# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.249 0.007 0.009 0.007 0.066 0.085 0.554 2 D 0.084 0.830 0.001 0.001 0.002 0.007 0.053 0.023 3 A 0.036 0.794 0.006 0.003 0.003 0.021 0.060 0.077 4 K 0.020 0.831 0.010 0.006 0.011 0.017 0.037 0.069 5 F 0.081 0.513 0.037 0.007 0.018 0.046 0.190 0.109 6 L 0.052 0.250 0.062 0.042 0.051 0.076 0.265 0.200 7 E 0.124 0.113 0.070 0.032 0.068 0.081 0.115 0.395 8 I 0.061 0.034 0.093 0.039 0.061 0.147 0.081 0.484 9 L 0.010 0.017 0.194 0.081 0.178 0.122 0.054 0.344 10 V 0.017 0.007 0.083 0.061 0.108 0.106 0.057 0.561 11 C 0.083 0.011 0.093 0.118 0.090 0.114 0.113 0.378 12 P 0.204 0.010 0.037 0.049 0.070 0.104 0.055 0.471 13 L 0.083 0.004 0.029 0.015 0.025 0.132 0.041 0.672 14 C 0.023 0.004 0.023 0.013 0.024 0.114 0.019 0.779 15 K 0.062 0.006 0.020 0.013 0.025 0.085 0.026 0.763 16 G 0.134 0.020 0.021 0.052 0.054 0.102 0.038 0.580 17 P 0.020 0.010 0.060 0.068 0.191 0.097 0.036 0.518 18 L 0.022 0.012 0.045 0.096 0.179 0.077 0.023 0.546 19 V 0.007 0.004 0.066 0.393 0.248 0.041 0.037 0.204 20 F 0.010 0.007 0.046 0.061 0.073 0.076 0.047 0.679 21 D 0.428 0.046 0.042 0.075 0.061 0.051 0.109 0.187 22 K 0.205 0.024 0.011 0.013 0.014 0.073 0.016 0.646 23 S 0.069 0.060 0.006 0.006 0.015 0.058 0.030 0.757 24 K 0.057 0.109 0.013 0.020 0.057 0.137 0.047 0.560 25 D 0.016 0.090 0.024 0.089 0.179 0.072 0.122 0.409 26 E 0.019 0.081 0.049 0.173 0.196 0.071 0.066 0.344 27 L 0.017 0.046 0.085 0.211 0.264 0.069 0.057 0.250 28 I 0.028 0.040 0.089 0.127 0.157 0.074 0.110 0.375 29 C 0.148 0.076 0.097 0.102 0.084 0.058 0.173 0.263 30 K 0.196 0.070 0.018 0.026 0.035 0.088 0.044 0.523 31 G 0.140 0.033 0.021 0.016 0.028 0.071 0.059 0.632 32 D 0.107 0.033 0.015 0.040 0.084 0.107 0.056 0.559 33 R 0.024 0.005 0.010 0.026 0.054 0.069 0.030 0.782 34 L 0.012 0.008 0.040 0.132 0.212 0.129 0.025 0.443 35 A 0.008 0.006 0.042 0.063 0.147 0.075 0.027 0.632 36 F 0.016 0.010 0.098 0.259 0.218 0.081 0.045 0.274 37 P 0.014 0.005 0.291 0.092 0.102 0.055 0.110 0.330 38 I 0.584 0.012 0.045 0.052 0.042 0.040 0.058 0.168 39 K 0.494 0.004 0.031 0.009 0.009 0.038 0.072 0.342 40 D 0.006 0.003 0.024 0.007 0.023 0.153 0.009 0.776 41 G 0.002 0.003 0.022 0.004 0.015 0.059 0.009 0.887 42 I 0.057 0.038 0.078 0.181 0.056 0.139 0.091 0.360 43 P 0.113 0.055 0.230 0.045 0.059 0.075 0.108 0.315 44 M 0.057 0.040 0.211 0.059 0.084 0.062 0.143 0.344 45 M 0.016 0.043 0.363 0.041 0.063 0.070 0.072 0.330 46 L 0.053 0.245 0.140 0.049 0.057 0.063 0.071 0.322 47 E 0.079 0.414 0.070 0.018 0.027 0.057 0.060 0.275 48 S 0.124 0.413 0.051 0.017 0.018 0.056 0.071 0.248 49 E 0.174 0.228 0.035 0.017 0.020 0.068 0.099 0.359 50 A 0.290 0.096 0.032 0.015 0.021 0.073 0.084 0.390 51 R 0.144 0.062 0.013 0.018 0.019 0.090 0.050 0.605 52 E 0.013 0.026 0.006 0.005 0.010 0.079 0.017 0.843 53 L 0.031 0.052 0.008 0.008 0.010 0.114 0.024 0.754 54 A 0.191 0.309 0.009 0.012 0.008 0.073 0.062 0.335 55 P 0.160 0.492 0.004 0.003 0.004 0.034 0.030 0.274 56 E 0.096 0.561 0.010 0.006 0.007 0.039 0.046 0.235 57 E 0.047 0.631 0.008 0.010 0.012 0.037 0.031 0.224 58 E 0.080 0.490 0.016 0.012 0.018 0.055 0.045 0.285 59 V 0.061 0.406 0.020 0.024 0.026 0.071 0.078 0.314 60 K 0.069 0.367 0.020 0.019 0.026 0.060 0.099 0.339 61 L 0.121 0.328 0.017 0.017 0.020 0.060 0.094 0.342 62 E 0.149 0.221 0.021 0.029 0.029 0.072 0.099 0.381 63 H 0.122 0.080 0.016 0.022 0.029 0.078 0.077 0.577 64 H 0.104 0.033 0.017 0.024 0.033 0.103 0.069 0.617 65 H 0.120 0.011 0.012 0.019 0.026 0.103 0.047 0.662 66 H 0.075 0.006 0.008 0.014 0.020 0.106 0.035 0.736 67 H 0.028 0.005 0.008 0.010 0.020 0.104 0.025 0.802 68 H 0.035 0.007 0.015 0.020 0.037 0.116 0.036 0.733