# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.271 0.388 0.074 0.115 0.036 0.018 0.007 0.015 0.011 0.001 2 D 0.022 0.047 0.700 0.005 0.019 0.153 0.003 0.001 0.044 0.005 0.001 3 A 0.973 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.955 0.001 0.004 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.857 0.002 0.006 0.125 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 6 L 0.879 0.013 0.050 0.021 0.002 0.004 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 7 E 0.944 0.010 0.022 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.862 0.039 0.025 0.063 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.776 0.053 0.060 0.090 0.003 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 10 V 0.302 0.310 0.082 0.216 0.033 0.021 0.004 0.002 0.028 0.002 0.001 11 C 0.034 0.136 0.335 0.003 0.029 0.036 0.024 0.001 0.399 0.004 0.001 12 P 0.606 0.002 0.265 0.023 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 13 L 0.592 0.042 0.099 0.207 0.010 0.026 0.006 0.006 0.009 0.003 0.001 14 C 0.193 0.132 0.273 0.222 0.065 0.052 0.018 0.005 0.029 0.010 0.002 15 K 0.181 0.058 0.104 0.338 0.016 0.042 0.204 0.020 0.033 0.003 0.001 16 G 0.061 0.093 0.367 0.004 0.238 0.002 0.017 0.023 0.010 0.184 0.001 17 P 0.085 0.014 0.651 0.016 0.001 0.055 0.001 0.001 0.002 0.001 0.174 18 L 0.023 0.430 0.428 0.020 0.026 0.041 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 19 V 0.033 0.768 0.086 0.022 0.032 0.025 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 20 F 0.032 0.418 0.428 0.014 0.025 0.063 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 21 D 0.034 0.231 0.290 0.026 0.038 0.195 0.019 0.001 0.164 0.001 0.001 22 K 0.592 0.105 0.124 0.098 0.023 0.018 0.017 0.005 0.013 0.004 0.001 23 S 0.456 0.086 0.167 0.175 0.023 0.025 0.023 0.015 0.023 0.008 0.001 24 K 0.479 0.055 0.121 0.210 0.030 0.016 0.047 0.010 0.013 0.018 0.001 25 D 0.176 0.028 0.062 0.154 0.018 0.029 0.472 0.044 0.013 0.003 0.001 26 E 0.260 0.336 0.199 0.109 0.050 0.017 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 27 L 0.112 0.288 0.464 0.044 0.020 0.051 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 28 I 0.048 0.630 0.149 0.067 0.042 0.039 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 29 C 0.014 0.270 0.445 0.007 0.145 0.050 0.002 0.001 0.064 0.004 0.001 30 K 0.768 0.011 0.069 0.117 0.003 0.009 0.011 0.005 0.004 0.002 0.001 31 G 0.636 0.012 0.039 0.083 0.017 0.004 0.041 0.100 0.005 0.063 0.001 32 D 0.425 0.031 0.068 0.397 0.015 0.017 0.025 0.008 0.012 0.002 0.001 33 R 0.284 0.108 0.159 0.116 0.037 0.026 0.180 0.049 0.027 0.011 0.001 34 L 0.214 0.308 0.332 0.079 0.031 0.020 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 35 A 0.194 0.349 0.240 0.104 0.045 0.027 0.012 0.004 0.021 0.004 0.001 36 F 0.013 0.597 0.173 0.001 0.054 0.011 0.006 0.001 0.144 0.001 0.001 37 P 0.063 0.011 0.841 0.003 0.001 0.069 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 38 I 0.154 0.232 0.479 0.027 0.015 0.070 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 39 K 0.462 0.256 0.119 0.083 0.019 0.022 0.007 0.003 0.026 0.004 0.001 40 D 0.132 0.086 0.282 0.284 0.048 0.013 0.121 0.005 0.020 0.007 0.001 41 G 0.011 0.002 0.017 0.009 0.023 0.001 0.042 0.781 0.001 0.112 0.001 42 I 0.010 0.290 0.593 0.001 0.011 0.024 0.005 0.001 0.064 0.001 0.001 43 P 0.054 0.010 0.888 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 44 M 0.137 0.519 0.192 0.018 0.058 0.041 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 45 M 0.071 0.379 0.366 0.029 0.042 0.074 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 46 L 0.036 0.255 0.450 0.016 0.071 0.082 0.004 0.001 0.080 0.002 0.001 47 E 0.438 0.039 0.430 0.023 0.011 0.027 0.008 0.003 0.005 0.013 0.001 48 S 0.779 0.019 0.070 0.056 0.016 0.010 0.025 0.016 0.004 0.006 0.001 49 E 0.874 0.007 0.021 0.083 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 50 A 0.742 0.028 0.068 0.119 0.009 0.008 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 51 R 0.670 0.087 0.149 0.047 0.016 0.011 0.009 0.001 0.008 0.002 0.001 52 E 0.578 0.045 0.258 0.076 0.007 0.015 0.006 0.002 0.009 0.001 0.001 53 L 0.195 0.099 0.571 0.078 0.005 0.036 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 54 A 0.036 0.120 0.674 0.003 0.037 0.027 0.006 0.001 0.088 0.009 0.001 55 P 0.823 0.001 0.137 0.022 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 56 E 0.731 0.010 0.045 0.169 0.006 0.009 0.010 0.015 0.004 0.002 0.001 57 E 0.696 0.049 0.124 0.089 0.015 0.008 0.006 0.003 0.007 0.003 0.001 58 E 0.635 0.066 0.165 0.068 0.012 0.021 0.015 0.005 0.008 0.003 0.001 59 V 0.481 0.206 0.160 0.079 0.031 0.017 0.006 0.002 0.014 0.002 0.001 60 K 0.385 0.217 0.238 0.052 0.034 0.032 0.012 0.002 0.024 0.002 0.001 61 L 0.428 0.181 0.264 0.044 0.017 0.034 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 62 E 0.483 0.131 0.241 0.055 0.021 0.032 0.009 0.003 0.019 0.005 0.001 63 H 0.532 0.068 0.143 0.140 0.023 0.033 0.029 0.006 0.019 0.005 0.002 64 H 0.399 0.095 0.128 0.238 0.039 0.029 0.036 0.011 0.020 0.005 0.001 65 H 0.327 0.183 0.182 0.197 0.037 0.029 0.016 0.004 0.022 0.003 0.001 66 H 0.238 0.206 0.251 0.143 0.041 0.044 0.034 0.006 0.031 0.006 0.001 67 H 0.192 0.151 0.263 0.177 0.033 0.068 0.058 0.011 0.038 0.006 0.001 68 H 0.184 0.222 0.240 0.109 0.092 0.038 0.046 0.017 0.035 0.017 0.001