# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.027 0.067 0.725 2 D 0.035 0.820 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.006 0.060 3 A 0.019 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.005 0.056 4 K 0.008 0.824 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.014 0.108 5 F 0.053 0.722 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 0.018 0.099 6 L 0.115 0.524 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.114 0.027 0.147 7 E 0.248 0.251 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.049 0.053 0.380 8 I 0.216 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.060 0.111 0.540 9 L 0.006 0.069 0.012 0.004 0.002 0.002 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.052 0.229 0.561 10 V 0.043 0.049 0.003 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.038 0.110 0.696 11 C 0.181 0.038 0.039 0.001 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.161 0.080 0.449 12 P 0.127 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.046 0.132 0.604 13 L 0.092 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.032 0.109 0.675 14 C 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.048 0.138 0.708 15 K 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.022 0.107 0.800 16 G 0.043 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.014 0.083 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.130 0.060 0.107 0.470 17 P 0.029 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.049 0.098 0.567 18 L 0.016 0.023 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 0.004 0.001 0.001 0.002 0.027 0.011 0.032 0.002 0.200 0.026 0.070 0.563 19 V 0.007 0.003 0.001 0.001 0.013 0.041 0.736 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.058 0.022 0.009 0.058 20 F 0.008 0.007 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.031 0.047 0.756 21 D 0.163 0.022 0.017 0.002 0.079 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.231 0.035 0.401 22 K 0.060 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.009 0.064 0.814 23 S 0.074 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.013 0.067 0.790 24 K 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.055 0.153 0.701 25 D 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.426 0.064 0.075 0.356 26 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.876 0.005 0.007 0.002 0.002 0.001 0.040 0.010 0.005 0.036 27 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.046 0.086 0.666 0.014 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.070 0.010 0.016 0.075 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.760 0.002 0.141 0.003 0.006 0.064 29 C 0.305 0.134 0.065 0.002 0.012 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.032 0.028 0.190 0.023 0.191 30 K 0.174 0.041 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.033 0.067 0.625 31 G 0.040 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.015 0.064 0.825 32 D 0.099 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.069 0.090 0.571 33 R 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.047 0.069 0.525 34 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.722 0.001 0.031 0.001 0.005 0.001 0.077 0.015 0.019 0.112 35 A 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.003 0.033 0.001 0.003 0.113 0.024 0.110 0.653 36 F 0.008 0.012 0.001 0.008 0.001 0.095 0.001 0.002 0.003 0.002 0.006 0.001 0.019 0.008 0.372 0.007 0.143 0.041 0.053 0.217 37 P 0.077 0.035 0.032 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.055 0.259 0.071 0.448 38 I 0.273 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.052 0.080 0.507 39 K 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.034 0.109 0.659 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.012 0.119 0.802 41 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.018 0.130 0.801 42 I 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.201 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.088 0.053 0.106 0.421 43 P 0.146 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.059 0.105 0.533 44 M 0.052 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.049 0.007 0.001 0.159 0.098 0.105 0.495 45 M 0.014 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.229 0.070 0.129 0.519 46 L 0.130 0.256 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 0.064 0.080 0.386 47 E 0.155 0.435 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.068 0.049 0.268 48 S 0.160 0.317 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.092 0.064 0.346 49 E 0.235 0.242 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.050 0.060 0.389 50 A 0.205 0.192 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.101 0.059 0.426 51 R 0.178 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.026 0.082 0.686 52 E 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.064 0.889 53 L 0.022 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.089 0.794 54 A 0.306 0.308 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.081 0.037 0.260 55 P 0.085 0.422 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.031 0.425 56 E 0.029 0.478 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.033 0.418 57 E 0.033 0.620 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.035 0.028 0.252 58 E 0.035 0.465 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.045 0.036 0.391 59 V 0.032 0.395 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.062 0.080 0.052 0.362 60 K 0.069 0.298 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.118 0.056 0.400 61 L 0.121 0.233 0.011 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.107 0.066 0.420 62 E 0.126 0.144 0.010 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.086 0.062 0.535 63 H 0.093 0.050 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.073 0.067 0.687 64 H 0.082 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.047 0.065 0.763 65 H 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.023 0.064 0.827 66 H 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.070 0.889 67 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.078 0.890 68 H 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.019 0.106 0.838