# TARGET T0347 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.124 0.091 0.055 0.029 0.170 0.016 0.024 0.106 0.087 0.221 0.078 2 T 0.049 0.214 0.089 0.048 0.145 0.050 0.076 0.133 0.083 0.087 0.026 3 H 0.174 0.141 0.078 0.019 0.287 0.006 0.007 0.039 0.042 0.120 0.086 4 I 0.068 0.133 0.064 0.026 0.131 0.022 0.054 0.212 0.166 0.094 0.031 5 Y 0.046 0.130 0.096 0.042 0.095 0.039 0.108 0.165 0.096 0.148 0.035 6 E 0.069 0.192 0.109 0.046 0.144 0.029 0.054 0.131 0.103 0.090 0.034 7 P 0.044 0.217 0.099 0.023 0.123 0.029 0.046 0.148 0.132 0.112 0.028 8 R 0.085 0.129 0.042 0.007 0.223 0.006 0.034 0.173 0.146 0.114 0.042 9 L 0.276 0.090 0.019 0.010 0.236 0.021 0.030 0.072 0.075 0.102 0.069 10 S 0.042 0.417 0.099 0.016 0.308 0.012 0.018 0.041 0.021 0.016 0.010 11 R 0.478 0.033 0.008 0.001 0.183 0.001 0.002 0.008 0.015 0.098 0.173 12 I 0.017 0.590 0.246 0.012 0.128 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 A 0.082 0.586 0.075 0.002 0.210 0.001 0.002 0.013 0.004 0.005 0.020 14 I 0.028 0.004 0.002 0.004 0.029 0.005 0.007 0.322 0.559 0.030 0.011 15 D 0.002 0.004 0.003 0.013 0.002 0.016 0.030 0.529 0.377 0.023 0.002 16 K 0.011 0.036 0.009 0.004 0.032 0.006 0.098 0.424 0.189 0.186 0.005 17 L 0.057 0.053 0.021 0.014 0.053 0.027 0.059 0.182 0.168 0.311 0.056 18 R 0.072 0.243 0.129 0.028 0.284 0.005 0.007 0.073 0.066 0.040 0.053 19 P 0.012 0.024 0.013 0.008 0.024 0.014 0.046 0.541 0.275 0.035 0.008 20 T 0.013 0.023 0.017 0.006 0.029 0.006 0.035 0.467 0.235 0.157 0.012 21 Q 0.057 0.027 0.007 0.006 0.066 0.007 0.040 0.453 0.224 0.081 0.033 22 I 0.032 0.043 0.023 0.013 0.077 0.015 0.045 0.480 0.177 0.075 0.019 23 A 0.102 0.039 0.010 0.005 0.121 0.009 0.066 0.425 0.096 0.095 0.033 24 V 0.030 0.203 0.076 0.017 0.125 0.020 0.076 0.289 0.087 0.065 0.013 25 G 0.054 0.156 0.181 0.090 0.065 0.013 0.007 0.223 0.042 0.106 0.061 26 F 0.017 0.006 0.002 0.001 0.026 0.002 0.007 0.756 0.166 0.011 0.006 27 R 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.008 0.904 0.068 0.003 0.002 28 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.913 0.055 0.015 0.001 29 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.927 0.053 0.005 0.001 30 E 0.002 0.004 0.002 0.003 0.003 0.004 0.010 0.909 0.054 0.008 0.002 31 L 0.004 0.009 0.004 0.002 0.008 0.003 0.016 0.891 0.042 0.013 0.006 32 K 0.005 0.012 0.004 0.002 0.005 0.002 0.013 0.838 0.082 0.031 0.005 33 R 0.003 0.017 0.004 0.001 0.010 0.004 0.014 0.830 0.099 0.016 0.003 34 K 0.003 0.013 0.005 0.004 0.006 0.008 0.020 0.846 0.077 0.014 0.004 35 E 0.005 0.007 0.005 0.003 0.008 0.006 0.028 0.784 0.098 0.048 0.008 36 W 0.006 0.007 0.003 0.002 0.009 0.004 0.013 0.701 0.179 0.066 0.009 37 R 0.005 0.023 0.005 0.003 0.014 0.009 0.042 0.712 0.163 0.021 0.003 38 E 0.009 0.038 0.010 0.007 0.021 0.016 0.107 0.541 0.110 0.132 0.010 39 T 0.032 0.169 0.104 0.025 0.080 0.042 0.066 0.184 0.064 0.200 0.033 40 R 0.062 0.468 0.191 0.009 0.104 0.002 0.003 0.078 0.019 0.030 0.036 41 K 0.006 0.010 0.005 0.002 0.013 0.005 0.006 0.749 0.172 0.026 0.005 42 K 0.002 0.010 0.003 0.002 0.006 0.004 0.007 0.892 0.068 0.006 0.002 43 D 0.004 0.011 0.003 0.001 0.007 0.001 0.007 0.887 0.054 0.024 0.002 44 G 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.869 0.086 0.031 0.001 45 D 0.002 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.879 0.090 0.009 0.002 46 D 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.009 0.885 0.082 0.010 0.001 47 F 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.022 0.801 0.111 0.052 0.002 48 L 0.008 0.011 0.002 0.001 0.013 0.003 0.028 0.653 0.225 0.046 0.008 49 G 0.003 0.025 0.007 0.008 0.012 0.013 0.102 0.650 0.125 0.053 0.002 50 N 0.020 0.158 0.089 0.020 0.081 0.036 0.137 0.206 0.074 0.164 0.016 51 H 0.141 0.126 0.104 0.025 0.145 0.005 0.013 0.037 0.038 0.261 0.105 52 I 0.075 0.281 0.236 0.054 0.174 0.018 0.034 0.040 0.028 0.032 0.028 53 V 0.036 0.470 0.135 0.005 0.336 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.005 54 P 0.227 0.153 0.021 0.001 0.563 0.002 0.005 0.006 0.002 0.002 0.017 55 V 0.206 0.125 0.014 0.001 0.604 0.003 0.004 0.005 0.002 0.006 0.030 56 V 0.318 0.079 0.008 0.001 0.501 0.002 0.004 0.004 0.001 0.009 0.072 57 A 0.073 0.289 0.042 0.022 0.437 0.014 0.010 0.015 0.006 0.060 0.032 58 G 0.045 0.161 0.431 0.230 0.036 0.035 0.014 0.021 0.008 0.005 0.012 59 P 0.002 0.003 0.013 0.049 0.002 0.084 0.138 0.414 0.271 0.022 0.004 60 K 0.002 0.433 0.293 0.176 0.016 0.019 0.025 0.014 0.009 0.011 0.002 61 D 0.021 0.025 0.014 0.013 0.026 0.008 0.006 0.011 0.027 0.561 0.287 62 R 0.092 0.323 0.073 0.009 0.418 0.013 0.012 0.010 0.009 0.018 0.021 63 A 0.329 0.075 0.008 0.002 0.545 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.027 64 Y 0.138 0.215 0.036 0.006 0.567 0.004 0.004 0.007 0.002 0.003 0.016 65 L 0.442 0.060 0.006 0.001 0.413 0.001 0.002 0.008 0.002 0.004 0.060 66 I 0.089 0.195 0.080 0.041 0.303 0.063 0.058 0.048 0.021 0.040 0.064 67 D 0.193 0.210 0.160 0.053 0.231 0.018 0.011 0.029 0.013 0.027 0.056 68 H 0.019 0.017 0.011 0.010 0.023 0.008 0.013 0.390 0.367 0.121 0.021 69 H 0.015 0.099 0.039 0.018 0.035 0.027 0.063 0.478 0.142 0.069 0.015 70 H 0.044 0.045 0.008 0.004 0.077 0.003 0.017 0.625 0.106 0.050 0.021 71 L 0.005 0.009 0.003 0.001 0.006 0.003 0.014 0.790 0.138 0.027 0.003 72 V 0.007 0.006 0.002 0.002 0.008 0.002 0.007 0.841 0.100 0.019 0.004 73 L 0.006 0.006 0.003 0.003 0.007 0.004 0.012 0.851 0.091 0.014 0.005 74 A 0.003 0.007 0.004 0.003 0.008 0.003 0.015 0.828 0.121 0.007 0.001 75 L 0.004 0.003 0.002 0.003 0.006 0.003 0.030 0.727 0.186 0.034 0.002 76 S 0.007 0.033 0.009 0.004 0.017 0.013 0.098 0.585 0.196 0.035 0.004 77 K 0.024 0.027 0.009 0.009 0.025 0.016 0.137 0.419 0.151 0.167 0.018 78 E 0.017 0.449 0.288 0.032 0.101 0.017 0.023 0.029 0.018 0.018 0.008 79 G 0.135 0.051 0.049 0.066 0.069 0.025 0.018 0.035 0.052 0.254 0.244 80 V 0.096 0.190 0.065 0.021 0.170 0.027 0.031 0.082 0.153 0.116 0.048 81 E 0.040 0.086 0.053 0.058 0.104 0.060 0.098 0.154 0.170 0.142 0.035 82 H 0.176 0.085 0.037 0.012 0.248 0.011 0.024 0.056 0.087 0.187 0.077 83 V 0.191 0.203 0.042 0.007 0.466 0.003 0.004 0.013 0.009 0.025 0.037 84 L 0.196 0.139 0.040 0.024 0.434 0.015 0.019 0.025 0.012 0.042 0.055 85 T 0.195 0.191 0.033 0.008 0.512 0.002 0.005 0.010 0.004 0.012 0.027 86 S 0.201 0.185 0.017 0.002 0.569 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.013 87 E 0.220 0.171 0.014 0.001 0.543 0.003 0.004 0.012 0.002 0.003 0.027 88 V 0.372 0.059 0.013 0.009 0.337 0.012 0.012 0.032 0.015 0.022 0.116 89 A 0.036 0.153 0.070 0.118 0.099 0.176 0.092 0.141 0.075 0.022 0.017 90 K 0.239 0.074 0.034 0.006 0.202 0.003 0.006 0.031 0.041 0.170 0.193 91 F 0.143 0.135 0.021 0.009 0.223 0.010 0.014 0.091 0.177 0.107 0.069 92 S 0.035 0.099 0.038 0.025 0.095 0.030 0.101 0.274 0.217 0.065 0.020 93 H 0.062 0.077 0.024 0.012 0.103 0.011 0.045 0.211 0.230 0.194 0.031 94 L 0.027 0.077 0.047 0.028 0.058 0.053 0.088 0.131 0.138 0.305 0.048 95 G 0.107 0.324 0.207 0.019 0.194 0.002 0.003 0.021 0.014 0.053 0.056 96 K 0.009 0.021 0.005 0.002 0.025 0.003 0.010 0.490 0.390 0.038 0.007 97 D 0.002 0.009 0.003 0.003 0.007 0.010 0.038 0.729 0.179 0.018 0.002 98 E 0.003 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.019 0.797 0.111 0.052 0.003 99 F 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.814 0.106 0.057 0.004 100 W 0.004 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.837 0.127 0.007 0.003 101 S 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.009 0.907 0.068 0.002 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.894 0.079 0.012 0.001 103 M 0.006 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.846 0.107 0.019 0.003 104 D 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.008 0.031 0.705 0.223 0.018 0.002 105 H 0.006 0.026 0.017 0.011 0.013 0.011 0.088 0.641 0.121 0.060 0.007 106 R 0.015 0.591 0.179 0.017 0.084 0.007 0.007 0.018 0.017 0.052 0.013 107 N 0.090 0.047 0.022 0.021 0.062 0.010 0.014 0.033 0.031 0.426 0.244 108 L 0.188 0.216 0.046 0.007 0.440 0.011 0.007 0.016 0.013 0.025 0.029 109 I 0.208 0.161 0.019 0.014 0.500 0.009 0.009 0.007 0.006 0.016 0.052 110 Y 0.168 0.251 0.123 0.005 0.412 0.002 0.002 0.004 0.002 0.006 0.026 111 P 0.149 0.318 0.079 0.004 0.357 0.008 0.016 0.025 0.006 0.009 0.031 112 F 0.046 0.308 0.029 0.029 0.369 0.042 0.023 0.039 0.014 0.062 0.038 113 D 0.009 0.097 0.809 0.057 0.009 0.005 0.002 0.005 0.004 0.002 0.001 114 A 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.012 0.029 0.628 0.307 0.005 0.001 115 Q 0.001 0.790 0.189 0.006 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 116 G 0.005 0.011 0.009 0.011 0.007 0.003 0.001 0.003 0.009 0.593 0.346 117 L 0.026 0.610 0.101 0.001 0.223 0.002 0.007 0.016 0.006 0.005 0.004 118 R 0.218 0.284 0.122 0.002 0.306 0.001 0.005 0.006 0.005 0.009 0.042 119 R 0.046 0.444 0.244 0.024 0.155 0.030 0.031 0.010 0.004 0.003 0.010 120 Q 0.077 0.489 0.136 0.014 0.206 0.007 0.007 0.013 0.013 0.013 0.025 121 S 0.022 0.027 0.014 0.009 0.061 0.006 0.012 0.211 0.562 0.058 0.019 122 G 0.005 0.011 0.007 0.005 0.009 0.020 0.091 0.490 0.325 0.033 0.003 123 D 0.020 0.035 0.021 0.006 0.026 0.004 0.026 0.137 0.130 0.569 0.027 124 I 0.046 0.369 0.214 0.023 0.103 0.008 0.012 0.102 0.049 0.049 0.025 125 P 0.023 0.367 0.115 0.023 0.113 0.008 0.016 0.168 0.112 0.036 0.017 126 K 0.007 0.013 0.006 0.007 0.017 0.017 0.112 0.506 0.279 0.030 0.007 127 N 0.040 0.033 0.011 0.003 0.036 0.004 0.052 0.546 0.200 0.058 0.018 128 I 0.009 0.009 0.003 0.010 0.011 0.032 0.032 0.394 0.282 0.192 0.024 129 H 0.033 0.095 0.031 0.031 0.056 0.028 0.037 0.352 0.272 0.038 0.027 130 D 0.013 0.018 0.012 0.003 0.014 0.001 0.004 0.078 0.222 0.590 0.044 131 L 0.067 0.181 0.016 0.002 0.155 0.003 0.008 0.063 0.149 0.308 0.047 132 E 0.019 0.041 0.021 0.026 0.044 0.039 0.158 0.391 0.212 0.042 0.007 133 D 0.016 0.042 0.023 0.011 0.029 0.017 0.019 0.028 0.035 0.705 0.077 134 D 0.259 0.012 0.001 0.001 0.707 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.013 135 P 0.001 0.011 0.005 0.001 0.005 0.002 0.008 0.548 0.394 0.026 0.001 136 F 0.011 0.006 0.002 0.001 0.017 0.001 0.016 0.702 0.099 0.138 0.006 137 R 0.004 0.016 0.003 0.003 0.008 0.009 0.037 0.841 0.065 0.012 0.003 138 S 0.012 0.031 0.009 0.001 0.038 0.001 0.008 0.853 0.038 0.007 0.003 139 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.063 0.012 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.048 0.003 0.001 141 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.032 0.002 0.001 142 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.974 0.020 0.001 0.001 143 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.947 0.037 0.005 0.001 144 R 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.015 0.868 0.090 0.009 0.002 145 M 0.006 0.009 0.005 0.002 0.006 0.004 0.068 0.809 0.069 0.020 0.003 146 A 0.001 0.559 0.303 0.022 0.023 0.012 0.041 0.030 0.005 0.003 0.001 147 G 0.072 0.067 0.040 0.035 0.032 0.005 0.004 0.010 0.010 0.366 0.358 148 G 0.085 0.169 0.161 0.091 0.112 0.040 0.033 0.066 0.054 0.118 0.072 149 Y 0.079 0.317 0.067 0.019 0.241 0.011 0.018 0.084 0.054 0.071 0.039 150 A 0.097 0.307 0.219 0.021 0.194 0.009 0.016 0.041 0.028 0.032 0.037 151 K 0.036 0.228 0.127 0.027 0.098 0.073 0.110 0.158 0.095 0.034 0.015 152 V 0.103 0.198 0.106 0.009 0.243 0.005 0.019 0.082 0.081 0.097 0.057 153 I 0.173 0.161 0.102 0.016 0.215 0.014 0.027 0.052 0.057 0.131 0.052 154 I 0.029 0.415 0.217 0.024 0.166 0.017 0.028 0.063 0.022 0.013 0.007 155 P 0.099 0.247 0.065 0.014 0.155 0.011 0.024 0.140 0.087 0.091 0.066 156 F 0.051 0.045 0.028 0.018 0.095 0.011 0.016 0.299 0.319 0.082 0.037 157 S 0.009 0.030 0.011 0.004 0.024 0.008 0.028 0.673 0.197 0.012 0.004 158 E 0.040 0.017 0.004 0.002 0.039 0.004 0.033 0.525 0.204 0.108 0.024 159 F 0.027 0.042 0.010 0.013 0.060 0.020 0.032 0.559 0.182 0.043 0.012 160 G 0.022 0.038 0.019 0.006 0.043 0.004 0.028 0.654 0.136 0.032 0.019 161 W 0.013 0.029 0.023 0.008 0.018 0.005 0.009 0.565 0.208 0.106 0.015 162 A 0.003 0.008 0.004 0.004 0.007 0.002 0.009 0.733 0.214 0.013 0.003 163 D 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.035 0.825 0.119 0.006 0.001 164 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.038 0.790 0.127 0.033 0.001 165 L 0.007 0.013 0.003 0.002 0.013 0.005 0.027 0.653 0.225 0.047 0.005 166 R 0.012 0.027 0.009 0.008 0.021 0.012 0.092 0.518 0.201 0.092 0.008 167 R 0.015 0.034 0.018 0.012 0.032 0.028 0.175 0.353 0.146 0.165 0.022 168 R 0.081 0.130 0.046 0.013 0.152 0.010 0.057 0.179 0.111 0.159 0.062 169 I 0.061 0.235 0.080 0.017 0.175 0.023 0.058 0.144 0.089 0.077 0.039 170 D 0.087 0.234 0.094 0.020 0.214 0.012 0.029 0.112 0.063 0.093 0.042 171 R 0.021 0.153 0.101 0.030 0.074 0.022 0.039 0.278 0.207 0.060 0.015 172 D 0.018 0.068 0.046 0.012 0.039 0.016 0.042 0.408 0.256 0.075 0.020 173 L 0.034 0.048 0.021 0.005 0.053 0.008 0.028 0.291 0.262 0.210 0.041 174 L 0.027 0.136 0.056 0.011 0.067 0.012 0.035 0.210 0.192 0.227 0.027 175 S 0.061 0.190 0.031 0.005 0.198 0.003 0.019 0.236 0.158 0.078 0.020 176 D 0.007 0.032 0.012 0.011 0.024 0.049 0.115 0.434 0.253 0.056 0.008 177 S 0.047 0.077 0.028 0.007 0.066 0.006 0.043 0.348 0.144 0.186 0.048 178 F 0.017 0.022 0.014 0.003 0.016 0.002 0.004 0.365 0.223 0.306 0.028 179 D 0.006 0.067 0.012 0.003 0.025 0.003 0.008 0.722 0.140 0.009 0.004 180 D 0.002 0.011 0.003 0.002 0.007 0.005 0.020 0.822 0.115 0.012 0.002 181 A 0.003 0.006 0.008 0.002 0.005 0.004 0.022 0.727 0.113 0.108 0.003 182 L 0.007 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.801 0.112 0.053 0.008 183 A 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.884 0.083 0.007 0.001 184 E 0.002 0.007 0.004 0.001 0.006 0.001 0.012 0.879 0.070 0.017 0.002 185 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.831 0.118 0.038 0.001 186 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.827 0.152 0.009 0.001 187 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.876 0.108 0.004 0.001 188 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.771 0.145 0.037 0.001 189 A 0.042 0.011 0.002 0.001 0.027 0.001 0.019 0.526 0.152 0.174 0.046 190 K 0.006 0.060 0.025 0.006 0.018 0.009 0.033 0.442 0.224 0.168 0.009 191 S 0.034 0.498 0.080 0.004 0.129 0.001 0.003 0.137 0.063 0.038 0.014 192 R 0.009 0.009 0.005 0.003 0.016 0.007 0.038 0.565 0.314 0.028 0.007 193 E 0.016 0.011 0.007 0.006 0.011 0.005 0.023 0.495 0.248 0.152 0.026 194 A 0.039 0.041 0.006 0.003 0.054 0.002 0.008 0.266 0.241 0.291 0.049 195 R 0.009 0.083 0.020 0.012 0.044 0.025 0.118 0.412 0.248 0.027 0.003 196 H 0.068 0.037 0.020 0.009 0.051 0.004 0.022 0.110 0.127 0.484 0.068 197 L 0.083 0.261 0.173 0.031 0.203 0.026 0.055 0.077 0.024 0.035 0.032 198 P 0.044 0.093 0.070 0.110 0.066 0.131 0.158 0.144 0.087 0.060 0.037 199 G 0.068 0.060 0.085 0.078 0.098 0.022 0.019 0.053 0.093 0.308 0.116 200 W 0.126 0.079 0.052 0.037 0.183 0.033 0.055 0.100 0.072 0.204 0.060 201 C 0.039 0.188 0.123 0.084 0.109 0.039 0.065 0.086 0.067 0.160 0.041 202 G 0.030 0.095 0.145 0.241 0.069 0.059 0.039 0.069 0.063 0.145 0.045 203 V 0.086 0.165 0.135 0.035 0.161 0.020 0.042 0.097 0.095 0.112 0.050 204 E 0.047 0.276 0.266 0.033 0.125 0.014 0.025 0.075 0.054 0.053 0.031 205 E 0.055 0.218 0.129 0.028 0.146 0.030 0.060 0.126 0.086 0.084 0.038