# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 D 0.004 0.006 0.001 0.018 0.002 0.004 0.965 3 A 0.001 0.001 0.045 0.727 0.040 0.143 0.042 4 K 0.001 0.001 0.039 0.766 0.017 0.141 0.037 5 F 0.001 0.001 0.039 0.868 0.010 0.050 0.030 6 L 0.002 0.001 0.019 0.914 0.015 0.017 0.032 7 E 0.006 0.001 0.033 0.900 0.023 0.019 0.017 8 I 0.013 0.002 0.056 0.867 0.008 0.045 0.008 9 L 0.084 0.020 0.039 0.668 0.020 0.136 0.032 10 V 0.170 0.033 0.022 0.409 0.049 0.203 0.114 11 C 0.127 0.010 0.010 0.055 0.193 0.034 0.571 12 P 0.079 0.014 0.080 0.086 0.121 0.257 0.363 13 L 0.053 0.018 0.103 0.032 0.200 0.333 0.262 14 C 0.072 0.029 0.061 0.009 0.246 0.235 0.347 15 K 0.045 0.007 0.025 0.007 0.452 0.144 0.320 16 G 0.104 0.007 0.013 0.010 0.508 0.061 0.297 17 P 0.317 0.013 0.022 0.021 0.105 0.083 0.440 18 L 0.710 0.019 0.009 0.015 0.028 0.016 0.203 19 V 0.877 0.011 0.002 0.012 0.010 0.005 0.083 20 F 0.866 0.023 0.002 0.009 0.016 0.006 0.078 21 D 0.518 0.016 0.008 0.015 0.056 0.025 0.362 22 K 0.083 0.003 0.095 0.059 0.126 0.569 0.065 23 S 0.061 0.008 0.106 0.028 0.090 0.633 0.074 24 K 0.052 0.010 0.159 0.021 0.162 0.480 0.116 25 D 0.117 0.007 0.071 0.022 0.281 0.336 0.166 26 E 0.584 0.030 0.047 0.031 0.108 0.063 0.137 27 L 0.741 0.044 0.019 0.026 0.041 0.025 0.104 28 I 0.726 0.045 0.011 0.025 0.044 0.026 0.123 29 C 0.415 0.020 0.012 0.012 0.067 0.025 0.449 30 K 0.045 0.004 0.110 0.046 0.104 0.603 0.088 31 G 0.016 0.004 0.136 0.025 0.098 0.655 0.067 32 D 0.039 0.011 0.228 0.025 0.155 0.379 0.163 33 R 0.075 0.019 0.179 0.029 0.120 0.448 0.130 34 L 0.311 0.037 0.081 0.019 0.124 0.139 0.290 35 A 0.481 0.061 0.053 0.019 0.103 0.068 0.215 36 F 0.476 0.015 0.009 0.014 0.205 0.011 0.270 37 P 0.397 0.034 0.008 0.008 0.041 0.018 0.494 38 I 0.192 0.034 0.031 0.025 0.079 0.085 0.552 39 K 0.157 0.021 0.041 0.032 0.145 0.158 0.446 40 D 0.027 0.003 0.045 0.042 0.192 0.625 0.066 41 G 0.034 0.002 0.026 0.031 0.176 0.617 0.114 42 I 0.183 0.019 0.013 0.030 0.109 0.014 0.632 43 P 0.504 0.081 0.013 0.028 0.028 0.012 0.334 44 M 0.572 0.033 0.036 0.050 0.058 0.038 0.213 45 M 0.441 0.050 0.042 0.038 0.063 0.037 0.329 46 L 0.241 0.022 0.058 0.049 0.061 0.030 0.538 47 E 0.086 0.007 0.242 0.184 0.064 0.108 0.307 48 S 0.045 0.004 0.339 0.347 0.073 0.125 0.068 49 E 0.034 0.008 0.356 0.359 0.028 0.149 0.066 50 A 0.054 0.018 0.263 0.356 0.045 0.124 0.141 51 R 0.089 0.015 0.146 0.360 0.077 0.139 0.173 52 E 0.096 0.019 0.084 0.306 0.093 0.157 0.245 53 L 0.041 0.020 0.012 0.140 0.174 0.047 0.566 54 A 0.007 0.003 0.001 0.010 0.044 0.004 0.931 55 P 0.003 0.002 0.067 0.456 0.062 0.288 0.122 56 E 0.006 0.002 0.105 0.427 0.082 0.320 0.059 57 E 0.026 0.005 0.110 0.516 0.087 0.081 0.174 58 E 0.069 0.019 0.031 0.584 0.035 0.043 0.219 59 V 0.133 0.025 0.027 0.535 0.064 0.041 0.175 60 K 0.120 0.016 0.030 0.485 0.044 0.077 0.228 61 L 0.073 0.012 0.050 0.446 0.057 0.076 0.287 62 E 0.068 0.009 0.081 0.319 0.075 0.101 0.348 63 H 0.047 0.007 0.128 0.278 0.087 0.187 0.267 64 H 0.035 0.009 0.089 0.251 0.111 0.172 0.333 65 H 0.030 0.012 0.083 0.179 0.183 0.162 0.350 66 H 0.030 0.012 0.048 0.102 0.187 0.262 0.359 67 H 0.017 0.009 0.013 0.024 0.031 0.079 0.827 68 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993