# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0348/T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.084 0.227 0.219 0.004 0.031 0.011 0.005 0.003 0.010 0.050 0.076 0.108 0.003 0.003 0.028 2 D 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.047 0.001 0.001 0.001 3 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.006 0.036 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.001 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.983 0.001 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.001 0.002 9 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.011 0.006 0.023 10 V 0.002 0.018 0.051 0.033 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.691 0.020 0.039 0.124 11 C 0.015 0.004 0.094 0.016 0.003 0.098 0.089 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.576 0.020 0.016 0.060 12 P 0.014 0.047 0.048 0.010 0.003 0.036 0.015 0.010 0.001 0.001 0.483 0.005 0.284 0.009 0.012 0.023 13 L 0.020 0.250 0.029 0.047 0.005 0.016 0.015 0.005 0.020 0.003 0.037 0.363 0.080 0.054 0.010 0.047 14 C 0.023 0.023 0.106 0.027 0.029 0.066 0.342 0.006 0.003 0.002 0.019 0.043 0.213 0.035 0.047 0.017 15 K 0.010 0.261 0.334 0.078 0.001 0.005 0.008 0.046 0.010 0.002 0.017 0.008 0.051 0.002 0.065 0.103 16 G 0.145 0.013 0.106 0.384 0.003 0.059 0.014 0.002 0.069 0.056 0.014 0.034 0.036 0.005 0.003 0.057 17 P 0.133 0.070 0.492 0.236 0.002 0.015 0.005 0.002 0.002 0.001 0.009 0.006 0.019 0.001 0.002 0.006 18 L 0.006 0.018 0.082 0.825 0.003 0.030 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.008 0.008 0.001 0.001 0.004 19 V 0.010 0.036 0.120 0.728 0.028 0.046 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.001 0.001 0.003 20 F 0.004 0.040 0.037 0.797 0.014 0.054 0.003 0.015 0.002 0.002 0.015 0.003 0.009 0.001 0.001 0.002 21 D 0.004 0.034 0.018 0.153 0.017 0.680 0.002 0.015 0.007 0.009 0.023 0.019 0.013 0.001 0.001 0.003 22 K 0.013 0.105 0.022 0.079 0.031 0.058 0.009 0.018 0.005 0.005 0.582 0.029 0.033 0.004 0.002 0.005 23 S 0.012 0.148 0.051 0.062 0.018 0.108 0.022 0.028 0.011 0.005 0.048 0.388 0.031 0.025 0.033 0.008 24 K 0.015 0.061 0.131 0.058 0.003 0.096 0.021 0.034 0.019 0.008 0.101 0.036 0.168 0.008 0.161 0.081 25 D 0.061 0.323 0.136 0.091 0.001 0.015 0.008 0.003 0.050 0.006 0.016 0.058 0.053 0.003 0.011 0.165 26 E 0.247 0.025 0.388 0.207 0.001 0.013 0.008 0.002 0.005 0.001 0.010 0.012 0.044 0.003 0.004 0.031 27 L 0.013 0.010 0.742 0.129 0.012 0.031 0.014 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.024 0.002 0.001 0.010 28 I 0.004 0.066 0.086 0.785 0.009 0.016 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.001 0.001 0.004 29 C 0.002 0.007 0.008 0.111 0.219 0.584 0.026 0.003 0.003 0.008 0.006 0.007 0.011 0.003 0.001 0.002 30 K 0.003 0.064 0.009 0.019 0.016 0.049 0.002 0.280 0.002 0.002 0.521 0.007 0.017 0.001 0.007 0.001 31 G 0.005 0.083 0.014 0.033 0.012 0.024 0.013 0.024 0.192 0.056 0.064 0.411 0.015 0.026 0.008 0.020 32 D 0.136 0.031 0.081 0.038 0.002 0.054 0.010 0.038 0.011 0.007 0.049 0.093 0.153 0.002 0.280 0.018 33 R 0.036 0.063 0.155 0.025 0.002 0.036 0.011 0.003 0.043 0.010 0.061 0.054 0.116 0.011 0.006 0.368 34 L 0.218 0.035 0.130 0.114 0.003 0.065 0.014 0.010 0.003 0.001 0.099 0.119 0.165 0.005 0.009 0.010 35 A 0.005 0.165 0.547 0.167 0.001 0.005 0.006 0.004 0.005 0.001 0.002 0.010 0.050 0.002 0.005 0.027 36 F 0.010 0.007 0.135 0.775 0.002 0.013 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.031 0.001 0.002 0.013 37 P 0.012 0.015 0.338 0.375 0.018 0.177 0.006 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.034 0.001 0.001 0.007 38 I 0.005 0.018 0.009 0.078 0.260 0.434 0.006 0.010 0.001 0.003 0.120 0.015 0.036 0.004 0.001 0.001 39 K 0.001 0.035 0.002 0.006 0.278 0.008 0.076 0.012 0.001 0.001 0.061 0.023 0.006 0.488 0.002 0.001 40 D 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.235 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.739 0.001 41 G 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.020 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.741 42 I 0.980 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 43 P 0.004 0.015 0.680 0.032 0.002 0.181 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.053 0.001 0.001 0.002 44 M 0.002 0.134 0.009 0.545 0.002 0.067 0.002 0.003 0.002 0.001 0.127 0.016 0.086 0.001 0.001 0.004 45 M 0.007 0.103 0.088 0.570 0.003 0.020 0.006 0.001 0.009 0.001 0.007 0.100 0.059 0.002 0.001 0.021 46 L 0.014 0.015 0.199 0.175 0.015 0.269 0.031 0.003 0.001 0.002 0.009 0.017 0.236 0.003 0.004 0.007 47 E 0.003 0.035 0.042 0.039 0.009 0.331 0.010 0.025 0.001 0.003 0.267 0.018 0.195 0.010 0.006 0.006 48 S 0.004 0.089 0.007 0.041 0.002 0.053 0.004 0.020 0.008 0.004 0.340 0.229 0.175 0.004 0.013 0.007 49 E 0.014 0.042 0.031 0.022 0.001 0.025 0.014 0.003 0.012 0.002 0.051 0.274 0.419 0.018 0.015 0.057 50 A 0.018 0.021 0.210 0.026 0.001 0.015 0.039 0.002 0.002 0.001 0.024 0.053 0.511 0.013 0.031 0.035 51 R 0.013 0.028 0.192 0.047 0.002 0.029 0.036 0.005 0.002 0.001 0.030 0.038 0.496 0.009 0.020 0.050 52 E 0.040 0.070 0.141 0.135 0.004 0.047 0.032 0.005 0.010 0.002 0.027 0.021 0.279 0.022 0.012 0.153 53 L 0.023 0.126 0.423 0.270 0.001 0.007 0.011 0.003 0.002 0.001 0.007 0.010 0.059 0.002 0.014 0.041 54 A 0.009 0.009 0.102 0.043 0.007 0.712 0.014 0.002 0.001 0.005 0.004 0.011 0.073 0.001 0.002 0.007 55 P 0.003 0.017 0.007 0.008 0.001 0.143 0.001 0.007 0.001 0.001 0.761 0.005 0.042 0.001 0.001 0.001 56 E 0.002 0.190 0.005 0.019 0.001 0.008 0.001 0.002 0.006 0.001 0.054 0.679 0.025 0.002 0.003 0.002 57 E 0.016 0.016 0.096 0.047 0.001 0.028 0.014 0.003 0.004 0.001 0.023 0.118 0.576 0.004 0.021 0.032 58 E 0.010 0.021 0.407 0.038 0.003 0.022 0.027 0.003 0.002 0.001 0.032 0.018 0.358 0.009 0.006 0.042 59 V 0.018 0.056 0.156 0.202 0.003 0.038 0.015 0.014 0.003 0.001 0.031 0.043 0.379 0.005 0.017 0.018 60 K 0.013 0.034 0.130 0.243 0.010 0.098 0.018 0.006 0.009 0.005 0.020 0.023 0.327 0.010 0.006 0.048 61 L 0.024 0.042 0.104 0.216 0.022 0.098 0.027 0.012 0.003 0.002 0.075 0.026 0.302 0.014 0.010 0.020 62 E 0.010 0.101 0.112 0.170 0.020 0.123 0.024 0.030 0.006 0.004 0.060 0.072 0.203 0.022 0.021 0.022 63 H 0.018 0.062 0.075 0.171 0.009 0.099 0.017 0.032 0.014 0.008 0.084 0.055 0.271 0.012 0.032 0.039 64 H 0.035 0.098 0.126 0.127 0.011 0.059 0.026 0.013 0.018 0.008 0.081 0.072 0.237 0.014 0.016 0.061 65 H 0.053 0.067 0.201 0.139 0.018 0.060 0.047 0.015 0.008 0.004 0.047 0.063 0.195 0.022 0.021 0.040 66 H 0.023 0.074 0.251 0.143 0.029 0.086 0.045 0.022 0.009 0.006 0.041 0.041 0.151 0.017 0.025 0.037 67 H 0.027 0.072 0.123 0.131 0.072 0.107 0.073 0.029 0.014 0.013 0.071 0.044 0.132 0.033 0.019 0.039 68 H 0.036 0.112 0.097 0.123 0.033 0.090 0.042 0.071 0.018 0.012 0.093 0.075 0.106 0.020 0.043 0.029