# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.017 0.043 0.018 0.029 0.176 0.008 0.608 2 D 0.061 0.030 0.045 0.017 0.054 0.168 0.008 0.618 3 A 0.013 0.014 0.007 0.002 0.011 0.038 0.002 0.913 4 K 0.020 0.024 0.003 0.002 0.004 0.531 0.003 0.415 5 F 0.165 0.154 0.004 0.002 0.005 0.382 0.011 0.278 6 L 0.066 0.770 0.006 0.004 0.007 0.021 0.005 0.121 7 E 0.029 0.806 0.010 0.007 0.009 0.017 0.009 0.113 8 I 0.105 0.603 0.041 0.013 0.017 0.023 0.028 0.170 9 L 0.105 0.702 0.021 0.027 0.039 0.013 0.021 0.072 10 V 0.072 0.423 0.103 0.054 0.088 0.025 0.042 0.193 11 C 0.084 0.224 0.133 0.096 0.089 0.051 0.023 0.300 12 P 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.987 13 L 0.030 0.049 0.028 0.049 0.075 0.147 0.013 0.608 14 C 0.241 0.048 0.043 0.036 0.034 0.098 0.041 0.459 15 K 0.151 0.058 0.070 0.050 0.062 0.090 0.041 0.478 16 G 0.072 0.018 0.044 0.043 0.038 0.113 0.011 0.660 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 18 L 0.055 0.010 0.068 0.111 0.231 0.171 0.006 0.349 19 V 0.114 0.016 0.125 0.197 0.237 0.067 0.006 0.238 20 F 0.030 0.019 0.066 0.201 0.273 0.044 0.003 0.362 21 D 0.041 0.024 0.053 0.190 0.330 0.054 0.004 0.306 22 K 0.034 0.013 0.027 0.053 0.134 0.091 0.007 0.641 23 S 0.040 0.011 0.009 0.017 0.049 0.517 0.013 0.344 24 K 0.205 0.024 0.010 0.012 0.021 0.188 0.033 0.506 25 D 0.085 0.080 0.024 0.024 0.018 0.195 0.026 0.550 26 E 0.201 0.037 0.055 0.036 0.074 0.265 0.020 0.313 27 L 0.154 0.098 0.077 0.146 0.258 0.085 0.008 0.174 28 I 0.037 0.058 0.106 0.185 0.342 0.048 0.008 0.215 29 C 0.020 0.075 0.088 0.225 0.272 0.047 0.007 0.266 30 K 0.028 0.052 0.057 0.096 0.239 0.061 0.012 0.456 31 G 0.026 0.026 0.020 0.040 0.080 0.188 0.013 0.608 32 D 0.185 0.037 0.027 0.034 0.049 0.216 0.033 0.418 33 R 0.195 0.054 0.039 0.056 0.056 0.179 0.022 0.397 34 L 0.134 0.067 0.060 0.080 0.142 0.209 0.030 0.279 35 A 0.141 0.098 0.086 0.106 0.205 0.115 0.024 0.225 36 F 0.069 0.030 0.087 0.391 0.240 0.027 0.006 0.149 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 I 0.007 0.007 0.115 0.161 0.472 0.058 0.004 0.177 39 K 0.037 0.058 0.069 0.167 0.110 0.060 0.005 0.493 40 D 0.039 0.041 0.066 0.093 0.222 0.066 0.018 0.455 41 G 0.253 0.025 0.091 0.024 0.039 0.091 0.035 0.442 42 I 0.262 0.016 0.305 0.060 0.042 0.089 0.019 0.207 43 P 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.001 0.986 44 M 0.018 0.010 0.170 0.064 0.192 0.070 0.007 0.470 45 M 0.064 0.022 0.365 0.072 0.078 0.065 0.007 0.327 46 L 0.060 0.029 0.102 0.081 0.163 0.165 0.008 0.392 47 E 0.050 0.020 0.108 0.026 0.124 0.065 0.005 0.604 48 S 0.027 0.026 0.022 0.012 0.034 0.156 0.006 0.717 49 E 0.133 0.047 0.008 0.006 0.013 0.250 0.019 0.523 50 A 0.306 0.284 0.011 0.008 0.018 0.078 0.016 0.279 51 R 0.127 0.466 0.022 0.017 0.023 0.054 0.029 0.262 52 E 0.233 0.203 0.017 0.009 0.012 0.033 0.049 0.446 53 L 0.282 0.274 0.079 0.015 0.022 0.022 0.057 0.250 54 A 0.049 0.082 0.025 0.020 0.028 0.110 0.011 0.675 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 E 0.007 0.010 0.006 0.006 0.017 0.185 0.002 0.767 57 E 0.358 0.023 0.007 0.002 0.003 0.200 0.014 0.393 58 E 0.259 0.321 0.011 0.007 0.008 0.052 0.005 0.337 59 V 0.120 0.470 0.041 0.021 0.031 0.046 0.006 0.265 60 K 0.055 0.407 0.027 0.030 0.035 0.054 0.010 0.383 61 L 0.101 0.388 0.030 0.027 0.061 0.031 0.015 0.345 62 E 0.091 0.341 0.021 0.029 0.057 0.082 0.017 0.361 63 H 0.098 0.219 0.017 0.018 0.030 0.067 0.022 0.529 64 H 0.144 0.275 0.016 0.017 0.026 0.075 0.022 0.425 65 H 0.197 0.192 0.023 0.017 0.026 0.089 0.029 0.428 66 H 0.179 0.154 0.025 0.022 0.030 0.084 0.029 0.476 67 H 0.113 0.085 0.025 0.019 0.027 0.058 0.020 0.652 68 H 0.071 0.048 0.023 0.018 0.027 0.063 0.013 0.736