# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.013 0.108 0.699 2 D 0.071 0.031 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.010 0.141 0.690 3 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.977 4 K 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.488 0.472 5 F 0.183 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.477 0.298 6 L 0.258 0.543 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.007 0.173 7 E 0.050 0.618 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.014 0.050 0.202 8 I 0.213 0.496 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.029 0.009 0.194 9 L 0.151 0.524 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.037 0.096 0.032 0.009 0.124 10 V 0.033 0.264 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.045 0.009 0.274 0.026 0.021 0.279 11 C 0.043 0.112 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.011 0.002 0.014 0.002 0.001 0.327 0.020 0.040 0.346 12 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.011 0.974 13 L 0.036 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.018 0.112 0.671 14 C 0.286 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.018 0.092 0.476 15 K 0.125 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.023 0.110 0.620 16 G 0.034 0.007 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.007 0.236 0.619 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.017 0.001 0.001 0.002 0.012 0.062 0.307 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.060 0.061 0.112 0.003 0.060 0.278 19 V 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.039 0.725 0.046 0.040 0.001 0.024 0.085 20 F 0.018 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.043 0.010 0.043 0.003 0.001 0.227 0.006 0.088 0.532 21 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.069 0.824 0.010 0.026 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.008 0.031 22 K 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.010 0.109 0.655 23 S 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.014 0.640 0.240 24 K 0.215 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.091 0.354 0.300 25 D 0.057 0.097 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.073 0.282 0.444 26 E 0.148 0.005 0.345 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.020 0.205 0.208 27 L 0.019 0.010 0.001 0.004 0.018 0.145 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.139 0.034 0.383 0.002 0.040 0.189 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.904 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 0.001 0.004 0.015 29 C 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.014 0.491 0.011 0.015 0.004 0.002 0.002 0.254 0.001 0.028 0.151 30 K 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.009 0.108 0.513 31 G 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.014 0.469 0.397 32 D 0.221 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.034 0.242 0.431 33 R 0.239 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.054 0.146 0.392 34 L 0.119 0.045 0.143 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.014 0.265 0.276 35 A 0.079 0.051 0.013 0.005 0.021 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.301 0.012 0.078 0.397 36 F 0.027 0.030 0.002 0.001 0.022 0.101 0.465 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.159 0.003 0.023 0.138 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 38 I 0.014 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.040 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.600 0.004 0.034 0.268 39 K 0.012 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.225 0.002 0.113 0.469 40 D 0.023 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.006 0.061 0.659 41 G 0.122 0.051 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.029 0.059 0.505 42 I 0.431 0.021 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.013 0.058 0.330 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 M 0.011 0.009 0.002 0.003 0.153 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.271 0.005 0.065 0.434 45 M 0.082 0.091 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.006 0.103 0.508 46 L 0.107 0.124 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.014 0.064 0.416 47 E 0.076 0.113 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 0.008 0.064 0.487 48 S 0.013 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.005 0.185 0.685 49 E 0.089 0.131 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.213 0.528 50 A 0.148 0.474 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.049 0.299 51 R 0.226 0.515 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.014 0.018 0.198 52 E 0.144 0.557 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.008 0.250 53 L 0.298 0.393 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.054 0.006 0.204 54 A 0.102 0.213 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.025 0.118 0.509 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 E 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.094 0.874 57 E 0.212 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.157 0.553 58 E 0.083 0.420 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.029 0.442 59 V 0.049 0.572 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.005 0.026 0.284 60 K 0.044 0.556 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.008 0.028 0.304 61 L 0.044 0.583 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.013 0.020 0.272 62 E 0.044 0.527 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.016 0.034 0.303 63 H 0.083 0.371 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.020 0.031 0.441 64 H 0.124 0.408 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.022 0.032 0.359 65 H 0.160 0.334 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.027 0.034 0.382 66 H 0.109 0.249 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.025 0.041 0.500 67 H 0.091 0.107 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.022 0.056 0.655 68 H 0.106 0.065 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.019 0.073 0.666