# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6915 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.779 0.142 0.048 0.022 0.007 0.002 0.001 2 T 0.678 0.205 0.080 0.027 0.007 0.002 0.001 3 H 0.596 0.233 0.104 0.048 0.015 0.003 0.001 4 I 0.440 0.243 0.155 0.102 0.046 0.013 0.001 5 Y 0.467 0.252 0.155 0.084 0.032 0.009 0.001 6 E 0.494 0.275 0.139 0.065 0.021 0.005 0.001 7 P 0.436 0.265 0.165 0.090 0.034 0.008 0.001 8 R 0.449 0.325 0.152 0.058 0.014 0.002 0.001 9 L 0.142 0.163 0.211 0.266 0.173 0.044 0.002 10 S 0.211 0.257 0.228 0.195 0.086 0.021 0.001 11 R 0.272 0.386 0.217 0.094 0.025 0.005 0.001 12 I 0.051 0.071 0.132 0.282 0.314 0.142 0.009 13 A 0.095 0.289 0.296 0.204 0.089 0.024 0.001 14 I 0.039 0.055 0.100 0.241 0.332 0.210 0.024 15 D 0.159 0.316 0.264 0.177 0.066 0.017 0.002 16 K 0.166 0.319 0.252 0.152 0.068 0.035 0.008 17 L 0.032 0.051 0.106 0.222 0.294 0.247 0.047 18 R 0.064 0.133 0.183 0.215 0.199 0.156 0.051 19 P 0.103 0.125 0.134 0.169 0.171 0.197 0.100 20 T 0.051 0.071 0.106 0.177 0.212 0.257 0.126 21 Q 0.032 0.029 0.036 0.067 0.142 0.322 0.372 22 I 0.051 0.050 0.062 0.096 0.137 0.271 0.333 23 A 0.078 0.062 0.088 0.124 0.153 0.235 0.261 24 V 0.070 0.061 0.056 0.083 0.131 0.258 0.341 25 G 0.053 0.048 0.066 0.126 0.187 0.290 0.230 26 F 0.086 0.085 0.089 0.123 0.187 0.294 0.135 27 R 0.081 0.141 0.183 0.257 0.203 0.111 0.025 28 E 0.048 0.135 0.204 0.239 0.209 0.143 0.023 29 V 0.045 0.060 0.099 0.208 0.308 0.248 0.032 30 E 0.150 0.256 0.237 0.205 0.113 0.037 0.003 31 L 0.181 0.258 0.260 0.197 0.082 0.021 0.002 32 K 0.196 0.273 0.245 0.188 0.077 0.019 0.001 33 R 0.459 0.285 0.154 0.072 0.024 0.006 0.001 34 K 0.759 0.158 0.051 0.022 0.008 0.002 0.001 35 E 0.570 0.271 0.113 0.036 0.008 0.001 0.001 36 W 0.247 0.227 0.290 0.186 0.045 0.004 0.001 37 R 0.724 0.209 0.053 0.011 0.002 0.001 0.001 38 E 0.868 0.104 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 39 T 0.853 0.096 0.034 0.014 0.003 0.001 0.001 40 R 0.818 0.145 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 41 K 0.715 0.214 0.059 0.011 0.001 0.001 0.001 42 K 0.864 0.109 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 43 D 0.721 0.203 0.058 0.016 0.003 0.001 0.001 44 G 0.223 0.188 0.254 0.239 0.086 0.011 0.001 45 D 0.346 0.360 0.204 0.074 0.014 0.002 0.001 46 D 0.382 0.422 0.150 0.039 0.006 0.001 0.001 47 F 0.053 0.095 0.188 0.333 0.256 0.073 0.002 48 L 0.038 0.071 0.144 0.292 0.322 0.129 0.004 49 G 0.358 0.374 0.174 0.074 0.017 0.003 0.001 50 N 0.331 0.399 0.182 0.070 0.014 0.002 0.001 51 H 0.017 0.078 0.187 0.305 0.269 0.133 0.010 52 I 0.014 0.062 0.149 0.250 0.279 0.211 0.034 53 V 0.003 0.012 0.034 0.100 0.242 0.440 0.168 54 P 0.002 0.011 0.035 0.105 0.228 0.417 0.202 55 V 0.002 0.005 0.014 0.039 0.135 0.453 0.352 56 V 0.004 0.010 0.019 0.051 0.141 0.422 0.352 57 A 0.013 0.041 0.081 0.176 0.270 0.313 0.105 58 G 0.023 0.076 0.144 0.271 0.297 0.168 0.020 59 P 0.102 0.258 0.275 0.243 0.099 0.021 0.002 60 K 0.373 0.412 0.149 0.051 0.012 0.002 0.001 61 D 0.205 0.393 0.241 0.126 0.030 0.004 0.001 62 R 0.027 0.130 0.254 0.317 0.205 0.063 0.004 63 A 0.001 0.006 0.024 0.097 0.309 0.497 0.066 64 Y 0.001 0.002 0.009 0.035 0.140 0.510 0.305 65 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.209 0.770 66 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.045 0.238 0.704 67 D 0.001 0.001 0.004 0.016 0.069 0.283 0.627 68 H 0.001 0.001 0.006 0.025 0.093 0.312 0.563 69 H 0.001 0.003 0.011 0.040 0.130 0.414 0.403 70 H 0.001 0.005 0.017 0.055 0.156 0.388 0.378 71 L 0.001 0.003 0.008 0.021 0.073 0.342 0.554 72 V 0.001 0.003 0.006 0.020 0.092 0.416 0.463 73 L 0.005 0.035 0.097 0.207 0.268 0.286 0.103 74 A 0.003 0.017 0.059 0.153 0.304 0.372 0.092 75 L 0.003 0.006 0.011 0.050 0.218 0.550 0.162 76 S 0.012 0.078 0.207 0.343 0.263 0.090 0.006 77 K 0.112 0.347 0.288 0.176 0.062 0.013 0.002 78 E 0.104 0.251 0.277 0.237 0.100 0.028 0.003 79 G 0.298 0.319 0.206 0.124 0.042 0.010 0.001 80 V 0.143 0.179 0.219 0.257 0.159 0.040 0.002 81 E 0.517 0.331 0.108 0.034 0.009 0.002 0.001 82 H 0.168 0.291 0.276 0.181 0.067 0.016 0.001 83 V 0.019 0.045 0.092 0.201 0.328 0.285 0.029 84 L 0.014 0.054 0.130 0.239 0.293 0.234 0.036 85 T 0.015 0.035 0.067 0.152 0.273 0.367 0.092 86 S 0.020 0.067 0.126 0.241 0.283 0.220 0.043 87 E 0.029 0.100 0.182 0.266 0.248 0.155 0.021 88 V 0.029 0.084 0.176 0.286 0.271 0.140 0.013 89 A 0.206 0.272 0.234 0.175 0.084 0.026 0.003 90 K 0.249 0.372 0.228 0.105 0.035 0.010 0.001 91 F 0.063 0.088 0.161 0.291 0.284 0.108 0.005 92 S 0.384 0.331 0.173 0.079 0.026 0.006 0.001 93 H 0.392 0.312 0.161 0.093 0.033 0.008 0.001 94 L 0.251 0.209 0.221 0.202 0.093 0.022 0.001 95 G 0.477 0.325 0.130 0.052 0.013 0.003 0.001 96 K 0.342 0.308 0.213 0.100 0.029 0.008 0.001 97 D 0.527 0.248 0.124 0.067 0.027 0.007 0.001 98 E 0.284 0.356 0.218 0.101 0.034 0.007 0.001 99 F 0.055 0.084 0.146 0.276 0.292 0.139 0.009 100 W 0.056 0.115 0.196 0.279 0.256 0.092 0.006 101 S 0.176 0.399 0.248 0.121 0.041 0.013 0.002 102 V 0.039 0.152 0.278 0.296 0.166 0.064 0.006 103 M 0.011 0.025 0.065 0.208 0.392 0.274 0.026 104 D 0.107 0.239 0.264 0.214 0.119 0.048 0.008 105 H 0.359 0.326 0.165 0.091 0.038 0.017 0.004 106 R 0.094 0.218 0.279 0.244 0.121 0.040 0.004 107 N 0.127 0.248 0.249 0.216 0.114 0.041 0.005 108 L 0.019 0.035 0.076 0.181 0.317 0.312 0.060 109 I 0.014 0.024 0.043 0.095 0.221 0.450 0.153 110 Y 0.023 0.043 0.084 0.166 0.259 0.309 0.117 111 P 0.028 0.048 0.078 0.157 0.251 0.321 0.117 112 F 0.044 0.090 0.164 0.271 0.258 0.146 0.026 113 D 0.165 0.270 0.262 0.194 0.080 0.027 0.003 114 A 0.439 0.271 0.151 0.089 0.038 0.011 0.002 115 Q 0.613 0.253 0.084 0.035 0.011 0.003 0.001 116 G 0.289 0.237 0.203 0.165 0.081 0.023 0.002 117 L 0.307 0.296 0.201 0.129 0.053 0.013 0.001 118 R 0.265 0.298 0.213 0.147 0.062 0.015 0.001 119 R 0.200 0.222 0.244 0.209 0.095 0.027 0.002 120 Q 0.336 0.330 0.190 0.101 0.034 0.008 0.001 121 S 0.193 0.243 0.257 0.198 0.084 0.023 0.001 122 G 0.608 0.267 0.084 0.031 0.008 0.002 0.001 123 D 0.325 0.377 0.204 0.076 0.016 0.002 0.001 124 I 0.056 0.070 0.135 0.320 0.315 0.102 0.002 125 P 0.123 0.288 0.308 0.199 0.069 0.012 0.001 126 K 0.510 0.336 0.108 0.035 0.008 0.002 0.001 127 N 0.158 0.266 0.289 0.205 0.068 0.013 0.001 128 I 0.043 0.055 0.133 0.299 0.323 0.141 0.006 129 H 0.246 0.327 0.248 0.127 0.041 0.011 0.001 130 D 0.395 0.401 0.139 0.050 0.012 0.003 0.001 131 L 0.079 0.092 0.153 0.292 0.256 0.117 0.011 132 E 0.393 0.322 0.157 0.082 0.033 0.012 0.002 133 D 0.379 0.277 0.171 0.109 0.045 0.016 0.003 134 D 0.176 0.197 0.209 0.214 0.132 0.061 0.010 135 P 0.071 0.129 0.166 0.189 0.201 0.185 0.059 136 F 0.025 0.048 0.081 0.155 0.242 0.307 0.142 137 R 0.018 0.042 0.082 0.169 0.259 0.308 0.122 138 S 0.017 0.027 0.054 0.117 0.219 0.349 0.215 139 L 0.008 0.008 0.010 0.024 0.089 0.387 0.474 140 A 0.022 0.030 0.046 0.088 0.182 0.382 0.251 141 G 0.028 0.081 0.144 0.227 0.231 0.218 0.071 142 A 0.008 0.029 0.103 0.270 0.345 0.214 0.031 143 L 0.009 0.010 0.016 0.072 0.271 0.500 0.122 144 R 0.041 0.150 0.256 0.289 0.187 0.070 0.007 145 M 0.108 0.298 0.286 0.193 0.083 0.028 0.005 146 A 0.089 0.195 0.241 0.265 0.152 0.050 0.007 147 G 0.260 0.324 0.231 0.127 0.043 0.013 0.002 148 G 0.199 0.189 0.173 0.198 0.162 0.072 0.007 149 Y 0.265 0.207 0.179 0.175 0.117 0.051 0.005 150 A 0.422 0.259 0.156 0.106 0.043 0.012 0.002 151 K 0.337 0.301 0.185 0.110 0.045 0.018 0.003 152 V 0.165 0.196 0.198 0.209 0.146 0.075 0.011 153 I 0.116 0.152 0.179 0.222 0.186 0.122 0.022 154 I 0.085 0.141 0.174 0.213 0.191 0.151 0.046 155 P 0.096 0.142 0.164 0.197 0.187 0.161 0.053 156 F 0.057 0.103 0.135 0.188 0.221 0.216 0.080 157 S 0.032 0.065 0.101 0.156 0.205 0.301 0.139 158 E 0.026 0.072 0.129 0.201 0.231 0.245 0.095 159 F 0.025 0.049 0.067 0.134 0.279 0.337 0.109 160 G 0.030 0.084 0.140 0.239 0.261 0.191 0.054 161 W 0.008 0.019 0.044 0.105 0.199 0.414 0.210 162 A 0.015 0.029 0.062 0.130 0.226 0.395 0.143 163 D 0.031 0.112 0.180 0.253 0.232 0.160 0.033 164 F 0.018 0.049 0.136 0.256 0.283 0.208 0.050 165 L 0.023 0.025 0.026 0.059 0.186 0.528 0.153 166 R 0.034 0.108 0.199 0.302 0.232 0.112 0.013 167 R 0.116 0.295 0.252 0.194 0.104 0.036 0.004 168 R 0.072 0.156 0.263 0.306 0.153 0.047 0.004 169 I 0.135 0.169 0.221 0.258 0.161 0.054 0.003 170 D 0.374 0.302 0.168 0.100 0.043 0.012 0.001 171 R 0.347 0.317 0.203 0.100 0.028 0.004 0.001 172 D 0.600 0.292 0.079 0.023 0.005 0.001 0.001 173 L 0.210 0.203 0.236 0.226 0.103 0.021 0.001 174 L 0.271 0.243 0.218 0.174 0.076 0.017 0.001 175 S 0.517 0.324 0.115 0.036 0.008 0.001 0.001 176 D 0.660 0.233 0.071 0.026 0.008 0.002 0.001 177 S 0.221 0.374 0.250 0.117 0.033 0.004 0.001 178 F 0.032 0.053 0.156 0.378 0.306 0.072 0.002 179 D 0.184 0.452 0.275 0.077 0.011 0.001 0.001 180 D 0.159 0.513 0.248 0.067 0.012 0.002 0.001 181 A 0.010 0.023 0.059 0.248 0.452 0.202 0.006 182 L 0.007 0.047 0.163 0.330 0.315 0.133 0.005 183 A 0.171 0.436 0.282 0.090 0.017 0.003 0.001 184 E 0.033 0.156 0.356 0.336 0.104 0.015 0.001 185 A 0.006 0.009 0.016 0.079 0.336 0.516 0.038 186 M 0.019 0.092 0.224 0.332 0.248 0.080 0.004 187 K 0.183 0.487 0.224 0.082 0.019 0.005 0.001 188 L 0.036 0.100 0.250 0.351 0.192 0.064 0.006 189 A 0.034 0.070 0.138 0.277 0.315 0.153 0.013 190 K 0.157 0.341 0.282 0.151 0.053 0.014 0.002 191 S 0.413 0.311 0.150 0.089 0.030 0.007 0.001 192 R 0.401 0.356 0.156 0.065 0.018 0.004 0.001 193 E 0.307 0.350 0.209 0.101 0.027 0.005 0.001 194 A 0.127 0.107 0.146 0.267 0.262 0.087 0.005 195 R 0.319 0.370 0.201 0.084 0.020 0.004 0.001 196 H 0.266 0.310 0.231 0.132 0.047 0.012 0.001 197 L 0.142 0.107 0.127 0.205 0.239 0.163 0.017 198 P 0.170 0.201 0.226 0.198 0.122 0.069 0.014 199 G 0.310 0.195 0.154 0.135 0.103 0.082 0.021 200 W 0.224 0.193 0.175 0.192 0.136 0.069 0.010 201 C 0.216 0.204 0.218 0.201 0.112 0.044 0.005 202 G 0.456 0.266 0.149 0.087 0.031 0.009 0.001 203 V 0.579 0.257 0.106 0.046 0.010 0.002 0.001 204 E 0.750 0.168 0.055 0.020 0.005 0.001 0.001 205 E 0.780 0.154 0.044 0.017 0.005 0.001 0.001