# TARGET T0348 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 159 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.205 0.142 0.021 0.069 0.016 0.023 0.148 0.106 0.208 0.037 2 D 0.103 0.191 0.087 0.006 0.195 0.002 0.003 0.249 0.088 0.040 0.035 3 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.749 0.232 0.007 0.001 4 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.894 0.074 0.005 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.841 0.121 0.028 0.001 6 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.883 0.100 0.007 0.002 7 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.854 0.128 0.003 0.001 8 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.072 0.834 0.078 0.006 0.001 9 L 0.007 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.112 0.599 0.134 0.125 0.007 10 V 0.010 0.040 0.057 0.032 0.027 0.028 0.056 0.266 0.108 0.363 0.013 11 C 0.073 0.136 0.054 0.012 0.233 0.004 0.011 0.288 0.083 0.056 0.050 12 P 0.002 0.011 0.008 0.004 0.008 0.009 0.087 0.595 0.260 0.016 0.001 13 L 0.008 0.017 0.006 0.003 0.012 0.014 0.351 0.422 0.093 0.068 0.006 14 C 0.036 0.344 0.072 0.014 0.198 0.032 0.070 0.116 0.045 0.065 0.008 15 K 0.109 0.045 0.040 0.085 0.067 0.021 0.033 0.039 0.061 0.326 0.176 16 G 0.005 0.275 0.499 0.090 0.042 0.021 0.019 0.018 0.013 0.014 0.003 17 P 0.100 0.358 0.056 0.001 0.438 0.001 0.004 0.014 0.009 0.004 0.015 18 L 0.402 0.069 0.007 0.001 0.401 0.003 0.002 0.005 0.006 0.015 0.090 19 V 0.187 0.194 0.032 0.002 0.535 0.003 0.006 0.007 0.002 0.007 0.026 20 F 0.114 0.360 0.092 0.005 0.331 0.003 0.002 0.009 0.005 0.028 0.050 21 D 0.160 0.162 0.043 0.012 0.536 0.006 0.004 0.033 0.017 0.008 0.018 22 K 0.021 0.032 0.027 0.018 0.024 0.015 0.039 0.536 0.232 0.045 0.011 23 S 0.005 0.035 0.034 0.026 0.012 0.049 0.212 0.404 0.122 0.094 0.007 24 K 0.057 0.233 0.038 0.018 0.145 0.013 0.034 0.242 0.120 0.068 0.031 25 D 0.042 0.043 0.031 0.025 0.051 0.022 0.027 0.152 0.136 0.321 0.149 26 E 0.041 0.419 0.079 0.008 0.270 0.009 0.026 0.085 0.029 0.025 0.010 27 L 0.402 0.083 0.013 0.002 0.343 0.004 0.013 0.062 0.013 0.015 0.049 28 I 0.075 0.218 0.107 0.094 0.171 0.083 0.064 0.054 0.019 0.058 0.057 29 C 0.098 0.322 0.178 0.028 0.284 0.003 0.003 0.032 0.013 0.011 0.026 30 K 0.008 0.038 0.038 0.018 0.014 0.014 0.039 0.491 0.291 0.043 0.005 31 G 0.007 0.014 0.011 0.012 0.012 0.036 0.224 0.453 0.161 0.062 0.007 32 D 0.028 0.189 0.046 0.020 0.075 0.015 0.049 0.285 0.184 0.095 0.014 33 R 0.032 0.025 0.013 0.017 0.030 0.021 0.042 0.205 0.237 0.275 0.103 34 L 0.080 0.170 0.036 0.009 0.210 0.017 0.042 0.195 0.148 0.073 0.021 35 A 0.178 0.048 0.022 0.017 0.161 0.016 0.065 0.095 0.101 0.194 0.102 36 F 0.062 0.498 0.144 0.011 0.236 0.003 0.003 0.009 0.006 0.012 0.016 37 P 0.086 0.337 0.047 0.002 0.441 0.002 0.005 0.024 0.016 0.017 0.024 38 I 0.255 0.096 0.076 0.010 0.174 0.011 0.030 0.145 0.087 0.042 0.075 39 K 0.016 0.017 0.030 0.094 0.020 0.210 0.270 0.222 0.074 0.039 0.009 40 D 0.010 0.385 0.151 0.163 0.056 0.031 0.052 0.069 0.035 0.042 0.006 41 G 0.009 0.007 0.010 0.018 0.007 0.005 0.005 0.013 0.030 0.767 0.128 42 I 0.013 0.595 0.214 0.015 0.118 0.005 0.008 0.016 0.009 0.006 0.003 43 P 0.197 0.180 0.047 0.011 0.318 0.012 0.036 0.068 0.036 0.031 0.064 44 M 0.217 0.166 0.049 0.010 0.330 0.013 0.036 0.039 0.022 0.042 0.075 45 M 0.153 0.287 0.079 0.008 0.363 0.006 0.006 0.023 0.010 0.023 0.041 46 L 0.026 0.607 0.234 0.009 0.070 0.002 0.001 0.019 0.008 0.013 0.011 47 E 0.015 0.025 0.009 0.005 0.030 0.008 0.017 0.566 0.296 0.022 0.005 48 S 0.002 0.005 0.006 0.008 0.004 0.010 0.026 0.779 0.149 0.010 0.002 49 E 0.005 0.008 0.006 0.003 0.012 0.003 0.015 0.699 0.151 0.090 0.008 50 A 0.022 0.018 0.008 0.007 0.029 0.006 0.011 0.531 0.216 0.131 0.020 51 R 0.010 0.092 0.035 0.009 0.047 0.011 0.047 0.491 0.224 0.030 0.004 52 E 0.068 0.151 0.034 0.003 0.120 0.004 0.068 0.370 0.069 0.085 0.027 53 L 0.034 0.530 0.192 0.014 0.120 0.012 0.024 0.027 0.010 0.025 0.012 54 A 0.077 0.396 0.273 0.021 0.146 0.002 0.003 0.024 0.013 0.014 0.031 55 P 0.007 0.022 0.030 0.017 0.016 0.029 0.053 0.527 0.278 0.018 0.004 56 E 0.013 0.036 0.025 0.014 0.024 0.014 0.047 0.425 0.187 0.191 0.023 57 E 0.047 0.170 0.067 0.013 0.094 0.011 0.025 0.251 0.125 0.158 0.039 58 E 0.070 0.133 0.049 0.010 0.152 0.010 0.030 0.346 0.122 0.055 0.022 59 V 0.072 0.152 0.050 0.014 0.141 0.015 0.040 0.307 0.124 0.060 0.026 60 K 0.080 0.144 0.084 0.037 0.138 0.026 0.057 0.239 0.096 0.069 0.032 61 L 0.083 0.118 0.097 0.042 0.144 0.024 0.040 0.266 0.105 0.045 0.036 62 E 0.084 0.064 0.046 0.025 0.125 0.031 0.067 0.320 0.141 0.058 0.040 63 H 0.103 0.082 0.054 0.032 0.165 0.030 0.044 0.234 0.115 0.097 0.044 64 H 0.089 0.101 0.052 0.036 0.154 0.033 0.052 0.232 0.126 0.087 0.038 65 H 0.082 0.111 0.044 0.031 0.149 0.025 0.057 0.234 0.118 0.108 0.040 66 H 0.076 0.110 0.062 0.047 0.140 0.037 0.069 0.193 0.092 0.127 0.047 67 H 0.093 0.106 0.062 0.051 0.141 0.035 0.045 0.137 0.081 0.166 0.081 68 H 0.114 0.127 0.079 0.039 0.172 0.021 0.027 0.124 0.082 0.140 0.075