# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.120 0.003 0.016 0.019 0.018 0.105 0.006 0.001 0.035 0.668 2 D 0.095 0.806 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.007 0.001 0.012 0.060 3 A 0.118 0.703 0.008 0.005 0.003 0.003 0.017 0.006 0.002 0.034 0.102 4 K 0.074 0.493 0.004 0.007 0.012 0.029 0.055 0.008 0.002 0.041 0.275 5 F 0.129 0.401 0.006 0.021 0.028 0.049 0.062 0.018 0.002 0.078 0.205 6 L 0.147 0.145 0.010 0.067 0.052 0.071 0.122 0.014 0.003 0.125 0.245 7 E 0.036 0.067 0.004 0.115 0.093 0.263 0.091 0.006 0.001 0.057 0.267 8 I 0.025 0.009 0.003 0.075 0.087 0.149 0.095 0.002 0.001 0.053 0.501 9 L 0.007 0.005 0.003 0.116 0.205 0.243 0.089 0.002 0.001 0.044 0.285 10 V 0.023 0.011 0.003 0.063 0.073 0.134 0.096 0.003 0.002 0.060 0.533 11 C 0.086 0.003 0.004 0.049 0.120 0.132 0.117 0.019 0.003 0.100 0.367 12 P 0.099 0.003 0.004 0.053 0.026 0.058 0.093 0.004 0.003 0.063 0.595 13 L 0.085 0.001 0.001 0.028 0.020 0.037 0.093 0.002 0.001 0.028 0.704 14 C 0.026 0.001 0.001 0.031 0.042 0.049 0.110 0.003 0.001 0.024 0.714 15 K 0.015 0.004 0.001 0.018 0.015 0.023 0.126 0.002 0.001 0.016 0.780 16 G 0.020 0.003 0.001 0.026 0.125 0.127 0.146 0.027 0.001 0.048 0.477 17 P 0.038 0.020 0.001 0.073 0.061 0.113 0.124 0.003 0.001 0.038 0.527 18 L 0.015 0.008 0.001 0.083 0.110 0.252 0.071 0.002 0.001 0.039 0.420 19 V 0.015 0.010 0.001 0.082 0.138 0.187 0.090 0.001 0.001 0.061 0.414 20 F 0.004 0.007 0.003 0.071 0.075 0.116 0.115 0.002 0.002 0.029 0.578 21 D 0.286 0.060 0.005 0.025 0.058 0.054 0.067 0.008 0.006 0.070 0.361 22 K 0.211 0.043 0.006 0.013 0.008 0.011 0.072 0.005 0.003 0.058 0.569 23 S 0.087 0.078 0.002 0.006 0.007 0.013 0.076 0.007 0.001 0.028 0.694 24 K 0.189 0.173 0.003 0.011 0.014 0.018 0.068 0.012 0.001 0.036 0.476 25 D 0.092 0.141 0.001 0.019 0.069 0.091 0.095 0.015 0.001 0.039 0.435 26 E 0.040 0.063 0.002 0.035 0.093 0.168 0.084 0.003 0.001 0.036 0.476 27 L 0.021 0.025 0.005 0.063 0.148 0.146 0.116 0.002 0.002 0.041 0.432 28 I 0.070 0.043 0.005 0.058 0.101 0.133 0.116 0.006 0.003 0.047 0.418 29 C 0.258 0.036 0.008 0.031 0.031 0.057 0.085 0.009 0.006 0.052 0.427 30 K 0.110 0.050 0.004 0.021 0.020 0.043 0.079 0.009 0.002 0.045 0.617 31 G 0.069 0.023 0.006 0.019 0.028 0.063 0.107 0.006 0.002 0.049 0.627 32 D 0.031 0.022 0.002 0.039 0.146 0.224 0.080 0.008 0.001 0.047 0.401 33 R 0.043 0.007 0.001 0.040 0.086 0.137 0.083 0.002 0.001 0.050 0.549 34 L 0.007 0.005 0.001 0.055 0.257 0.230 0.062 0.002 0.001 0.025 0.357 35 A 0.008 0.005 0.001 0.030 0.066 0.098 0.080 0.001 0.001 0.019 0.692 36 F 0.007 0.003 0.001 0.020 0.320 0.248 0.067 0.004 0.001 0.026 0.303 37 P 0.046 0.023 0.015 0.044 0.040 0.069 0.100 0.003 0.011 0.049 0.601 38 I 0.338 0.020 0.009 0.013 0.046 0.064 0.046 0.034 0.006 0.074 0.351 39 K 0.596 0.008 0.001 0.006 0.006 0.007 0.034 0.003 0.001 0.036 0.304 40 D 0.014 0.005 0.001 0.034 0.018 0.041 0.106 0.001 0.001 0.013 0.766 41 G 0.011 0.013 0.001 0.033 0.017 0.021 0.086 0.001 0.001 0.015 0.801 42 I 0.016 0.009 0.001 0.067 0.336 0.092 0.110 0.015 0.001 0.042 0.313 43 P 0.014 0.017 0.001 0.212 0.057 0.106 0.093 0.002 0.001 0.035 0.464 44 M 0.009 0.004 0.001 0.200 0.168 0.212 0.056 0.001 0.001 0.045 0.305 45 M 0.002 0.008 0.002 0.342 0.072 0.089 0.084 0.001 0.001 0.023 0.377 46 L 0.077 0.077 0.006 0.143 0.099 0.103 0.077 0.010 0.005 0.051 0.351 47 E 0.278 0.158 0.005 0.055 0.015 0.020 0.065 0.018 0.003 0.064 0.319 48 S 0.145 0.193 0.007 0.015 0.012 0.023 0.075 0.008 0.005 0.050 0.468 49 E 0.135 0.201 0.013 0.019 0.032 0.062 0.090 0.013 0.005 0.041 0.390 50 A 0.179 0.094 0.002 0.013 0.036 0.058 0.079 0.023 0.001 0.040 0.475 51 R 0.180 0.023 0.001 0.013 0.048 0.049 0.075 0.003 0.001 0.041 0.567 52 E 0.004 0.011 0.001 0.017 0.024 0.046 0.111 0.001 0.001 0.010 0.775 53 L 0.004 0.038 0.003 0.013 0.026 0.033 0.097 0.002 0.001 0.010 0.772 54 A 0.354 0.367 0.004 0.004 0.013 0.008 0.034 0.029 0.003 0.036 0.147 55 P 0.159 0.528 0.003 0.003 0.001 0.002 0.025 0.007 0.001 0.036 0.234 56 E 0.117 0.542 0.006 0.004 0.003 0.006 0.031 0.005 0.002 0.024 0.260 57 E 0.119 0.520 0.003 0.007 0.013 0.018 0.040 0.010 0.001 0.032 0.237 58 E 0.111 0.313 0.005 0.007 0.027 0.037 0.063 0.011 0.002 0.046 0.379 59 V 0.088 0.263 0.005 0.011 0.042 0.043 0.069 0.006 0.002 0.029 0.441 60 K 0.071 0.285 0.009 0.007 0.025 0.042 0.075 0.008 0.006 0.023 0.447 61 L 0.219 0.234 0.011 0.005 0.014 0.022 0.053 0.017 0.004 0.032 0.388 62 E 0.167 0.180 0.005 0.008 0.017 0.035 0.054 0.011 0.003 0.047 0.474 63 H 0.067 0.078 0.010 0.009 0.012 0.033 0.066 0.004 0.003 0.042 0.675 64 H 0.094 0.031 0.008 0.016 0.027 0.042 0.068 0.005 0.002 0.055 0.653 65 H 0.095 0.007 0.001 0.009 0.023 0.023 0.075 0.003 0.001 0.049 0.714 66 H 0.028 0.004 0.001 0.010 0.014 0.016 0.091 0.001 0.001 0.024 0.811 67 H 0.021 0.005 0.001 0.011 0.011 0.014 0.120 0.003 0.001 0.020 0.795 68 H 0.044 0.006 0.001 0.010 0.022 0.021 0.153 0.011 0.001 0.038 0.694