# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.003 0.002 0.041 0.060 0.890 2 D 0.005 0.003 0.001 0.048 0.067 0.875 3 A 0.002 0.001 0.025 0.852 0.051 0.070 4 K 0.007 0.001 0.078 0.743 0.117 0.053 5 F 0.016 0.003 0.125 0.686 0.138 0.032 6 L 0.049 0.003 0.077 0.562 0.223 0.086 7 E 0.072 0.007 0.046 0.638 0.145 0.092 8 I 0.130 0.004 0.020 0.680 0.081 0.085 9 L 0.137 0.012 0.009 0.658 0.062 0.122 10 V 0.175 0.027 0.009 0.442 0.078 0.269 11 C 0.094 0.011 0.017 0.109 0.227 0.542 12 P 0.070 0.003 0.025 0.034 0.377 0.491 13 L 0.238 0.026 0.043 0.020 0.303 0.370 14 C 0.170 0.035 0.024 0.032 0.420 0.318 15 K 0.149 0.014 0.040 0.047 0.379 0.371 16 G 0.133 0.008 0.024 0.020 0.311 0.505 17 P 0.363 0.016 0.044 0.026 0.230 0.320 18 L 0.636 0.018 0.046 0.029 0.108 0.163 19 V 0.756 0.023 0.015 0.027 0.063 0.116 20 F 0.756 0.019 0.011 0.038 0.044 0.132 21 D 0.511 0.016 0.015 0.041 0.221 0.197 22 K 0.100 0.007 0.167 0.103 0.496 0.126 23 S 0.058 0.008 0.164 0.076 0.586 0.108 24 K 0.028 0.002 0.168 0.072 0.656 0.073 25 D 0.058 0.004 0.065 0.050 0.554 0.268 26 E 0.373 0.031 0.033 0.067 0.240 0.255 27 L 0.613 0.035 0.020 0.074 0.132 0.125 28 I 0.702 0.033 0.009 0.056 0.072 0.127 29 C 0.405 0.024 0.010 0.055 0.290 0.215 30 K 0.078 0.006 0.044 0.061 0.602 0.209 31 G 0.046 0.006 0.072 0.037 0.647 0.192 32 D 0.062 0.014 0.128 0.025 0.636 0.136 33 R 0.139 0.016 0.142 0.029 0.429 0.246 34 L 0.319 0.034 0.056 0.037 0.246 0.309 35 A 0.469 0.035 0.033 0.038 0.165 0.260 36 F 0.562 0.016 0.012 0.014 0.097 0.298 37 P 0.526 0.032 0.012 0.012 0.126 0.292 38 I 0.359 0.050 0.038 0.018 0.395 0.140 39 K 0.190 0.021 0.047 0.021 0.633 0.087 40 D 0.051 0.004 0.064 0.041 0.754 0.087 41 G 0.085 0.015 0.033 0.039 0.696 0.132 42 I 0.329 0.033 0.016 0.044 0.241 0.338 43 P 0.521 0.022 0.034 0.051 0.143 0.230 44 M 0.606 0.028 0.053 0.069 0.080 0.164 45 M 0.513 0.042 0.059 0.095 0.082 0.209 46 L 0.341 0.028 0.049 0.190 0.136 0.255 47 E 0.058 0.004 0.122 0.549 0.137 0.130 48 S 0.030 0.005 0.188 0.521 0.178 0.078 49 E 0.016 0.005 0.206 0.595 0.140 0.040 50 A 0.012 0.007 0.204 0.613 0.109 0.055 51 R 0.013 0.004 0.133 0.685 0.099 0.066 52 E 0.014 0.007 0.051 0.489 0.170 0.269 53 L 0.012 0.011 0.011 0.219 0.143 0.604 54 A 0.009 0.005 0.003 0.021 0.223 0.739 55 P 0.005 0.002 0.084 0.305 0.359 0.245 56 E 0.012 0.002 0.163 0.390 0.328 0.104 57 E 0.045 0.004 0.178 0.464 0.248 0.060 58 E 0.125 0.009 0.067 0.551 0.110 0.139 59 V 0.191 0.010 0.045 0.553 0.075 0.125 60 K 0.178 0.010 0.031 0.535 0.079 0.167 61 L 0.140 0.010 0.037 0.503 0.094 0.216 62 E 0.119 0.015 0.050 0.401 0.159 0.256 63 H 0.052 0.009 0.071 0.413 0.193 0.261 64 H 0.044 0.007 0.096 0.262 0.265 0.326 65 H 0.046 0.012 0.073 0.173 0.231 0.464 66 H 0.035 0.009 0.041 0.104 0.198 0.613 67 H 0.014 0.009 0.010 0.057 0.088 0.823 68 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.988