# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.4582 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.122 0.044 0.006 0.024 0.040 0.056 0.101 0.015 0.002 0.050 0.541 2 T 0.077 0.009 0.001 0.011 0.032 0.054 0.098 0.006 0.001 0.041 0.669 3 H 0.046 0.003 0.001 0.017 0.024 0.040 0.096 0.002 0.001 0.038 0.733 4 I 0.008 0.001 0.001 0.022 0.022 0.041 0.126 0.001 0.001 0.022 0.756 5 Y 0.078 0.008 0.002 0.015 0.028 0.030 0.111 0.005 0.001 0.038 0.684 6 E 0.104 0.006 0.001 0.014 0.016 0.016 0.132 0.008 0.001 0.062 0.639 7 P 0.018 0.003 0.001 0.022 0.022 0.045 0.143 0.003 0.001 0.054 0.689 8 R 0.020 0.009 0.001 0.082 0.064 0.167 0.113 0.003 0.001 0.068 0.472 9 L 0.010 0.008 0.001 0.078 0.095 0.121 0.092 0.001 0.001 0.048 0.547 10 S 0.002 0.007 0.001 0.103 0.299 0.300 0.043 0.001 0.001 0.026 0.217 11 R 0.005 0.005 0.001 0.079 0.232 0.277 0.039 0.001 0.001 0.043 0.318 12 I 0.003 0.016 0.002 0.127 0.279 0.189 0.044 0.001 0.001 0.026 0.312 13 A 0.130 0.093 0.011 0.093 0.142 0.192 0.054 0.018 0.008 0.087 0.171 14 I 0.333 0.101 0.005 0.036 0.047 0.057 0.038 0.034 0.003 0.071 0.275 15 D 0.144 0.020 0.001 0.047 0.035 0.065 0.080 0.004 0.001 0.037 0.565 16 K 0.016 0.004 0.003 0.060 0.036 0.065 0.109 0.001 0.001 0.040 0.665 17 L 0.006 0.009 0.002 0.053 0.061 0.066 0.119 0.002 0.001 0.030 0.649 18 R 0.426 0.076 0.005 0.017 0.034 0.026 0.076 0.016 0.003 0.070 0.251 19 P 0.089 0.050 0.007 0.030 0.013 0.027 0.141 0.006 0.003 0.100 0.534 20 T 0.031 0.067 0.001 0.022 0.034 0.105 0.116 0.005 0.001 0.075 0.542 21 Q 0.023 0.029 0.004 0.095 0.084 0.154 0.106 0.003 0.001 0.110 0.390 22 I 0.006 0.042 0.002 0.101 0.163 0.262 0.075 0.002 0.001 0.074 0.271 23 A 0.008 0.019 0.002 0.093 0.226 0.310 0.035 0.001 0.001 0.108 0.196 24 V 0.006 0.041 0.003 0.128 0.234 0.242 0.046 0.001 0.001 0.056 0.242 25 G 0.016 0.095 0.002 0.088 0.212 0.309 0.041 0.004 0.001 0.086 0.146 26 F 0.022 0.250 0.004 0.056 0.189 0.210 0.037 0.004 0.002 0.034 0.193 27 R 0.021 0.277 0.003 0.035 0.215 0.264 0.027 0.005 0.001 0.029 0.123 28 E 0.033 0.513 0.005 0.022 0.121 0.120 0.025 0.007 0.002 0.028 0.123 29 V 0.067 0.490 0.005 0.021 0.109 0.096 0.033 0.011 0.002 0.027 0.139 30 E 0.064 0.530 0.006 0.019 0.061 0.076 0.032 0.006 0.003 0.050 0.153 31 L 0.026 0.517 0.014 0.020 0.035 0.041 0.045 0.005 0.005 0.044 0.247 32 K 0.017 0.879 0.003 0.003 0.009 0.008 0.010 0.007 0.001 0.007 0.055 33 R 0.031 0.897 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.008 0.001 0.003 0.045 34 K 0.018 0.812 0.004 0.003 0.003 0.005 0.011 0.003 0.001 0.033 0.106 35 E 0.037 0.413 0.030 0.004 0.005 0.006 0.024 0.006 0.011 0.331 0.134 36 W 0.069 0.717 0.014 0.002 0.003 0.003 0.021 0.021 0.005 0.058 0.087 37 R 0.173 0.509 0.009 0.003 0.003 0.005 0.023 0.015 0.004 0.019 0.236 38 E 0.051 0.408 0.003 0.007 0.002 0.005 0.041 0.002 0.001 0.034 0.446 39 T 0.015 0.479 0.004 0.004 0.004 0.009 0.057 0.006 0.002 0.051 0.370 40 R 0.065 0.722 0.017 0.002 0.001 0.001 0.020 0.013 0.004 0.025 0.131 41 K 0.221 0.521 0.004 0.002 0.001 0.002 0.020 0.012 0.002 0.036 0.180 42 K 0.026 0.435 0.001 0.003 0.001 0.001 0.033 0.002 0.001 0.070 0.427 43 D 0.009 0.876 0.005 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.014 0.079 44 G 0.036 0.874 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.010 0.051 45 D 0.064 0.478 0.005 0.003 0.002 0.003 0.026 0.009 0.003 0.182 0.223 46 D 0.160 0.200 0.021 0.004 0.002 0.003 0.057 0.008 0.010 0.261 0.272 47 F 0.219 0.117 0.032 0.011 0.002 0.006 0.101 0.029 0.018 0.138 0.328 48 L 0.339 0.022 0.014 0.009 0.003 0.006 0.095 0.009 0.010 0.055 0.438 49 G 0.042 0.004 0.001 0.012 0.002 0.006 0.110 0.001 0.001 0.016 0.804 50 N 0.018 0.001 0.001 0.011 0.004 0.008 0.121 0.002 0.001 0.026 0.809 51 H 0.025 0.002 0.001 0.099 0.018 0.020 0.169 0.003 0.001 0.043 0.619 52 I 0.005 0.001 0.001 0.071 0.009 0.020 0.105 0.002 0.001 0.022 0.765 53 V 0.005 0.001 0.001 0.347 0.062 0.048 0.067 0.002 0.001 0.047 0.421 54 P 0.002 0.001 0.001 0.664 0.034 0.059 0.029 0.001 0.001 0.019 0.191 55 V 0.002 0.001 0.001 0.449 0.091 0.116 0.034 0.001 0.001 0.027 0.281 56 V 0.001 0.001 0.001 0.550 0.099 0.098 0.042 0.001 0.001 0.021 0.188 57 A 0.003 0.001 0.002 0.273 0.048 0.098 0.073 0.001 0.002 0.027 0.473 58 G 0.443 0.001 0.003 0.061 0.019 0.029 0.065 0.007 0.006 0.071 0.296 59 P 0.133 0.001 0.002 0.017 0.002 0.005 0.099 0.002 0.001 0.058 0.680 60 K 0.007 0.001 0.001 0.013 0.006 0.017 0.121 0.001 0.001 0.025 0.810 61 D 0.004 0.001 0.001 0.050 0.107 0.167 0.114 0.001 0.001 0.084 0.470 62 R 0.001 0.001 0.001 0.045 0.197 0.248 0.056 0.001 0.001 0.115 0.335 63 A 0.001 0.001 0.001 0.117 0.265 0.368 0.027 0.001 0.001 0.051 0.169 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.200 0.247 0.300 0.034 0.001 0.001 0.057 0.160 65 L 0.002 0.001 0.001 0.272 0.262 0.282 0.030 0.001 0.001 0.066 0.085 66 I 0.015 0.004 0.001 0.287 0.094 0.222 0.076 0.001 0.001 0.052 0.247 67 D 0.298 0.143 0.003 0.052 0.029 0.047 0.075 0.012 0.004 0.060 0.278 68 H 0.113 0.308 0.004 0.017 0.006 0.013 0.066 0.007 0.003 0.061 0.402 69 H 0.025 0.668 0.003 0.011 0.009 0.015 0.038 0.002 0.001 0.021 0.207 70 H 0.023 0.730 0.001 0.006 0.045 0.042 0.026 0.005 0.001 0.032 0.090 71 L 0.028 0.849 0.002 0.003 0.013 0.010 0.013 0.008 0.001 0.015 0.058 72 V 0.031 0.507 0.002 0.010 0.044 0.049 0.024 0.005 0.001 0.236 0.091 73 L 0.016 0.624 0.008 0.007 0.025 0.057 0.021 0.005 0.002 0.150 0.086 74 A 0.078 0.450 0.031 0.013 0.038 0.065 0.030 0.015 0.008 0.158 0.115 75 L 0.076 0.103 0.185 0.020 0.036 0.052 0.051 0.015 0.102 0.155 0.206 76 S 0.304 0.024 0.005 0.008 0.019 0.036 0.064 0.008 0.004 0.050 0.478 77 K 0.151 0.011 0.004 0.007 0.005 0.010 0.053 0.003 0.004 0.036 0.717 78 E 0.023 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.129 0.002 0.001 0.014 0.806 79 G 0.028 0.003 0.001 0.007 0.006 0.012 0.092 0.002 0.001 0.016 0.834 80 V 0.035 0.004 0.001 0.016 0.034 0.030 0.187 0.006 0.001 0.031 0.656 81 E 0.008 0.004 0.001 0.086 0.043 0.128 0.132 0.001 0.001 0.074 0.521 82 H 0.002 0.007 0.001 0.137 0.133 0.312 0.060 0.001 0.001 0.113 0.234 83 V 0.002 0.020 0.001 0.153 0.233 0.224 0.045 0.001 0.001 0.040 0.280 84 L 0.002 0.029 0.001 0.114 0.330 0.377 0.016 0.001 0.001 0.020 0.110 85 T 0.005 0.036 0.001 0.095 0.275 0.342 0.018 0.002 0.001 0.071 0.154 86 S 0.012 0.028 0.004 0.068 0.330 0.253 0.030 0.002 0.002 0.114 0.157 87 E 0.038 0.121 0.004 0.060 0.224 0.225 0.050 0.009 0.002 0.061 0.204 88 V 0.108 0.061 0.006 0.036 0.152 0.151 0.052 0.009 0.004 0.130 0.291 89 A 0.045 0.082 0.013 0.064 0.087 0.099 0.085 0.009 0.007 0.118 0.391 90 K 0.123 0.117 0.012 0.032 0.040 0.081 0.094 0.016 0.008 0.097 0.380 91 F 0.197 0.071 0.016 0.036 0.034 0.049 0.093 0.018 0.008 0.084 0.394 92 S 0.125 0.023 0.001 0.021 0.015 0.030 0.103 0.004 0.001 0.039 0.638 93 H 0.045 0.017 0.002 0.021 0.007 0.018 0.113 0.001 0.001 0.033 0.742 94 L 0.014 0.031 0.002 0.020 0.008 0.013 0.133 0.003 0.001 0.024 0.753 95 G 0.077 0.417 0.002 0.008 0.005 0.007 0.071 0.013 0.001 0.030 0.368 96 K 0.106 0.646 0.002 0.004 0.001 0.002 0.027 0.008 0.001 0.040 0.163 97 D 0.031 0.262 0.003 0.008 0.003 0.003 0.038 0.002 0.001 0.484 0.165 98 E 0.009 0.783 0.002 0.003 0.004 0.005 0.023 0.004 0.001 0.080 0.086 99 F 0.028 0.888 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.018 0.001 0.008 0.045 100 W 0.041 0.680 0.005 0.007 0.006 0.008 0.015 0.009 0.001 0.085 0.142 101 S 0.036 0.595 0.009 0.004 0.004 0.011 0.034 0.005 0.007 0.112 0.183 102 V 0.154 0.190 0.138 0.005 0.005 0.009 0.050 0.035 0.067 0.145 0.202 103 M 0.328 0.027 0.055 0.007 0.006 0.010 0.067 0.019 0.055 0.069 0.357 104 D 0.103 0.004 0.001 0.004 0.003 0.007 0.090 0.002 0.001 0.024 0.762 105 H 0.026 0.006 0.002 0.017 0.003 0.010 0.134 0.002 0.001 0.033 0.767 106 R 0.013 0.005 0.002 0.029 0.013 0.036 0.203 0.005 0.001 0.091 0.603 107 N 0.004 0.003 0.001 0.089 0.077 0.200 0.109 0.001 0.001 0.103 0.413 108 L 0.002 0.002 0.001 0.137 0.100 0.220 0.069 0.001 0.001 0.083 0.386 109 I 0.002 0.002 0.001 0.174 0.179 0.225 0.054 0.001 0.001 0.038 0.325 110 Y 0.008 0.002 0.001 0.096 0.209 0.340 0.041 0.001 0.001 0.079 0.224 111 P 0.026 0.021 0.004 0.069 0.093 0.139 0.082 0.001 0.004 0.105 0.455 112 F 0.019 0.005 0.013 0.027 0.028 0.048 0.090 0.006 0.013 0.031 0.719 113 D 0.756 0.019 0.001 0.002 0.008 0.007 0.019 0.016 0.002 0.040 0.130 114 A 0.345 0.007 0.001 0.004 0.003 0.006 0.046 0.003 0.001 0.044 0.539 115 Q 0.010 0.005 0.001 0.010 0.009 0.031 0.068 0.002 0.001 0.014 0.849 116 G 0.023 0.010 0.001 0.010 0.051 0.073 0.094 0.002 0.001 0.032 0.704 117 L 0.021 0.002 0.001 0.009 0.143 0.075 0.103 0.002 0.001 0.037 0.607 118 R 0.008 0.006 0.001 0.015 0.056 0.073 0.126 0.001 0.001 0.021 0.693 119 R 0.044 0.010 0.003 0.017 0.026 0.039 0.114 0.006 0.002 0.036 0.704 120 Q 0.376 0.059 0.001 0.016 0.010 0.013 0.079 0.029 0.001 0.103 0.313 121 S 0.148 0.013 0.001 0.013 0.007 0.013 0.091 0.003 0.001 0.066 0.646 122 G 0.014 0.010 0.001 0.036 0.016 0.038 0.123 0.001 0.001 0.029 0.732 123 D 0.038 0.015 0.001 0.027 0.041 0.041 0.133 0.002 0.001 0.070 0.630 124 I 0.113 0.101 0.002 0.028 0.037 0.033 0.140 0.021 0.001 0.092 0.432 125 P 0.176 0.103 0.003 0.017 0.012 0.020 0.109 0.008 0.001 0.059 0.492 126 K 0.081 0.067 0.006 0.032 0.018 0.033 0.136 0.010 0.002 0.078 0.537 127 N 0.131 0.151 0.002 0.026 0.024 0.049 0.114 0.014 0.001 0.067 0.422 128 I 0.124 0.173 0.009 0.035 0.025 0.037 0.090 0.006 0.004 0.053 0.444 129 H 0.067 0.067 0.006 0.046 0.060 0.076 0.155 0.012 0.003 0.039 0.470 130 D 0.110 0.144 0.002 0.032 0.020 0.051 0.125 0.018 0.001 0.060 0.436 131 L 0.380 0.064 0.003 0.032 0.020 0.024 0.109 0.004 0.001 0.062 0.301 132 E 0.018 0.050 0.004 0.049 0.027 0.062 0.169 0.002 0.001 0.028 0.590 133 D 0.022 0.114 0.003 0.019 0.012 0.025 0.102 0.004 0.001 0.032 0.667 134 D 0.242 0.284 0.004 0.011 0.015 0.010 0.055 0.021 0.002 0.203 0.151 135 P 0.045 0.521 0.005 0.007 0.003 0.005 0.051 0.005 0.001 0.104 0.253 136 F 0.017 0.875 0.002 0.001 0.002 0.004 0.010 0.003 0.001 0.011 0.075 137 R 0.021 0.874 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.003 0.001 0.020 0.063 138 S 0.009 0.874 0.002 0.003 0.004 0.005 0.012 0.002 0.001 0.046 0.043 139 L 0.008 0.957 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.006 0.016 140 A 0.005 0.964 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.016 141 G 0.015 0.937 0.001 0.002 0.004 0.006 0.004 0.003 0.001 0.011 0.018 142 A 0.008 0.809 0.006 0.006 0.004 0.007 0.013 0.003 0.002 0.083 0.058 143 L 0.033 0.077 0.460 0.003 0.005 0.005 0.022 0.009 0.156 0.171 0.059 144 R 0.646 0.048 0.018 0.004 0.004 0.006 0.026 0.022 0.014 0.066 0.147 145 M 0.172 0.014 0.001 0.003 0.002 0.005 0.039 0.003 0.002 0.023 0.737 146 A 0.021 0.018 0.002 0.006 0.002 0.005 0.055 0.001 0.001 0.010 0.881 147 G 0.013 0.006 0.001 0.005 0.015 0.032 0.077 0.005 0.001 0.025 0.819 148 G 0.040 0.010 0.001 0.006 0.041 0.042 0.081 0.004 0.001 0.025 0.748 149 Y 0.134 0.042 0.003 0.036 0.018 0.031 0.086 0.004 0.001 0.033 0.613 150 A 0.170 0.069 0.001 0.025 0.017 0.023 0.091 0.018 0.001 0.036 0.550 151 K 0.140 0.011 0.001 0.022 0.022 0.026 0.126 0.005 0.001 0.019 0.628 152 V 0.005 0.009 0.001 0.073 0.048 0.071 0.119 0.002 0.001 0.009 0.664 153 I 0.016 0.027 0.002 0.054 0.018 0.024 0.090 0.001 0.001 0.036 0.731 154 I 0.077 0.261 0.002 0.031 0.067 0.027 0.083 0.024 0.001 0.148 0.279 155 P 0.052 0.509 0.002 0.016 0.003 0.007 0.043 0.003 0.001 0.036 0.327 156 F 0.011 0.711 0.004 0.022 0.008 0.012 0.021 0.002 0.001 0.068 0.142 157 S 0.009 0.849 0.001 0.003 0.005 0.006 0.013 0.003 0.001 0.050 0.061 158 E 0.011 0.915 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.043 0.020 159 F 0.006 0.749 0.002 0.007 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.178 0.039 160 G 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.014 0.016 161 W 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 162 A 0.008 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.009 0.014 163 D 0.018 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.027 0.034 164 F 0.046 0.549 0.094 0.003 0.001 0.001 0.027 0.022 0.038 0.131 0.088 165 L 0.349 0.318 0.019 0.006 0.002 0.003 0.047 0.025 0.010 0.092 0.129 166 R 0.092 0.183 0.007 0.011 0.003 0.008 0.088 0.006 0.006 0.061 0.535 167 R 0.051 0.070 0.004 0.010 0.004 0.008 0.118 0.003 0.002 0.028 0.702 168 R 0.067 0.088 0.007 0.019 0.011 0.026 0.112 0.008 0.003 0.066 0.593 169 I 0.057 0.126 0.005 0.008 0.006 0.013 0.091 0.006 0.002 0.026 0.659 170 D 0.219 0.381 0.006 0.007 0.003 0.007 0.038 0.015 0.003 0.022 0.298 171 R 0.339 0.156 0.004 0.007 0.004 0.007 0.044 0.011 0.001 0.052 0.374 172 D 0.064 0.102 0.004 0.022 0.013 0.031 0.091 0.005 0.002 0.062 0.604 173 L 0.089 0.069 0.008 0.037 0.015 0.029 0.103 0.004 0.002 0.067 0.577 174 L 0.121 0.088 0.004 0.039 0.027 0.026 0.116 0.012 0.002 0.067 0.497 175 S 0.183 0.055 0.001 0.012 0.010 0.014 0.105 0.004 0.001 0.034 0.582 176 D 0.023 0.023 0.001 0.017 0.007 0.013 0.131 0.003 0.001 0.041 0.739 177 S 0.022 0.174 0.002 0.012 0.006 0.009 0.131 0.004 0.001 0.068 0.571 178 F 0.018 0.787 0.002 0.003 0.001 0.001 0.020 0.006 0.001 0.022 0.140 179 D 0.027 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.014 0.033 180 D 0.015 0.816 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.109 0.045 181 A 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.016 0.017 182 L 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.010 183 A 0.005 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 0.017 184 E 0.004 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 0.020 185 A 0.010 0.927 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.002 0.019 0.018 186 M 0.062 0.726 0.008 0.002 0.001 0.001 0.011 0.010 0.003 0.127 0.051 187 K 0.044 0.399 0.010 0.003 0.001 0.001 0.034 0.004 0.006 0.300 0.197 188 L 0.088 0.451 0.012 0.003 0.001 0.001 0.060 0.008 0.004 0.096 0.276 189 A 0.107 0.382 0.025 0.008 0.001 0.003 0.055 0.014 0.010 0.061 0.335 190 K 0.051 0.468 0.002 0.003 0.001 0.002 0.040 0.005 0.001 0.014 0.412 191 S 0.085 0.476 0.005 0.003 0.001 0.002 0.036 0.009 0.003 0.054 0.326 192 R 0.188 0.317 0.035 0.006 0.001 0.002 0.048 0.019 0.009 0.165 0.210 193 E 0.286 0.209 0.007 0.010 0.002 0.007 0.060 0.016 0.004 0.079 0.319 194 A 0.218 0.033 0.006 0.021 0.004 0.011 0.077 0.003 0.002 0.068 0.557 195 R 0.030 0.022 0.003 0.063 0.013 0.026 0.158 0.002 0.001 0.046 0.634 196 H 0.063 0.020 0.003 0.035 0.010 0.019 0.129 0.005 0.001 0.041 0.673 197 L 0.187 0.027 0.003 0.033 0.023 0.026 0.157 0.021 0.002 0.097 0.423 198 P 0.069 0.015 0.002 0.026 0.006 0.015 0.154 0.005 0.001 0.047 0.659 199 G 0.079 0.012 0.002 0.051 0.018 0.046 0.140 0.011 0.001 0.067 0.573 200 W 0.077 0.011 0.001 0.055 0.023 0.045 0.137 0.003 0.001 0.071 0.576 201 C 0.027 0.007 0.002 0.068 0.034 0.072 0.129 0.002 0.001 0.043 0.616 202 G 0.028 0.010 0.002 0.053 0.033 0.059 0.129 0.003 0.001 0.044 0.637 203 V 0.092 0.021 0.002 0.024 0.026 0.029 0.132 0.007 0.001 0.049 0.617 204 E 0.154 0.030 0.002 0.015 0.016 0.022 0.130 0.009 0.001 0.052 0.569 205 E 0.058 0.017 0.002 0.012 0.013 0.023 0.122 0.007 0.001 0.035 0.712