# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6915 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.002 0.002 0.017 0.057 0.919 2 T 0.018 0.012 0.008 0.031 0.119 0.812 3 H 0.018 0.013 0.016 0.024 0.276 0.653 4 I 0.015 0.014 0.076 0.046 0.420 0.428 5 Y 0.020 0.008 0.078 0.056 0.418 0.420 6 E 0.024 0.006 0.054 0.035 0.457 0.424 7 P 0.030 0.004 0.063 0.057 0.411 0.436 8 R 0.203 0.030 0.068 0.068 0.271 0.359 9 L 0.537 0.016 0.050 0.063 0.171 0.162 10 S 0.819 0.004 0.013 0.023 0.048 0.093 11 R 0.902 0.005 0.004 0.018 0.017 0.053 12 I 0.810 0.013 0.003 0.017 0.021 0.137 13 A 0.557 0.017 0.008 0.019 0.073 0.327 14 I 0.032 0.004 0.675 0.089 0.150 0.050 15 D 0.011 0.001 0.686 0.044 0.226 0.033 16 K 0.004 0.001 0.781 0.049 0.152 0.014 17 L 0.021 0.038 0.113 0.133 0.381 0.314 18 R 0.037 0.031 0.019 0.117 0.251 0.546 19 P 0.035 0.012 0.038 0.287 0.319 0.309 20 T 0.054 0.018 0.038 0.278 0.340 0.272 21 Q 0.136 0.021 0.090 0.382 0.284 0.089 22 I 0.203 0.014 0.086 0.387 0.180 0.131 23 A 0.211 0.007 0.095 0.407 0.180 0.100 24 V 0.140 0.008 0.035 0.490 0.153 0.174 25 G 0.044 0.010 0.009 0.503 0.077 0.357 26 F 0.002 0.001 0.015 0.951 0.015 0.017 27 R 0.002 0.001 0.020 0.956 0.013 0.009 28 E 0.005 0.001 0.020 0.955 0.014 0.005 29 V 0.008 0.001 0.010 0.959 0.012 0.010 30 E 0.006 0.001 0.010 0.954 0.015 0.013 31 L 0.009 0.001 0.014 0.913 0.036 0.028 32 K 0.004 0.001 0.012 0.913 0.029 0.041 33 R 0.002 0.001 0.016 0.928 0.028 0.025 34 K 0.002 0.001 0.021 0.928 0.027 0.022 35 E 0.002 0.001 0.024 0.902 0.039 0.032 36 W 0.003 0.002 0.040 0.861 0.061 0.033 37 R 0.004 0.001 0.052 0.794 0.101 0.046 38 E 0.006 0.003 0.046 0.719 0.132 0.095 39 T 0.008 0.006 0.036 0.436 0.214 0.300 40 R 0.008 0.008 0.038 0.180 0.325 0.440 41 K 0.006 0.006 0.116 0.283 0.321 0.268 42 K 0.011 0.011 0.120 0.236 0.352 0.270 43 D 0.010 0.013 0.120 0.274 0.315 0.268 44 G 0.004 0.005 0.185 0.369 0.219 0.218 45 D 0.004 0.003 0.356 0.373 0.183 0.082 46 D 0.006 0.002 0.528 0.247 0.181 0.036 47 F 0.008 0.010 0.382 0.333 0.211 0.056 48 L 0.013 0.013 0.256 0.278 0.411 0.030 49 G 0.010 0.003 0.215 0.148 0.566 0.058 50 N 0.014 0.004 0.129 0.062 0.642 0.149 51 H 0.146 0.059 0.043 0.019 0.518 0.215 52 I 0.312 0.031 0.007 0.004 0.171 0.475 53 V 0.651 0.013 0.004 0.002 0.085 0.246 54 P 0.720 0.005 0.005 0.002 0.080 0.187 55 V 0.838 0.007 0.004 0.001 0.042 0.106 56 V 0.870 0.006 0.003 0.001 0.042 0.077 57 A 0.886 0.011 0.002 0.001 0.021 0.078 58 G 0.683 0.025 0.003 0.002 0.165 0.123 59 P 0.125 0.011 0.021 0.002 0.817 0.024 60 K 0.021 0.002 0.028 0.002 0.931 0.017 61 D 0.010 0.001 0.026 0.002 0.948 0.014 62 R 0.216 0.020 0.009 0.001 0.666 0.087 63 A 0.665 0.023 0.002 0.002 0.062 0.247 64 Y 0.933 0.011 0.001 0.002 0.014 0.038 65 L 0.938 0.005 0.002 0.007 0.012 0.037 66 I 0.774 0.021 0.009 0.053 0.038 0.106 67 D 0.302 0.010 0.031 0.134 0.243 0.281 68 H 0.096 0.003 0.076 0.289 0.311 0.225 69 H 0.076 0.005 0.062 0.346 0.362 0.148 70 H 0.047 0.017 0.055 0.659 0.161 0.062 71 L 0.023 0.003 0.021 0.909 0.034 0.010 72 V 0.006 0.001 0.017 0.961 0.012 0.003 73 L 0.003 0.001 0.012 0.976 0.008 0.001 74 A 0.001 0.001 0.008 0.984 0.005 0.001 75 L 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 76 S 0.001 0.001 0.020 0.964 0.008 0.007 77 K 0.001 0.001 0.019 0.957 0.017 0.006 78 E 0.001 0.001 0.021 0.941 0.015 0.021 79 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.065 0.925 80 V 0.030 0.009 0.038 0.019 0.249 0.655 81 E 0.203 0.007 0.054 0.020 0.254 0.462 82 H 0.642 0.016 0.029 0.017 0.110 0.186 83 V 0.817 0.003 0.005 0.008 0.058 0.110 84 L 0.922 0.001 0.002 0.006 0.017 0.052 85 T 0.960 0.001 0.001 0.009 0.008 0.021 86 S 0.944 0.002 0.001 0.012 0.011 0.031 87 E 0.928 0.002 0.003 0.017 0.013 0.039 88 V 0.751 0.007 0.017 0.056 0.052 0.117 89 A 0.544 0.008 0.056 0.086 0.114 0.191 90 K 0.349 0.017 0.098 0.089 0.217 0.231 91 F 0.076 0.014 0.316 0.098 0.374 0.123 92 S 0.053 0.006 0.284 0.097 0.432 0.129 93 H 0.019 0.008 0.201 0.072 0.552 0.148 94 L 0.012 0.024 0.049 0.057 0.465 0.394 95 G 0.006 0.006 0.004 0.014 0.226 0.743 96 K 0.001 0.001 0.051 0.762 0.114 0.071 97 D 0.002 0.001 0.032 0.881 0.057 0.028 98 E 0.001 0.001 0.020 0.952 0.022 0.004 99 F 0.003 0.001 0.008 0.970 0.011 0.006 100 W 0.002 0.001 0.005 0.982 0.006 0.004 101 S 0.003 0.001 0.010 0.978 0.006 0.003 102 V 0.003 0.001 0.011 0.968 0.011 0.006 103 M 0.003 0.004 0.012 0.958 0.017 0.006 104 D 0.003 0.001 0.023 0.919 0.047 0.007 105 H 0.003 0.001 0.041 0.808 0.117 0.029 106 R 0.007 0.004 0.045 0.397 0.330 0.217 107 N 0.041 0.003 0.008 0.009 0.321 0.618 108 L 0.377 0.021 0.006 0.003 0.146 0.447 109 I 0.744 0.026 0.003 0.001 0.073 0.153 110 Y 0.795 0.009 0.003 0.001 0.050 0.142 111 P 0.725 0.003 0.004 0.001 0.076 0.191 112 F 0.601 0.047 0.005 0.001 0.068 0.278 113 D 0.227 0.051 0.007 0.001 0.691 0.024 114 A 0.011 0.002 0.067 0.002 0.907 0.011 115 Q 0.003 0.001 0.083 0.008 0.896 0.010 116 G 0.035 0.016 0.050 0.003 0.886 0.012 117 L 0.200 0.031 0.009 0.007 0.154 0.599 118 R 0.446 0.196 0.009 0.007 0.074 0.268 119 R 0.226 0.055 0.012 0.009 0.117 0.580 120 Q 0.125 0.030 0.018 0.009 0.217 0.601 121 S 0.013 0.004 0.505 0.027 0.306 0.145 122 G 0.009 0.002 0.562 0.047 0.295 0.085 123 D 0.007 0.010 0.519 0.047 0.348 0.068 124 I 0.007 0.045 0.083 0.036 0.453 0.376 125 P 0.006 0.020 0.068 0.061 0.592 0.253 126 K 0.001 0.003 0.330 0.109 0.485 0.072 127 N 0.005 0.006 0.255 0.077 0.561 0.096 128 I 0.007 0.016 0.386 0.141 0.364 0.085 129 H 0.020 0.024 0.220 0.134 0.306 0.296 130 D 0.024 0.067 0.122 0.065 0.403 0.320 131 L 0.003 0.006 0.466 0.050 0.457 0.017 132 E 0.005 0.004 0.169 0.036 0.744 0.043 133 D 0.003 0.005 0.135 0.082 0.729 0.046 134 D 0.004 0.032 0.006 0.087 0.684 0.187 135 P 0.002 0.003 0.008 0.880 0.059 0.048 136 F 0.010 0.004 0.030 0.795 0.129 0.032 137 R 0.016 0.001 0.042 0.786 0.129 0.025 138 S 0.014 0.002 0.024 0.891 0.039 0.029 139 L 0.007 0.002 0.009 0.972 0.006 0.003 140 A 0.004 0.001 0.003 0.985 0.005 0.002 141 G 0.003 0.001 0.004 0.984 0.006 0.002 142 A 0.004 0.001 0.004 0.984 0.005 0.002 143 L 0.002 0.001 0.005 0.982 0.007 0.004 144 R 0.002 0.001 0.007 0.978 0.009 0.004 145 M 0.003 0.001 0.006 0.950 0.030 0.010 146 A 0.003 0.001 0.006 0.887 0.049 0.053 147 G 0.006 0.002 0.009 0.080 0.216 0.688 148 G 0.024 0.020 0.042 0.035 0.316 0.562 149 Y 0.100 0.046 0.072 0.040 0.312 0.430 150 A 0.118 0.038 0.073 0.053 0.329 0.389 151 K 0.107 0.010 0.066 0.035 0.389 0.393 152 V 0.166 0.011 0.041 0.025 0.299 0.457 153 I 0.262 0.054 0.025 0.030 0.206 0.423 154 I 0.219 0.059 0.013 0.025 0.200 0.483 155 P 0.144 0.026 0.024 0.059 0.250 0.497 156 F 0.018 0.008 0.332 0.359 0.176 0.107 157 S 0.019 0.003 0.377 0.378 0.142 0.080 158 E 0.014 0.002 0.377 0.477 0.087 0.043 159 F 0.022 0.008 0.061 0.658 0.120 0.131 160 G 0.029 0.009 0.024 0.767 0.076 0.095 161 W 0.014 0.001 0.017 0.926 0.030 0.012 162 A 0.013 0.001 0.020 0.929 0.030 0.006 163 D 0.008 0.001 0.026 0.937 0.026 0.003 164 F 0.006 0.001 0.018 0.951 0.020 0.004 165 L 0.002 0.001 0.010 0.956 0.016 0.014 166 R 0.002 0.001 0.025 0.939 0.021 0.013 167 R 0.003 0.001 0.020 0.892 0.044 0.040 168 R 0.002 0.004 0.018 0.825 0.056 0.095 169 I 0.002 0.008 0.014 0.625 0.110 0.242 170 D 0.002 0.005 0.020 0.398 0.210 0.365 171 R 0.001 0.001 0.242 0.399 0.234 0.122 172 D 0.002 0.002 0.329 0.381 0.223 0.063 173 L 0.003 0.005 0.422 0.357 0.175 0.038 174 L 0.007 0.020 0.165 0.366 0.249 0.194 175 S 0.008 0.009 0.097 0.200 0.412 0.275 176 D 0.002 0.002 0.155 0.319 0.365 0.156 177 S 0.004 0.006 0.117 0.232 0.397 0.243 178 F 0.001 0.001 0.109 0.676 0.154 0.059 179 D 0.001 0.001 0.026 0.906 0.034 0.034 180 D 0.001 0.001 0.009 0.983 0.006 0.002 181 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 182 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 183 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 184 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 185 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.006 186 M 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 187 K 0.001 0.001 0.007 0.979 0.008 0.005 188 L 0.001 0.001 0.012 0.939 0.020 0.028 189 A 0.001 0.002 0.013 0.913 0.028 0.043 190 K 0.002 0.004 0.014 0.834 0.059 0.087 191 S 0.003 0.003 0.039 0.540 0.218 0.197 192 R 0.001 0.001 0.157 0.534 0.225 0.082 193 E 0.004 0.006 0.243 0.291 0.358 0.097 194 A 0.005 0.005 0.326 0.181 0.428 0.055 195 R 0.008 0.004 0.144 0.175 0.514 0.155 196 H 0.015 0.038 0.081 0.125 0.509 0.232 197 L 0.024 0.041 0.026 0.030 0.600 0.279 198 P 0.031 0.011 0.042 0.031 0.531 0.353 199 G 0.061 0.037 0.064 0.032 0.592 0.215 200 W 0.087 0.054 0.062 0.072 0.521 0.203 201 C 0.116 0.039 0.044 0.077 0.439 0.285 202 G 0.084 0.017 0.028 0.037 0.437 0.397 203 V 0.061 0.016 0.031 0.034 0.343 0.516 204 E 0.044 0.031 0.011 0.030 0.169 0.714 205 E 0.005 0.001 0.001 0.002 0.036 0.955