# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8038 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 D 0.004 0.006 0.001 0.021 0.002 0.004 0.961 3 A 0.001 0.001 0.033 0.742 0.044 0.133 0.045 4 K 0.001 0.001 0.030 0.777 0.018 0.130 0.043 5 F 0.001 0.001 0.029 0.892 0.008 0.039 0.030 6 L 0.002 0.001 0.016 0.931 0.012 0.014 0.025 7 E 0.005 0.001 0.030 0.919 0.015 0.017 0.013 8 I 0.010 0.002 0.052 0.879 0.007 0.042 0.008 9 L 0.069 0.019 0.040 0.674 0.022 0.143 0.032 10 V 0.137 0.030 0.024 0.400 0.056 0.235 0.117 11 C 0.115 0.011 0.011 0.055 0.212 0.038 0.558 12 P 0.078 0.014 0.083 0.090 0.121 0.257 0.358 13 L 0.058 0.017 0.116 0.037 0.191 0.337 0.243 14 C 0.088 0.030 0.075 0.013 0.229 0.241 0.324 15 K 0.058 0.008 0.032 0.010 0.426 0.144 0.321 16 G 0.117 0.007 0.017 0.014 0.474 0.078 0.292 17 P 0.302 0.012 0.027 0.026 0.116 0.104 0.414 18 L 0.688 0.018 0.011 0.019 0.032 0.020 0.213 19 V 0.866 0.012 0.002 0.014 0.011 0.006 0.089 20 F 0.859 0.024 0.002 0.010 0.018 0.005 0.082 21 D 0.501 0.014 0.006 0.014 0.050 0.017 0.398 22 K 0.080 0.003 0.093 0.088 0.114 0.564 0.059 23 S 0.056 0.007 0.100 0.037 0.084 0.644 0.072 24 K 0.053 0.011 0.175 0.031 0.151 0.459 0.121 25 D 0.118 0.008 0.078 0.031 0.250 0.340 0.175 26 E 0.561 0.030 0.054 0.038 0.112 0.069 0.137 27 L 0.733 0.043 0.022 0.033 0.041 0.026 0.103 28 I 0.716 0.044 0.013 0.032 0.044 0.028 0.123 29 C 0.435 0.021 0.014 0.015 0.067 0.030 0.420 30 K 0.062 0.005 0.101 0.044 0.124 0.547 0.117 31 G 0.023 0.004 0.123 0.022 0.122 0.620 0.086 32 D 0.047 0.010 0.186 0.022 0.181 0.377 0.177 33 R 0.098 0.019 0.157 0.026 0.137 0.402 0.161 34 L 0.365 0.038 0.062 0.016 0.120 0.102 0.297 35 A 0.539 0.058 0.039 0.016 0.084 0.053 0.212 36 F 0.531 0.015 0.008 0.013 0.170 0.011 0.252 37 P 0.412 0.033 0.008 0.008 0.039 0.018 0.483 38 I 0.185 0.032 0.032 0.026 0.083 0.096 0.546 39 K 0.135 0.020 0.041 0.035 0.148 0.184 0.437 40 D 0.021 0.003 0.042 0.049 0.191 0.637 0.057 41 G 0.028 0.002 0.024 0.037 0.183 0.614 0.111 42 I 0.161 0.020 0.011 0.038 0.113 0.013 0.642 43 P 0.462 0.085 0.013 0.037 0.028 0.011 0.364 44 M 0.561 0.034 0.041 0.075 0.060 0.040 0.189 45 M 0.438 0.048 0.059 0.058 0.061 0.042 0.293 46 L 0.257 0.021 0.096 0.089 0.050 0.035 0.452 47 E 0.073 0.004 0.314 0.262 0.043 0.087 0.217 48 S 0.037 0.003 0.331 0.421 0.051 0.106 0.051 49 E 0.024 0.006 0.316 0.456 0.020 0.130 0.047 50 A 0.041 0.015 0.207 0.484 0.037 0.108 0.107 51 R 0.055 0.010 0.133 0.484 0.052 0.144 0.121 52 E 0.050 0.010 0.070 0.478 0.073 0.165 0.153 53 L 0.031 0.019 0.016 0.263 0.147 0.084 0.440 54 A 0.008 0.005 0.002 0.013 0.052 0.007 0.913 55 P 0.005 0.002 0.144 0.283 0.037 0.339 0.190 56 E 0.011 0.002 0.228 0.235 0.097 0.329 0.098 57 E 0.022 0.008 0.335 0.215 0.143 0.085 0.193 58 E 0.056 0.039 0.077 0.232 0.086 0.162 0.348 59 V 0.025 0.024 0.008 0.040 0.009 0.033 0.862 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997