# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.345 0.218 0.079 0.110 0.070 0.056 0.050 0.026 0.021 0.014 0.011 2 D 0.187 0.246 0.065 0.171 0.128 0.086 0.066 0.025 0.015 0.007 0.003 3 A 0.491 0.193 0.076 0.104 0.062 0.039 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 4 K 0.198 0.188 0.126 0.244 0.129 0.066 0.035 0.008 0.004 0.001 0.001 5 F 0.018 0.021 0.042 0.059 0.042 0.055 0.161 0.169 0.198 0.144 0.091 6 L 0.009 0.019 0.042 0.100 0.126 0.181 0.228 0.125 0.096 0.051 0.022 7 E 0.036 0.097 0.385 0.240 0.115 0.063 0.036 0.012 0.008 0.004 0.002 8 I 0.004 0.013 0.040 0.060 0.071 0.112 0.269 0.179 0.143 0.080 0.029 9 L 0.008 0.009 0.019 0.017 0.012 0.020 0.076 0.123 0.231 0.255 0.228 10 V 0.006 0.024 0.040 0.062 0.085 0.120 0.207 0.137 0.144 0.110 0.064 11 C 0.008 0.035 0.073 0.104 0.096 0.111 0.176 0.141 0.137 0.080 0.040 12 P 0.076 0.061 0.041 0.103 0.106 0.129 0.190 0.113 0.091 0.057 0.033 13 L 0.059 0.059 0.031 0.112 0.133 0.137 0.170 0.110 0.092 0.064 0.034 14 C 0.031 0.040 0.021 0.076 0.084 0.094 0.138 0.127 0.158 0.126 0.105 15 K 0.107 0.141 0.068 0.232 0.171 0.117 0.083 0.037 0.024 0.012 0.007 16 G 0.091 0.077 0.031 0.128 0.141 0.161 0.183 0.093 0.058 0.027 0.010 17 P 0.202 0.219 0.097 0.245 0.125 0.057 0.032 0.011 0.007 0.003 0.002 18 L 0.008 0.006 0.004 0.011 0.016 0.030 0.099 0.137 0.234 0.244 0.210 19 V 0.040 0.213 0.112 0.344 0.166 0.067 0.036 0.011 0.006 0.002 0.001 20 F 0.013 0.018 0.011 0.038 0.053 0.078 0.167 0.169 0.207 0.152 0.092 21 D 0.086 0.176 0.093 0.266 0.169 0.103 0.065 0.022 0.013 0.005 0.003 22 K 0.275 0.176 0.073 0.163 0.113 0.081 0.068 0.026 0.015 0.007 0.003 23 S 0.433 0.224 0.065 0.120 0.062 0.038 0.029 0.012 0.008 0.005 0.004 24 K 0.209 0.202 0.086 0.218 0.137 0.075 0.046 0.015 0.008 0.004 0.002 25 D 0.279 0.171 0.074 0.164 0.111 0.082 0.064 0.026 0.017 0.009 0.004 26 E 0.015 0.069 0.068 0.282 0.236 0.162 0.106 0.036 0.017 0.007 0.003 27 L 0.006 0.006 0.007 0.015 0.022 0.040 0.118 0.164 0.236 0.223 0.164 28 I 0.015 0.051 0.060 0.204 0.212 0.173 0.147 0.064 0.042 0.020 0.011 29 C 0.008 0.015 0.017 0.029 0.037 0.057 0.144 0.164 0.224 0.186 0.119 30 K 0.225 0.169 0.088 0.257 0.128 0.066 0.041 0.013 0.008 0.003 0.002 31 G 0.289 0.155 0.060 0.126 0.095 0.082 0.085 0.047 0.034 0.019 0.009 32 D 0.101 0.088 0.047 0.128 0.107 0.105 0.126 0.085 0.091 0.069 0.053 33 R 0.068 0.132 0.085 0.244 0.180 0.128 0.089 0.034 0.022 0.011 0.006 34 L 0.036 0.046 0.044 0.093 0.101 0.120 0.171 0.128 0.122 0.086 0.052 35 A 0.070 0.076 0.059 0.161 0.150 0.132 0.137 0.077 0.064 0.042 0.033 36 F 0.015 0.016 0.013 0.039 0.051 0.079 0.180 0.161 0.188 0.152 0.106 37 P 0.083 0.155 0.091 0.255 0.176 0.097 0.068 0.030 0.023 0.013 0.009 38 I 0.008 0.007 0.004 0.012 0.014 0.021 0.061 0.099 0.200 0.250 0.322 39 K 0.194 0.176 0.104 0.214 0.134 0.080 0.054 0.019 0.013 0.006 0.005 40 D 0.126 0.140 0.075 0.184 0.135 0.111 0.118 0.054 0.033 0.016 0.008 41 G 0.193 0.124 0.071 0.149 0.117 0.096 0.090 0.051 0.047 0.034 0.027 42 I 0.017 0.031 0.015 0.047 0.052 0.069 0.143 0.131 0.177 0.160 0.159 43 P 0.031 0.039 0.027 0.076 0.083 0.109 0.192 0.132 0.136 0.099 0.077 44 M 0.054 0.062 0.056 0.111 0.108 0.110 0.171 0.110 0.096 0.069 0.054 45 M 0.030 0.039 0.041 0.089 0.093 0.099 0.153 0.120 0.134 0.113 0.088 46 L 0.009 0.038 0.026 0.049 0.045 0.056 0.123 0.123 0.183 0.184 0.164 47 E 0.094 0.135 0.098 0.230 0.202 0.122 0.075 0.023 0.013 0.005 0.002 48 S 0.490 0.147 0.156 0.122 0.046 0.020 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 49 E 0.120 0.086 0.122 0.163 0.126 0.122 0.137 0.059 0.038 0.018 0.009 50 A 0.010 0.008 0.018 0.019 0.027 0.071 0.195 0.172 0.200 0.160 0.120 51 R 0.028 0.074 0.270 0.217 0.177 0.116 0.078 0.022 0.011 0.005 0.002 52 E 0.181 0.135 0.478 0.125 0.046 0.021 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 53 L 0.018 0.017 0.019 0.037 0.059 0.108 0.234 0.159 0.150 0.118 0.082 54 A 0.177 0.325 0.097 0.103 0.063 0.057 0.068 0.041 0.036 0.021 0.012 55 P 0.434 0.185 0.128 0.111 0.066 0.039 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 56 E 0.612 0.179 0.081 0.069 0.031 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 57 E 0.219 0.163 0.088 0.165 0.115 0.094 0.076 0.037 0.025 0.012 0.006 58 E 0.259 0.156 0.091 0.167 0.111 0.088 0.068 0.029 0.018 0.009 0.005 59 V 0.158 0.153 0.182 0.129 0.104 0.101 0.086 0.040 0.028 0.014 0.006 60 K 0.294 0.190 0.140 0.148 0.083 0.057 0.043 0.018 0.015 0.009 0.004