# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.4582 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.026 0.010 0.021 0.022 0.033 0.038 0.003 0.001 0.004 0.778 2 T 0.038 0.021 0.004 0.044 0.052 0.064 0.128 0.002 0.001 0.004 0.642 3 H 0.175 0.018 0.004 0.024 0.026 0.040 0.131 0.003 0.001 0.011 0.568 4 I 0.182 0.031 0.008 0.041 0.045 0.074 0.089 0.004 0.001 0.007 0.519 5 Y 0.076 0.018 0.006 0.052 0.044 0.077 0.138 0.003 0.001 0.008 0.578 6 E 0.124 0.009 0.006 0.037 0.049 0.077 0.110 0.002 0.001 0.007 0.581 7 P 0.004 0.001 0.001 0.007 0.005 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.966 8 R 0.025 0.001 0.001 0.045 0.046 0.077 0.231 0.001 0.001 0.007 0.566 9 L 0.372 0.006 0.006 0.045 0.024 0.051 0.072 0.001 0.001 0.028 0.396 10 S 0.064 0.027 0.002 0.185 0.158 0.145 0.140 0.001 0.001 0.005 0.273 11 R 0.031 0.007 0.003 0.063 0.021 0.054 0.073 0.001 0.001 0.004 0.743 12 I 0.040 0.010 0.004 0.307 0.176 0.243 0.058 0.001 0.001 0.003 0.158 13 A 0.010 0.011 0.002 0.101 0.072 0.137 0.136 0.001 0.001 0.002 0.529 14 I 0.008 0.017 0.001 0.130 0.138 0.277 0.061 0.001 0.001 0.002 0.364 15 D 0.014 0.042 0.001 0.104 0.072 0.155 0.112 0.001 0.001 0.003 0.497 16 K 0.093 0.064 0.001 0.026 0.033 0.064 0.148 0.005 0.001 0.010 0.557 17 L 0.319 0.203 0.012 0.034 0.027 0.055 0.057 0.007 0.001 0.010 0.276 18 R 0.114 0.219 0.011 0.021 0.036 0.055 0.077 0.006 0.001 0.004 0.457 19 P 0.008 0.022 0.002 0.004 0.004 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.942 20 T 0.093 0.070 0.004 0.019 0.033 0.052 0.060 0.005 0.001 0.003 0.660 21 Q 0.269 0.144 0.010 0.025 0.027 0.037 0.075 0.005 0.001 0.008 0.401 22 I 0.058 0.336 0.008 0.067 0.095 0.127 0.071 0.003 0.001 0.003 0.231 23 A 0.052 0.338 0.006 0.105 0.065 0.164 0.081 0.003 0.001 0.003 0.183 24 V 0.027 0.434 0.004 0.143 0.071 0.116 0.035 0.004 0.001 0.002 0.165 25 G 0.040 0.463 0.009 0.084 0.058 0.092 0.044 0.005 0.001 0.004 0.201 26 F 0.026 0.488 0.020 0.056 0.043 0.117 0.050 0.003 0.001 0.003 0.196 27 R 0.014 0.462 0.002 0.083 0.083 0.098 0.027 0.006 0.001 0.002 0.224 28 E 0.057 0.565 0.006 0.016 0.019 0.046 0.052 0.004 0.001 0.004 0.231 29 V 0.030 0.764 0.005 0.014 0.025 0.041 0.014 0.005 0.001 0.001 0.100 30 E 0.045 0.798 0.004 0.011 0.009 0.031 0.015 0.006 0.001 0.002 0.080 31 L 0.035 0.732 0.007 0.005 0.008 0.016 0.013 0.008 0.001 0.001 0.175 32 K 0.078 0.681 0.004 0.003 0.004 0.005 0.007 0.011 0.001 0.001 0.205 33 R 0.092 0.696 0.019 0.003 0.003 0.007 0.021 0.012 0.001 0.002 0.146 34 K 0.043 0.583 0.008 0.004 0.004 0.007 0.026 0.011 0.001 0.001 0.313 35 E 0.082 0.573 0.004 0.002 0.002 0.002 0.033 0.006 0.001 0.001 0.294 36 W 0.058 0.749 0.005 0.002 0.002 0.003 0.014 0.004 0.001 0.001 0.161 37 R 0.036 0.762 0.004 0.004 0.003 0.008 0.024 0.005 0.001 0.001 0.153 38 E 0.084 0.718 0.004 0.002 0.002 0.006 0.032 0.010 0.001 0.002 0.140 39 T 0.164 0.655 0.005 0.002 0.002 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.154 40 R 0.117 0.623 0.007 0.002 0.003 0.002 0.011 0.014 0.001 0.001 0.220 41 K 0.100 0.479 0.017 0.004 0.003 0.008 0.032 0.020 0.001 0.004 0.332 42 K 0.124 0.443 0.019 0.003 0.002 0.004 0.040 0.015 0.001 0.002 0.348 43 D 0.252 0.383 0.004 0.005 0.004 0.003 0.054 0.051 0.001 0.002 0.243 44 G 0.277 0.332 0.014 0.007 0.002 0.003 0.042 0.022 0.001 0.007 0.295 45 D 0.027 0.262 0.024 0.004 0.002 0.004 0.091 0.003 0.001 0.002 0.580 46 D 0.028 0.213 0.001 0.006 0.007 0.009 0.265 0.010 0.001 0.004 0.456 47 F 0.238 0.507 0.002 0.010 0.011 0.013 0.064 0.016 0.001 0.005 0.134 48 L 0.082 0.781 0.002 0.008 0.013 0.015 0.031 0.014 0.001 0.003 0.051 49 G 0.148 0.622 0.005 0.005 0.005 0.012 0.012 0.021 0.001 0.002 0.168 50 N 0.432 0.234 0.009 0.009 0.008 0.011 0.009 0.089 0.001 0.002 0.198 51 H 0.480 0.040 0.037 0.023 0.020 0.011 0.031 0.078 0.001 0.004 0.275 52 I 0.034 0.002 0.193 0.043 0.012 0.022 0.027 0.004 0.001 0.003 0.660 53 V 0.006 0.001 0.019 0.336 0.105 0.158 0.082 0.001 0.001 0.001 0.292 54 P 0.002 0.001 0.001 0.056 0.007 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.916 55 V 0.004 0.001 0.001 0.427 0.108 0.168 0.040 0.001 0.001 0.001 0.250 56 V 0.012 0.001 0.001 0.309 0.096 0.176 0.044 0.001 0.001 0.003 0.359 57 A 0.010 0.001 0.001 0.351 0.121 0.216 0.044 0.001 0.001 0.003 0.254 58 G 0.011 0.001 0.001 0.120 0.173 0.226 0.089 0.001 0.001 0.004 0.377 59 P 0.002 0.001 0.001 0.017 0.021 0.025 0.039 0.001 0.001 0.002 0.894 60 K 0.010 0.001 0.001 0.012 0.024 0.040 0.236 0.001 0.001 0.013 0.663 61 D 0.443 0.001 0.002 0.009 0.014 0.015 0.120 0.001 0.001 0.083 0.314 62 R 0.323 0.004 0.008 0.045 0.052 0.039 0.212 0.001 0.001 0.033 0.282 63 A 0.039 0.002 0.017 0.152 0.159 0.188 0.151 0.001 0.001 0.009 0.282 64 Y 0.003 0.001 0.002 0.277 0.279 0.360 0.033 0.001 0.001 0.001 0.045 65 L 0.001 0.001 0.001 0.199 0.234 0.388 0.037 0.001 0.001 0.001 0.140 66 I 0.001 0.001 0.001 0.265 0.230 0.405 0.024 0.001 0.001 0.001 0.074 67 D 0.002 0.002 0.001 0.264 0.105 0.217 0.178 0.001 0.001 0.003 0.228 68 H 0.008 0.003 0.001 0.129 0.029 0.063 0.133 0.001 0.001 0.009 0.625 69 H 0.013 0.005 0.001 0.048 0.014 0.027 0.554 0.001 0.001 0.024 0.312 70 H 0.080 0.017 0.001 0.011 0.005 0.008 0.502 0.001 0.001 0.037 0.338 71 L 0.035 0.288 0.005 0.008 0.006 0.011 0.175 0.001 0.001 0.007 0.464 72 V 0.029 0.625 0.002 0.006 0.022 0.043 0.096 0.002 0.001 0.009 0.166 73 L 0.027 0.821 0.001 0.002 0.008 0.025 0.023 0.003 0.001 0.002 0.086 74 A 0.036 0.887 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.060 75 L 0.049 0.908 0.002 0.001 0.004 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 0.021 76 S 0.042 0.819 0.007 0.005 0.014 0.024 0.006 0.032 0.001 0.001 0.049 77 K 0.088 0.531 0.024 0.008 0.005 0.010 0.010 0.051 0.001 0.001 0.271 78 E 0.195 0.320 0.021 0.016 0.010 0.016 0.053 0.069 0.001 0.003 0.297 79 G 0.464 0.066 0.023 0.010 0.009 0.007 0.089 0.040 0.001 0.010 0.282 80 V 0.086 0.063 0.286 0.019 0.007 0.010 0.057 0.002 0.001 0.004 0.466 81 E 0.011 0.030 0.004 0.049 0.035 0.053 0.109 0.002 0.001 0.002 0.705 82 H 0.161 0.039 0.003 0.044 0.027 0.050 0.093 0.002 0.001 0.011 0.571 83 V 0.156 0.136 0.009 0.079 0.063 0.093 0.063 0.003 0.001 0.006 0.391 84 L 0.041 0.118 0.007 0.119 0.113 0.177 0.085 0.002 0.001 0.005 0.333 85 T 0.033 0.109 0.003 0.102 0.087 0.198 0.059 0.002 0.001 0.004 0.403 86 S 0.036 0.159 0.004 0.113 0.136 0.236 0.048 0.003 0.001 0.003 0.262 87 E 0.031 0.294 0.006 0.062 0.084 0.156 0.058 0.004 0.001 0.004 0.302 88 V 0.035 0.353 0.006 0.055 0.097 0.268 0.037 0.004 0.001 0.004 0.141 89 A 0.024 0.393 0.004 0.042 0.085 0.185 0.037 0.005 0.001 0.002 0.222 90 K 0.074 0.398 0.003 0.018 0.043 0.060 0.037 0.012 0.001 0.003 0.351 91 F 0.113 0.487 0.018 0.027 0.053 0.089 0.031 0.010 0.001 0.004 0.167 92 S 0.052 0.472 0.009 0.035 0.068 0.079 0.059 0.018 0.001 0.003 0.207 93 H 0.206 0.278 0.011 0.011 0.015 0.029 0.071 0.038 0.001 0.006 0.335 94 L 0.341 0.202 0.053 0.017 0.010 0.020 0.063 0.032 0.001 0.007 0.255 95 G 0.216 0.025 0.034 0.009 0.011 0.010 0.300 0.029 0.001 0.018 0.347 96 K 0.048 0.006 0.174 0.007 0.001 0.002 0.055 0.001 0.001 0.003 0.702 97 D 0.003 0.004 0.001 0.010 0.002 0.002 0.086 0.001 0.001 0.001 0.890 98 E 0.065 0.015 0.001 0.007 0.003 0.003 0.301 0.001 0.001 0.016 0.589 99 F 0.055 0.212 0.001 0.012 0.005 0.018 0.403 0.002 0.001 0.013 0.278 100 W 0.044 0.750 0.001 0.026 0.012 0.030 0.052 0.003 0.001 0.004 0.078 101 S 0.032 0.844 0.001 0.003 0.004 0.008 0.011 0.003 0.001 0.001 0.093 102 V 0.055 0.881 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.045 103 M 0.051 0.903 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.029 104 D 0.019 0.874 0.003 0.004 0.010 0.012 0.006 0.021 0.001 0.001 0.050 105 H 0.105 0.642 0.006 0.002 0.006 0.012 0.022 0.041 0.001 0.003 0.159 106 R 0.340 0.423 0.026 0.006 0.008 0.009 0.035 0.044 0.001 0.005 0.103 107 N 0.334 0.157 0.063 0.028 0.026 0.022 0.068 0.059 0.001 0.014 0.229 108 L 0.079 0.092 0.356 0.057 0.051 0.061 0.078 0.009 0.001 0.006 0.210 109 I 0.023 0.064 0.027 0.165 0.163 0.303 0.035 0.006 0.001 0.003 0.211 110 Y 0.018 0.020 0.005 0.157 0.188 0.304 0.041 0.002 0.001 0.001 0.263 111 P 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.951 112 F 0.007 0.003 0.001 0.131 0.135 0.400 0.118 0.001 0.001 0.004 0.200 113 D 0.053 0.011 0.001 0.103 0.092 0.143 0.175 0.002 0.001 0.012 0.409 114 A 0.102 0.042 0.001 0.066 0.048 0.055 0.184 0.003 0.001 0.016 0.482 115 Q 0.144 0.021 0.002 0.014 0.012 0.020 0.490 0.002 0.001 0.028 0.267 116 G 0.342 0.031 0.010 0.020 0.012 0.014 0.249 0.005 0.001 0.046 0.271 117 L 0.148 0.061 0.086 0.012 0.016 0.023 0.310 0.001 0.001 0.012 0.330 118 R 0.009 0.012 0.004 0.008 0.014 0.026 0.049 0.001 0.001 0.002 0.874 119 R 0.034 0.020 0.001 0.022 0.035 0.118 0.081 0.001 0.001 0.003 0.684 120 Q 0.119 0.027 0.001 0.006 0.021 0.025 0.043 0.001 0.001 0.001 0.756 121 S 0.075 0.064 0.001 0.015 0.021 0.041 0.035 0.002 0.001 0.003 0.743 122 G 0.106 0.042 0.002 0.008 0.006 0.014 0.125 0.004 0.001 0.004 0.688 123 D 0.570 0.056 0.006 0.020 0.008 0.011 0.079 0.010 0.001 0.010 0.231 124 I 0.382 0.095 0.015 0.020 0.011 0.016 0.129 0.008 0.001 0.005 0.319 125 P 0.011 0.004 0.006 0.004 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.961 126 K 0.017 0.005 0.005 0.025 0.007 0.025 0.107 0.001 0.001 0.003 0.805 127 N 0.090 0.006 0.001 0.022 0.017 0.014 0.218 0.003 0.001 0.004 0.626 128 I 0.228 0.066 0.005 0.071 0.019 0.038 0.050 0.002 0.001 0.008 0.513 129 H 0.032 0.083 0.002 0.119 0.059 0.146 0.206 0.002 0.001 0.004 0.347 130 D 0.184 0.048 0.001 0.028 0.013 0.014 0.086 0.006 0.001 0.005 0.616 131 L 0.469 0.140 0.013 0.040 0.009 0.016 0.033 0.007 0.001 0.006 0.268 132 E 0.080 0.075 0.013 0.060 0.036 0.052 0.239 0.016 0.001 0.011 0.418 133 D 0.173 0.026 0.014 0.035 0.014 0.024 0.113 0.009 0.001 0.016 0.576 134 D 0.217 0.025 0.007 0.023 0.011 0.012 0.238 0.007 0.001 0.007 0.454 135 P 0.018 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.003 0.932 136 F 0.017 0.008 0.003 0.018 0.014 0.034 0.645 0.001 0.001 0.016 0.244 137 R 0.279 0.058 0.004 0.069 0.038 0.088 0.216 0.003 0.001 0.032 0.212 138 S 0.099 0.376 0.002 0.072 0.030 0.042 0.044 0.003 0.001 0.003 0.330 139 L 0.044 0.297 0.003 0.029 0.046 0.049 0.048 0.003 0.001 0.003 0.477 140 A 0.071 0.457 0.005 0.063 0.047 0.145 0.049 0.007 0.001 0.007 0.148 141 G 0.040 0.584 0.007 0.048 0.050 0.105 0.047 0.008 0.001 0.003 0.108 142 A 0.050 0.619 0.004 0.020 0.024 0.035 0.029 0.007 0.001 0.001 0.212 143 L 0.080 0.599 0.005 0.024 0.042 0.055 0.019 0.007 0.001 0.001 0.167 144 R 0.037 0.636 0.009 0.029 0.029 0.080 0.036 0.006 0.001 0.003 0.135 145 M 0.046 0.609 0.011 0.011 0.026 0.060 0.035 0.010 0.001 0.002 0.190 146 A 0.087 0.591 0.003 0.011 0.016 0.024 0.026 0.018 0.001 0.001 0.224 147 G 0.226 0.297 0.007 0.008 0.011 0.011 0.051 0.037 0.001 0.006 0.345 148 G 0.168 0.185 0.236 0.006 0.004 0.007 0.060 0.003 0.001 0.005 0.327 149 Y 0.022 0.139 0.012 0.016 0.018 0.027 0.121 0.004 0.001 0.001 0.640 150 A 0.076 0.160 0.003 0.026 0.014 0.023 0.038 0.002 0.001 0.002 0.656 151 K 0.077 0.204 0.002 0.009 0.008 0.013 0.030 0.003 0.001 0.001 0.653 152 V 0.203 0.347 0.004 0.014 0.011 0.026 0.046 0.007 0.001 0.004 0.338 153 I 0.298 0.273 0.008 0.013 0.008 0.017 0.015 0.010 0.001 0.002 0.357 154 I 0.125 0.353 0.017 0.058 0.023 0.070 0.028 0.008 0.001 0.001 0.316 155 P 0.005 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.977 156 F 0.091 0.115 0.007 0.045 0.009 0.054 0.128 0.002 0.001 0.003 0.546 157 S 0.058 0.156 0.002 0.018 0.009 0.010 0.041 0.003 0.001 0.001 0.702 158 E 0.060 0.631 0.001 0.013 0.004 0.009 0.056 0.002 0.001 0.001 0.223 159 F 0.082 0.570 0.002 0.010 0.008 0.015 0.076 0.006 0.001 0.005 0.225 160 G 0.096 0.707 0.006 0.003 0.002 0.003 0.079 0.002 0.001 0.003 0.099 161 W 0.016 0.854 0.007 0.002 0.002 0.003 0.027 0.004 0.001 0.001 0.085 162 A 0.010 0.911 0.001 0.003 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.061 163 D 0.010 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.052 164 F 0.010 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.037 165 L 0.019 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 166 R 0.022 0.931 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 0.001 0.001 0.021 167 R 0.063 0.875 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.036 168 R 0.140 0.725 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.067 169 I 0.129 0.599 0.069 0.005 0.003 0.004 0.006 0.045 0.001 0.001 0.140 170 D 0.082 0.196 0.046 0.016 0.010 0.015 0.062 0.073 0.001 0.001 0.499 171 R 0.144 0.124 0.039 0.024 0.005 0.010 0.047 0.008 0.001 0.003 0.597 172 D 0.063 0.058 0.005 0.009 0.003 0.004 0.123 0.005 0.001 0.003 0.729 173 L 0.177 0.066 0.012 0.018 0.009 0.009 0.215 0.006 0.001 0.015 0.473 174 L 0.200 0.165 0.008 0.035 0.018 0.031 0.251 0.011 0.001 0.015 0.266 175 S 0.237 0.217 0.009 0.028 0.013 0.022 0.134 0.013 0.001 0.009 0.319 176 D 0.101 0.130 0.008 0.013 0.003 0.005 0.043 0.008 0.001 0.004 0.685 177 S 0.267 0.035 0.010 0.003 0.002 0.003 0.310 0.012 0.001 0.011 0.346 178 F 0.268 0.033 0.059 0.011 0.002 0.003 0.164 0.006 0.001 0.013 0.441 179 D 0.016 0.048 0.003 0.008 0.001 0.001 0.276 0.002 0.001 0.003 0.642 180 D 0.019 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.001 0.001 0.003 0.760 181 A 0.068 0.459 0.001 0.002 0.001 0.001 0.202 0.004 0.001 0.005 0.258 182 L 0.066 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.012 0.001 0.004 0.058 183 A 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 184 E 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 185 A 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 186 M 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 187 K 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 188 L 0.022 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.012 189 A 0.069 0.887 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.011 190 K 0.058 0.794 0.050 0.003 0.001 0.002 0.007 0.056 0.001 0.001 0.027 191 S 0.091 0.567 0.025 0.008 0.001 0.003 0.010 0.045 0.001 0.001 0.249 192 R 0.022 0.167 0.006 0.003 0.001 0.001 0.016 0.006 0.001 0.001 0.780 193 E 0.071 0.230 0.005 0.005 0.003 0.003 0.252 0.005 0.001 0.005 0.422 194 A 0.119 0.538 0.009 0.009 0.005 0.009 0.114 0.008 0.001 0.006 0.184 195 R 0.081 0.778 0.002 0.005 0.002 0.009 0.023 0.005 0.001 0.002 0.093 196 H 0.237 0.547 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.189 197 L 0.371 0.455 0.007 0.004 0.003 0.005 0.003 0.015 0.001 0.001 0.137 198 P 0.009 0.019 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.955 199 G 0.056 0.037 0.007 0.033 0.025 0.044 0.064 0.008 0.001 0.001 0.724 200 W 0.399 0.054 0.012 0.030 0.014 0.031 0.050 0.004 0.001 0.004 0.401 201 C 0.071 0.104 0.004 0.073 0.031 0.056 0.067 0.003 0.001 0.001 0.589 202 G 0.076 0.026 0.005 0.063 0.031 0.050 0.078 0.002 0.001 0.004 0.666 203 V 0.086 0.023 0.011 0.046 0.018 0.035 0.070 0.001 0.001 0.004 0.706 204 E 0.023 0.018 0.003 0.049 0.037 0.066 0.085 0.002 0.001 0.003 0.714 205 E 0.040 0.017 0.002 0.030 0.028 0.047 0.072 0.001 0.001 0.005 0.758