# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.4582 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.018 0.052 0.044 0.095 0.100 0.009 0.605 2 T 0.086 0.032 0.066 0.085 0.103 0.159 0.014 0.455 3 H 0.085 0.020 0.028 0.040 0.056 0.073 0.013 0.687 4 I 0.101 0.020 0.042 0.034 0.065 0.073 0.010 0.655 5 Y 0.054 0.023 0.038 0.045 0.080 0.169 0.020 0.570 6 E 0.069 0.016 0.027 0.037 0.053 0.070 0.008 0.720 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 8 R 0.037 0.005 0.024 0.038 0.071 0.139 0.009 0.677 9 L 0.191 0.012 0.056 0.026 0.037 0.074 0.007 0.598 10 S 0.113 0.034 0.131 0.225 0.222 0.078 0.009 0.187 11 R 0.047 0.011 0.057 0.034 0.060 0.038 0.003 0.750 12 I 0.038 0.029 0.258 0.158 0.186 0.059 0.005 0.267 13 A 0.015 0.034 0.063 0.091 0.125 0.117 0.004 0.552 14 I 0.023 0.070 0.059 0.056 0.233 0.059 0.004 0.496 15 D 0.025 0.205 0.046 0.065 0.106 0.139 0.008 0.405 16 K 0.191 0.159 0.020 0.019 0.030 0.155 0.047 0.379 17 L 0.292 0.364 0.036 0.018 0.020 0.044 0.050 0.177 18 R 0.196 0.300 0.072 0.053 0.045 0.061 0.030 0.244 19 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 20 T 0.028 0.153 0.063 0.057 0.115 0.161 0.018 0.405 21 Q 0.165 0.266 0.055 0.026 0.028 0.063 0.023 0.374 22 I 0.039 0.305 0.080 0.036 0.041 0.068 0.014 0.418 23 A 0.114 0.299 0.073 0.066 0.074 0.117 0.016 0.241 24 V 0.108 0.405 0.046 0.069 0.068 0.053 0.013 0.239 25 G 0.026 0.340 0.033 0.059 0.072 0.054 0.012 0.405 26 F 0.064 0.276 0.034 0.063 0.136 0.073 0.012 0.342 27 R 0.035 0.355 0.012 0.061 0.063 0.083 0.011 0.379 28 E 0.106 0.366 0.010 0.030 0.071 0.134 0.008 0.274 29 V 0.015 0.886 0.004 0.020 0.020 0.010 0.002 0.044 30 E 0.005 0.928 0.004 0.009 0.013 0.005 0.002 0.034 31 L 0.009 0.924 0.002 0.008 0.009 0.005 0.003 0.040 32 K 0.035 0.897 0.003 0.003 0.005 0.008 0.009 0.040 33 R 0.021 0.919 0.005 0.002 0.004 0.007 0.006 0.036 34 K 0.014 0.876 0.004 0.002 0.002 0.014 0.007 0.080 35 E 0.025 0.868 0.003 0.001 0.002 0.020 0.006 0.075 36 W 0.020 0.932 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.035 37 R 0.016 0.901 0.003 0.001 0.003 0.016 0.005 0.055 38 E 0.028 0.881 0.003 0.001 0.001 0.020 0.008 0.058 39 T 0.042 0.911 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.032 40 R 0.047 0.870 0.004 0.002 0.002 0.006 0.009 0.060 41 K 0.061 0.604 0.014 0.004 0.008 0.025 0.017 0.267 42 K 0.079 0.520 0.012 0.004 0.007 0.071 0.017 0.291 43 D 0.112 0.547 0.007 0.002 0.003 0.072 0.021 0.236 44 G 0.216 0.453 0.013 0.003 0.005 0.024 0.027 0.258 45 D 0.075 0.346 0.040 0.009 0.013 0.056 0.017 0.444 46 D 0.046 0.269 0.023 0.009 0.018 0.085 0.011 0.540 47 F 0.135 0.524 0.012 0.010 0.026 0.086 0.014 0.193 48 L 0.090 0.709 0.017 0.019 0.030 0.022 0.012 0.102 49 G 0.180 0.366 0.025 0.023 0.030 0.042 0.053 0.281 50 N 0.239 0.151 0.086 0.037 0.023 0.036 0.104 0.324 51 H 0.330 0.048 0.092 0.068 0.051 0.044 0.098 0.268 52 I 0.007 0.004 0.089 0.013 0.021 0.027 0.008 0.830 53 V 0.015 0.002 0.433 0.194 0.174 0.051 0.005 0.126 54 P 0.001 0.001 0.013 0.004 0.003 0.002 0.001 0.977 55 V 0.002 0.001 0.375 0.089 0.218 0.024 0.001 0.292 56 V 0.010 0.001 0.469 0.165 0.123 0.027 0.002 0.204 57 A 0.014 0.002 0.191 0.163 0.293 0.037 0.003 0.297 58 G 0.018 0.001 0.093 0.119 0.288 0.099 0.002 0.379 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 60 K 0.007 0.001 0.006 0.018 0.039 0.175 0.005 0.749 61 D 0.329 0.001 0.009 0.016 0.012 0.106 0.039 0.488 62 R 0.424 0.002 0.048 0.033 0.049 0.241 0.010 0.193 63 A 0.061 0.005 0.131 0.212 0.219 0.114 0.004 0.254 64 Y 0.013 0.003 0.220 0.281 0.349 0.034 0.002 0.098 65 L 0.005 0.003 0.214 0.227 0.316 0.024 0.001 0.209 66 I 0.002 0.005 0.267 0.222 0.324 0.029 0.001 0.151 67 D 0.003 0.016 0.103 0.167 0.290 0.067 0.002 0.351 68 H 0.011 0.023 0.069 0.049 0.150 0.172 0.006 0.520 69 H 0.037 0.019 0.015 0.011 0.024 0.552 0.008 0.335 70 H 0.130 0.103 0.017 0.020 0.021 0.279 0.015 0.415 71 L 0.032 0.607 0.022 0.031 0.031 0.088 0.006 0.182 72 V 0.023 0.707 0.018 0.032 0.068 0.041 0.008 0.103 73 L 0.033 0.806 0.011 0.022 0.050 0.024 0.004 0.050 74 A 0.010 0.941 0.003 0.013 0.015 0.003 0.002 0.013 75 L 0.038 0.870 0.008 0.012 0.028 0.005 0.011 0.028 76 S 0.062 0.831 0.005 0.013 0.023 0.005 0.017 0.042 77 K 0.120 0.671 0.015 0.013 0.019 0.011 0.043 0.109 78 E 0.253 0.402 0.018 0.019 0.016 0.038 0.112 0.142 79 G 0.517 0.074 0.013 0.009 0.007 0.022 0.141 0.216 80 V 0.127 0.060 0.216 0.025 0.029 0.072 0.025 0.445 81 E 0.009 0.023 0.049 0.033 0.032 0.095 0.009 0.751 82 H 0.039 0.015 0.040 0.021 0.034 0.085 0.013 0.752 83 V 0.106 0.021 0.129 0.064 0.072 0.136 0.010 0.462 84 L 0.019 0.013 0.209 0.158 0.115 0.081 0.004 0.401 85 T 0.013 0.012 0.112 0.165 0.237 0.040 0.003 0.417 86 S 0.012 0.010 0.182 0.213 0.262 0.035 0.003 0.283 87 E 0.012 0.016 0.092 0.193 0.294 0.071 0.003 0.318 88 V 0.016 0.041 0.149 0.143 0.426 0.043 0.003 0.179 89 A 0.019 0.082 0.098 0.210 0.326 0.075 0.006 0.184 90 K 0.071 0.124 0.041 0.087 0.158 0.057 0.022 0.440 91 F 0.330 0.105 0.077 0.050 0.175 0.052 0.024 0.187 92 S 0.139 0.220 0.041 0.074 0.093 0.139 0.034 0.260 93 H 0.341 0.102 0.022 0.024 0.039 0.043 0.071 0.359 94 L 0.390 0.085 0.077 0.020 0.029 0.096 0.038 0.266 95 G 0.183 0.046 0.039 0.014 0.018 0.146 0.033 0.522 96 K 0.057 0.026 0.070 0.006 0.016 0.072 0.010 0.742 97 D 0.018 0.029 0.017 0.004 0.010 0.110 0.004 0.809 98 E 0.059 0.037 0.015 0.003 0.008 0.316 0.007 0.555 99 F 0.107 0.202 0.014 0.006 0.016 0.358 0.007 0.289 100 W 0.054 0.624 0.022 0.009 0.032 0.054 0.004 0.201 101 S 0.020 0.727 0.005 0.007 0.013 0.048 0.004 0.177 102 V 0.036 0.855 0.005 0.005 0.008 0.009 0.006 0.076 103 M 0.047 0.874 0.003 0.005 0.012 0.005 0.009 0.045 104 D 0.153 0.636 0.011 0.013 0.020 0.014 0.048 0.104 105 H 0.236 0.407 0.038 0.013 0.014 0.019 0.091 0.182 106 R 0.442 0.164 0.041 0.012 0.011 0.040 0.113 0.176 107 N 0.270 0.067 0.118 0.036 0.015 0.042 0.114 0.337 108 L 0.081 0.016 0.420 0.040 0.061 0.091 0.021 0.270 109 I 0.026 0.014 0.212 0.083 0.137 0.087 0.007 0.434 110 Y 0.013 0.008 0.236 0.166 0.154 0.066 0.003 0.353 111 P 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.989 112 F 0.009 0.005 0.095 0.098 0.279 0.119 0.002 0.394 113 D 0.062 0.021 0.034 0.092 0.167 0.081 0.006 0.536 114 A 0.062 0.038 0.035 0.045 0.083 0.107 0.010 0.619 115 Q 0.070 0.010 0.007 0.008 0.013 0.729 0.016 0.147 116 G 0.763 0.016 0.005 0.006 0.004 0.032 0.038 0.136 117 L 0.257 0.060 0.117 0.034 0.050 0.217 0.011 0.254 118 R 0.006 0.012 0.014 0.022 0.035 0.052 0.004 0.855 119 R 0.076 0.047 0.051 0.085 0.219 0.085 0.010 0.428 120 Q 0.041 0.022 0.018 0.032 0.066 0.102 0.006 0.713 121 S 0.038 0.022 0.018 0.017 0.040 0.059 0.006 0.798 122 G 0.068 0.032 0.015 0.013 0.021 0.096 0.013 0.743 123 D 0.192 0.026 0.014 0.008 0.012 0.158 0.030 0.560 124 I 0.393 0.030 0.024 0.017 0.022 0.108 0.013 0.393 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 126 K 0.007 0.016 0.021 0.023 0.069 0.179 0.002 0.681 127 N 0.151 0.072 0.019 0.010 0.022 0.169 0.012 0.546 128 I 0.228 0.300 0.032 0.017 0.053 0.054 0.009 0.307 129 H 0.121 0.270 0.046 0.023 0.035 0.153 0.013 0.340 130 D 0.223 0.217 0.019 0.010 0.018 0.070 0.023 0.419 131 L 0.388 0.202 0.042 0.011 0.026 0.048 0.032 0.251 132 E 0.127 0.182 0.057 0.021 0.025 0.187 0.034 0.368 133 D 0.109 0.106 0.062 0.011 0.019 0.115 0.044 0.532 134 D 0.174 0.093 0.033 0.011 0.015 0.169 0.016 0.489 135 P 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.978 136 F 0.008 0.016 0.008 0.003 0.008 0.824 0.003 0.130 137 R 0.342 0.197 0.014 0.004 0.008 0.284 0.007 0.144 138 S 0.010 0.890 0.005 0.004 0.004 0.016 0.001 0.069 139 L 0.022 0.811 0.006 0.006 0.011 0.028 0.006 0.110 140 A 0.054 0.806 0.007 0.005 0.013 0.025 0.007 0.081 141 G 0.039 0.863 0.002 0.006 0.010 0.018 0.007 0.056 142 A 0.016 0.943 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.027 143 L 0.010 0.941 0.003 0.004 0.006 0.003 0.005 0.028 144 R 0.008 0.947 0.004 0.005 0.008 0.003 0.004 0.020 145 M 0.017 0.920 0.006 0.007 0.009 0.004 0.009 0.028 146 A 0.048 0.834 0.017 0.012 0.009 0.004 0.032 0.044 147 G 0.516 0.169 0.015 0.018 0.008 0.007 0.145 0.123 148 G 0.105 0.074 0.332 0.029 0.026 0.038 0.024 0.373 149 Y 0.060 0.061 0.075 0.073 0.148 0.117 0.013 0.453 150 A 0.092 0.050 0.086 0.045 0.092 0.133 0.016 0.486 151 K 0.057 0.040 0.046 0.027 0.033 0.133 0.015 0.649 152 V 0.178 0.048 0.110 0.033 0.032 0.109 0.029 0.461 153 I 0.113 0.037 0.070 0.032 0.046 0.083 0.028 0.592 154 I 0.044 0.019 0.180 0.112 0.109 0.093 0.010 0.432 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 156 F 0.010 0.015 0.075 0.042 0.153 0.107 0.003 0.594 157 S 0.060 0.046 0.047 0.030 0.038 0.167 0.008 0.604 158 E 0.110 0.129 0.043 0.030 0.053 0.141 0.010 0.483 159 F 0.147 0.365 0.047 0.042 0.057 0.075 0.007 0.261 160 G 0.103 0.389 0.029 0.044 0.061 0.100 0.014 0.259 161 W 0.062 0.598 0.020 0.031 0.050 0.035 0.009 0.195 162 A 0.049 0.676 0.017 0.023 0.059 0.030 0.012 0.133 163 D 0.040 0.706 0.009 0.016 0.020 0.034 0.012 0.164 164 F 0.034 0.855 0.005 0.007 0.010 0.015 0.007 0.067 165 L 0.030 0.879 0.005 0.005 0.011 0.013 0.007 0.051 166 R 0.018 0.925 0.004 0.004 0.005 0.005 0.005 0.033 167 R 0.031 0.900 0.006 0.004 0.003 0.005 0.013 0.038 168 R 0.175 0.657 0.020 0.007 0.006 0.009 0.044 0.081 169 I 0.078 0.590 0.057 0.014 0.012 0.018 0.022 0.210 170 D 0.040 0.319 0.089 0.020 0.032 0.084 0.023 0.394 171 R 0.070 0.155 0.044 0.008 0.019 0.049 0.012 0.642 172 D 0.052 0.189 0.029 0.005 0.009 0.233 0.012 0.471 173 L 0.237 0.222 0.027 0.005 0.008 0.218 0.020 0.263 174 L 0.203 0.573 0.039 0.006 0.008 0.065 0.013 0.093 175 S 0.154 0.489 0.051 0.010 0.023 0.084 0.024 0.166 176 D 0.210 0.225 0.031 0.006 0.011 0.040 0.024 0.452 177 S 0.268 0.102 0.021 0.004 0.007 0.301 0.032 0.266 178 F 0.436 0.083 0.035 0.003 0.009 0.219 0.025 0.191 179 D 0.075 0.121 0.023 0.002 0.010 0.351 0.010 0.407 180 D 0.029 0.088 0.005 0.001 0.003 0.211 0.004 0.659 181 A 0.049 0.254 0.003 0.001 0.002 0.297 0.005 0.389 182 L 0.065 0.594 0.004 0.001 0.004 0.100 0.007 0.225 183 A 0.019 0.734 0.002 0.001 0.003 0.020 0.002 0.220 184 E 0.009 0.803 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.169 185 A 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.042 186 M 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 187 K 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 188 L 0.008 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 189 A 0.037 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 190 K 0.099 0.780 0.032 0.004 0.003 0.009 0.025 0.047 191 S 0.136 0.628 0.048 0.006 0.007 0.014 0.033 0.128 192 R 0.059 0.387 0.064 0.005 0.010 0.022 0.022 0.431 193 E 0.051 0.266 0.015 0.004 0.007 0.218 0.020 0.419 194 A 0.234 0.325 0.026 0.006 0.010 0.144 0.031 0.223 195 R 0.287 0.430 0.016 0.009 0.008 0.034 0.035 0.181 196 H 0.212 0.181 0.064 0.010 0.012 0.026 0.096 0.398 197 L 0.247 0.077 0.165 0.037 0.052 0.047 0.024 0.351 198 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 199 G 0.014 0.009 0.041 0.055 0.126 0.078 0.010 0.667 200 W 0.422 0.010 0.068 0.024 0.024 0.049 0.012 0.390 201 C 0.066 0.014 0.087 0.064 0.059 0.066 0.006 0.637 202 G 0.099 0.008 0.049 0.055 0.077 0.086 0.008 0.618 203 V 0.060 0.008 0.073 0.036 0.056 0.077 0.004 0.686 204 E 0.020 0.009 0.020 0.037 0.069 0.131 0.004 0.709 205 E 0.031 0.013 0.014 0.021 0.046 0.111 0.005 0.758