# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.003 0.002 0.036 0.057 0.899 2 D 0.006 0.003 0.001 0.049 0.071 0.870 3 A 0.003 0.001 0.029 0.779 0.076 0.112 4 K 0.010 0.002 0.088 0.651 0.164 0.085 5 F 0.020 0.003 0.144 0.615 0.173 0.044 6 L 0.058 0.003 0.090 0.490 0.257 0.103 7 E 0.082 0.007 0.054 0.579 0.167 0.111 8 I 0.156 0.005 0.022 0.622 0.089 0.106 9 L 0.166 0.015 0.009 0.599 0.067 0.143 10 V 0.210 0.031 0.009 0.366 0.084 0.301 11 C 0.102 0.012 0.014 0.092 0.220 0.561 12 P 0.073 0.004 0.020 0.029 0.376 0.499 13 L 0.209 0.025 0.038 0.019 0.324 0.385 14 C 0.160 0.037 0.025 0.029 0.433 0.315 15 K 0.141 0.015 0.043 0.042 0.404 0.355 16 G 0.135 0.008 0.031 0.020 0.340 0.467 17 P 0.359 0.016 0.054 0.026 0.247 0.298 18 L 0.655 0.019 0.049 0.025 0.109 0.143 19 V 0.774 0.023 0.015 0.022 0.060 0.107 20 F 0.759 0.022 0.009 0.026 0.045 0.138 21 D 0.483 0.019 0.012 0.026 0.269 0.191 22 K 0.073 0.007 0.159 0.072 0.575 0.114 23 S 0.038 0.006 0.161 0.057 0.641 0.097 24 K 0.023 0.003 0.181 0.052 0.676 0.065 25 D 0.058 0.006 0.075 0.052 0.524 0.285 26 E 0.338 0.039 0.044 0.078 0.239 0.261 27 L 0.576 0.038 0.026 0.085 0.138 0.137 28 I 0.683 0.034 0.011 0.063 0.074 0.135 29 C 0.405 0.024 0.011 0.062 0.277 0.221 30 K 0.093 0.007 0.043 0.074 0.550 0.232 31 G 0.057 0.007 0.064 0.040 0.611 0.220 32 D 0.079 0.014 0.119 0.029 0.599 0.160 33 R 0.156 0.015 0.132 0.030 0.404 0.263 34 L 0.349 0.031 0.054 0.037 0.234 0.295 35 A 0.509 0.032 0.030 0.038 0.150 0.241 36 F 0.603 0.015 0.012 0.014 0.089 0.266 37 P 0.546 0.033 0.012 0.012 0.120 0.278 38 I 0.343 0.054 0.039 0.018 0.399 0.148 39 K 0.161 0.019 0.050 0.022 0.649 0.099 40 D 0.042 0.004 0.076 0.053 0.729 0.097 41 G 0.074 0.017 0.039 0.061 0.669 0.140 42 I 0.263 0.028 0.020 0.079 0.249 0.361 43 P 0.441 0.020 0.046 0.089 0.159 0.244 44 M 0.552 0.026 0.062 0.109 0.084 0.166 45 M 0.486 0.041 0.066 0.144 0.078 0.186 46 L 0.320 0.029 0.053 0.280 0.106 0.213 47 E 0.042 0.003 0.126 0.650 0.095 0.084 48 S 0.021 0.003 0.187 0.604 0.133 0.052 49 E 0.010 0.003 0.192 0.660 0.106 0.028 50 A 0.008 0.006 0.156 0.696 0.090 0.044 51 R 0.008 0.002 0.110 0.753 0.078 0.048 52 E 0.009 0.005 0.040 0.626 0.131 0.189 53 L 0.010 0.013 0.013 0.366 0.126 0.472 54 A 0.010 0.007 0.006 0.037 0.307 0.634 55 P 0.003 0.002 0.149 0.253 0.368 0.223 56 E 0.007 0.001 0.364 0.207 0.327 0.094 57 E 0.026 0.005 0.412 0.216 0.242 0.099 58 E 0.059 0.015 0.106 0.235 0.137 0.448 59 V 0.040 0.023 0.019 0.175 0.067 0.675 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990