# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.136 0.023 0.046 0.022 0.037 0.190 0.010 0.534 2 D 0.079 0.034 0.045 0.017 0.052 0.204 0.009 0.560 3 A 0.019 0.022 0.009 0.003 0.013 0.049 0.002 0.883 4 K 0.022 0.036 0.003 0.002 0.004 0.506 0.004 0.423 5 F 0.170 0.213 0.005 0.003 0.006 0.308 0.013 0.283 6 L 0.059 0.798 0.007 0.004 0.007 0.020 0.006 0.099 7 E 0.024 0.844 0.013 0.009 0.010 0.013 0.008 0.078 8 I 0.079 0.642 0.043 0.015 0.019 0.019 0.025 0.157 9 L 0.087 0.706 0.029 0.032 0.043 0.013 0.020 0.070 10 V 0.074 0.424 0.099 0.057 0.087 0.026 0.043 0.189 11 C 0.083 0.223 0.144 0.098 0.097 0.048 0.022 0.287 12 P 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.988 13 L 0.034 0.048 0.025 0.049 0.073 0.148 0.015 0.608 14 C 0.280 0.045 0.036 0.032 0.031 0.098 0.045 0.432 15 K 0.177 0.061 0.076 0.056 0.069 0.089 0.041 0.432 16 G 0.059 0.017 0.041 0.043 0.039 0.097 0.010 0.694 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 18 L 0.063 0.010 0.074 0.115 0.228 0.165 0.007 0.337 19 V 0.116 0.014 0.114 0.182 0.237 0.066 0.006 0.264 20 F 0.028 0.017 0.068 0.203 0.298 0.042 0.003 0.342 21 D 0.036 0.022 0.047 0.190 0.316 0.057 0.004 0.328 22 K 0.039 0.013 0.028 0.054 0.132 0.094 0.007 0.632 23 S 0.044 0.013 0.010 0.023 0.061 0.493 0.013 0.343 24 K 0.187 0.024 0.012 0.014 0.028 0.162 0.028 0.545 25 D 0.061 0.069 0.020 0.022 0.019 0.210 0.019 0.579 26 E 0.212 0.042 0.042 0.034 0.068 0.272 0.021 0.309 27 L 0.176 0.134 0.069 0.127 0.220 0.090 0.009 0.175 28 I 0.041 0.075 0.102 0.178 0.331 0.053 0.010 0.209 29 C 0.025 0.098 0.083 0.229 0.256 0.046 0.008 0.256 30 K 0.033 0.067 0.059 0.102 0.239 0.061 0.014 0.424 31 G 0.027 0.033 0.023 0.046 0.090 0.158 0.014 0.609 32 D 0.162 0.043 0.029 0.038 0.054 0.190 0.034 0.451 33 R 0.179 0.052 0.040 0.055 0.057 0.179 0.022 0.417 34 L 0.145 0.067 0.056 0.077 0.134 0.209 0.030 0.282 35 A 0.147 0.100 0.086 0.102 0.193 0.114 0.024 0.234 36 F 0.073 0.030 0.088 0.383 0.236 0.029 0.006 0.155 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 I 0.007 0.008 0.109 0.160 0.471 0.060 0.004 0.183 39 K 0.039 0.065 0.066 0.155 0.104 0.062 0.006 0.504 40 D 0.042 0.049 0.058 0.081 0.196 0.067 0.018 0.491 41 G 0.255 0.030 0.076 0.021 0.032 0.088 0.034 0.465 42 I 0.292 0.024 0.240 0.050 0.036 0.104 0.019 0.235 43 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.989 44 M 0.019 0.016 0.109 0.051 0.145 0.083 0.007 0.569 45 M 0.079 0.048 0.244 0.060 0.066 0.084 0.008 0.409 46 L 0.079 0.067 0.071 0.062 0.132 0.188 0.010 0.392 47 E 0.076 0.061 0.097 0.026 0.118 0.067 0.006 0.551 48 S 0.034 0.069 0.018 0.011 0.027 0.139 0.007 0.695 49 E 0.153 0.127 0.008 0.006 0.013 0.232 0.021 0.439 50 A 0.160 0.580 0.007 0.006 0.013 0.032 0.011 0.190 51 R 0.057 0.695 0.011 0.010 0.015 0.026 0.019 0.168 52 E 0.270 0.325 0.012 0.008 0.009 0.020 0.061 0.295 53 L 0.263 0.429 0.061 0.012 0.016 0.011 0.063 0.145 54 A 0.060 0.148 0.033 0.034 0.040 0.079 0.016 0.591 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 E 0.009 0.010 0.008 0.010 0.026 0.191 0.003 0.743 57 E 0.530 0.014 0.009 0.003 0.003 0.131 0.017 0.293 58 E 0.257 0.160 0.019 0.012 0.011 0.067 0.007 0.467 59 V 0.144 0.193 0.077 0.044 0.057 0.060 0.006 0.419 60 K 0.044 0.129 0.038 0.047 0.063 0.070 0.007 0.602 61 L 0.076 0.144 0.048 0.054 0.127 0.046 0.013 0.492 62 E 0.083 0.145 0.036 0.049 0.086 0.124 0.019 0.458 63 H 0.153 0.104 0.028 0.029 0.044 0.094 0.028 0.521 64 H 0.202 0.140 0.042 0.038 0.049 0.087 0.024 0.418 65 H 0.109 0.084 0.055 0.040 0.055 0.099 0.023 0.534 66 H 0.124 0.057 0.050 0.044 0.067 0.102 0.022 0.534 67 H 0.097 0.043 0.042 0.035 0.060 0.096 0.015 0.613 68 H 0.067 0.036 0.038 0.039 0.064 0.098 0.012 0.647