# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.121 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.013 0.107 0.697 2 D 0.072 0.032 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.010 0.142 0.684 3 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.977 4 K 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.492 0.468 5 F 0.185 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.477 0.296 6 L 0.262 0.540 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.007 0.172 7 E 0.050 0.615 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.014 0.050 0.203 8 I 0.215 0.490 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.029 0.010 0.196 9 L 0.153 0.520 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.036 0.099 0.031 0.009 0.126 10 V 0.032 0.259 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.045 0.009 0.287 0.024 0.020 0.274 11 C 0.041 0.110 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.011 0.002 0.015 0.002 0.001 0.335 0.020 0.039 0.347 12 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.011 0.974 13 L 0.035 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.018 0.114 0.669 14 C 0.273 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.017 0.092 0.489 15 K 0.123 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.023 0.109 0.617 16 G 0.035 0.007 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.006 0.231 0.624 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.017 0.002 0.001 0.002 0.014 0.069 0.335 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.062 0.060 0.117 0.003 0.054 0.243 19 V 0.014 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 0.688 0.043 0.052 0.001 0.026 0.107 20 F 0.018 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.006 0.044 0.012 0.060 0.003 0.001 0.284 0.006 0.079 0.459 21 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.832 0.008 0.038 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.008 0.029 22 K 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.009 0.114 0.606 23 S 0.019 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.014 0.583 0.247 24 K 0.208 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.087 0.341 0.312 25 D 0.061 0.122 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.077 0.253 0.441 26 E 0.156 0.006 0.393 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.023 0.170 0.198 27 L 0.018 0.013 0.002 0.005 0.019 0.130 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.170 0.034 0.356 0.003 0.039 0.197 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.022 0.900 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.020 0.001 0.004 0.016 29 C 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.013 0.549 0.010 0.014 0.003 0.002 0.002 0.212 0.001 0.027 0.142 30 K 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.286 0.008 0.108 0.557 31 G 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.014 0.475 0.398 32 D 0.244 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.035 0.240 0.412 33 R 0.237 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.056 0.140 0.384 34 L 0.115 0.044 0.169 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.014 0.262 0.269 35 A 0.081 0.050 0.013 0.005 0.018 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.301 0.013 0.077 0.400 36 F 0.026 0.029 0.002 0.001 0.021 0.092 0.496 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.152 0.003 0.022 0.131 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 38 I 0.014 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.600 0.004 0.034 0.269 39 K 0.012 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.225 0.002 0.113 0.465 40 D 0.023 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.006 0.060 0.659 41 G 0.120 0.051 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.028 0.058 0.505 42 I 0.436 0.021 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.013 0.056 0.328 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 M 0.011 0.009 0.002 0.003 0.158 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.271 0.005 0.064 0.430 45 M 0.082 0.092 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.006 0.104 0.507 46 L 0.107 0.126 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.013 0.064 0.413 47 E 0.077 0.116 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.007 0.065 0.490 48 S 0.013 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.005 0.179 0.687 49 E 0.085 0.137 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.014 0.215 0.524 50 A 0.140 0.493 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.049 0.290 51 R 0.213 0.535 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.018 0.193 52 E 0.147 0.563 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.008 0.241 53 L 0.296 0.392 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.054 0.006 0.206 54 A 0.099 0.214 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.117 0.514 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 E 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.086 0.884 57 E 0.205 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.157 0.556 58 E 0.074 0.427 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.027 0.445 59 V 0.047 0.576 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.005 0.026 0.283 60 K 0.043 0.568 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.007 0.027 0.298 61 L 0.043 0.593 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.014 0.020 0.265 62 E 0.046 0.529 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.017 0.032 0.303 63 H 0.091 0.364 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.021 0.031 0.439 64 H 0.130 0.384 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.023 0.033 0.375 65 H 0.176 0.301 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.029 0.036 0.393 66 H 0.111 0.236 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.024 0.043 0.505 67 H 0.074 0.097 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.019 0.057 0.683 68 H 0.096 0.058 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.018 0.073 0.684