# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.017 0.043 0.018 0.029 0.176 0.008 0.608 2 D 0.061 0.029 0.045 0.017 0.054 0.168 0.008 0.617 3 A 0.013 0.014 0.007 0.002 0.011 0.037 0.002 0.914 4 K 0.019 0.023 0.003 0.002 0.004 0.532 0.003 0.414 5 F 0.165 0.153 0.004 0.002 0.005 0.383 0.011 0.277 6 L 0.066 0.770 0.006 0.004 0.007 0.021 0.005 0.121 7 E 0.029 0.806 0.010 0.007 0.009 0.017 0.009 0.112 8 I 0.105 0.600 0.042 0.013 0.017 0.023 0.028 0.171 9 L 0.106 0.698 0.022 0.027 0.040 0.013 0.021 0.073 10 V 0.072 0.421 0.103 0.054 0.089 0.026 0.042 0.193 11 C 0.083 0.226 0.132 0.096 0.089 0.051 0.023 0.301 12 P 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.987 13 L 0.030 0.049 0.027 0.049 0.074 0.147 0.014 0.611 14 C 0.244 0.047 0.041 0.034 0.033 0.099 0.041 0.460 15 K 0.154 0.058 0.070 0.051 0.063 0.090 0.040 0.475 16 G 0.072 0.018 0.045 0.044 0.039 0.111 0.011 0.659 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 18 L 0.055 0.010 0.070 0.111 0.224 0.169 0.006 0.353 19 V 0.127 0.016 0.105 0.168 0.225 0.071 0.006 0.281 20 F 0.030 0.019 0.065 0.201 0.286 0.041 0.003 0.354 21 D 0.038 0.023 0.042 0.172 0.303 0.060 0.004 0.358 22 K 0.032 0.014 0.024 0.051 0.133 0.071 0.006 0.669 23 S 0.040 0.016 0.010 0.023 0.064 0.486 0.013 0.347 24 K 0.223 0.031 0.011 0.015 0.028 0.195 0.035 0.462 25 D 0.104 0.108 0.022 0.028 0.020 0.140 0.027 0.550 26 E 0.252 0.041 0.054 0.036 0.078 0.233 0.021 0.286 27 L 0.144 0.103 0.080 0.162 0.246 0.080 0.009 0.177 28 I 0.038 0.062 0.103 0.187 0.343 0.046 0.009 0.214 29 C 0.021 0.073 0.085 0.224 0.276 0.048 0.007 0.268 30 K 0.027 0.052 0.060 0.094 0.230 0.061 0.011 0.464 31 G 0.025 0.027 0.020 0.039 0.078 0.191 0.013 0.608 32 D 0.193 0.038 0.026 0.034 0.048 0.215 0.033 0.412 33 R 0.202 0.058 0.039 0.059 0.058 0.178 0.022 0.384 34 L 0.133 0.069 0.060 0.081 0.141 0.208 0.030 0.278 35 A 0.140 0.100 0.085 0.106 0.205 0.115 0.024 0.226 36 F 0.069 0.030 0.086 0.391 0.241 0.027 0.006 0.149 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 I 0.007 0.007 0.117 0.161 0.470 0.058 0.004 0.177 39 K 0.037 0.059 0.070 0.170 0.111 0.059 0.005 0.488 40 D 0.038 0.041 0.067 0.094 0.224 0.065 0.017 0.454 41 G 0.248 0.025 0.091 0.025 0.039 0.092 0.035 0.445 42 I 0.261 0.017 0.307 0.062 0.043 0.086 0.019 0.205 43 P 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.001 0.986 44 M 0.018 0.010 0.174 0.065 0.192 0.069 0.007 0.465 45 M 0.063 0.022 0.361 0.072 0.079 0.066 0.007 0.330 46 L 0.060 0.028 0.103 0.082 0.164 0.163 0.008 0.392 47 E 0.049 0.019 0.105 0.026 0.119 0.066 0.005 0.613 48 S 0.027 0.026 0.022 0.012 0.034 0.156 0.006 0.716 49 E 0.131 0.049 0.009 0.006 0.013 0.250 0.019 0.523 50 A 0.301 0.289 0.011 0.008 0.019 0.080 0.016 0.276 51 R 0.133 0.470 0.021 0.017 0.023 0.054 0.029 0.253 52 E 0.236 0.214 0.017 0.009 0.012 0.032 0.049 0.432 53 L 0.276 0.278 0.077 0.015 0.021 0.022 0.057 0.253 54 A 0.049 0.080 0.024 0.019 0.027 0.109 0.010 0.681 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 E 0.007 0.010 0.006 0.006 0.016 0.179 0.002 0.774 57 E 0.355 0.023 0.007 0.002 0.003 0.204 0.014 0.392 58 E 0.254 0.331 0.011 0.007 0.008 0.051 0.005 0.335 59 V 0.115 0.481 0.040 0.021 0.030 0.045 0.005 0.264 60 K 0.055 0.429 0.026 0.030 0.035 0.053 0.010 0.364 61 L 0.102 0.404 0.029 0.026 0.059 0.029 0.015 0.334 62 E 0.093 0.350 0.020 0.028 0.056 0.080 0.018 0.354 63 H 0.101 0.220 0.017 0.018 0.029 0.065 0.023 0.529 64 H 0.153 0.264 0.016 0.017 0.025 0.074 0.024 0.427 65 H 0.212 0.178 0.024 0.017 0.026 0.090 0.030 0.423 66 H 0.177 0.145 0.028 0.024 0.033 0.080 0.027 0.486 67 H 0.094 0.075 0.025 0.019 0.029 0.059 0.018 0.682 68 H 0.061 0.041 0.022 0.017 0.027 0.061 0.012 0.758