# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.0548 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.208 0.005 0.023 0.018 0.018 0.085 0.005 0.001 0.048 0.579 2 D 0.070 0.819 0.001 0.002 0.003 0.004 0.012 0.009 0.001 0.018 0.062 3 A 0.067 0.746 0.016 0.005 0.002 0.002 0.013 0.006 0.003 0.045 0.096 4 K 0.059 0.594 0.006 0.005 0.008 0.021 0.040 0.008 0.002 0.046 0.211 5 F 0.117 0.488 0.007 0.012 0.016 0.028 0.045 0.013 0.002 0.081 0.190 6 L 0.148 0.208 0.013 0.049 0.031 0.044 0.109 0.017 0.004 0.158 0.219 7 E 0.061 0.119 0.006 0.112 0.052 0.146 0.106 0.009 0.002 0.086 0.302 8 I 0.035 0.014 0.004 0.061 0.053 0.084 0.117 0.002 0.001 0.057 0.572 9 L 0.011 0.008 0.003 0.127 0.136 0.168 0.126 0.003 0.001 0.052 0.366 10 V 0.026 0.013 0.004 0.062 0.045 0.090 0.110 0.003 0.002 0.060 0.584 11 C 0.104 0.004 0.005 0.049 0.098 0.112 0.126 0.022 0.003 0.105 0.371 12 P 0.119 0.004 0.004 0.047 0.020 0.049 0.091 0.005 0.003 0.063 0.596 13 L 0.097 0.001 0.001 0.027 0.017 0.033 0.088 0.002 0.001 0.028 0.704 14 C 0.027 0.001 0.001 0.028 0.036 0.042 0.108 0.002 0.001 0.022 0.733 15 K 0.015 0.005 0.001 0.016 0.014 0.022 0.124 0.003 0.001 0.014 0.785 16 G 0.024 0.005 0.001 0.022 0.118 0.114 0.148 0.031 0.001 0.044 0.493 17 P 0.042 0.029 0.001 0.069 0.064 0.116 0.120 0.004 0.001 0.039 0.515 18 L 0.017 0.014 0.001 0.084 0.104 0.253 0.071 0.002 0.001 0.042 0.413 19 V 0.020 0.014 0.002 0.081 0.145 0.188 0.085 0.001 0.001 0.066 0.398 20 F 0.007 0.011 0.003 0.071 0.086 0.121 0.108 0.002 0.002 0.032 0.557 21 D 0.221 0.065 0.006 0.027 0.067 0.067 0.070 0.008 0.005 0.066 0.400 22 K 0.195 0.053 0.006 0.015 0.011 0.014 0.074 0.006 0.004 0.054 0.568 23 S 0.108 0.113 0.003 0.007 0.009 0.016 0.073 0.009 0.001 0.031 0.629 24 K 0.172 0.196 0.004 0.011 0.016 0.020 0.065 0.011 0.001 0.034 0.471 25 D 0.079 0.163 0.002 0.021 0.072 0.097 0.088 0.014 0.001 0.035 0.429 26 E 0.046 0.085 0.002 0.037 0.093 0.158 0.081 0.004 0.001 0.039 0.454 27 L 0.029 0.033 0.006 0.063 0.142 0.136 0.111 0.003 0.002 0.044 0.433 28 I 0.074 0.046 0.005 0.057 0.097 0.131 0.112 0.006 0.003 0.046 0.423 29 C 0.206 0.038 0.008 0.032 0.034 0.063 0.088 0.008 0.006 0.048 0.469 30 K 0.107 0.055 0.005 0.022 0.023 0.047 0.080 0.010 0.002 0.042 0.606 31 G 0.074 0.025 0.006 0.018 0.032 0.066 0.104 0.006 0.002 0.050 0.617 32 D 0.038 0.027 0.002 0.037 0.127 0.200 0.081 0.009 0.001 0.048 0.432 33 R 0.051 0.010 0.001 0.039 0.075 0.118 0.086 0.002 0.001 0.047 0.569 34 L 0.008 0.007 0.001 0.053 0.239 0.220 0.067 0.002 0.001 0.025 0.378 35 A 0.009 0.007 0.001 0.027 0.064 0.092 0.080 0.001 0.001 0.019 0.699 36 F 0.008 0.005 0.001 0.020 0.314 0.241 0.072 0.005 0.001 0.027 0.307 37 P 0.051 0.032 0.019 0.039 0.038 0.068 0.100 0.003 0.014 0.049 0.586 38 I 0.378 0.026 0.009 0.011 0.040 0.055 0.041 0.033 0.006 0.071 0.331 39 K 0.607 0.009 0.001 0.005 0.005 0.007 0.032 0.003 0.001 0.036 0.295 40 D 0.014 0.005 0.002 0.029 0.015 0.035 0.103 0.001 0.001 0.013 0.783 41 G 0.011 0.018 0.001 0.029 0.016 0.019 0.085 0.001 0.001 0.014 0.805 42 I 0.017 0.012 0.001 0.059 0.334 0.086 0.113 0.015 0.001 0.040 0.323 43 P 0.015 0.032 0.001 0.190 0.063 0.115 0.093 0.003 0.001 0.035 0.454 44 M 0.013 0.010 0.001 0.200 0.160 0.203 0.055 0.001 0.001 0.050 0.306 45 M 0.004 0.016 0.002 0.337 0.082 0.086 0.080 0.001 0.001 0.031 0.360 46 L 0.067 0.141 0.007 0.139 0.096 0.104 0.068 0.012 0.004 0.048 0.314 47 E 0.222 0.208 0.005 0.064 0.022 0.028 0.056 0.017 0.003 0.060 0.314 48 S 0.095 0.283 0.009 0.018 0.018 0.035 0.073 0.009 0.007 0.060 0.394 49 E 0.160 0.275 0.017 0.015 0.031 0.060 0.073 0.018 0.008 0.049 0.294 50 A 0.225 0.131 0.004 0.012 0.033 0.051 0.066 0.033 0.003 0.043 0.398 51 R 0.192 0.027 0.001 0.013 0.043 0.056 0.070 0.003 0.001 0.038 0.557 52 E 0.004 0.014 0.001 0.018 0.022 0.049 0.096 0.001 0.001 0.011 0.785 53 L 0.004 0.029 0.005 0.012 0.030 0.042 0.097 0.002 0.002 0.010 0.765 54 A 0.519 0.169 0.006 0.004 0.015 0.010 0.035 0.027 0.005 0.057 0.153 55 P 0.306 0.205 0.005 0.004 0.002 0.003 0.039 0.012 0.002 0.063 0.359 56 E 0.211 0.102 0.005 0.007 0.004 0.012 0.052 0.004 0.001 0.032 0.571 57 E 0.098 0.041 0.003 0.020 0.036 0.056 0.080 0.003 0.001 0.042 0.622 58 E 0.026 0.018 0.001 0.013 0.037 0.051 0.103 0.002 0.001 0.031 0.717 59 V 0.062 0.016 0.002 0.016 0.060 0.037 0.095 0.006 0.001 0.030 0.675 60 K 0.101 0.019 0.001 0.011 0.032 0.031 0.133 0.008 0.001 0.029 0.634