# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.251 0.154 0.171 0.152 0.110 0.081 0.043 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 D 0.273 0.169 0.151 0.132 0.129 0.075 0.033 0.018 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 3 A 0.312 0.238 0.163 0.137 0.089 0.034 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.298 0.289 0.180 0.113 0.063 0.033 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.035 0.030 0.048 0.110 0.191 0.200 0.166 0.143 0.059 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 6 L 0.036 0.046 0.077 0.164 0.188 0.178 0.174 0.091 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 7 E 0.437 0.305 0.155 0.045 0.026 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.068 0.065 0.117 0.172 0.180 0.162 0.120 0.063 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 9 L 0.026 0.017 0.032 0.073 0.137 0.161 0.195 0.193 0.102 0.045 0.011 0.005 0.002 0.001 10 V 0.069 0.057 0.054 0.092 0.134 0.167 0.138 0.121 0.085 0.042 0.021 0.012 0.006 0.002 11 C 0.101 0.097 0.109 0.162 0.151 0.138 0.097 0.054 0.043 0.024 0.012 0.007 0.003 0.001 12 P 0.124 0.079 0.108 0.134 0.158 0.146 0.100 0.044 0.050 0.028 0.017 0.008 0.002 0.002 13 L 0.096 0.075 0.095 0.133 0.169 0.156 0.113 0.074 0.050 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 14 C 0.121 0.076 0.087 0.123 0.140 0.141 0.119 0.073 0.054 0.033 0.019 0.008 0.004 0.002 15 K 0.216 0.153 0.161 0.136 0.124 0.078 0.056 0.031 0.021 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 16 G 0.308 0.118 0.110 0.121 0.116 0.080 0.053 0.031 0.025 0.019 0.013 0.004 0.002 0.001 17 P 0.153 0.110 0.130 0.160 0.167 0.100 0.076 0.043 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 18 L 0.089 0.037 0.047 0.084 0.122 0.155 0.128 0.144 0.076 0.064 0.030 0.013 0.008 0.002 19 V 0.151 0.129 0.158 0.185 0.157 0.084 0.064 0.035 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 20 F 0.138 0.060 0.080 0.142 0.165 0.159 0.094 0.065 0.043 0.035 0.013 0.004 0.001 0.001 21 D 0.313 0.204 0.154 0.149 0.104 0.039 0.017 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.332 0.171 0.137 0.164 0.099 0.044 0.022 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 23 S 0.474 0.248 0.131 0.076 0.037 0.018 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.416 0.223 0.157 0.088 0.060 0.030 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 D 0.243 0.165 0.129 0.146 0.151 0.079 0.042 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 26 E 0.109 0.098 0.115 0.168 0.209 0.119 0.074 0.048 0.032 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 27 L 0.035 0.023 0.032 0.076 0.112 0.150 0.125 0.197 0.108 0.076 0.035 0.018 0.010 0.002 28 I 0.050 0.042 0.054 0.122 0.149 0.139 0.130 0.103 0.098 0.053 0.026 0.024 0.006 0.003 29 C 0.060 0.040 0.051 0.092 0.106 0.137 0.116 0.124 0.104 0.087 0.052 0.020 0.008 0.002 30 K 0.252 0.177 0.155 0.122 0.103 0.075 0.046 0.021 0.022 0.010 0.010 0.005 0.002 0.001 31 G 0.171 0.110 0.142 0.133 0.134 0.106 0.077 0.046 0.040 0.022 0.014 0.004 0.001 0.001 32 D 0.140 0.119 0.121 0.145 0.159 0.124 0.077 0.048 0.034 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 33 R 0.205 0.167 0.142 0.129 0.120 0.083 0.060 0.043 0.026 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 34 L 0.057 0.054 0.072 0.114 0.154 0.139 0.134 0.136 0.065 0.042 0.021 0.008 0.003 0.001 35 A 0.062 0.065 0.092 0.116 0.142 0.151 0.136 0.096 0.066 0.034 0.021 0.011 0.004 0.002 36 F 0.084 0.070 0.086 0.129 0.149 0.129 0.104 0.105 0.063 0.042 0.021 0.010 0.005 0.002 37 P 0.095 0.080 0.089 0.136 0.146 0.128 0.112 0.095 0.060 0.029 0.017 0.009 0.004 0.002 38 I 0.059 0.042 0.068 0.112 0.135 0.188 0.143 0.089 0.071 0.047 0.027 0.013 0.005 0.002 39 K 0.266 0.180 0.172 0.141 0.104 0.058 0.036 0.018 0.014 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 40 D 0.284 0.186 0.158 0.134 0.095 0.060 0.036 0.021 0.013 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 41 G 0.256 0.208 0.141 0.112 0.102 0.073 0.046 0.030 0.018 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 42 I 0.054 0.076 0.090 0.138 0.208 0.154 0.118 0.072 0.043 0.025 0.014 0.005 0.002 0.002 43 P 0.050 0.037 0.066 0.092 0.141 0.168 0.178 0.094 0.071 0.046 0.032 0.014 0.006 0.005 44 M 0.087 0.046 0.070 0.093 0.138 0.153 0.116 0.082 0.075 0.052 0.044 0.022 0.013 0.009 45 M 0.067 0.030 0.040 0.078 0.108 0.105 0.107 0.102 0.105 0.085 0.066 0.064 0.031 0.012 46 L 0.026 0.022 0.028 0.081 0.097 0.137 0.159 0.140 0.137 0.081 0.052 0.025 0.011 0.004 47 E 0.082 0.097 0.113 0.167 0.156 0.142 0.096 0.050 0.048 0.020 0.022 0.006 0.002 0.001 48 S 0.449 0.244 0.148 0.074 0.042 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 49 E 0.190 0.236 0.171 0.162 0.118 0.064 0.029 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.039 0.044 0.073 0.160 0.226 0.180 0.117 0.079 0.062 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 51 R 0.313 0.242 0.192 0.137 0.065 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.695 0.194 0.079 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.108 0.085 0.121 0.241 0.256 0.102 0.051 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.432 0.204 0.167 0.093 0.059 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 P 0.630 0.163 0.078 0.072 0.036 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.707 0.189 0.060 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.631 0.205 0.094 0.038 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.417 0.178 0.149 0.106 0.093 0.033 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.375 0.123 0.125 0.139 0.125 0.064 0.027 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.607 0.165 0.093 0.065 0.043 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.283 0.112 0.111 0.185 0.154 0.074 0.037 0.022 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 62 E 0.494 0.173 0.117 0.096 0.062 0.031 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 H 0.530 0.153 0.124 0.087 0.055 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 H 0.499 0.142 0.111 0.098 0.075 0.040 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 H 0.418 0.150 0.126 0.118 0.098 0.047 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 H 0.453 0.153 0.115 0.109 0.081 0.042 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 67 H 0.429 0.154 0.129 0.108 0.084 0.048 0.024 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 H 0.367 0.145 0.133 0.119 0.099 0.063 0.035 0.020 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001