# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6915 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.148 0.256 0.325 0.070 0.085 0.031 0.029 0.011 0.035 0.011 0.001 2 T 0.251 0.208 0.359 0.078 0.038 0.031 0.008 0.003 0.016 0.006 0.002 3 H 0.143 0.188 0.339 0.110 0.032 0.092 0.043 0.005 0.044 0.004 0.001 4 I 0.296 0.200 0.279 0.117 0.028 0.041 0.011 0.004 0.019 0.002 0.002 5 Y 0.210 0.248 0.256 0.110 0.050 0.051 0.022 0.008 0.037 0.006 0.002 6 E 0.084 0.175 0.473 0.008 0.033 0.031 0.033 0.002 0.153 0.006 0.002 7 P 0.371 0.005 0.481 0.014 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 8 R 0.295 0.173 0.260 0.112 0.027 0.086 0.011 0.005 0.025 0.002 0.002 9 L 0.145 0.331 0.315 0.101 0.024 0.041 0.008 0.002 0.030 0.001 0.002 10 S 0.114 0.445 0.214 0.046 0.120 0.024 0.012 0.002 0.018 0.003 0.001 11 R 0.034 0.399 0.436 0.023 0.020 0.051 0.009 0.002 0.024 0.001 0.002 12 I 0.004 0.747 0.181 0.002 0.028 0.016 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 13 A 0.003 0.073 0.815 0.001 0.002 0.097 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 14 I 0.960 0.008 0.011 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 D 0.973 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.292 0.003 0.003 0.685 0.003 0.003 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 17 L 0.100 0.104 0.648 0.077 0.008 0.022 0.024 0.006 0.009 0.001 0.001 18 R 0.216 0.133 0.449 0.002 0.070 0.012 0.033 0.005 0.048 0.032 0.001 19 P 0.750 0.001 0.210 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 20 T 0.805 0.014 0.033 0.113 0.006 0.007 0.004 0.014 0.003 0.001 0.001 21 Q 0.675 0.092 0.148 0.030 0.008 0.025 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 22 I 0.806 0.105 0.051 0.016 0.007 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 23 A 0.859 0.059 0.031 0.025 0.007 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 24 V 0.606 0.148 0.043 0.164 0.009 0.011 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 25 G 0.543 0.029 0.112 0.028 0.094 0.014 0.021 0.066 0.006 0.087 0.001 26 F 0.956 0.006 0.011 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.987 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.983 0.002 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.983 0.004 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.988 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.976 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.958 0.003 0.004 0.029 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.956 0.005 0.006 0.025 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 K 0.940 0.006 0.010 0.031 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 35 E 0.923 0.006 0.009 0.054 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 W 0.873 0.012 0.018 0.083 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 37 R 0.893 0.014 0.032 0.042 0.004 0.004 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 38 E 0.738 0.014 0.038 0.169 0.007 0.010 0.011 0.006 0.005 0.001 0.001 39 T 0.452 0.091 0.207 0.195 0.010 0.022 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 40 R 0.337 0.113 0.337 0.058 0.029 0.051 0.027 0.005 0.037 0.006 0.001 41 K 0.625 0.044 0.189 0.082 0.006 0.026 0.010 0.003 0.008 0.004 0.001 42 K 0.580 0.077 0.143 0.106 0.018 0.021 0.025 0.008 0.015 0.007 0.001 43 D 0.436 0.049 0.197 0.211 0.017 0.032 0.025 0.004 0.025 0.004 0.001 44 G 0.564 0.008 0.046 0.064 0.014 0.008 0.059 0.141 0.005 0.091 0.001 45 D 0.836 0.012 0.042 0.069 0.003 0.019 0.008 0.002 0.006 0.002 0.001 46 D 0.833 0.021 0.034 0.082 0.005 0.011 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 47 F 0.818 0.014 0.029 0.113 0.004 0.008 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 48 L 0.576 0.051 0.111 0.221 0.008 0.013 0.009 0.002 0.008 0.001 0.001 49 G 0.549 0.021 0.108 0.066 0.037 0.009 0.091 0.040 0.004 0.075 0.001 50 N 0.238 0.068 0.091 0.492 0.031 0.025 0.026 0.011 0.016 0.002 0.001 51 H 0.040 0.275 0.397 0.077 0.061 0.028 0.082 0.005 0.030 0.003 0.001 52 I 0.110 0.242 0.494 0.041 0.013 0.070 0.006 0.001 0.020 0.001 0.002 53 V 0.006 0.494 0.261 0.001 0.012 0.032 0.008 0.001 0.186 0.001 0.001 54 P 0.024 0.013 0.903 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 55 V 0.025 0.670 0.206 0.005 0.039 0.034 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 56 V 0.021 0.689 0.179 0.009 0.022 0.051 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 57 A 0.037 0.472 0.297 0.070 0.057 0.042 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 58 G 0.007 0.063 0.244 0.001 0.352 0.006 0.011 0.009 0.023 0.284 0.001 59 P 0.689 0.005 0.117 0.119 0.002 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.049 60 K 0.318 0.027 0.072 0.443 0.012 0.012 0.078 0.016 0.009 0.011 0.001 61 D 0.073 0.037 0.054 0.222 0.038 0.023 0.398 0.131 0.018 0.005 0.001 62 R 0.072 0.445 0.299 0.057 0.040 0.031 0.021 0.003 0.031 0.001 0.001 63 A 0.049 0.505 0.343 0.027 0.024 0.027 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 64 Y 0.039 0.707 0.143 0.009 0.051 0.021 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 65 L 0.065 0.540 0.285 0.007 0.011 0.061 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 66 I 0.088 0.522 0.164 0.024 0.019 0.104 0.004 0.001 0.073 0.001 0.001 67 D 0.188 0.164 0.269 0.050 0.080 0.129 0.024 0.006 0.063 0.021 0.005 68 H 0.573 0.046 0.041 0.154 0.023 0.050 0.067 0.021 0.016 0.006 0.003 69 H 0.552 0.055 0.059 0.200 0.018 0.042 0.047 0.007 0.016 0.004 0.001 70 H 0.687 0.062 0.050 0.084 0.027 0.033 0.031 0.004 0.019 0.001 0.001 71 L 0.890 0.019 0.022 0.044 0.003 0.010 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 72 V 0.949 0.013 0.007 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.960 0.009 0.008 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.958 0.008 0.008 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.910 0.010 0.023 0.047 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.775 0.025 0.054 0.116 0.005 0.012 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 77 K 0.771 0.036 0.063 0.076 0.006 0.012 0.024 0.003 0.006 0.001 0.001 78 E 0.418 0.029 0.103 0.421 0.008 0.004 0.008 0.002 0.005 0.002 0.001 79 G 0.059 0.003 0.029 0.025 0.023 0.006 0.127 0.600 0.005 0.123 0.001 80 V 0.259 0.135 0.410 0.099 0.019 0.049 0.010 0.003 0.013 0.002 0.001 81 E 0.423 0.136 0.144 0.214 0.043 0.014 0.011 0.006 0.006 0.004 0.001 82 H 0.092 0.481 0.163 0.083 0.122 0.017 0.013 0.003 0.023 0.002 0.001 83 V 0.023 0.699 0.155 0.005 0.038 0.016 0.002 0.001 0.060 0.001 0.001 84 L 0.061 0.174 0.643 0.010 0.002 0.099 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 85 T 0.059 0.623 0.138 0.013 0.128 0.018 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 86 S 0.061 0.708 0.092 0.008 0.086 0.016 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 87 E 0.073 0.466 0.365 0.005 0.011 0.054 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 88 V 0.366 0.271 0.199 0.044 0.009 0.076 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 89 A 0.491 0.218 0.129 0.026 0.088 0.016 0.011 0.003 0.011 0.008 0.001 90 K 0.368 0.198 0.137 0.138 0.036 0.058 0.020 0.002 0.041 0.001 0.002 91 F 0.442 0.164 0.160 0.132 0.027 0.030 0.011 0.003 0.027 0.002 0.001 92 S 0.633 0.063 0.141 0.092 0.022 0.019 0.010 0.003 0.008 0.007 0.001 93 H 0.301 0.047 0.068 0.449 0.023 0.032 0.046 0.009 0.022 0.002 0.001 94 L 0.130 0.103 0.433 0.237 0.012 0.034 0.028 0.002 0.020 0.001 0.001 95 G 0.053 0.045 0.344 0.031 0.108 0.026 0.066 0.067 0.017 0.242 0.001 96 K 0.770 0.013 0.049 0.096 0.006 0.013 0.027 0.010 0.006 0.009 0.001 97 D 0.785 0.018 0.075 0.087 0.005 0.010 0.007 0.007 0.003 0.003 0.001 98 E 0.905 0.010 0.019 0.044 0.004 0.004 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 99 F 0.966 0.004 0.009 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 W 0.987 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 S 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.958 0.002 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 M 0.808 0.011 0.029 0.132 0.002 0.007 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 104 D 0.833 0.015 0.033 0.070 0.003 0.013 0.022 0.003 0.005 0.003 0.001 105 H 0.629 0.054 0.044 0.206 0.016 0.020 0.017 0.004 0.009 0.002 0.001 106 R 0.209 0.063 0.099 0.508 0.021 0.021 0.048 0.008 0.018 0.004 0.001 107 N 0.026 0.047 0.057 0.065 0.026 0.040 0.680 0.032 0.026 0.001 0.001 108 L 0.126 0.398 0.302 0.066 0.025 0.060 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 109 I 0.045 0.624 0.199 0.022 0.019 0.045 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 110 Y 0.013 0.323 0.304 0.001 0.024 0.058 0.015 0.001 0.261 0.001 0.001 111 P 0.125 0.010 0.702 0.023 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 112 F 0.072 0.379 0.257 0.085 0.078 0.078 0.008 0.005 0.032 0.005 0.001 113 D 0.016 0.123 0.562 0.017 0.054 0.139 0.009 0.001 0.070 0.009 0.001 114 A 0.881 0.005 0.009 0.083 0.002 0.004 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 115 Q 0.250 0.004 0.027 0.699 0.001 0.003 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 116 G 0.025 0.001 0.013 0.029 0.012 0.002 0.190 0.696 0.002 0.031 0.001 117 L 0.154 0.228 0.488 0.057 0.015 0.028 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 118 R 0.082 0.179 0.609 0.025 0.008 0.056 0.008 0.002 0.028 0.002 0.001 119 R 0.084 0.368 0.427 0.022 0.036 0.034 0.004 0.001 0.020 0.003 0.001 120 Q 0.041 0.128 0.710 0.009 0.017 0.063 0.003 0.001 0.024 0.002 0.001 121 S 0.577 0.050 0.148 0.149 0.023 0.019 0.011 0.007 0.010 0.004 0.002 122 G 0.546 0.022 0.067 0.094 0.047 0.004 0.025 0.078 0.003 0.114 0.001 123 D 0.192 0.026 0.103 0.513 0.012 0.073 0.041 0.003 0.035 0.001 0.003 124 I 0.163 0.211 0.445 0.009 0.015 0.032 0.024 0.001 0.097 0.002 0.001 125 P 0.205 0.007 0.725 0.007 0.001 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 126 K 0.892 0.008 0.035 0.043 0.006 0.003 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 127 N 0.678 0.022 0.058 0.147 0.016 0.038 0.014 0.008 0.016 0.002 0.001 128 I 0.712 0.031 0.031 0.203 0.003 0.011 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 129 H 0.825 0.022 0.071 0.059 0.005 0.006 0.006 0.002 0.002 0.003 0.001 130 D 0.477 0.024 0.049 0.322 0.023 0.033 0.037 0.013 0.021 0.001 0.001 131 L 0.345 0.061 0.254 0.222 0.005 0.061 0.027 0.005 0.020 0.001 0.001 132 E 0.586 0.067 0.110 0.184 0.010 0.018 0.012 0.004 0.005 0.002 0.001 133 D 0.173 0.040 0.044 0.567 0.017 0.042 0.079 0.015 0.018 0.004 0.001 134 D 0.014 0.123 0.354 0.002 0.023 0.070 0.013 0.001 0.400 0.001 0.001 135 P 0.918 0.001 0.023 0.040 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 136 F 0.914 0.004 0.008 0.055 0.002 0.008 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 137 R 0.863 0.015 0.019 0.087 0.002 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 138 S 0.922 0.010 0.018 0.020 0.005 0.009 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 139 L 0.939 0.006 0.006 0.042 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 A 0.978 0.005 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 G 0.981 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 142 A 0.984 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.934 0.014 0.009 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.952 0.016 0.009 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.876 0.040 0.023 0.045 0.006 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 146 A 0.390 0.033 0.050 0.493 0.007 0.004 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 147 G 0.020 0.001 0.006 0.013 0.007 0.001 0.141 0.717 0.001 0.093 0.001 148 G 0.222 0.052 0.238 0.132 0.061 0.035 0.061 0.078 0.009 0.112 0.001 149 Y 0.189 0.278 0.299 0.067 0.061 0.035 0.021 0.004 0.041 0.006 0.001 150 A 0.315 0.081 0.359 0.112 0.026 0.055 0.024 0.006 0.013 0.006 0.005 151 K 0.173 0.365 0.214 0.079 0.067 0.031 0.022 0.004 0.042 0.002 0.001 152 V 0.126 0.257 0.454 0.040 0.018 0.064 0.008 0.001 0.029 0.001 0.002 153 I 0.104 0.284 0.459 0.050 0.012 0.056 0.007 0.001 0.024 0.001 0.002 154 I 0.040 0.399 0.311 0.001 0.026 0.028 0.009 0.001 0.184 0.001 0.001 155 P 0.154 0.005 0.726 0.008 0.001 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 156 F 0.519 0.105 0.137 0.065 0.046 0.046 0.028 0.019 0.028 0.005 0.001 157 S 0.814 0.032 0.044 0.069 0.013 0.009 0.007 0.004 0.003 0.005 0.001 158 E 0.597 0.075 0.043 0.211 0.020 0.023 0.012 0.004 0.014 0.002 0.001 159 F 0.405 0.189 0.166 0.121 0.040 0.030 0.016 0.005 0.022 0.004 0.001 160 G 0.719 0.052 0.072 0.021 0.053 0.023 0.025 0.014 0.010 0.010 0.001 161 W 0.885 0.013 0.013 0.063 0.005 0.013 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 162 A 0.980 0.003 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.975 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 F 0.976 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 L 0.930 0.006 0.006 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 R 0.950 0.004 0.006 0.024 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 167 R 0.758 0.019 0.019 0.188 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 168 R 0.632 0.024 0.044 0.237 0.005 0.017 0.025 0.003 0.012 0.002 0.001 169 I 0.379 0.139 0.249 0.133 0.014 0.042 0.012 0.005 0.024 0.003 0.001 170 D 0.173 0.069 0.248 0.122 0.020 0.211 0.072 0.005 0.072 0.008 0.001 171 R 0.869 0.019 0.040 0.043 0.007 0.006 0.007 0.003 0.004 0.002 0.001 172 D 0.807 0.007 0.041 0.085 0.002 0.029 0.019 0.004 0.005 0.001 0.001 173 L 0.806 0.009 0.013 0.156 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 174 L 0.620 0.037 0.083 0.198 0.006 0.027 0.015 0.004 0.008 0.003 0.001 175 S 0.602 0.057 0.134 0.109 0.034 0.020 0.012 0.004 0.012 0.014 0.001 176 D 0.852 0.005 0.024 0.095 0.003 0.007 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 177 S 0.500 0.020 0.046 0.316 0.010 0.059 0.011 0.003 0.034 0.002 0.001 178 F 0.845 0.004 0.009 0.110 0.001 0.013 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 179 D 0.980 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 180 D 0.959 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 181 A 0.949 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.978 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 A 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 M 0.983 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 K 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 L 0.881 0.001 0.003 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 A 0.594 0.025 0.099 0.215 0.006 0.021 0.016 0.012 0.010 0.001 0.001 190 K 0.413 0.041 0.148 0.332 0.012 0.030 0.012 0.004 0.006 0.003 0.001 191 S 0.099 0.105 0.605 0.039 0.063 0.040 0.008 0.004 0.029 0.008 0.001 192 R 0.931 0.003 0.021 0.028 0.001 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 193 E 0.877 0.004 0.019 0.089 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 194 A 0.737 0.029 0.070 0.120 0.007 0.016 0.007 0.005 0.008 0.001 0.001 195 R 0.819 0.016 0.055 0.096 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 196 H 0.389 0.037 0.068 0.364 0.022 0.019 0.061 0.013 0.025 0.001 0.001 197 L 0.028 0.126 0.582 0.002 0.006 0.015 0.014 0.001 0.226 0.001 0.001 198 P 0.202 0.002 0.726 0.017 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 199 G 0.165 0.060 0.159 0.048 0.164 0.009 0.022 0.198 0.006 0.168 0.001 200 W 0.266 0.177 0.298 0.161 0.032 0.037 0.005 0.002 0.018 0.002 0.001 201 C 0.140 0.249 0.243 0.277 0.044 0.019 0.008 0.002 0.016 0.002 0.001 202 G 0.054 0.035 0.129 0.031 0.168 0.008 0.058 0.281 0.007 0.229 0.001 203 V 0.135 0.242 0.480 0.052 0.034 0.033 0.003 0.002 0.015 0.003 0.002 204 E 0.170 0.203 0.367 0.077 0.041 0.047 0.026 0.012 0.037 0.019 0.001 205 E 0.270 0.154 0.231 0.100 0.092 0.031 0.053 0.019 0.024 0.025 0.002