# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.023 0.019 0.023 0.002 0.055 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.017 0.204 0.083 0.108 0.383 0.001 2 D 0.001 0.001 0.009 0.009 0.028 0.002 0.021 0.075 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.080 0.037 0.203 0.498 0.001 3 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.005 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.868 0.011 0.008 0.006 0.001 4 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.110 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.003 0.001 0.002 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.040 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.032 0.005 0.002 0.003 0.001 6 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.008 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.083 0.003 0.001 0.002 0.001 7 E 0.002 0.005 0.002 0.004 0.005 0.013 0.077 0.823 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.005 0.029 0.003 0.002 0.003 0.001 8 I 0.011 0.007 0.009 0.011 0.009 0.011 0.125 0.565 0.050 0.005 0.001 0.002 0.004 0.020 0.014 0.004 0.136 0.007 0.004 0.005 0.001 9 L 0.024 0.017 0.038 0.029 0.025 0.022 0.151 0.288 0.030 0.006 0.004 0.005 0.007 0.037 0.038 0.017 0.105 0.054 0.058 0.041 0.004 10 V 0.024 0.027 0.015 0.050 0.069 0.008 0.134 0.040 0.024 0.010 0.004 0.010 0.033 0.079 0.036 0.035 0.143 0.088 0.092 0.074 0.005 11 C 0.010 0.012 0.048 0.052 0.052 0.004 0.034 0.034 0.022 0.005 0.008 0.006 0.007 0.020 0.050 0.021 0.081 0.063 0.208 0.256 0.005 12 P 0.002 0.003 0.017 0.010 0.109 0.005 0.025 0.034 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.036 0.425 0.106 0.049 0.142 0.001 13 L 0.003 0.007 0.040 0.038 0.045 0.045 0.261 0.048 0.008 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.059 0.022 0.189 0.056 0.055 0.108 0.001 14 C 0.006 0.006 0.047 0.050 0.079 0.007 0.132 0.013 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.026 0.022 0.149 0.064 0.175 0.206 0.001 15 K 0.004 0.007 0.036 0.046 0.091 0.003 0.076 0.009 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.031 0.027 0.160 0.126 0.114 0.256 0.002 16 G 0.006 0.013 0.051 0.063 0.095 0.003 0.039 0.010 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.046 0.025 0.079 0.034 0.102 0.419 0.002 17 P 0.015 0.033 0.041 0.060 0.254 0.004 0.062 0.033 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.004 0.038 0.045 0.131 0.099 0.085 0.076 0.003 18 L 0.082 0.097 0.124 0.100 0.173 0.007 0.063 0.062 0.001 0.001 0.012 0.010 0.030 0.008 0.043 0.024 0.038 0.022 0.053 0.041 0.008 19 V 0.114 0.082 0.144 0.117 0.154 0.002 0.023 0.050 0.001 0.001 0.015 0.017 0.027 0.008 0.045 0.018 0.025 0.024 0.075 0.036 0.022 20 F 0.076 0.085 0.032 0.060 0.479 0.001 0.015 0.018 0.001 0.001 0.005 0.005 0.021 0.006 0.050 0.033 0.046 0.017 0.024 0.021 0.006 21 D 0.064 0.064 0.116 0.324 0.084 0.001 0.021 0.020 0.002 0.001 0.010 0.010 0.019 0.007 0.053 0.008 0.014 0.017 0.096 0.058 0.011 22 K 0.023 0.012 0.023 0.021 0.487 0.001 0.007 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.009 0.335 0.015 0.012 0.020 0.001 23 S 0.012 0.018 0.057 0.051 0.082 0.007 0.459 0.055 0.007 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.037 0.009 0.067 0.037 0.023 0.060 0.001 24 K 0.008 0.012 0.042 0.040 0.136 0.003 0.165 0.032 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.040 0.020 0.165 0.087 0.060 0.178 0.002 25 D 0.015 0.028 0.080 0.060 0.148 0.012 0.200 0.086 0.004 0.001 0.003 0.003 0.009 0.006 0.028 0.019 0.078 0.115 0.050 0.051 0.003 26 E 0.080 0.079 0.118 0.081 0.219 0.008 0.058 0.075 0.004 0.001 0.008 0.008 0.018 0.012 0.028 0.033 0.063 0.025 0.042 0.034 0.007 27 L 0.110 0.100 0.097 0.102 0.189 0.004 0.028 0.061 0.003 0.001 0.013 0.016 0.051 0.026 0.053 0.014 0.034 0.016 0.046 0.020 0.016 28 I 0.089 0.115 0.080 0.112 0.137 0.003 0.022 0.038 0.003 0.001 0.019 0.019 0.051 0.047 0.083 0.036 0.043 0.024 0.033 0.029 0.018 29 C 0.065 0.086 0.064 0.139 0.153 0.002 0.018 0.035 0.005 0.001 0.020 0.020 0.053 0.053 0.054 0.034 0.028 0.016 0.077 0.061 0.015 30 K 0.028 0.028 0.089 0.047 0.201 0.003 0.017 0.050 0.007 0.001 0.007 0.004 0.009 0.011 0.077 0.034 0.282 0.032 0.026 0.043 0.003 31 G 0.014 0.030 0.044 0.048 0.095 0.016 0.246 0.088 0.008 0.007 0.002 0.002 0.006 0.009 0.073 0.025 0.147 0.032 0.027 0.077 0.002 32 D 0.010 0.018 0.033 0.050 0.094 0.012 0.261 0.069 0.008 0.005 0.003 0.002 0.004 0.007 0.037 0.028 0.131 0.080 0.049 0.096 0.002 33 R 0.015 0.018 0.062 0.034 0.093 0.017 0.200 0.079 0.009 0.003 0.004 0.003 0.006 0.007 0.032 0.027 0.180 0.091 0.044 0.074 0.002 34 L 0.027 0.032 0.091 0.109 0.081 0.017 0.135 0.062 0.005 0.001 0.006 0.006 0.012 0.012 0.034 0.019 0.139 0.035 0.076 0.099 0.004 35 A 0.028 0.037 0.035 0.035 0.280 0.004 0.099 0.038 0.004 0.001 0.007 0.007 0.017 0.011 0.026 0.039 0.089 0.089 0.090 0.059 0.005 36 F 0.031 0.041 0.191 0.215 0.074 0.002 0.016 0.025 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.005 0.042 0.010 0.044 0.023 0.102 0.157 0.005 37 P 0.014 0.022 0.024 0.031 0.443 0.003 0.019 0.052 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.013 0.044 0.093 0.049 0.104 0.066 0.006 38 I 0.019 0.028 0.197 0.090 0.074 0.013 0.052 0.131 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.092 0.009 0.162 0.021 0.050 0.042 0.002 39 K 0.016 0.016 0.055 0.063 0.079 0.010 0.116 0.032 0.089 0.102 0.002 0.002 0.004 0.003 0.031 0.021 0.245 0.034 0.026 0.055 0.001 40 D 0.003 0.005 0.009 0.026 0.065 0.003 0.472 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.027 0.090 0.006 0.041 0.221 0.001 41 G 0.005 0.010 0.019 0.010 0.070 0.001 0.264 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.010 0.010 0.018 0.530 0.016 0.017 0.003 42 I 0.037 0.051 0.277 0.086 0.086 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.012 0.007 0.014 0.013 0.062 0.105 0.029 0.021 0.063 0.107 0.014 43 P 0.054 0.095 0.056 0.026 0.426 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.020 0.014 0.059 0.026 0.089 0.023 0.014 0.009 0.034 0.017 0.026 44 M 0.087 0.121 0.125 0.101 0.062 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.056 0.033 0.057 0.050 0.154 0.054 0.009 0.008 0.018 0.011 0.036 45 M 0.108 0.124 0.031 0.059 0.115 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.064 0.042 0.170 0.090 0.054 0.048 0.012 0.008 0.017 0.011 0.030 46 L 0.061 0.073 0.078 0.103 0.064 0.001 0.016 0.025 0.001 0.001 0.044 0.039 0.062 0.103 0.122 0.084 0.018 0.012 0.046 0.030 0.018 47 E 0.059 0.055 0.032 0.063 0.197 0.003 0.027 0.045 0.006 0.001 0.006 0.006 0.023 0.020 0.120 0.057 0.185 0.023 0.028 0.040 0.004 48 S 0.021 0.021 0.095 0.044 0.042 0.009 0.154 0.207 0.006 0.001 0.005 0.005 0.010 0.011 0.051 0.014 0.147 0.027 0.069 0.059 0.003 49 E 0.002 0.005 0.017 0.015 0.039 0.017 0.126 0.306 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.269 0.086 0.029 0.043 0.001 50 A 0.002 0.004 0.012 0.015 0.029 0.022 0.296 0.243 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.015 0.169 0.048 0.034 0.051 0.001 51 R 0.002 0.003 0.043 0.042 0.014 0.074 0.133 0.216 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.277 0.029 0.038 0.096 0.001 52 E 0.001 0.002 0.004 0.013 0.090 0.035 0.310 0.090 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 0.159 0.102 0.082 0.069 0.001 53 L 0.001 0.001 0.031 0.050 0.013 0.002 0.064 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.007 0.088 0.045 0.167 0.462 0.001 54 A 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.276 0.670 0.001 55 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.798 0.031 0.047 0.085 0.001 56 E 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.026 0.602 0.201 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.063 0.024 0.023 0.034 0.001 57 E 0.001 0.001 0.018 0.032 0.015 0.015 0.126 0.368 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.057 0.049 0.185 0.104 0.001 58 E 0.002 0.003 0.011 0.019 0.111 0.006 0.050 0.357 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.045 0.109 0.068 0.122 0.066 0.001 59 V 0.004 0.006 0.057 0.075 0.039 0.007 0.082 0.329 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.073 0.018 0.107 0.021 0.067 0.106 0.001 60 K 0.003 0.004 0.019 0.049 0.124 0.006 0.075 0.303 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.026 0.083 0.040 0.105 0.123 0.001 61 L 0.004 0.003 0.035 0.047 0.086 0.004 0.050 0.213 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 0.019 0.238 0.041 0.101 0.088 0.001 62 E 0.003 0.003 0.031 0.039 0.062 0.009 0.128 0.304 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.012 0.161 0.034 0.083 0.089 0.001 63 H 0.002 0.003 0.017 0.031 0.078 0.012 0.167 0.202 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.202 0.076 0.081 0.081 0.001 64 H 0.002 0.003 0.030 0.031 0.047 0.013 0.197 0.188 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.011 0.171 0.091 0.087 0.091 0.001 65 H 0.003 0.003 0.031 0.039 0.063 0.013 0.167 0.120 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.018 0.175 0.088 0.113 0.132 0.001 66 H 0.002 0.003 0.037 0.046 0.072 0.012 0.153 0.071 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.022 0.163 0.083 0.122 0.169 0.001 67 H 0.003 0.004 0.036 0.041 0.083 0.007 0.145 0.041 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.025 0.153 0.091 0.120 0.207 0.001 68 H 0.003 0.004 0.053 0.046 0.090 0.006 0.093 0.039 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.037 0.030 0.106 0.096 0.159 0.223 0.002