# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.288 0.158 0.027 0.148 0.024 0.044 0.060 0.044 0.099 0.048 2 D 0.125 0.366 0.120 0.002 0.332 0.001 0.002 0.007 0.004 0.009 0.033 3 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.363 0.603 0.016 0.001 4 K 0.001 0.012 0.008 0.001 0.002 0.001 0.013 0.727 0.162 0.071 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.798 0.161 0.034 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.877 0.114 0.003 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.858 0.121 0.009 0.001 8 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.016 0.809 0.130 0.026 0.001 9 L 0.010 0.010 0.001 0.001 0.019 0.001 0.024 0.784 0.101 0.044 0.006 10 V 0.020 0.043 0.010 0.004 0.054 0.009 0.091 0.180 0.103 0.453 0.034 11 C 0.072 0.314 0.074 0.002 0.435 0.001 0.006 0.036 0.018 0.015 0.027 12 P 0.020 0.125 0.040 0.003 0.055 0.007 0.047 0.371 0.308 0.018 0.006 13 L 0.042 0.033 0.017 0.006 0.049 0.015 0.153 0.271 0.177 0.211 0.027 14 C 0.088 0.287 0.117 0.031 0.218 0.038 0.075 0.044 0.024 0.054 0.025 15 K 0.039 0.045 0.075 0.189 0.027 0.070 0.074 0.061 0.065 0.236 0.120 16 G 0.009 0.149 0.411 0.259 0.033 0.039 0.012 0.026 0.020 0.034 0.008 17 P 0.078 0.283 0.089 0.009 0.311 0.009 0.026 0.063 0.066 0.047 0.020 18 L 0.235 0.160 0.024 0.001 0.452 0.003 0.009 0.025 0.018 0.017 0.055 19 V 0.217 0.177 0.041 0.002 0.471 0.003 0.010 0.017 0.007 0.020 0.035 20 F 0.134 0.299 0.077 0.014 0.312 0.018 0.016 0.028 0.015 0.046 0.040 21 D 0.117 0.232 0.110 0.008 0.466 0.003 0.004 0.015 0.007 0.013 0.025 22 K 0.019 0.026 0.032 0.006 0.014 0.004 0.017 0.422 0.393 0.053 0.014 23 S 0.008 0.071 0.057 0.021 0.018 0.020 0.135 0.447 0.166 0.049 0.007 24 K 0.017 0.645 0.068 0.021 0.108 0.006 0.011 0.035 0.030 0.041 0.019 25 D 0.031 0.011 0.006 0.005 0.015 0.008 0.018 0.071 0.122 0.507 0.205 26 E 0.056 0.382 0.090 0.003 0.301 0.002 0.007 0.061 0.058 0.030 0.010 27 L 0.396 0.088 0.011 0.001 0.413 0.001 0.003 0.013 0.009 0.012 0.052 28 I 0.171 0.171 0.065 0.026 0.317 0.019 0.034 0.026 0.021 0.055 0.094 29 C 0.162 0.270 0.146 0.011 0.319 0.003 0.003 0.014 0.008 0.022 0.041 30 K 0.036 0.086 0.126 0.057 0.040 0.047 0.094 0.242 0.171 0.077 0.025 31 G 0.025 0.079 0.093 0.114 0.036 0.068 0.064 0.163 0.108 0.203 0.046 32 D 0.056 0.396 0.069 0.011 0.247 0.006 0.014 0.058 0.053 0.067 0.023 33 R 0.137 0.037 0.019 0.010 0.107 0.031 0.046 0.131 0.154 0.223 0.106 34 L 0.150 0.181 0.044 0.009 0.425 0.010 0.021 0.055 0.032 0.040 0.032 35 A 0.264 0.115 0.031 0.008 0.376 0.006 0.023 0.026 0.023 0.061 0.068 36 F 0.059 0.449 0.153 0.007 0.296 0.002 0.003 0.009 0.003 0.005 0.013 37 P 0.101 0.419 0.063 0.002 0.361 0.001 0.003 0.014 0.005 0.011 0.021 38 I 0.265 0.124 0.052 0.023 0.243 0.025 0.031 0.066 0.043 0.043 0.085 39 K 0.010 0.045 0.129 0.200 0.024 0.239 0.100 0.166 0.061 0.021 0.005 40 D 0.011 0.078 0.105 0.176 0.025 0.060 0.198 0.211 0.065 0.059 0.014 41 G 0.014 0.034 0.075 0.108 0.016 0.025 0.007 0.023 0.043 0.591 0.064 42 I 0.015 0.602 0.162 0.005 0.181 0.002 0.003 0.019 0.007 0.003 0.002 43 P 0.161 0.219 0.027 0.002 0.491 0.004 0.012 0.038 0.009 0.005 0.032 44 M 0.179 0.154 0.039 0.010 0.334 0.019 0.061 0.081 0.039 0.032 0.051 45 M 0.137 0.232 0.102 0.016 0.267 0.012 0.023 0.091 0.030 0.043 0.049 46 L 0.027 0.529 0.221 0.015 0.103 0.003 0.005 0.047 0.016 0.023 0.011 47 E 0.029 0.125 0.052 0.015 0.064 0.022 0.056 0.363 0.200 0.055 0.018 48 S 0.014 0.083 0.051 0.014 0.036 0.021 0.063 0.466 0.198 0.041 0.013 49 E 0.024 0.018 0.007 0.007 0.022 0.011 0.042 0.358 0.209 0.271 0.031 50 A 0.040 0.107 0.038 0.013 0.073 0.015 0.034 0.338 0.211 0.107 0.024 51 R 0.011 0.215 0.113 0.026 0.072 0.031 0.061 0.291 0.132 0.039 0.008 52 E 0.074 0.115 0.047 0.003 0.130 0.006 0.064 0.185 0.107 0.215 0.052 53 L 0.073 0.365 0.131 0.009 0.208 0.008 0.030 0.047 0.030 0.057 0.044 54 A 0.018 0.578 0.253 0.004 0.123 0.001 0.002 0.011 0.003 0.003 0.004 55 P 0.004 0.020 0.010 0.001 0.010 0.002 0.009 0.516 0.407 0.019 0.002 56 E 0.004 0.014 0.007 0.002 0.007 0.003 0.017 0.666 0.222 0.054 0.005 57 E 0.007 0.029 0.006 0.001 0.019 0.002 0.012 0.671 0.165 0.085 0.004 58 E 0.022 0.014 0.004 0.001 0.026 0.003 0.012 0.721 0.125 0.059 0.012 59 V 0.024 0.122 0.027 0.004 0.079 0.008 0.023 0.534 0.111 0.055 0.012 60 K 0.061 0.098 0.036 0.004 0.123 0.005 0.023 0.474 0.069 0.083 0.023 61 L 0.056 0.086 0.026 0.005 0.080 0.005 0.019 0.514 0.124 0.064 0.020 62 E 0.022 0.068 0.034 0.019 0.051 0.022 0.052 0.558 0.127 0.035 0.010 63 H 0.046 0.064 0.023 0.012 0.073 0.013 0.056 0.462 0.147 0.080 0.023 64 H 0.050 0.064 0.028 0.012 0.079 0.017 0.055 0.364 0.161 0.138 0.031 65 H 0.075 0.104 0.040 0.015 0.113 0.020 0.050 0.276 0.143 0.125 0.037 66 H 0.082 0.122 0.052 0.023 0.134 0.023 0.052 0.227 0.122 0.122 0.042 67 H 0.079 0.119 0.057 0.026 0.127 0.026 0.054 0.192 0.122 0.145 0.052 68 H 0.100 0.168 0.078 0.023 0.173 0.018 0.037 0.157 0.090 0.106 0.050