# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6915 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 T 0.031 0.022 0.014 0.057 0.006 0.038 0.833 3 H 0.041 0.017 0.057 0.071 0.152 0.103 0.559 4 I 0.042 0.014 0.073 0.071 0.114 0.137 0.549 5 Y 0.040 0.013 0.062 0.093 0.194 0.151 0.448 6 E 0.022 0.004 0.037 0.049 0.217 0.029 0.642 7 P 0.023 0.006 0.126 0.105 0.152 0.166 0.422 8 R 0.057 0.020 0.144 0.107 0.146 0.260 0.267 9 L 0.304 0.032 0.082 0.070 0.097 0.054 0.362 10 S 0.423 0.021 0.047 0.089 0.050 0.059 0.311 11 R 0.729 0.016 0.019 0.023 0.072 0.031 0.110 12 I 0.730 0.033 0.004 0.007 0.061 0.004 0.160 13 A 0.523 0.069 0.005 0.004 0.034 0.008 0.356 14 I 0.023 0.003 0.728 0.122 0.010 0.041 0.075 15 D 0.005 0.001 0.793 0.095 0.034 0.057 0.016 16 K 0.005 0.001 0.768 0.116 0.007 0.092 0.010 17 L 0.068 0.028 0.198 0.325 0.089 0.055 0.237 18 R 0.067 0.010 0.031 0.092 0.082 0.025 0.694 19 P 0.032 0.005 0.111 0.348 0.135 0.194 0.175 20 T 0.137 0.008 0.065 0.209 0.212 0.226 0.143 21 Q 0.240 0.007 0.061 0.320 0.158 0.082 0.133 22 I 0.453 0.008 0.015 0.415 0.028 0.035 0.045 23 A 0.382 0.005 0.012 0.541 0.012 0.017 0.031 24 V 0.308 0.006 0.008 0.584 0.014 0.030 0.050 25 G 0.244 0.007 0.012 0.386 0.057 0.081 0.214 26 F 0.064 0.002 0.022 0.715 0.021 0.065 0.111 27 R 0.045 0.002 0.030 0.773 0.032 0.074 0.044 28 E 0.035 0.005 0.026 0.843 0.013 0.034 0.045 29 V 0.015 0.002 0.009 0.935 0.006 0.016 0.017 30 E 0.006 0.001 0.007 0.952 0.006 0.019 0.010 31 L 0.004 0.001 0.007 0.942 0.005 0.030 0.011 32 K 0.003 0.001 0.009 0.907 0.007 0.036 0.037 33 R 0.002 0.001 0.009 0.926 0.009 0.025 0.029 34 K 0.001 0.001 0.008 0.941 0.009 0.028 0.012 35 E 0.001 0.001 0.010 0.934 0.006 0.034 0.014 36 W 0.001 0.001 0.013 0.919 0.007 0.045 0.014 37 R 0.002 0.001 0.019 0.857 0.011 0.092 0.019 38 E 0.002 0.001 0.028 0.725 0.028 0.178 0.037 39 T 0.003 0.007 0.029 0.495 0.124 0.173 0.170 40 R 0.005 0.009 0.026 0.189 0.166 0.086 0.519 41 K 0.003 0.005 0.123 0.516 0.053 0.158 0.142 42 K 0.002 0.003 0.133 0.460 0.081 0.213 0.108 43 D 0.002 0.008 0.106 0.504 0.060 0.195 0.124 44 G 0.002 0.005 0.073 0.691 0.026 0.105 0.099 45 D 0.002 0.001 0.208 0.571 0.024 0.126 0.068 46 D 0.002 0.002 0.378 0.432 0.023 0.117 0.046 47 F 0.003 0.004 0.314 0.519 0.027 0.099 0.034 48 L 0.005 0.011 0.223 0.454 0.064 0.160 0.082 49 G 0.003 0.002 0.164 0.167 0.045 0.579 0.041 50 N 0.008 0.001 0.088 0.051 0.162 0.617 0.073 51 H 0.078 0.015 0.012 0.005 0.482 0.084 0.324 52 I 0.265 0.049 0.003 0.001 0.065 0.017 0.600 53 V 0.600 0.017 0.002 0.001 0.092 0.006 0.281 54 P 0.714 0.010 0.004 0.002 0.032 0.004 0.235 55 V 0.855 0.004 0.003 0.003 0.021 0.003 0.110 56 V 0.894 0.011 0.002 0.003 0.019 0.004 0.067 57 A 0.758 0.061 0.001 0.003 0.020 0.006 0.151 58 G 0.196 0.009 0.003 0.001 0.102 0.029 0.660 59 P 0.031 0.004 0.021 0.002 0.129 0.732 0.082 60 K 0.009 0.003 0.021 0.001 0.107 0.833 0.025 61 D 0.037 0.004 0.023 0.001 0.360 0.416 0.161 62 R 0.229 0.018 0.006 0.001 0.127 0.031 0.589 63 A 0.848 0.018 0.002 0.002 0.025 0.005 0.100 64 Y 0.945 0.003 0.002 0.003 0.010 0.002 0.034 65 L 0.959 0.003 0.001 0.006 0.005 0.002 0.024 66 I 0.895 0.008 0.001 0.012 0.009 0.003 0.071 67 D 0.485 0.010 0.006 0.078 0.054 0.080 0.287 68 H 0.055 0.003 0.029 0.226 0.134 0.389 0.164 69 H 0.028 0.007 0.042 0.573 0.111 0.143 0.097 70 H 0.022 0.006 0.041 0.778 0.032 0.068 0.054 71 L 0.015 0.004 0.030 0.878 0.009 0.042 0.023 72 V 0.006 0.001 0.023 0.938 0.003 0.022 0.008 73 L 0.002 0.001 0.019 0.942 0.003 0.028 0.005 74 A 0.002 0.001 0.010 0.951 0.002 0.026 0.008 75 L 0.006 0.002 0.021 0.921 0.008 0.030 0.013 76 S 0.005 0.001 0.029 0.905 0.009 0.040 0.010 77 K 0.007 0.001 0.029 0.806 0.042 0.094 0.020 78 E 0.004 0.002 0.019 0.215 0.051 0.693 0.017 79 G 0.003 0.001 0.003 0.005 0.034 0.933 0.021 80 V 0.041 0.005 0.005 0.002 0.055 0.021 0.872 81 E 0.341 0.007 0.013 0.004 0.194 0.018 0.423 82 H 0.811 0.006 0.006 0.003 0.037 0.007 0.130 83 V 0.913 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.076 84 L 0.949 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.042 85 T 0.939 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.053 86 S 0.955 0.001 0.001 0.005 0.008 0.002 0.028 87 E 0.963 0.002 0.001 0.008 0.006 0.003 0.017 88 V 0.923 0.005 0.002 0.011 0.017 0.005 0.036 89 A 0.704 0.007 0.009 0.024 0.079 0.024 0.154 90 K 0.403 0.028 0.015 0.030 0.135 0.037 0.352 91 F 0.067 0.013 0.182 0.080 0.105 0.043 0.511 92 S 0.024 0.004 0.304 0.085 0.105 0.221 0.257 93 H 0.017 0.008 0.269 0.089 0.127 0.319 0.171 94 L 0.020 0.022 0.075 0.067 0.329 0.199 0.287 95 G 0.012 0.013 0.018 0.034 0.199 0.129 0.595 96 K 0.004 0.004 0.075 0.372 0.103 0.162 0.280 97 D 0.002 0.002 0.092 0.647 0.051 0.132 0.073 98 E 0.005 0.006 0.072 0.738 0.041 0.073 0.064 99 F 0.005 0.004 0.023 0.901 0.009 0.026 0.031 100 W 0.004 0.002 0.027 0.917 0.008 0.019 0.023 101 S 0.007 0.001 0.040 0.889 0.009 0.031 0.022 102 V 0.017 0.002 0.049 0.863 0.010 0.041 0.019 103 M 0.036 0.017 0.042 0.749 0.032 0.071 0.052 104 D 0.024 0.006 0.039 0.581 0.036 0.220 0.095 105 H 0.011 0.002 0.049 0.269 0.064 0.562 0.044 106 R 0.011 0.002 0.029 0.025 0.105 0.732 0.096 107 N 0.023 0.002 0.023 0.003 0.349 0.343 0.257 108 L 0.287 0.040 0.010 0.002 0.157 0.026 0.477 109 I 0.642 0.079 0.004 0.002 0.025 0.009 0.239 110 Y 0.700 0.039 0.005 0.002 0.039 0.010 0.205 111 P 0.583 0.012 0.016 0.006 0.064 0.077 0.243 112 F 0.335 0.075 0.012 0.005 0.152 0.101 0.320 113 D 0.082 0.030 0.008 0.002 0.102 0.028 0.748 114 A 0.014 0.009 0.030 0.008 0.126 0.720 0.093 115 Q 0.005 0.006 0.022 0.004 0.090 0.826 0.047 116 G 0.017 0.021 0.033 0.005 0.466 0.201 0.259 117 L 0.037 0.058 0.006 0.003 0.130 0.026 0.740 118 R 0.069 0.169 0.008 0.002 0.089 0.038 0.626 119 R 0.039 0.077 0.019 0.005 0.163 0.058 0.640 120 Q 0.024 0.025 0.030 0.011 0.130 0.056 0.724 121 S 0.002 0.002 0.524 0.151 0.019 0.258 0.044 122 G 0.002 0.001 0.407 0.175 0.036 0.348 0.030 123 D 0.005 0.008 0.564 0.128 0.072 0.168 0.056 124 I 0.042 0.039 0.023 0.082 0.515 0.023 0.275 125 P 0.055 0.056 0.047 0.052 0.045 0.045 0.700 126 K 0.051 0.035 0.316 0.176 0.106 0.218 0.099 127 N 0.068 0.021 0.341 0.153 0.086 0.216 0.115 128 I 0.030 0.011 0.639 0.116 0.036 0.073 0.095 129 H 0.021 0.006 0.385 0.154 0.070 0.251 0.113 130 D 0.030 0.009 0.327 0.119 0.080 0.313 0.123 131 L 0.045 0.020 0.217 0.115 0.147 0.072 0.384 132 E 0.039 0.023 0.169 0.124 0.102 0.165 0.379 133 D 0.030 0.019 0.051 0.117 0.297 0.148 0.338 134 D 0.018 0.012 0.011 0.036 0.190 0.023 0.710 135 P 0.005 0.004 0.088 0.493 0.058 0.289 0.063 136 F 0.004 0.002 0.042 0.712 0.034 0.178 0.027 137 R 0.006 0.004 0.016 0.864 0.040 0.029 0.041 138 S 0.006 0.003 0.005 0.936 0.007 0.013 0.030 139 L 0.008 0.001 0.006 0.962 0.002 0.012 0.009 140 A 0.005 0.001 0.008 0.976 0.001 0.005 0.005 141 G 0.002 0.001 0.003 0.988 0.001 0.004 0.002 142 A 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 143 L 0.005 0.001 0.002 0.981 0.001 0.007 0.002 144 R 0.006 0.001 0.004 0.965 0.003 0.018 0.003 145 M 0.005 0.001 0.005 0.938 0.006 0.041 0.005 146 A 0.003 0.002 0.009 0.530 0.017 0.427 0.012 147 G 0.001 0.001 0.004 0.035 0.040 0.885 0.034 148 G 0.021 0.011 0.015 0.013 0.183 0.133 0.623 149 Y 0.159 0.043 0.031 0.013 0.233 0.051 0.470 150 A 0.183 0.026 0.027 0.011 0.137 0.040 0.577 151 K 0.206 0.024 0.025 0.008 0.199 0.029 0.509 152 V 0.125 0.013 0.007 0.003 0.073 0.032 0.747 153 I 0.100 0.037 0.005 0.003 0.084 0.028 0.743 154 I 0.114 0.046 0.002 0.005 0.183 0.010 0.641 155 P 0.116 0.027 0.006 0.016 0.082 0.023 0.729 156 F 0.051 0.022 0.212 0.248 0.050 0.144 0.271 157 S 0.026 0.008 0.322 0.305 0.070 0.164 0.105 158 E 0.028 0.005 0.260 0.441 0.073 0.108 0.085 159 F 0.074 0.013 0.073 0.569 0.111 0.049 0.111 160 G 0.087 0.022 0.042 0.601 0.049 0.071 0.126 161 W 0.018 0.003 0.029 0.895 0.006 0.025 0.022 162 A 0.007 0.001 0.016 0.949 0.005 0.007 0.015 163 D 0.003 0.001 0.014 0.969 0.002 0.008 0.005 164 F 0.003 0.001 0.020 0.958 0.002 0.014 0.003 165 L 0.004 0.001 0.017 0.949 0.002 0.024 0.004 166 R 0.006 0.002 0.029 0.869 0.008 0.077 0.010 167 R 0.005 0.001 0.019 0.771 0.015 0.173 0.016 168 R 0.008 0.005 0.018 0.484 0.067 0.231 0.186 169 I 0.010 0.027 0.010 0.175 0.177 0.084 0.516 170 D 0.007 0.009 0.011 0.052 0.069 0.043 0.809 171 R 0.001 0.001 0.285 0.387 0.037 0.218 0.070 172 D 0.001 0.001 0.355 0.324 0.032 0.234 0.053 173 L 0.001 0.006 0.497 0.220 0.026 0.169 0.082 174 L 0.004 0.024 0.159 0.308 0.088 0.195 0.223 175 S 0.004 0.006 0.140 0.262 0.103 0.232 0.253 176 D 0.002 0.003 0.120 0.279 0.150 0.358 0.088 177 S 0.004 0.015 0.121 0.314 0.105 0.282 0.160 178 F 0.001 0.004 0.057 0.608 0.065 0.050 0.215 179 D 0.001 0.001 0.027 0.932 0.003 0.028 0.010 180 D 0.001 0.001 0.020 0.950 0.002 0.025 0.003 181 A 0.001 0.001 0.027 0.951 0.001 0.017 0.004 182 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.006 0.003 183 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.009 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.021 0.001 185 A 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.018 0.003 186 M 0.001 0.001 0.005 0.977 0.002 0.013 0.003 187 K 0.001 0.001 0.012 0.932 0.002 0.052 0.002 188 L 0.001 0.001 0.021 0.794 0.005 0.172 0.008 189 A 0.001 0.004 0.024 0.651 0.032 0.227 0.061 190 K 0.002 0.009 0.017 0.371 0.109 0.274 0.217 191 S 0.003 0.004 0.025 0.240 0.260 0.078 0.391 192 R 0.001 0.001 0.118 0.581 0.072 0.197 0.032 193 E 0.003 0.003 0.204 0.527 0.030 0.199 0.033 194 A 0.010 0.014 0.484 0.326 0.027 0.083 0.057 195 R 0.021 0.010 0.367 0.279 0.059 0.195 0.068 196 H 0.028 0.008 0.232 0.240 0.078 0.352 0.062 197 L 0.057 0.015 0.031 0.050 0.440 0.045 0.363 198 P 0.070 0.018 0.088 0.082 0.135 0.206 0.400 199 G 0.175 0.018 0.086 0.055 0.172 0.230 0.263 200 W 0.238 0.042 0.100 0.065 0.116 0.121 0.318 201 C 0.206 0.029 0.056 0.063 0.163 0.142 0.341 202 G 0.066 0.015 0.039 0.021 0.365 0.120 0.374 203 V 0.037 0.014 0.033 0.013 0.189 0.114 0.600 204 E 0.014 0.016 0.013 0.006 0.023 0.037 0.891 205 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996