# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.024 0.791 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.091 0.054 0.004 0.008 2 D 0.001 0.002 0.933 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.050 0.002 0.001 0.001 3 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.075 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.047 0.922 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.015 0.002 0.061 0.873 0.001 0.002 0.006 0.010 0.023 0.002 0.004 8 I 0.003 0.001 0.007 0.001 0.053 0.792 0.001 0.003 0.005 0.009 0.117 0.002 0.006 9 L 0.010 0.007 0.038 0.001 0.015 0.724 0.006 0.008 0.006 0.023 0.145 0.006 0.011 10 V 0.006 0.060 0.197 0.006 0.011 0.457 0.004 0.003 0.016 0.098 0.106 0.011 0.026 11 C 0.001 0.011 0.523 0.003 0.003 0.108 0.001 0.001 0.009 0.284 0.026 0.024 0.006 12 P 0.001 0.003 0.215 0.002 0.071 0.102 0.001 0.001 0.001 0.049 0.544 0.001 0.010 13 L 0.003 0.014 0.115 0.001 0.143 0.076 0.001 0.001 0.003 0.113 0.516 0.005 0.010 14 C 0.005 0.033 0.201 0.008 0.113 0.062 0.002 0.001 0.013 0.201 0.307 0.026 0.029 15 K 0.004 0.018 0.373 0.008 0.045 0.030 0.001 0.001 0.004 0.286 0.171 0.012 0.048 16 G 0.006 0.017 0.403 0.010 0.017 0.011 0.001 0.001 0.003 0.327 0.089 0.091 0.025 17 P 0.005 0.021 0.502 0.021 0.020 0.008 0.001 0.001 0.003 0.083 0.077 0.012 0.245 18 L 0.034 0.020 0.514 0.051 0.019 0.008 0.005 0.001 0.006 0.078 0.066 0.061 0.138 19 V 0.103 0.010 0.093 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.014 0.007 0.695 0.066 20 F 0.085 0.023 0.055 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.008 0.003 0.015 0.797 21 D 0.044 0.004 0.200 0.079 0.004 0.002 0.003 0.001 0.003 0.015 0.019 0.559 0.068 22 K 0.050 0.006 0.100 0.005 0.012 0.003 0.004 0.001 0.003 0.114 0.226 0.028 0.449 23 S 0.035 0.013 0.111 0.006 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.162 0.209 0.363 0.075 24 K 0.007 0.004 0.118 0.020 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.175 0.558 0.044 0.041 25 D 0.022 0.002 0.156 0.008 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.163 0.551 0.025 0.058 26 E 0.337 0.023 0.075 0.004 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 0.030 0.022 0.162 0.324 27 L 0.390 0.009 0.046 0.001 0.002 0.002 0.021 0.001 0.002 0.012 0.003 0.243 0.269 28 I 0.424 0.017 0.081 0.023 0.002 0.004 0.023 0.001 0.002 0.014 0.005 0.186 0.218 29 C 0.108 0.023 0.239 0.009 0.002 0.007 0.008 0.001 0.002 0.033 0.005 0.190 0.374 30 K 0.020 0.003 0.147 0.022 0.064 0.109 0.001 0.001 0.001 0.101 0.408 0.068 0.056 31 G 0.028 0.004 0.072 0.008 0.080 0.046 0.003 0.001 0.001 0.110 0.547 0.021 0.079 32 D 0.044 0.014 0.142 0.024 0.142 0.052 0.002 0.001 0.002 0.138 0.256 0.127 0.056 33 R 0.066 0.015 0.202 0.015 0.143 0.051 0.004 0.001 0.004 0.104 0.193 0.048 0.153 34 L 0.110 0.022 0.192 0.024 0.105 0.065 0.011 0.002 0.009 0.085 0.109 0.088 0.178 35 A 0.205 0.034 0.108 0.034 0.045 0.039 0.030 0.004 0.013 0.030 0.031 0.059 0.367 36 F 0.062 0.016 0.195 0.028 0.008 0.034 0.011 0.005 0.017 0.115 0.014 0.417 0.076 37 P 0.030 0.033 0.380 0.006 0.010 0.044 0.009 0.008 0.034 0.032 0.035 0.044 0.334 38 I 0.034 0.014 0.261 0.012 0.099 0.241 0.008 0.018 0.028 0.033 0.120 0.035 0.097 39 K 0.045 0.010 0.112 0.022 0.173 0.180 0.011 0.008 0.020 0.077 0.217 0.084 0.043 40 D 0.004 0.006 0.061 0.022 0.095 0.082 0.003 0.006 0.012 0.130 0.536 0.015 0.029 41 G 0.004 0.014 0.253 0.046 0.028 0.032 0.003 0.001 0.014 0.188 0.366 0.014 0.036 42 I 0.002 0.021 0.720 0.004 0.002 0.018 0.003 0.002 0.056 0.097 0.005 0.042 0.027 43 P 0.012 0.047 0.393 0.015 0.013 0.032 0.016 0.016 0.201 0.045 0.021 0.022 0.169 44 M 0.043 0.035 0.201 0.054 0.029 0.053 0.068 0.071 0.190 0.043 0.046 0.102 0.066 45 M 0.042 0.069 0.273 0.007 0.031 0.044 0.051 0.039 0.134 0.081 0.041 0.054 0.137 46 L 0.008 0.018 0.622 0.009 0.009 0.026 0.006 0.010 0.073 0.080 0.009 0.053 0.077 47 E 0.005 0.009 0.149 0.009 0.147 0.470 0.001 0.001 0.007 0.082 0.055 0.016 0.049 48 S 0.001 0.003 0.031 0.007 0.293 0.518 0.001 0.001 0.001 0.029 0.110 0.002 0.005 49 E 0.001 0.003 0.032 0.001 0.319 0.508 0.001 0.001 0.002 0.014 0.116 0.002 0.003 50 A 0.001 0.011 0.085 0.001 0.200 0.549 0.001 0.001 0.002 0.040 0.100 0.001 0.009 51 R 0.002 0.010 0.132 0.001 0.158 0.428 0.001 0.001 0.003 0.099 0.145 0.014 0.007 52 E 0.001 0.013 0.215 0.001 0.068 0.341 0.001 0.001 0.002 0.065 0.261 0.003 0.030 53 L 0.001 0.028 0.577 0.001 0.008 0.077 0.001 0.001 0.001 0.244 0.057 0.004 0.004 54 A 0.001 0.004 0.919 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.063 0.003 0.001 0.001 55 P 0.001 0.001 0.068 0.001 0.103 0.687 0.001 0.001 0.001 0.020 0.120 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.025 0.001 0.150 0.674 0.001 0.001 0.001 0.014 0.135 0.001 0.001 57 E 0.001 0.002 0.038 0.001 0.137 0.763 0.001 0.001 0.001 0.017 0.040 0.001 0.001 58 E 0.001 0.006 0.109 0.001 0.034 0.782 0.001 0.001 0.002 0.025 0.029 0.002 0.009 59 V 0.002 0.015 0.160 0.004 0.025 0.647 0.001 0.001 0.007 0.059 0.050 0.018 0.011 60 K 0.004 0.017 0.224 0.002 0.029 0.537 0.001 0.001 0.007 0.057 0.071 0.009 0.041 61 L 0.005 0.016 0.232 0.004 0.042 0.518 0.001 0.001 0.003 0.062 0.066 0.016 0.033 62 E 0.003 0.012 0.217 0.004 0.062 0.483 0.001 0.001 0.003 0.074 0.102 0.020 0.019 63 H 0.003 0.010 0.171 0.003 0.107 0.427 0.001 0.001 0.003 0.076 0.160 0.016 0.024 64 H 0.005 0.011 0.219 0.003 0.108 0.333 0.001 0.001 0.002 0.097 0.177 0.018 0.025 65 H 0.006 0.018 0.305 0.004 0.085 0.215 0.001 0.001 0.002 0.138 0.174 0.019 0.031 66 H 0.003 0.017 0.376 0.002 0.047 0.129 0.001 0.001 0.003 0.153 0.228 0.022 0.020 67 H 0.001 0.013 0.676 0.002 0.014 0.041 0.001 0.001 0.002 0.125 0.104 0.005 0.017 68 H 0.001 0.007 0.910 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.054 0.009 0.003 0.004