# TARGET T0347 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.533 0.257 0.135 0.060 0.013 0.002 0.001 2 T 0.602 0.232 0.094 0.051 0.017 0.003 0.001 3 H 0.580 0.236 0.097 0.055 0.025 0.008 0.001 4 I 0.561 0.203 0.115 0.080 0.033 0.007 0.001 5 Y 0.687 0.197 0.070 0.032 0.011 0.003 0.001 6 E 0.617 0.215 0.091 0.057 0.017 0.003 0.001 7 P 0.567 0.265 0.103 0.047 0.015 0.003 0.001 8 R 0.382 0.310 0.177 0.094 0.031 0.006 0.001 9 L 0.247 0.252 0.216 0.180 0.084 0.019 0.001 10 S 0.054 0.101 0.159 0.308 0.274 0.100 0.004 11 R 0.086 0.248 0.306 0.247 0.096 0.016 0.001 12 I 0.093 0.129 0.164 0.245 0.259 0.104 0.007 13 A 0.091 0.253 0.303 0.260 0.080 0.012 0.001 14 I 0.033 0.059 0.096 0.244 0.371 0.185 0.012 15 D 0.127 0.333 0.275 0.168 0.075 0.021 0.001 16 K 0.117 0.297 0.261 0.197 0.090 0.035 0.004 17 L 0.026 0.044 0.094 0.201 0.337 0.262 0.036 18 R 0.022 0.072 0.119 0.224 0.307 0.223 0.032 19 P 0.084 0.134 0.164 0.206 0.194 0.160 0.058 20 T 0.108 0.102 0.100 0.135 0.186 0.236 0.132 21 Q 0.076 0.066 0.063 0.115 0.187 0.298 0.194 22 I 0.097 0.104 0.112 0.170 0.177 0.206 0.135 23 A 0.150 0.132 0.133 0.158 0.153 0.170 0.105 24 V 0.128 0.082 0.082 0.139 0.189 0.246 0.135 25 G 0.083 0.098 0.102 0.165 0.234 0.237 0.081 26 F 0.117 0.132 0.166 0.184 0.166 0.179 0.057 27 R 0.200 0.226 0.178 0.173 0.137 0.073 0.013 28 E 0.140 0.182 0.180 0.202 0.183 0.100 0.014 29 V 0.117 0.137 0.182 0.256 0.206 0.093 0.009 30 E 0.254 0.279 0.220 0.160 0.069 0.018 0.001 31 L 0.355 0.323 0.195 0.092 0.029 0.006 0.001 32 K 0.229 0.196 0.204 0.197 0.136 0.036 0.002 33 R 0.273 0.221 0.207 0.188 0.090 0.020 0.001 34 K 0.549 0.284 0.113 0.040 0.011 0.002 0.001 35 E 0.453 0.315 0.151 0.060 0.018 0.003 0.001 36 W 0.187 0.165 0.236 0.269 0.125 0.018 0.001 37 R 0.593 0.262 0.102 0.035 0.007 0.001 0.001 38 E 0.788 0.152 0.040 0.016 0.004 0.001 0.001 39 T 0.621 0.205 0.102 0.050 0.018 0.004 0.001 40 R 0.560 0.260 0.114 0.053 0.012 0.001 0.001 41 K 0.616 0.254 0.095 0.030 0.005 0.001 0.001 42 K 0.876 0.112 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.297 0.487 0.170 0.039 0.006 0.001 0.001 44 G 0.037 0.085 0.201 0.395 0.252 0.030 0.001 45 D 0.127 0.398 0.317 0.137 0.020 0.001 0.001 46 D 0.442 0.477 0.069 0.010 0.001 0.001 0.001 47 F 0.018 0.095 0.264 0.432 0.172 0.019 0.001 48 L 0.020 0.033 0.104 0.350 0.402 0.090 0.002 49 G 0.297 0.469 0.168 0.054 0.010 0.002 0.001 50 N 0.266 0.475 0.192 0.054 0.011 0.002 0.001 51 H 0.016 0.114 0.265 0.364 0.194 0.044 0.003 52 I 0.016 0.106 0.193 0.267 0.267 0.141 0.011 53 V 0.003 0.007 0.022 0.103 0.291 0.466 0.110 54 P 0.002 0.008 0.028 0.097 0.255 0.464 0.146 55 V 0.001 0.001 0.003 0.016 0.085 0.431 0.463 56 V 0.001 0.003 0.012 0.045 0.151 0.460 0.329 57 A 0.001 0.008 0.036 0.166 0.363 0.360 0.068 58 G 0.017 0.119 0.245 0.342 0.221 0.051 0.006 59 P 0.209 0.339 0.249 0.150 0.045 0.007 0.001 60 K 0.540 0.369 0.072 0.015 0.003 0.001 0.001 61 D 0.045 0.258 0.322 0.280 0.085 0.011 0.001 62 R 0.002 0.024 0.113 0.334 0.380 0.144 0.003 63 A 0.001 0.001 0.003 0.027 0.219 0.613 0.136 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.376 0.577 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.102 0.891 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.943 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.151 0.838 68 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.254 0.708 69 H 0.001 0.001 0.002 0.007 0.043 0.263 0.685 70 H 0.001 0.001 0.005 0.022 0.094 0.410 0.467 71 L 0.001 0.003 0.010 0.053 0.166 0.418 0.350 72 V 0.001 0.002 0.006 0.021 0.079 0.410 0.481 73 L 0.005 0.015 0.035 0.104 0.233 0.388 0.221 74 A 0.006 0.032 0.066 0.123 0.212 0.352 0.208 75 L 0.003 0.009 0.026 0.085 0.205 0.457 0.215 76 S 0.008 0.035 0.068 0.189 0.348 0.311 0.040 77 K 0.102 0.296 0.275 0.198 0.097 0.028 0.005 78 E 0.176 0.249 0.289 0.185 0.073 0.026 0.003 79 G 0.500 0.308 0.105 0.058 0.023 0.005 0.001 80 V 0.277 0.270 0.239 0.163 0.046 0.005 0.001 81 E 0.633 0.279 0.068 0.016 0.003 0.001 0.001 82 H 0.218 0.355 0.250 0.133 0.038 0.006 0.001 83 V 0.049 0.090 0.158 0.298 0.294 0.103 0.008 84 L 0.033 0.122 0.202 0.277 0.237 0.118 0.012 85 T 0.019 0.033 0.063 0.161 0.268 0.369 0.087 86 S 0.014 0.047 0.092 0.180 0.281 0.308 0.076 87 E 0.010 0.034 0.081 0.188 0.296 0.320 0.071 88 V 0.018 0.050 0.121 0.258 0.318 0.206 0.029 89 A 0.039 0.133 0.195 0.273 0.237 0.110 0.013 90 K 0.071 0.250 0.280 0.232 0.123 0.041 0.004 91 F 0.020 0.043 0.098 0.262 0.368 0.194 0.014 92 S 0.261 0.420 0.206 0.086 0.023 0.005 0.001 93 H 0.273 0.340 0.216 0.120 0.041 0.009 0.001 94 L 0.264 0.239 0.215 0.175 0.086 0.020 0.001 95 G 0.424 0.380 0.136 0.047 0.011 0.002 0.001 96 K 0.189 0.277 0.278 0.180 0.063 0.012 0.001 97 D 0.494 0.362 0.105 0.030 0.007 0.001 0.001 98 E 0.113 0.344 0.332 0.157 0.045 0.007 0.001 99 F 0.013 0.033 0.081 0.237 0.402 0.221 0.012 100 W 0.014 0.069 0.182 0.339 0.291 0.099 0.007 101 S 0.167 0.410 0.239 0.121 0.043 0.017 0.002 102 V 0.022 0.105 0.268 0.366 0.191 0.046 0.002 103 M 0.010 0.018 0.045 0.175 0.404 0.321 0.027 104 D 0.080 0.248 0.279 0.234 0.120 0.034 0.005 105 H 0.198 0.350 0.225 0.141 0.064 0.020 0.002 106 R 0.062 0.212 0.287 0.270 0.127 0.037 0.004 107 N 0.081 0.207 0.240 0.235 0.165 0.066 0.007 108 L 0.024 0.059 0.103 0.217 0.328 0.242 0.028 109 I 0.014 0.019 0.047 0.139 0.291 0.421 0.068 110 Y 0.026 0.045 0.089 0.179 0.282 0.310 0.070 111 P 0.033 0.047 0.070 0.120 0.224 0.365 0.141 112 F 0.042 0.083 0.154 0.272 0.281 0.148 0.019 113 D 0.175 0.294 0.284 0.169 0.061 0.015 0.001 114 A 0.395 0.294 0.155 0.105 0.039 0.010 0.001 115 Q 0.552 0.261 0.107 0.051 0.022 0.007 0.001 116 G 0.340 0.241 0.194 0.143 0.065 0.016 0.001 117 L 0.248 0.313 0.218 0.150 0.057 0.013 0.001 118 R 0.292 0.332 0.194 0.122 0.048 0.011 0.001 119 R 0.114 0.211 0.265 0.248 0.131 0.030 0.002 120 Q 0.292 0.392 0.202 0.089 0.022 0.003 0.001 121 S 0.140 0.227 0.255 0.258 0.103 0.017 0.001 122 G 0.514 0.342 0.103 0.033 0.008 0.001 0.001 123 D 0.292 0.416 0.194 0.076 0.018 0.003 0.001 124 I 0.040 0.075 0.148 0.307 0.318 0.108 0.005 125 P 0.118 0.244 0.270 0.248 0.099 0.019 0.001 126 K 0.340 0.414 0.167 0.059 0.017 0.003 0.001 127 N 0.112 0.255 0.265 0.234 0.107 0.026 0.001 128 I 0.026 0.040 0.110 0.305 0.365 0.148 0.007 129 H 0.238 0.377 0.209 0.125 0.041 0.010 0.001 130 D 0.385 0.409 0.150 0.044 0.010 0.002 0.001 131 L 0.054 0.132 0.229 0.334 0.206 0.043 0.002 132 E 0.274 0.401 0.190 0.096 0.032 0.006 0.001 133 D 0.081 0.133 0.217 0.313 0.199 0.055 0.003 134 D 0.209 0.213 0.181 0.175 0.146 0.070 0.006 135 P 0.042 0.127 0.242 0.335 0.179 0.067 0.009 136 F 0.014 0.019 0.042 0.115 0.284 0.408 0.118 137 R 0.029 0.105 0.145 0.195 0.257 0.207 0.061 138 S 0.014 0.062 0.110 0.194 0.241 0.267 0.111 139 L 0.008 0.029 0.061 0.129 0.197 0.407 0.168 140 A 0.014 0.043 0.064 0.168 0.287 0.350 0.075 141 G 0.032 0.073 0.095 0.189 0.289 0.268 0.053 142 A 0.013 0.064 0.189 0.327 0.286 0.112 0.009 143 L 0.024 0.048 0.084 0.238 0.367 0.225 0.014 144 R 0.099 0.284 0.296 0.232 0.078 0.011 0.001 145 M 0.383 0.382 0.157 0.063 0.013 0.002 0.001 146 A 0.289 0.370 0.224 0.095 0.020 0.003 0.001 147 G 0.400 0.366 0.150 0.062 0.018 0.003 0.001 148 G 0.161 0.216 0.247 0.238 0.113 0.024 0.001 149 Y 0.198 0.206 0.204 0.212 0.141 0.038 0.002 150 A 0.345 0.316 0.182 0.109 0.040 0.008 0.001 151 K 0.408 0.315 0.161 0.085 0.025 0.005 0.001 152 V 0.340 0.323 0.179 0.105 0.043 0.009 0.001 153 I 0.119 0.251 0.255 0.231 0.114 0.029 0.002 154 I 0.043 0.106 0.158 0.269 0.269 0.143 0.012 155 P 0.021 0.045 0.087 0.203 0.292 0.301 0.051 156 F 0.004 0.011 0.028 0.091 0.250 0.437 0.180 157 S 0.003 0.008 0.022 0.070 0.188 0.430 0.278 158 E 0.002 0.008 0.019 0.054 0.139 0.395 0.383 159 F 0.004 0.013 0.031 0.078 0.185 0.399 0.291 160 G 0.003 0.020 0.060 0.177 0.266 0.327 0.147 161 W 0.002 0.005 0.009 0.031 0.114 0.447 0.392 162 A 0.003 0.006 0.011 0.047 0.165 0.465 0.304 163 D 0.009 0.052 0.132 0.251 0.291 0.222 0.042 164 F 0.004 0.014 0.062 0.212 0.322 0.310 0.076 165 L 0.003 0.006 0.008 0.030 0.149 0.552 0.251 166 R 0.012 0.044 0.112 0.254 0.320 0.216 0.042 167 R 0.073 0.249 0.288 0.221 0.112 0.049 0.007 168 R 0.045 0.115 0.207 0.297 0.228 0.097 0.011 169 I 0.070 0.103 0.152 0.249 0.261 0.145 0.020 170 D 0.256 0.306 0.210 0.136 0.070 0.020 0.002 171 R 0.284 0.277 0.203 0.154 0.065 0.017 0.002 172 D 0.459 0.276 0.137 0.085 0.032 0.009 0.001 173 L 0.354 0.273 0.186 0.112 0.058 0.016 0.001 174 L 0.247 0.192 0.193 0.216 0.117 0.033 0.003 175 S 0.379 0.299 0.162 0.099 0.043 0.016 0.002 176 D 0.501 0.262 0.129 0.067 0.030 0.010 0.001 177 S 0.207 0.335 0.237 0.154 0.057 0.010 0.001 178 F 0.056 0.133 0.224 0.290 0.221 0.071 0.004 179 D 0.273 0.397 0.208 0.091 0.025 0.005 0.001 180 D 0.208 0.480 0.242 0.059 0.009 0.001 0.001 181 A 0.008 0.027 0.092 0.282 0.432 0.153 0.006 182 L 0.006 0.048 0.136 0.273 0.345 0.177 0.014 183 A 0.100 0.463 0.296 0.108 0.026 0.006 0.001 184 E 0.024 0.149 0.362 0.321 0.119 0.023 0.001 185 A 0.003 0.006 0.013 0.063 0.323 0.541 0.052 186 M 0.009 0.058 0.183 0.369 0.290 0.085 0.006 187 K 0.121 0.427 0.269 0.122 0.047 0.014 0.001 188 L 0.009 0.053 0.177 0.399 0.277 0.082 0.004 189 A 0.008 0.024 0.068 0.212 0.416 0.257 0.015 190 K 0.164 0.348 0.279 0.158 0.045 0.006 0.001 191 S 0.405 0.395 0.139 0.051 0.009 0.001 0.001 192 R 0.526 0.329 0.106 0.032 0.006 0.001 0.001 193 E 0.407 0.370 0.157 0.051 0.012 0.002 0.001 194 A 0.143 0.181 0.254 0.301 0.112 0.009 0.001 195 R 0.450 0.377 0.127 0.037 0.008 0.001 0.001 196 H 0.454 0.321 0.138 0.065 0.018 0.003 0.001 197 L 0.239 0.170 0.209 0.218 0.126 0.035 0.002 198 P 0.382 0.239 0.175 0.127 0.061 0.015 0.002 199 G 0.442 0.198 0.161 0.118 0.062 0.017 0.002 200 W 0.450 0.239 0.135 0.099 0.057 0.019 0.001 201 C 0.394 0.303 0.185 0.091 0.023 0.003 0.001 202 G 0.490 0.272 0.140 0.071 0.023 0.004 0.001 203 V 0.697 0.208 0.062 0.026 0.007 0.001 0.001 204 E 0.724 0.183 0.066 0.023 0.004 0.001 0.001 205 E 0.828 0.135 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001