# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8038 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.571 0.232 0.107 0.063 0.022 0.005 0.001 2 D 0.538 0.213 0.125 0.081 0.035 0.008 0.001 3 A 0.598 0.270 0.097 0.029 0.006 0.001 0.001 4 K 0.399 0.352 0.168 0.062 0.016 0.003 0.001 5 F 0.058 0.074 0.136 0.265 0.317 0.142 0.009 6 L 0.030 0.090 0.196 0.312 0.265 0.099 0.008 7 E 0.156 0.337 0.264 0.164 0.059 0.018 0.002 8 I 0.100 0.058 0.109 0.227 0.305 0.179 0.022 9 L 0.081 0.061 0.050 0.065 0.150 0.398 0.195 10 V 0.058 0.055 0.065 0.127 0.179 0.328 0.189 11 C 0.042 0.089 0.158 0.239 0.227 0.165 0.079 12 P 0.040 0.059 0.073 0.146 0.249 0.325 0.108 13 L 0.064 0.118 0.155 0.232 0.219 0.172 0.040 14 C 0.063 0.129 0.171 0.247 0.242 0.131 0.017 15 K 0.272 0.319 0.217 0.125 0.051 0.013 0.003 16 G 0.296 0.268 0.191 0.139 0.072 0.030 0.004 17 P 0.201 0.364 0.277 0.120 0.030 0.006 0.001 18 L 0.059 0.053 0.113 0.291 0.370 0.109 0.005 19 V 0.149 0.358 0.287 0.145 0.048 0.012 0.001 20 F 0.124 0.242 0.278 0.235 0.105 0.015 0.001 21 D 0.536 0.299 0.118 0.038 0.008 0.001 0.001 22 K 0.728 0.208 0.048 0.013 0.002 0.001 0.001 23 S 0.789 0.152 0.042 0.014 0.003 0.001 0.001 24 K 0.578 0.281 0.109 0.028 0.004 0.001 0.001 25 D 0.574 0.302 0.094 0.024 0.005 0.001 0.001 26 E 0.112 0.287 0.333 0.203 0.056 0.009 0.001 27 L 0.028 0.049 0.100 0.250 0.393 0.173 0.008 28 I 0.071 0.210 0.278 0.274 0.126 0.038 0.003 29 C 0.064 0.132 0.196 0.291 0.233 0.079 0.005 30 K 0.392 0.330 0.181 0.071 0.021 0.005 0.001 31 G 0.454 0.281 0.150 0.082 0.027 0.005 0.001 32 D 0.277 0.277 0.244 0.137 0.051 0.013 0.001 33 R 0.337 0.379 0.184 0.074 0.022 0.004 0.001 34 L 0.057 0.093 0.166 0.274 0.266 0.132 0.012 35 A 0.047 0.151 0.214 0.245 0.208 0.120 0.015 36 F 0.027 0.056 0.106 0.224 0.316 0.236 0.035 37 P 0.066 0.194 0.286 0.263 0.138 0.047 0.006 38 I 0.026 0.052 0.106 0.243 0.345 0.210 0.019 39 K 0.228 0.341 0.247 0.126 0.044 0.012 0.002 40 D 0.379 0.287 0.169 0.106 0.045 0.013 0.001 41 G 0.208 0.207 0.223 0.200 0.112 0.046 0.004 42 I 0.066 0.083 0.120 0.210 0.265 0.222 0.033 43 P 0.123 0.202 0.202 0.185 0.144 0.110 0.033 44 M 0.169 0.212 0.178 0.177 0.144 0.095 0.024 45 M 0.099 0.117 0.157 0.232 0.235 0.137 0.023 46 L 0.083 0.095 0.158 0.255 0.278 0.122 0.008 47 E 0.257 0.372 0.253 0.093 0.022 0.003 0.001 48 S 0.607 0.309 0.066 0.015 0.003 0.001 0.001 49 E 0.235 0.204 0.247 0.222 0.078 0.012 0.001 50 A 0.249 0.137 0.152 0.258 0.170 0.033 0.001 51 R 0.572 0.246 0.127 0.045 0.010 0.001 0.001 52 E 0.685 0.244 0.056 0.012 0.002 0.001 0.001 53 L 0.393 0.247 0.205 0.117 0.034 0.005 0.001 54 A 0.812 0.139 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 55 P 0.868 0.101 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 56 E 0.909 0.073 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 57 E 0.890 0.091 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 58 E 0.824 0.142 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 59 V 0.794 0.145 0.046 0.013 0.002 0.001 0.001 60 K 0.855 0.109 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001