# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.0548 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.449 0.107 0.154 0.173 0.041 0.035 0.018 0.004 0.014 0.004 0.001 2 D 0.382 0.046 0.291 0.025 0.014 0.168 0.009 0.001 0.059 0.003 0.001 3 A 0.975 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.962 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.869 0.001 0.004 0.121 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.907 0.011 0.028 0.030 0.002 0.005 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 7 E 0.940 0.015 0.015 0.020 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.881 0.043 0.030 0.036 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 L 0.778 0.062 0.057 0.080 0.004 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 10 V 0.313 0.212 0.097 0.287 0.032 0.022 0.010 0.003 0.021 0.004 0.001 11 C 0.052 0.150 0.321 0.004 0.044 0.026 0.023 0.001 0.371 0.009 0.001 12 P 0.710 0.002 0.194 0.019 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 13 L 0.485 0.066 0.136 0.229 0.016 0.033 0.010 0.004 0.019 0.001 0.001 14 C 0.190 0.193 0.219 0.251 0.067 0.035 0.017 0.006 0.015 0.005 0.002 15 K 0.133 0.074 0.140 0.248 0.031 0.048 0.238 0.023 0.057 0.006 0.001 16 G 0.041 0.103 0.341 0.005 0.268 0.002 0.012 0.026 0.012 0.190 0.001 17 P 0.087 0.019 0.627 0.019 0.001 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.188 18 L 0.033 0.409 0.427 0.021 0.035 0.050 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 19 V 0.027 0.799 0.074 0.018 0.026 0.023 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 20 F 0.040 0.417 0.423 0.020 0.020 0.056 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 21 D 0.034 0.283 0.249 0.030 0.060 0.191 0.023 0.002 0.124 0.002 0.001 22 K 0.553 0.093 0.107 0.145 0.032 0.018 0.024 0.007 0.013 0.006 0.001 23 S 0.415 0.086 0.170 0.217 0.024 0.021 0.025 0.015 0.018 0.008 0.001 24 K 0.486 0.065 0.116 0.197 0.025 0.013 0.063 0.014 0.009 0.012 0.001 25 D 0.201 0.044 0.093 0.157 0.018 0.043 0.394 0.023 0.023 0.003 0.001 26 E 0.264 0.363 0.211 0.076 0.030 0.022 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 27 L 0.156 0.254 0.452 0.039 0.015 0.064 0.004 0.001 0.014 0.001 0.002 28 I 0.107 0.530 0.156 0.088 0.049 0.040 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 29 C 0.038 0.325 0.359 0.021 0.146 0.047 0.005 0.001 0.053 0.005 0.001 30 K 0.646 0.040 0.112 0.149 0.011 0.015 0.010 0.005 0.007 0.003 0.001 31 G 0.494 0.020 0.065 0.081 0.039 0.004 0.054 0.127 0.005 0.111 0.001 32 D 0.420 0.042 0.130 0.304 0.017 0.023 0.040 0.009 0.010 0.002 0.002 33 R 0.318 0.144 0.157 0.139 0.050 0.023 0.113 0.027 0.022 0.006 0.001 34 L 0.208 0.304 0.322 0.089 0.040 0.021 0.005 0.002 0.007 0.002 0.001 35 A 0.165 0.383 0.203 0.131 0.055 0.023 0.015 0.003 0.018 0.003 0.001 36 F 0.007 0.604 0.187 0.001 0.073 0.011 0.004 0.001 0.112 0.001 0.001 37 P 0.024 0.034 0.871 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 38 I 0.107 0.309 0.464 0.019 0.016 0.066 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 39 K 0.526 0.270 0.070 0.067 0.015 0.019 0.004 0.001 0.025 0.002 0.001 40 D 0.079 0.057 0.199 0.341 0.041 0.014 0.241 0.003 0.020 0.003 0.001 41 G 0.003 0.001 0.009 0.004 0.011 0.001 0.033 0.874 0.001 0.065 0.001 42 I 0.010 0.360 0.552 0.003 0.012 0.020 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 43 P 0.028 0.023 0.904 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 44 M 0.082 0.602 0.170 0.020 0.048 0.043 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 45 M 0.039 0.324 0.449 0.018 0.028 0.098 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 46 L 0.021 0.147 0.539 0.012 0.028 0.183 0.002 0.001 0.064 0.002 0.001 47 E 0.691 0.030 0.215 0.025 0.010 0.020 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 48 S 0.958 0.002 0.009 0.025 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 49 E 0.907 0.002 0.004 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.837 0.012 0.072 0.060 0.003 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 51 R 0.852 0.036 0.056 0.033 0.007 0.005 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 52 E 0.795 0.025 0.114 0.053 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 53 L 0.438 0.096 0.188 0.239 0.005 0.020 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 54 A 0.036 0.105 0.647 0.003 0.019 0.029 0.008 0.001 0.146 0.005 0.001 55 P 0.822 0.001 0.152 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 56 E 0.700 0.007 0.045 0.217 0.004 0.005 0.005 0.013 0.002 0.001 0.001 57 E 0.469 0.063 0.306 0.101 0.017 0.016 0.009 0.002 0.015 0.002 0.001 58 E 0.529 0.058 0.219 0.124 0.009 0.030 0.015 0.003 0.011 0.001 0.002 59 V 0.265 0.212 0.286 0.152 0.019 0.039 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 60 K 0.293 0.178 0.265 0.089 0.071 0.027 0.025 0.011 0.020 0.020 0.001