 0.104 0.063 0.046 0.027 0.011 67 H 0.157 0.133 0.076 0.145 0.124 0.096 0.103 0.069 0.053 0.031 0.014 68 H 0.236 0.148 0.064 0.131 0.107 0.084 0.087 0.061 0.046 0.026 0.012