# TARGET T0348 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 159 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 D 0.009 0.021 0.001 0.012 0.001 0.004 0.953 3 A 0.002 0.005 0.057 0.523 0.104 0.082 0.227 4 K 0.004 0.007 0.037 0.730 0.044 0.067 0.111 5 F 0.001 0.001 0.024 0.958 0.005 0.007 0.006 6 L 0.001 0.001 0.012 0.973 0.004 0.005 0.006 7 E 0.001 0.001 0.018 0.963 0.002 0.012 0.003 8 I 0.002 0.001 0.026 0.939 0.003 0.028 0.002 9 L 0.004 0.002 0.017 0.862 0.015 0.093 0.007 10 V 0.008 0.010 0.010 0.662 0.028 0.253 0.029 11 C 0.006 0.007 0.024 0.146 0.222 0.109 0.487 12 P 0.010 0.024 0.200 0.090 0.144 0.370 0.163 13 L 0.021 0.023 0.214 0.058 0.100 0.469 0.114 14 C 0.029 0.028 0.124 0.054 0.124 0.385 0.255 15 K 0.043 0.007 0.026 0.036 0.371 0.258 0.259 16 G 0.080 0.009 0.004 0.012 0.620 0.034 0.240 17 P 0.206 0.034 0.004 0.008 0.126 0.021 0.602 18 L 0.587 0.054 0.004 0.009 0.047 0.011 0.288 19 V 0.706 0.029 0.004 0.008 0.031 0.007 0.214 20 F 0.588 0.046 0.007 0.014 0.049 0.015 0.280 21 D 0.335 0.020 0.008 0.019 0.062 0.031 0.524 22 K 0.055 0.008 0.143 0.131 0.163 0.359 0.140 23 S 0.037 0.005 0.173 0.088 0.209 0.355 0.134 24 K 0.041 0.004 0.197 0.082 0.114 0.459 0.102 25 D 0.108 0.006 0.099 0.056 0.177 0.370 0.185 26 E 0.544 0.017 0.031 0.036 0.103 0.055 0.215 27 L 0.729 0.041 0.012 0.027 0.035 0.018 0.137 28 I 0.749 0.041 0.006 0.029 0.036 0.016 0.124 29 C 0.498 0.027 0.006 0.021 0.054 0.016 0.378 30 K 0.108 0.010 0.164 0.129 0.141 0.229 0.218 31 G 0.036 0.004 0.267 0.105 0.154 0.355 0.080 32 D 0.038 0.012 0.398 0.058 0.077 0.283 0.135 33 R 0.126 0.026 0.232 0.028 0.154 0.172 0.263 34 L 0.189 0.026 0.167 0.025 0.106 0.117 0.370 35 A 0.241 0.055 0.076 0.021 0.203 0.064 0.339 36 F 0.224 0.018 0.008 0.018 0.243 0.011 0.478 37 P 0.289 0.036 0.004 0.013 0.034 0.012 0.612 38 I 0.169 0.098 0.007 0.025 0.024 0.017 0.659 39 K 0.075 0.036 0.031 0.019 0.072 0.073 0.693 40 D 0.002 0.001 0.030 0.014 0.130 0.806 0.017 41 G 0.002 0.001 0.020 0.004 0.074 0.875 0.024 42 I 0.065 0.051 0.034 0.017 0.169 0.050 0.614 43 P 0.140 0.066 0.040 0.020 0.073 0.045 0.616 44 M 0.149 0.017 0.100 0.040 0.134 0.192 0.368 45 M 0.127 0.134 0.082 0.032 0.114 0.178 0.333 46 L 0.052 0.052 0.008 0.026 0.230 0.026 0.605 47 E 0.024 0.007 0.065 0.549 0.053 0.060 0.242 48 S 0.002 0.001 0.103 0.839 0.011 0.033 0.010 49 E 0.002 0.001 0.205 0.746 0.006 0.034 0.006 50 A 0.004 0.003 0.095 0.857 0.006 0.022 0.012 51 R 0.009 0.002 0.072 0.815 0.017 0.062 0.023 52 E 0.013 0.002 0.032 0.710 0.026 0.189 0.027 53 L 0.012 0.006 0.023 0.450 0.160 0.131 0.219 54 A 0.011 0.018 0.016 0.074 0.118 0.060 0.702 55 P 0.006 0.004 0.096 0.120 0.092 0.551 0.130 56 E 0.007 0.002 0.126 0.072 0.119 0.562 0.112 57 E 0.026 0.009 0.063 0.077 0.301 0.079 0.447 58 E 0.125 0.056 0.024 0.083 0.086 0.081 0.545 59 V 0.103 0.031 0.015 0.045 0.145 0.065 0.597 60 K 0.095 0.039 0.016 0.038 0.168 0.068 0.576 61 L 0.048 0.022 0.060 0.130 0.231 0.076 0.432 62 E 0.063 0.014 0.141 0.164 0.155 0.107 0.356 63 H 0.113 0.032 0.170 0.201 0.090 0.124 0.270 64 H 0.124 0.043 0.123 0.183 0.128 0.120 0.279 65 H 0.128 0.023 0.067 0.161 0.164 0.190 0.268 66 H 0.087 0.025 0.042 0.112 0.185 0.231 0.318 67 H 0.047 0.041 0.015 0.046 0.058 0.136 0.658 68 H 0.001 0.002 0.001 0.004 0.014 0.003 0.974