# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.254 0.007 0.009 0.007 0.066 0.086 0.548 2 D 0.082 0.833 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.023 3 A 0.035 0.798 0.006 0.003 0.003 0.021 0.059 0.075 4 K 0.020 0.840 0.009 0.005 0.010 0.016 0.034 0.066 5 F 0.081 0.519 0.037 0.007 0.017 0.045 0.188 0.106 6 L 0.052 0.256 0.063 0.042 0.050 0.075 0.265 0.197 7 E 0.130 0.117 0.069 0.031 0.066 0.081 0.112 0.395 8 I 0.063 0.034 0.091 0.037 0.058 0.147 0.080 0.489 9 L 0.011 0.017 0.193 0.079 0.175 0.124 0.054 0.347 10 V 0.016 0.007 0.080 0.059 0.105 0.106 0.057 0.570 11 C 0.081 0.011 0.093 0.121 0.091 0.113 0.115 0.375 12 P 0.208 0.010 0.037 0.051 0.073 0.104 0.055 0.462 13 L 0.086 0.004 0.030 0.015 0.025 0.133 0.043 0.665 14 C 0.024 0.004 0.024 0.013 0.024 0.114 0.019 0.778 15 K 0.062 0.005 0.019 0.013 0.026 0.085 0.028 0.763 16 G 0.129 0.013 0.020 0.054 0.055 0.101 0.037 0.591 17 P 0.018 0.006 0.062 0.077 0.223 0.094 0.035 0.484 18 L 0.016 0.005 0.040 0.094 0.187 0.074 0.020 0.565 19 V 0.004 0.002 0.057 0.428 0.265 0.039 0.022 0.183 20 F 0.007 0.003 0.036 0.050 0.061 0.071 0.032 0.741 21 D 0.502 0.033 0.033 0.067 0.050 0.048 0.097 0.170 22 K 0.217 0.019 0.009 0.010 0.011 0.068 0.013 0.653 23 S 0.059 0.048 0.005 0.005 0.013 0.058 0.023 0.788 24 K 0.057 0.109 0.015 0.022 0.064 0.141 0.051 0.540 25 D 0.015 0.087 0.022 0.096 0.181 0.069 0.124 0.406 26 E 0.019 0.079 0.050 0.179 0.196 0.067 0.065 0.346 27 L 0.018 0.047 0.084 0.203 0.263 0.073 0.056 0.257 28 I 0.031 0.042 0.086 0.124 0.160 0.075 0.111 0.373 29 C 0.143 0.081 0.093 0.098 0.085 0.059 0.170 0.271 30 K 0.182 0.077 0.017 0.027 0.036 0.091 0.045 0.524 31 G 0.140 0.036 0.021 0.018 0.030 0.073 0.061 0.620 32 D 0.115 0.035 0.015 0.040 0.083 0.105 0.058 0.548 33 R 0.025 0.006 0.010 0.025 0.052 0.070 0.030 0.781 34 L 0.013 0.009 0.038 0.123 0.205 0.132 0.025 0.455 35 A 0.008 0.006 0.041 0.062 0.143 0.077 0.027 0.636 36 F 0.017 0.010 0.097 0.249 0.212 0.085 0.045 0.284 37 P 0.015 0.006 0.285 0.091 0.100 0.057 0.111 0.335 38 I 0.591 0.012 0.044 0.050 0.041 0.040 0.057 0.167 39 K 0.493 0.004 0.031 0.009 0.009 0.038 0.071 0.345 40 D 0.006 0.003 0.024 0.007 0.022 0.152 0.009 0.778 41 G 0.002 0.003 0.021 0.004 0.015 0.059 0.009 0.887 42 I 0.059 0.040 0.077 0.181 0.056 0.138 0.090 0.359 43 P 0.113 0.056 0.227 0.045 0.059 0.075 0.106 0.318 44 M 0.057 0.040 0.212 0.059 0.085 0.062 0.145 0.341 45 M 0.016 0.041 0.366 0.042 0.064 0.070 0.075 0.325 46 L 0.054 0.230 0.143 0.051 0.059 0.064 0.073 0.325 47 E 0.082 0.386 0.074 0.019 0.028 0.059 0.062 0.290 48 S 0.124 0.380 0.053 0.019 0.020 0.061 0.073 0.271 49 E 0.167 0.211 0.035 0.017 0.021 0.071 0.098 0.380 50 A 0.282 0.092 0.032 0.015 0.022 0.075 0.083 0.399 51 R 0.143 0.060 0.013 0.019 0.020 0.092 0.050 0.602 52 E 0.013 0.026 0.007 0.006 0.011 0.081 0.017 0.840 53 L 0.030 0.050 0.009 0.008 0.010 0.116 0.024 0.753 54 A 0.195 0.300 0.009 0.013 0.009 0.075 0.064 0.335 55 P 0.165 0.479 0.004 0.003 0.004 0.035 0.032 0.278 56 E 0.100 0.547 0.010 0.006 0.008 0.040 0.045 0.244 57 E 0.048 0.618 0.008 0.010 0.012 0.038 0.032 0.232 58 E 0.080 0.475 0.015 0.012 0.018 0.057 0.045 0.297 59 V 0.062 0.395 0.020 0.025 0.027 0.073 0.079 0.320 60 K 0.069 0.371 0.019 0.019 0.026 0.061 0.094 0.341 61 L 0.117 0.342 0.017 0.017 0.019 0.059 0.091 0.338 62 E 0.135 0.229 0.022 0.030 0.030 0.073 0.097 0.383 63 H 0.127 0.088 0.017 0.023 0.029 0.077 0.082 0.558 64 H 0.120 0.038 0.017 0.024 0.032 0.101 0.073 0.594 65 H 0.129 0.012 0.012 0.018 0.026 0.101 0.048 0.655 66 H 0.071 0.006 0.007 0.013 0.020 0.103 0.034 0.745 67 H 0.025 0.005 0.008 0.010 0.021 0.104 0.025 0.803 68 H 0.035 0.008 0.015 0.022 0.040 0.118 0.038 0.724