# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.4582 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.300 0.163 0.214 0.163 0.035 0.046 0.038 0.008 0.028 0.004 0.001 2 T 0.347 0.268 0.171 0.124 0.039 0.016 0.011 0.002 0.017 0.003 0.001 3 H 0.140 0.117 0.273 0.133 0.037 0.117 0.103 0.007 0.068 0.004 0.001 4 I 0.383 0.159 0.268 0.135 0.014 0.023 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 5 Y 0.228 0.186 0.244 0.176 0.038 0.056 0.028 0.009 0.027 0.006 0.001 6 E 0.068 0.199 0.422 0.011 0.035 0.023 0.023 0.002 0.209 0.007 0.001 7 P 0.373 0.006 0.523 0.016 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 8 R 0.325 0.146 0.291 0.109 0.033 0.051 0.014 0.007 0.018 0.003 0.001 9 L 0.196 0.272 0.307 0.127 0.029 0.034 0.009 0.002 0.020 0.001 0.002 10 S 0.088 0.433 0.219 0.072 0.118 0.021 0.014 0.003 0.029 0.004 0.001 11 R 0.048 0.310 0.485 0.024 0.025 0.076 0.010 0.002 0.017 0.001 0.003 12 I 0.005 0.758 0.144 0.003 0.040 0.016 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 13 A 0.005 0.098 0.770 0.001 0.003 0.110 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 14 I 0.858 0.038 0.044 0.014 0.006 0.029 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 15 D 0.955 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.346 0.045 0.013 0.553 0.027 0.003 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 17 L 0.119 0.149 0.501 0.133 0.018 0.036 0.019 0.005 0.015 0.002 0.002 18 R 0.056 0.256 0.411 0.002 0.072 0.015 0.029 0.002 0.143 0.012 0.001 19 P 0.528 0.003 0.408 0.015 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 20 T 0.732 0.045 0.082 0.096 0.017 0.008 0.005 0.009 0.004 0.003 0.001 21 Q 0.512 0.142 0.163 0.063 0.019 0.051 0.018 0.002 0.028 0.002 0.001 22 I 0.566 0.186 0.154 0.032 0.008 0.029 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 23 A 0.643 0.127 0.141 0.023 0.010 0.039 0.004 0.002 0.008 0.002 0.001 24 V 0.413 0.308 0.098 0.127 0.015 0.017 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 25 G 0.375 0.045 0.198 0.017 0.125 0.021 0.021 0.046 0.010 0.141 0.001 26 F 0.985 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.986 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.973 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.955 0.002 0.002 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.971 0.003 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 K 0.957 0.004 0.008 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.955 0.003 0.007 0.029 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.915 0.006 0.012 0.060 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 R 0.949 0.006 0.015 0.024 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.856 0.007 0.022 0.100 0.003 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 39 T 0.585 0.047 0.146 0.181 0.007 0.014 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 40 R 0.402 0.083 0.316 0.056 0.021 0.044 0.031 0.005 0.033 0.006 0.001 41 K 0.747 0.025 0.138 0.059 0.004 0.015 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 42 K 0.720 0.044 0.091 0.093 0.012 0.010 0.012 0.006 0.009 0.003 0.001 43 D 0.453 0.022 0.155 0.291 0.007 0.022 0.033 0.003 0.014 0.002 0.001 44 G 0.372 0.008 0.064 0.064 0.023 0.006 0.100 0.223 0.003 0.136 0.001 45 D 0.750 0.024 0.106 0.080 0.006 0.021 0.006 0.002 0.004 0.002 0.001 46 D 0.791 0.023 0.079 0.076 0.006 0.009 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 47 F 0.874 0.009 0.022 0.079 0.004 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 48 L 0.707 0.024 0.073 0.164 0.005 0.014 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 49 G 0.665 0.047 0.081 0.063 0.040 0.006 0.024 0.025 0.004 0.042 0.001 50 N 0.367 0.072 0.087 0.403 0.025 0.016 0.016 0.005 0.009 0.001 0.001 51 H 0.049 0.163 0.222 0.259 0.060 0.034 0.154 0.022 0.032 0.004 0.001 52 I 0.063 0.344 0.370 0.041 0.038 0.066 0.040 0.003 0.032 0.003 0.002 53 V 0.003 0.531 0.275 0.002 0.020 0.032 0.003 0.001 0.133 0.001 0.001 54 P 0.008 0.034 0.908 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 55 V 0.013 0.740 0.151 0.005 0.030 0.039 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 56 V 0.011 0.731 0.169 0.005 0.017 0.040 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 57 A 0.031 0.466 0.301 0.077 0.061 0.042 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 58 G 0.009 0.083 0.254 0.002 0.385 0.006 0.008 0.011 0.027 0.216 0.001 59 P 0.718 0.004 0.075 0.138 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 60 K 0.245 0.038 0.065 0.436 0.032 0.008 0.125 0.029 0.009 0.013 0.001 61 D 0.079 0.044 0.072 0.237 0.039 0.018 0.375 0.115 0.013 0.007 0.001 62 R 0.080 0.482 0.271 0.049 0.044 0.026 0.017 0.003 0.027 0.001 0.001 63 A 0.044 0.516 0.339 0.017 0.028 0.032 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 64 Y 0.034 0.687 0.187 0.007 0.039 0.022 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 65 L 0.066 0.600 0.218 0.007 0.015 0.061 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 66 I 0.187 0.425 0.127 0.027 0.022 0.097 0.004 0.001 0.109 0.001 0.001 67 D 0.434 0.076 0.160 0.049 0.035 0.125 0.042 0.007 0.052 0.014 0.006 68 H 0.640 0.033 0.033 0.118 0.013 0.080 0.043 0.013 0.016 0.007 0.005 69 H 0.724 0.039 0.041 0.103 0.010 0.046 0.023 0.003 0.009 0.002 0.001 70 H 0.789 0.033 0.040 0.050 0.010 0.037 0.023 0.005 0.010 0.001 0.001 71 L 0.958 0.005 0.004 0.018 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 72 V 0.987 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.973 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.896 0.007 0.010 0.081 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.811 0.024 0.050 0.068 0.005 0.007 0.024 0.004 0.006 0.001 0.001 78 E 0.484 0.023 0.109 0.365 0.004 0.003 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 79 G 0.053 0.002 0.028 0.021 0.022 0.003 0.113 0.637 0.002 0.119 0.001 80 V 0.359 0.113 0.328 0.115 0.016 0.049 0.005 0.001 0.012 0.002 0.001 81 E 0.488 0.090 0.087 0.276 0.026 0.010 0.010 0.005 0.004 0.004 0.001 82 H 0.150 0.390 0.155 0.129 0.102 0.023 0.018 0.005 0.025 0.002 0.001 83 V 0.061 0.691 0.143 0.015 0.028 0.017 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 84 L 0.114 0.290 0.426 0.020 0.013 0.105 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 85 T 0.181 0.423 0.196 0.047 0.102 0.027 0.005 0.003 0.014 0.003 0.001 86 S 0.174 0.449 0.167 0.022 0.146 0.018 0.005 0.003 0.013 0.002 0.001 87 E 0.110 0.679 0.132 0.012 0.028 0.023 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 88 V 0.204 0.432 0.219 0.029 0.009 0.070 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 89 A 0.436 0.278 0.132 0.036 0.078 0.015 0.010 0.001 0.012 0.003 0.001 90 K 0.223 0.140 0.165 0.134 0.057 0.112 0.094 0.005 0.067 0.001 0.002 91 F 0.362 0.197 0.210 0.172 0.017 0.023 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 92 S 0.586 0.110 0.117 0.113 0.028 0.015 0.010 0.005 0.009 0.007 0.001 93 H 0.306 0.130 0.103 0.319 0.046 0.025 0.038 0.007 0.021 0.005 0.001 94 L 0.193 0.109 0.277 0.307 0.021 0.030 0.031 0.003 0.026 0.002 0.001 95 G 0.050 0.041 0.274 0.042 0.173 0.024 0.065 0.077 0.011 0.242 0.001 96 K 0.716 0.026 0.087 0.113 0.013 0.015 0.012 0.005 0.005 0.008 0.001 97 D 0.776 0.017 0.090 0.091 0.006 0.007 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 98 E 0.947 0.004 0.012 0.026 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 99 F 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 W 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 S 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.963 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 M 0.781 0.011 0.024 0.163 0.001 0.006 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 104 D 0.835 0.012 0.040 0.057 0.003 0.012 0.032 0.004 0.004 0.003 0.001 105 H 0.666 0.041 0.036 0.209 0.013 0.009 0.015 0.004 0.003 0.003 0.001 106 R 0.207 0.043 0.059 0.583 0.020 0.009 0.054 0.013 0.009 0.002 0.001 107 N 0.035 0.075 0.072 0.079 0.039 0.033 0.571 0.048 0.046 0.003 0.001 108 L 0.078 0.445 0.354 0.035 0.025 0.048 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 109 I 0.055 0.592 0.209 0.032 0.022 0.051 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 110 Y 0.008 0.265 0.263 0.001 0.024 0.052 0.010 0.001 0.376 0.001 0.001 111 P 0.186 0.011 0.622 0.022 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 112 F 0.081 0.331 0.261 0.127 0.101 0.058 0.009 0.006 0.022 0.003 0.001 113 D 0.016 0.123 0.591 0.020 0.082 0.098 0.009 0.002 0.051 0.008 0.001 114 A 0.872 0.007 0.013 0.089 0.002 0.005 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 115 Q 0.279 0.006 0.036 0.662 0.001 0.002 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 116 G 0.041 0.002 0.028 0.044 0.015 0.001 0.122 0.701 0.001 0.046 0.001 117 L 0.129 0.199 0.536 0.058 0.018 0.028 0.012 0.001 0.017 0.002 0.001 118 R 0.102 0.127 0.675 0.021 0.005 0.046 0.005 0.002 0.014 0.002 0.002 119 R 0.096 0.319 0.464 0.025 0.032 0.036 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 120 Q 0.048 0.101 0.745 0.011 0.010 0.056 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 121 S 0.653 0.039 0.134 0.137 0.014 0.009 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 122 G 0.482 0.011 0.047 0.068 0.039 0.002 0.024 0.150 0.002 0.176 0.001 123 D 0.220 0.023 0.137 0.472 0.009 0.067 0.038 0.003 0.026 0.001 0.003 124 I 0.240 0.208 0.389 0.018 0.016 0.032 0.021 0.001 0.072 0.002 0.001 125 P 0.206 0.009 0.703 0.006 0.001 0.058 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 126 K 0.891 0.008 0.034 0.041 0.007 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 127 N 0.745 0.033 0.046 0.102 0.027 0.020 0.009 0.007 0.009 0.002 0.001 128 I 0.730 0.028 0.026 0.200 0.002 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 129 H 0.832 0.028 0.057 0.064 0.006 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 130 D 0.353 0.015 0.046 0.453 0.012 0.035 0.045 0.012 0.028 0.001 0.001 131 L 0.316 0.064 0.306 0.189 0.005 0.062 0.027 0.002 0.027 0.001 0.001 132 E 0.535 0.125 0.113 0.162 0.016 0.016 0.015 0.008 0.005 0.004 0.001 133 D 0.230 0.123 0.120 0.378 0.021 0.048 0.040 0.005 0.030 0.004 0.001 134 D 0.053 0.155 0.326 0.007 0.027 0.073 0.020 0.001 0.336 0.003 0.001 135 P 0.931 0.001 0.023 0.029 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 136 F 0.905 0.006 0.014 0.052 0.003 0.006 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 137 R 0.896 0.013 0.018 0.052 0.002 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 138 S 0.954 0.005 0.012 0.014 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 139 L 0.964 0.004 0.003 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 A 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 G 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.982 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.988 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.955 0.013 0.008 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.430 0.013 0.022 0.523 0.003 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 147 G 0.028 0.001 0.009 0.016 0.009 0.001 0.148 0.726 0.001 0.062 0.001 148 G 0.314 0.025 0.193 0.101 0.050 0.018 0.077 0.064 0.003 0.154 0.001 149 Y 0.282 0.192 0.321 0.100 0.049 0.029 0.008 0.003 0.010 0.005 0.001 150 A 0.272 0.223 0.296 0.070 0.053 0.035 0.015 0.002 0.028 0.004 0.001 151 K 0.268 0.224 0.347 0.055 0.042 0.028 0.011 0.004 0.017 0.002 0.002 152 V 0.152 0.339 0.270 0.099 0.030 0.061 0.016 0.002 0.029 0.001 0.001 153 I 0.078 0.370 0.377 0.051 0.024 0.049 0.010 0.001 0.038 0.002 0.001 154 I 0.016 0.454 0.304 0.001 0.018 0.022 0.006 0.001 0.177 0.001 0.001 155 P 0.083 0.004 0.817 0.003 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 156 F 0.446 0.102 0.168 0.084 0.060 0.049 0.033 0.024 0.026 0.008 0.001 157 S 0.846 0.033 0.043 0.044 0.013 0.007 0.004 0.003 0.002 0.005 0.001 158 E 0.717 0.053 0.039 0.152 0.014 0.012 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 159 F 0.604 0.075 0.089 0.137 0.030 0.030 0.012 0.006 0.012 0.004 0.001 160 G 0.793 0.048 0.044 0.030 0.024 0.022 0.015 0.008 0.010 0.006 0.001 161 W 0.917 0.009 0.008 0.045 0.004 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 162 A 0.981 0.003 0.003 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 F 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 L 0.933 0.003 0.003 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 R 0.959 0.004 0.007 0.017 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 167 R 0.858 0.010 0.013 0.109 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 168 R 0.682 0.021 0.043 0.204 0.004 0.010 0.025 0.001 0.010 0.001 0.001 169 I 0.463 0.099 0.227 0.139 0.010 0.030 0.008 0.002 0.020 0.001 0.001 170 D 0.153 0.076 0.299 0.117 0.020 0.231 0.041 0.003 0.052 0.007 0.001 171 R 0.904 0.010 0.023 0.047 0.003 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 172 D 0.890 0.004 0.027 0.053 0.002 0.011 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 173 L 0.853 0.004 0.009 0.125 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 174 L 0.766 0.021 0.042 0.137 0.003 0.017 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 175 S 0.685 0.049 0.079 0.123 0.026 0.013 0.008 0.003 0.009 0.006 0.001 176 D 0.790 0.011 0.045 0.115 0.014 0.008 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 177 S 0.341 0.036 0.124 0.270 0.026 0.106 0.018 0.005 0.071 0.002 0.001 178 F 0.890 0.002 0.005 0.083 0.001 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 179 D 0.988 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 D 0.972 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 A 0.968 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 M 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 L 0.901 0.001 0.001 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 A 0.598 0.011 0.082 0.270 0.003 0.011 0.012 0.005 0.007 0.001 0.001 190 K 0.435 0.024 0.140 0.308 0.011 0.034 0.031 0.007 0.006 0.004 0.001 191 S 0.058 0.071 0.716 0.030 0.033 0.061 0.002 0.002 0.027 0.002 0.001 192 R 0.969 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 E 0.914 0.002 0.008 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 A 0.846 0.009 0.043 0.081 0.002 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 195 R 0.844 0.008 0.031 0.111 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 196 H 0.362 0.027 0.067 0.466 0.011 0.015 0.029 0.009 0.014 0.001 0.001 197 L 0.013 0.136 0.558 0.002 0.006 0.016 0.013 0.001 0.255 0.001 0.001 198 P 0.136 0.002 0.799 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 199 G 0.105 0.041 0.143 0.049 0.183 0.006 0.020 0.261 0.004 0.188 0.001 200 W 0.250 0.112 0.330 0.172 0.043 0.050 0.011 0.005 0.019 0.004 0.004 201 C 0.115 0.261 0.255 0.287 0.039 0.014 0.007 0.002 0.018 0.001 0.001 202 G 0.066 0.031 0.161 0.023 0.217 0.005 0.027 0.169 0.004 0.298 0.001 203 V 0.201 0.199 0.440 0.078 0.029 0.031 0.002 0.002 0.010 0.002 0.006 204 E 0.106 0.263 0.398 0.053 0.054 0.044 0.016 0.007 0.050 0.008 0.001 205 E 0.309 0.129 0.352 0.070 0.052 0.027 0.020 0.012 0.012 0.015 0.002