# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.0548 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.254 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.042 0.061 0.615 2 D 0.021 0.854 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.004 0.041 3 A 0.011 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.003 0.040 4 K 0.007 0.864 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.010 0.080 5 F 0.044 0.742 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.071 0.017 0.095 6 L 0.096 0.527 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.124 0.028 0.151 7 E 0.212 0.283 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.052 0.050 0.386 8 I 0.201 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.064 0.105 0.551 9 L 0.007 0.078 0.011 0.004 0.002 0.002 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.056 0.217 0.566 10 V 0.047 0.052 0.004 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.042 0.113 0.686 11 C 0.172 0.044 0.038 0.001 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.158 0.083 0.453 12 P 0.130 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.050 0.130 0.604 13 L 0.118 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.034 0.109 0.652 14 C 0.006 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.042 0.135 0.726 15 K 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.023 0.101 0.806 16 G 0.059 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.012 0.064 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.107 0.060 0.111 0.497 17 P 0.039 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.044 0.102 0.607 18 L 0.021 0.030 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 0.005 0.001 0.002 0.002 0.024 0.009 0.024 0.002 0.194 0.030 0.075 0.561 19 V 0.017 0.006 0.001 0.001 0.015 0.047 0.555 0.043 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.005 0.097 0.039 0.021 0.137 20 F 0.009 0.010 0.001 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.031 0.053 0.739 21 D 0.158 0.036 0.013 0.002 0.067 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.185 0.045 0.440 22 K 0.056 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.013 0.071 0.795 23 S 0.105 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.018 0.068 0.742 24 K 0.051 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.056 0.137 0.674 25 D 0.011 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.353 0.067 0.086 0.398 26 E 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.004 0.684 0.009 0.010 0.005 0.004 0.002 0.090 0.025 0.016 0.108 27 L 0.003 0.010 0.002 0.001 0.058 0.102 0.497 0.017 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.005 0.001 0.002 0.103 0.020 0.031 0.136 28 I 0.002 0.004 0.001 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.010 0.576 0.004 0.207 0.006 0.015 0.133 29 C 0.277 0.134 0.057 0.002 0.019 0.003 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.024 0.040 0.149 0.030 0.243 30 K 0.159 0.052 0.004 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.038 0.070 0.610 31 G 0.059 0.033 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.022 0.067 0.777 32 D 0.109 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.057 0.084 0.580 33 R 0.056 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.120 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.042 0.074 0.571 34 L 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.005 0.504 0.002 0.043 0.002 0.009 0.003 0.122 0.025 0.040 0.219 35 A 0.005 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.023 0.001 0.002 0.096 0.022 0.113 0.682 36 F 0.011 0.015 0.001 0.009 0.001 0.096 0.001 0.003 0.004 0.003 0.012 0.001 0.023 0.013 0.229 0.009 0.155 0.047 0.068 0.298 37 P 0.083 0.036 0.032 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.050 0.246 0.071 0.460 38 I 0.269 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.049 0.081 0.519 39 K 0.157 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.034 0.104 0.649 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.011 0.119 0.806 41 G 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.017 0.128 0.805 42 I 0.033 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.161 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.073 0.057 0.103 0.440 43 P 0.173 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.058 0.091 0.513 44 M 0.064 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.039 0.007 0.001 0.119 0.123 0.102 0.490 45 M 0.014 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.003 0.192 0.089 0.119 0.502 46 L 0.147 0.508 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.056 0.036 0.214 47 E 0.135 0.573 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.065 0.027 0.182 48 S 0.104 0.386 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.090 0.057 0.347 49 E 0.200 0.327 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.047 0.048 0.354 50 A 0.223 0.240 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.111 0.045 0.368 51 R 0.180 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.021 0.073 0.701 52 E 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.061 0.901 53 L 0.032 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.090 0.792 54 A 0.423 0.112 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.092 0.044 0.318 55 P 0.131 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.045 0.704 56 E 0.059 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 0.048 0.817 57 E 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.055 0.023 0.075 0.787 58 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.013 0.056 0.897 59 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.018 0.077 0.850 60 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.014 0.077 0.870