# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.224 0.268 0.156 0.010 0.054 0.137 0.057 0.002 0.002 0.002 0.006 0.002 0.007 0.001 0.007 0.002 0.001 0.016 0.006 0.013 0.005 2 D 0.013 0.233 0.081 0.317 0.019 0.199 0.015 0.097 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 0.002 3 A 0.002 0.004 0.113 0.007 0.001 0.792 0.003 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.002 0.014 0.004 0.001 0.010 0.048 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.001 0.007 0.018 0.010 0.001 0.051 0.038 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.008 0.075 0.008 0.001 0.015 0.040 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 7 E 0.002 0.004 0.087 0.008 0.001 0.003 0.093 0.766 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.006 0.001 0.004 0.003 0.006 0.002 8 I 0.008 0.010 0.169 0.009 0.001 0.009 0.131 0.572 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.001 0.008 0.013 0.002 0.005 0.003 0.010 0.024 9 L 0.027 0.037 0.370 0.013 0.002 0.011 0.104 0.175 0.011 0.007 0.010 0.027 0.009 0.019 0.002 0.035 0.025 0.010 0.021 0.025 0.050 0.010 10 V 0.055 0.064 0.414 0.045 0.003 0.015 0.089 0.053 0.014 0.008 0.012 0.009 0.007 0.021 0.014 0.024 0.015 0.010 0.021 0.010 0.019 0.078 11 C 0.020 0.209 0.197 0.140 0.016 0.028 0.022 0.038 0.019 0.012 0.020 0.026 0.012 0.033 0.004 0.042 0.015 0.043 0.031 0.025 0.036 0.009 12 P 0.011 0.070 0.181 0.541 0.018 0.019 0.025 0.024 0.008 0.004 0.006 0.004 0.007 0.007 0.008 0.008 0.006 0.012 0.003 0.002 0.006 0.028 13 L 0.039 0.124 0.281 0.098 0.014 0.014 0.179 0.030 0.017 0.009 0.011 0.020 0.008 0.016 0.004 0.022 0.020 0.028 0.005 0.014 0.030 0.017 14 C 0.048 0.275 0.136 0.180 0.014 0.013 0.162 0.010 0.008 0.005 0.006 0.007 0.005 0.006 0.007 0.022 0.017 0.023 0.012 0.005 0.018 0.020 15 K 0.024 0.218 0.255 0.203 0.023 0.032 0.072 0.003 0.009 0.006 0.007 0.007 0.005 0.008 0.004 0.030 0.030 0.005 0.013 0.008 0.021 0.018 16 G 0.009 0.142 0.043 0.586 0.047 0.008 0.026 0.004 0.007 0.006 0.007 0.004 0.004 0.005 0.004 0.013 0.033 0.006 0.027 0.004 0.011 0.005 17 P 0.029 0.087 0.065 0.432 0.025 0.016 0.044 0.009 0.010 0.006 0.012 0.008 0.014 0.008 0.029 0.016 0.116 0.002 0.010 0.005 0.011 0.047 18 L 0.008 0.325 0.036 0.092 0.002 0.006 0.054 0.006 0.011 0.018 0.020 0.026 0.017 0.016 0.045 0.058 0.038 0.017 0.031 0.042 0.067 0.064 19 V 0.013 0.187 0.031 0.090 0.008 0.008 0.021 0.006 0.013 0.014 0.052 0.036 0.025 0.019 0.039 0.067 0.073 0.095 0.035 0.036 0.056 0.078 20 F 0.007 0.198 0.053 0.113 0.005 0.007 0.020 0.003 0.018 0.015 0.018 0.048 0.016 0.019 0.042 0.071 0.015 0.041 0.018 0.034 0.064 0.175 21 D 0.004 0.245 0.015 0.121 0.019 0.007 0.007 0.003 0.005 0.006 0.006 0.013 0.009 0.004 0.011 0.017 0.005 0.450 0.004 0.013 0.022 0.013 22 K 0.008 0.027 0.538 0.068 0.015 0.160 0.009 0.008 0.007 0.002 0.005 0.012 0.007 0.006 0.002 0.018 0.009 0.007 0.002 0.037 0.016 0.038 23 S 0.016 0.191 0.140 0.131 0.015 0.013 0.215 0.098 0.003 0.003 0.005 0.012 0.004 0.004 0.003 0.012 0.011 0.066 0.003 0.024 0.020 0.010 24 K 0.059 0.055 0.275 0.114 0.011 0.257 0.106 0.034 0.003 0.002 0.004 0.004 0.003 0.003 0.001 0.010 0.010 0.003 0.006 0.014 0.016 0.011 25 D 0.141 0.074 0.109 0.038 0.028 0.030 0.357 0.086 0.003 0.002 0.006 0.004 0.002 0.007 0.002 0.015 0.023 0.004 0.026 0.010 0.021 0.010 26 E 0.019 0.095 0.076 0.072 0.003 0.033 0.077 0.083 0.007 0.001 0.005 0.008 0.006 0.006 0.006 0.022 0.020 0.004 0.392 0.011 0.017 0.039 27 L 0.024 0.208 0.092 0.061 0.004 0.020 0.084 0.078 0.009 0.005 0.012 0.011 0.011 0.012 0.010 0.041 0.039 0.026 0.051 0.015 0.034 0.152 28 I 0.014 0.134 0.098 0.065 0.004 0.014 0.030 0.025 0.008 0.003 0.006 0.018 0.008 0.015 0.008 0.041 0.021 0.018 0.315 0.030 0.039 0.088 29 C 0.014 0.241 0.067 0.175 0.025 0.021 0.032 0.025 0.007 0.007 0.007 0.015 0.008 0.007 0.007 0.028 0.015 0.111 0.057 0.030 0.051 0.048 30 K 0.024 0.071 0.327 0.133 0.030 0.126 0.037 0.037 0.007 0.003 0.004 0.012 0.007 0.008 0.005 0.022 0.012 0.014 0.013 0.051 0.022 0.035 31 G 0.029 0.098 0.226 0.112 0.020 0.035 0.220 0.113 0.004 0.002 0.004 0.008 0.005 0.006 0.002 0.013 0.005 0.015 0.007 0.039 0.022 0.013 32 D 0.033 0.088 0.181 0.159 0.009 0.073 0.221 0.094 0.004 0.002 0.004 0.007 0.004 0.006 0.002 0.016 0.011 0.002 0.011 0.027 0.031 0.013 33 R 0.107 0.081 0.180 0.036 0.016 0.045 0.275 0.114 0.005 0.002 0.004 0.007 0.004 0.009 0.003 0.015 0.009 0.003 0.024 0.016 0.026 0.018 34 L 0.021 0.131 0.176 0.071 0.005 0.039 0.105 0.118 0.008 0.004 0.006 0.010 0.009 0.016 0.007 0.033 0.020 0.002 0.162 0.013 0.028 0.017 35 A 0.025 0.129 0.178 0.072 0.012 0.050 0.173 0.063 0.009 0.007 0.006 0.024 0.014 0.020 0.009 0.026 0.019 0.003 0.051 0.015 0.034 0.061 36 F 0.009 0.194 0.056 0.100 0.005 0.048 0.014 0.074 0.010 0.006 0.007 0.010 0.006 0.011 0.004 0.035 0.021 0.107 0.203 0.029 0.032 0.018 37 P 0.008 0.052 0.063 0.390 0.011 0.030 0.019 0.202 0.007 0.002 0.002 0.006 0.016 0.008 0.006 0.009 0.008 0.028 0.010 0.013 0.009 0.099 38 I 0.005 0.055 0.125 0.030 0.003 0.079 0.066 0.317 0.007 0.003 0.006 0.012 0.006 0.013 0.004 0.020 0.035 0.048 0.004 0.047 0.051 0.064 39 K 0.002 0.023 0.512 0.009 0.002 0.004 0.154 0.175 0.002 0.001 0.001 0.024 0.004 0.002 0.001 0.008 0.001 0.040 0.001 0.016 0.015 0.005 40 D 0.017 0.003 0.041 0.008 0.001 0.001 0.912 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 41 G 0.725 0.006 0.005 0.001 0.070 0.001 0.173 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 42 I 0.001 0.164 0.004 0.197 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.613 0.001 0.002 0.001 43 P 0.005 0.065 0.104 0.286 0.030 0.008 0.009 0.006 0.017 0.014 0.012 0.075 0.141 0.045 0.004 0.025 0.025 0.001 0.004 0.010 0.024 0.090 44 M 0.003 0.173 0.030 0.054 0.001 0.011 0.052 0.008 0.030 0.042 0.067 0.032 0.024 0.073 0.108 0.033 0.015 0.007 0.189 0.005 0.031 0.014 45 M 0.003 0.088 0.035 0.031 0.003 0.013 0.016 0.007 0.069 0.061 0.053 0.210 0.154 0.072 0.015 0.045 0.021 0.009 0.029 0.010 0.036 0.020 46 L 0.003 0.151 0.040 0.073 0.003 0.014 0.012 0.010 0.062 0.040 0.100 0.069 0.059 0.064 0.151 0.041 0.018 0.018 0.003 0.026 0.018 0.023 47 E 0.012 0.068 0.083 0.146 0.022 0.059 0.017 0.028 0.063 0.041 0.039 0.094 0.132 0.063 0.032 0.033 0.017 0.008 0.002 0.006 0.019 0.015 48 S 0.015 0.115 0.166 0.135 0.023 0.069 0.096 0.113 0.020 0.017 0.033 0.027 0.026 0.025 0.013 0.024 0.020 0.011 0.003 0.011 0.024 0.014 49 E 0.020 0.122 0.194 0.093 0.008 0.063 0.154 0.191 0.012 0.008 0.008 0.012 0.018 0.012 0.005 0.021 0.019 0.003 0.006 0.006 0.012 0.015 50 A 0.020 0.138 0.186 0.079 0.003 0.054 0.184 0.198 0.004 0.004 0.006 0.005 0.006 0.007 0.006 0.013 0.039 0.004 0.006 0.004 0.015 0.018 51 R 0.017 0.111 0.246 0.073 0.006 0.035 0.167 0.199 0.005 0.002 0.004 0.009 0.005 0.007 0.002 0.020 0.011 0.006 0.021 0.010 0.025 0.016 52 E 0.020 0.138 0.173 0.104 0.006 0.021 0.273 0.137 0.003 0.002 0.004 0.004 0.003 0.005 0.006 0.014 0.008 0.018 0.017 0.006 0.010 0.029 53 L 0.016 0.296 0.222 0.171 0.004 0.030 0.110 0.021 0.003 0.003 0.003 0.009 0.003 0.007 0.003 0.013 0.007 0.003 0.019 0.015 0.025 0.019 54 A 0.007 0.367 0.041 0.496 0.014 0.017 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.011 0.006 0.002 0.004 0.003 55 P 0.006 0.018 0.398 0.096 0.010 0.414 0.008 0.032 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 56 E 0.005 0.034 0.100 0.034 0.002 0.050 0.345 0.410 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 57 E 0.012 0.065 0.062 0.081 0.001 0.092 0.102 0.547 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.008 0.001 0.004 0.002 0.003 0.005 58 E 0.013 0.089 0.085 0.078 0.001 0.056 0.076 0.528 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.006 0.011 0.003 0.006 0.003 0.006 0.022 59 V 0.008 0.118 0.108 0.101 0.001 0.036 0.065 0.398 0.004 0.001 0.003 0.005 0.004 0.005 0.002 0.012 0.021 0.009 0.043 0.010 0.020 0.025 60 K 0.020 0.099 0.099 0.115 0.006 0.033 0.067 0.384 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.003 0.012 0.022 0.012 0.029 0.008 0.017 0.055 61 L 0.015 0.106 0.187 0.107 0.003 0.067 0.054 0.285 0.004 0.002 0.003 0.005 0.004 0.004 0.004 0.012 0.019 0.015 0.025 0.015 0.019 0.044 62 E 0.017 0.066 0.230 0.098 0.005 0.035 0.077 0.329 0.003 0.001 0.003 0.007 0.005 0.004 0.002 0.011 0.018 0.015 0.011 0.020 0.015 0.029 63 H 0.029 0.064 0.214 0.066 0.006 0.036 0.164 0.268 0.003 0.001 0.003 0.005 0.003 0.003 0.002 0.012 0.014 0.014 0.011 0.027 0.017 0.038 64 H 0.037 0.096 0.234 0.063 0.006 0.035 0.197 0.183 0.003 0.001 0.003 0.006 0.003 0.005 0.002 0.013 0.015 0.012 0.016 0.020 0.020 0.030 65 H 0.037 0.132 0.273 0.096 0.007 0.028 0.134 0.113 0.003 0.002 0.004 0.007 0.004 0.005 0.003 0.015 0.012 0.013 0.030 0.024 0.023 0.035 66 H 0.048 0.155 0.253 0.127 0.011 0.026 0.144 0.065 0.004 0.002 0.004 0.008 0.005 0.006 0.004 0.017 0.011 0.014 0.033 0.015 0.021 0.029 67 H 0.057 0.170 0.215 0.139 0.017 0.033 0.163 0.032 0.004 0.002 0.004 0.009 0.004 0.008 0.004 0.015 0.009 0.007 0.047 0.013 0.022 0.026 68 H 0.030 0.258 0.157 0.215 0.022 0.044 0.069 0.030 0.005 0.003 0.004 0.009 0.005 0.007 0.004 0.016 0.010 0.010 0.052 0.013 0.020 0.016