# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.129 0.003 0.016 0.020 0.018 0.103 0.006 0.001 0.035 0.659 2 D 0.093 0.808 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.007 0.001 0.011 0.063 3 A 0.103 0.721 0.007 0.005 0.003 0.003 0.016 0.006 0.002 0.032 0.103 4 K 0.070 0.513 0.005 0.007 0.011 0.026 0.052 0.008 0.002 0.044 0.264 5 F 0.136 0.434 0.007 0.019 0.025 0.042 0.056 0.018 0.002 0.073 0.187 6 L 0.160 0.159 0.011 0.062 0.047 0.066 0.115 0.015 0.004 0.115 0.247 7 E 0.043 0.078 0.004 0.104 0.086 0.240 0.094 0.007 0.001 0.053 0.290 8 I 0.028 0.011 0.003 0.069 0.078 0.139 0.097 0.002 0.001 0.051 0.521 9 L 0.008 0.006 0.003 0.100 0.196 0.231 0.097 0.002 0.001 0.042 0.313 10 V 0.022 0.012 0.003 0.057 0.068 0.127 0.097 0.003 0.002 0.053 0.557 11 C 0.093 0.004 0.004 0.044 0.117 0.128 0.114 0.022 0.003 0.100 0.371 12 P 0.117 0.003 0.004 0.050 0.025 0.057 0.087 0.005 0.003 0.066 0.583 13 L 0.086 0.001 0.001 0.027 0.018 0.036 0.087 0.001 0.001 0.027 0.715 14 C 0.024 0.001 0.001 0.029 0.041 0.047 0.105 0.002 0.001 0.022 0.729 15 K 0.014 0.004 0.001 0.017 0.015 0.023 0.125 0.002 0.001 0.014 0.784 16 G 0.019 0.003 0.001 0.023 0.128 0.126 0.147 0.029 0.001 0.045 0.479 17 P 0.040 0.023 0.001 0.072 0.060 0.112 0.121 0.003 0.001 0.038 0.528 18 L 0.015 0.010 0.001 0.083 0.111 0.260 0.067 0.002 0.001 0.040 0.410 19 V 0.017 0.011 0.001 0.079 0.143 0.188 0.085 0.001 0.001 0.065 0.409 20 F 0.005 0.008 0.003 0.073 0.092 0.131 0.107 0.002 0.001 0.031 0.548 21 D 0.259 0.065 0.005 0.027 0.069 0.067 0.066 0.007 0.005 0.070 0.358 22 K 0.199 0.047 0.006 0.015 0.012 0.015 0.073 0.006 0.004 0.056 0.566 23 S 0.088 0.090 0.002 0.007 0.009 0.017 0.076 0.008 0.001 0.027 0.674 24 K 0.196 0.187 0.004 0.011 0.015 0.019 0.065 0.013 0.001 0.036 0.454 25 D 0.095 0.157 0.002 0.020 0.065 0.087 0.091 0.015 0.001 0.037 0.430 26 E 0.045 0.074 0.002 0.034 0.087 0.157 0.083 0.004 0.001 0.036 0.477 27 L 0.026 0.029 0.005 0.061 0.139 0.137 0.115 0.003 0.002 0.043 0.441 28 I 0.074 0.043 0.005 0.055 0.094 0.124 0.116 0.006 0.003 0.046 0.434 29 C 0.230 0.038 0.007 0.030 0.032 0.058 0.089 0.009 0.005 0.049 0.453 30 K 0.107 0.052 0.004 0.021 0.021 0.044 0.080 0.009 0.002 0.043 0.615 31 G 0.071 0.024 0.006 0.019 0.029 0.063 0.106 0.006 0.002 0.049 0.625 32 D 0.035 0.025 0.002 0.038 0.135 0.209 0.081 0.009 0.001 0.047 0.418 33 R 0.048 0.009 0.001 0.040 0.080 0.126 0.085 0.002 0.001 0.048 0.559 34 L 0.008 0.006 0.001 0.054 0.248 0.227 0.064 0.002 0.001 0.025 0.365 35 A 0.008 0.006 0.001 0.029 0.066 0.096 0.080 0.001 0.001 0.019 0.693 36 F 0.008 0.005 0.001 0.020 0.318 0.246 0.070 0.004 0.001 0.027 0.301 37 P 0.049 0.028 0.018 0.041 0.039 0.069 0.100 0.003 0.013 0.049 0.592 38 I 0.366 0.023 0.009 0.012 0.042 0.058 0.043 0.033 0.006 0.072 0.337 39 K 0.608 0.008 0.001 0.005 0.005 0.007 0.032 0.003 0.001 0.036 0.294 40 D 0.015 0.005 0.002 0.031 0.015 0.036 0.104 0.001 0.001 0.013 0.778 41 G 0.011 0.015 0.001 0.030 0.016 0.019 0.085 0.001 0.001 0.015 0.806 42 I 0.017 0.010 0.001 0.062 0.332 0.087 0.112 0.015 0.001 0.041 0.323 43 P 0.015 0.022 0.001 0.209 0.060 0.109 0.093 0.002 0.001 0.035 0.455 44 M 0.011 0.006 0.001 0.204 0.165 0.208 0.056 0.001 0.001 0.047 0.302 45 M 0.003 0.010 0.002 0.358 0.076 0.088 0.081 0.001 0.001 0.024 0.357 46 L 0.079 0.094 0.007 0.151 0.096 0.103 0.073 0.011 0.005 0.050 0.330 47 E 0.282 0.156 0.005 0.061 0.016 0.022 0.062 0.018 0.003 0.064 0.310 48 S 0.126 0.185 0.007 0.018 0.014 0.029 0.080 0.008 0.005 0.053 0.474 49 E 0.135 0.185 0.013 0.021 0.037 0.073 0.091 0.013 0.005 0.045 0.382 50 A 0.165 0.091 0.003 0.015 0.042 0.064 0.082 0.023 0.002 0.043 0.470 51 R 0.174 0.022 0.001 0.015 0.056 0.060 0.073 0.003 0.001 0.042 0.554 52 E 0.005 0.014 0.001 0.018 0.031 0.063 0.106 0.001 0.001 0.011 0.751 53 L 0.005 0.029 0.005 0.012 0.032 0.050 0.097 0.003 0.002 0.011 0.753 54 A 0.522 0.149 0.006 0.005 0.017 0.012 0.037 0.030 0.004 0.066 0.151 55 P 0.287 0.145 0.005 0.005 0.003 0.006 0.047 0.013 0.002 0.080 0.407 56 E 0.173 0.041 0.004 0.008 0.004 0.015 0.057 0.003 0.001 0.034 0.660 57 E 0.060 0.014 0.002 0.017 0.035 0.050 0.080 0.002 0.001 0.040 0.700 58 E 0.017 0.007 0.001 0.008 0.021 0.026 0.095 0.001 0.001 0.021 0.802 59 V 0.072 0.008 0.001 0.009 0.042 0.025 0.102 0.010 0.001 0.031 0.699 60 K 0.101 0.012 0.001 0.006 0.014 0.014 0.133 0.007 0.001 0.030 0.681