# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.9885 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.036 0.003 0.010 0.020 0.025 0.092 0.011 0.001 0.047 0.627 2 T 0.048 0.006 0.001 0.007 0.020 0.035 0.092 0.006 0.001 0.034 0.751 3 H 0.038 0.003 0.001 0.015 0.024 0.037 0.095 0.002 0.001 0.037 0.748 4 I 0.010 0.001 0.001 0.022 0.026 0.041 0.113 0.001 0.001 0.028 0.757 5 Y 0.088 0.007 0.002 0.016 0.032 0.031 0.117 0.005 0.001 0.042 0.659 6 E 0.084 0.005 0.001 0.013 0.014 0.015 0.144 0.007 0.001 0.047 0.671 7 P 0.015 0.003 0.001 0.024 0.022 0.045 0.152 0.002 0.001 0.047 0.690 8 R 0.015 0.008 0.001 0.098 0.065 0.166 0.115 0.003 0.001 0.063 0.466 9 L 0.007 0.007 0.001 0.089 0.106 0.131 0.088 0.001 0.001 0.048 0.523 10 S 0.002 0.007 0.001 0.133 0.308 0.301 0.036 0.001 0.001 0.027 0.184 11 R 0.005 0.005 0.001 0.102 0.241 0.286 0.034 0.001 0.001 0.050 0.277 12 I 0.002 0.012 0.002 0.170 0.281 0.189 0.039 0.001 0.001 0.027 0.276 13 A 0.104 0.067 0.009 0.119 0.154 0.215 0.053 0.016 0.007 0.090 0.165 14 I 0.324 0.081 0.004 0.042 0.054 0.065 0.040 0.032 0.003 0.077 0.276 15 D 0.134 0.017 0.001 0.052 0.035 0.066 0.085 0.004 0.001 0.037 0.568 16 K 0.015 0.003 0.003 0.058 0.036 0.067 0.113 0.001 0.001 0.041 0.663 17 L 0.006 0.009 0.002 0.052 0.062 0.066 0.120 0.002 0.001 0.032 0.647 18 R 0.412 0.084 0.005 0.018 0.033 0.025 0.076 0.016 0.003 0.071 0.257 19 P 0.086 0.063 0.007 0.030 0.013 0.026 0.139 0.007 0.003 0.099 0.528 20 T 0.032 0.089 0.001 0.022 0.032 0.096 0.114 0.005 0.001 0.078 0.529 21 Q 0.024 0.043 0.005 0.097 0.085 0.150 0.103 0.004 0.001 0.121 0.368 22 I 0.007 0.059 0.002 0.101 0.150 0.249 0.076 0.002 0.001 0.081 0.272 23 A 0.009 0.026 0.002 0.095 0.223 0.301 0.035 0.001 0.001 0.117 0.190 24 V 0.008 0.053 0.003 0.131 0.220 0.234 0.048 0.001 0.001 0.066 0.235 25 G 0.018 0.115 0.002 0.090 0.199 0.287 0.043 0.004 0.001 0.095 0.146 26 F 0.023 0.270 0.004 0.056 0.172 0.202 0.040 0.004 0.002 0.038 0.189 27 R 0.021 0.307 0.003 0.035 0.197 0.243 0.029 0.005 0.001 0.030 0.129 28 E 0.033 0.506 0.005 0.022 0.120 0.124 0.026 0.007 0.002 0.029 0.124 29 V 0.065 0.472 0.005 0.022 0.112 0.102 0.035 0.010 0.002 0.028 0.147 30 E 0.063 0.481 0.008 0.022 0.068 0.086 0.036 0.006 0.004 0.057 0.170 31 L 0.029 0.468 0.016 0.021 0.039 0.044 0.051 0.006 0.006 0.045 0.275 32 K 0.025 0.856 0.004 0.003 0.010 0.009 0.012 0.009 0.001 0.007 0.064 33 R 0.044 0.862 0.002 0.001 0.003 0.005 0.006 0.009 0.001 0.003 0.062 34 K 0.017 0.776 0.004 0.004 0.004 0.007 0.013 0.003 0.002 0.033 0.137 35 E 0.047 0.460 0.043 0.004 0.007 0.009 0.027 0.007 0.016 0.229 0.152 36 W 0.138 0.606 0.016 0.003 0.004 0.004 0.025 0.030 0.006 0.060 0.108 37 R 0.262 0.304 0.007 0.004 0.004 0.008 0.033 0.014 0.005 0.024 0.335 38 E 0.051 0.238 0.002 0.008 0.004 0.009 0.054 0.001 0.001 0.022 0.610 39 T 0.012 0.302 0.004 0.006 0.007 0.017 0.077 0.005 0.002 0.035 0.533 40 R 0.077 0.613 0.013 0.003 0.003 0.003 0.031 0.013 0.003 0.023 0.218 41 K 0.251 0.478 0.003 0.002 0.002 0.002 0.022 0.013 0.001 0.027 0.201 42 K 0.026 0.432 0.001 0.004 0.001 0.002 0.031 0.002 0.001 0.059 0.442 43 D 0.012 0.871 0.005 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.012 0.082 44 G 0.051 0.834 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.017 0.001 0.016 0.066 45 D 0.075 0.399 0.009 0.004 0.004 0.005 0.035 0.011 0.007 0.175 0.275 46 D 0.272 0.099 0.020 0.004 0.003 0.005 0.065 0.009 0.010 0.207 0.305 47 F 0.202 0.049 0.016 0.013 0.002 0.007 0.114 0.019 0.011 0.104 0.463 48 L 0.271 0.012 0.006 0.009 0.003 0.006 0.105 0.004 0.004 0.046 0.534 49 G 0.023 0.002 0.001 0.015 0.003 0.007 0.116 0.001 0.001 0.017 0.816 50 N 0.012 0.001 0.001 0.008 0.005 0.009 0.131 0.003 0.001 0.023 0.808 51 H 0.028 0.001 0.001 0.140 0.026 0.023 0.152 0.002 0.001 0.045 0.583 52 I 0.003 0.001 0.001 0.101 0.009 0.022 0.107 0.001 0.001 0.021 0.733 53 V 0.002 0.001 0.001 0.372 0.069 0.060 0.068 0.002 0.001 0.052 0.373 54 P 0.001 0.001 0.001 0.751 0.031 0.060 0.019 0.001 0.001 0.016 0.121 55 V 0.001 0.001 0.001 0.566 0.089 0.142 0.018 0.001 0.001 0.024 0.160 56 V 0.001 0.001 0.001 0.631 0.118 0.110 0.020 0.001 0.001 0.020 0.101 57 A 0.001 0.001 0.001 0.411 0.100 0.186 0.045 0.001 0.001 0.029 0.225 58 G 0.342 0.001 0.004 0.089 0.045 0.074 0.063 0.005 0.009 0.073 0.295 59 P 0.303 0.001 0.002 0.020 0.003 0.006 0.081 0.003 0.002 0.072 0.505 60 K 0.008 0.001 0.001 0.008 0.004 0.012 0.107 0.001 0.001 0.023 0.837 61 D 0.004 0.001 0.001 0.046 0.065 0.133 0.123 0.001 0.001 0.064 0.561 62 R 0.002 0.001 0.001 0.033 0.254 0.257 0.057 0.002 0.001 0.119 0.276 63 A 0.002 0.001 0.001 0.103 0.247 0.335 0.031 0.001 0.001 0.054 0.226 64 Y 0.002 0.001 0.001 0.169 0.245 0.327 0.036 0.001 0.001 0.055 0.165 65 L 0.003 0.001 0.001 0.194 0.287 0.313 0.034 0.001 0.001 0.067 0.100 66 I 0.015 0.005 0.001 0.259 0.098 0.232 0.080 0.002 0.002 0.056 0.251 67 D 0.318 0.143 0.003 0.050 0.028 0.043 0.074 0.012 0.004 0.060 0.265 68 H 0.123 0.308 0.004 0.016 0.006 0.013 0.065 0.008 0.003 0.056 0.397 69 H 0.030 0.668 0.003 0.010 0.008 0.014 0.037 0.002 0.001 0.018 0.209 70 H 0.022 0.721 0.001 0.007 0.046 0.042 0.027 0.005 0.001 0.032 0.096 71 L 0.028 0.856 0.002 0.003 0.011 0.009 0.013 0.008 0.001 0.013 0.057 72 V 0.032 0.564 0.003 0.009 0.039 0.040 0.023 0.005 0.001 0.190 0.096 73 L 0.015 0.688 0.007 0.005 0.020 0.046 0.017 0.005 0.002 0.120 0.076 74 A 0.067 0.544 0.033 0.009 0.025 0.045 0.024 0.014 0.009 0.126 0.105 75 L 0.073 0.094 0.258 0.011 0.021 0.029 0.038 0.017 0.148 0.140 0.171 76 S 0.426 0.025 0.003 0.004 0.010 0.019 0.049 0.009 0.003 0.041 0.411 77 K 0.126 0.011 0.003 0.005 0.003 0.006 0.044 0.002 0.003 0.028 0.770 78 E 0.015 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.126 0.002 0.001 0.011 0.827 79 G 0.025 0.004 0.001 0.006 0.006 0.011 0.096 0.003 0.001 0.018 0.829 80 V 0.045 0.007 0.001 0.016 0.037 0.028 0.181 0.007 0.001 0.036 0.643 81 E 0.012 0.008 0.001 0.091 0.037 0.112 0.133 0.002 0.001 0.075 0.528 82 H 0.003 0.012 0.001 0.153 0.109 0.265 0.070 0.001 0.001 0.124 0.262 83 V 0.002 0.032 0.001 0.167 0.212 0.208 0.052 0.001 0.001 0.042 0.282 84 L 0.002 0.045 0.001 0.123 0.316 0.343 0.019 0.001 0.001 0.019 0.129 85 T 0.005 0.049 0.001 0.107 0.253 0.309 0.021 0.002 0.001 0.072 0.182 86 S 0.011 0.041 0.004 0.068 0.297 0.235 0.031 0.003 0.002 0.141 0.168 87 E 0.037 0.151 0.006 0.057 0.196 0.206 0.051 0.010 0.003 0.076 0.207 88 V 0.115 0.082 0.010 0.035 0.140 0.139 0.052 0.009 0.007 0.125 0.285 89 A 0.055 0.068 0.016 0.047 0.069 0.081 0.087 0.008 0.010 0.112 0.449 90 K 0.146 0.102 0.010 0.023 0.028 0.057 0.089 0.015 0.007 0.088 0.435 91 F 0.222 0.071 0.015 0.023 0.016 0.027 0.086 0.016 0.008 0.086 0.428 92 S 0.112 0.019 0.001 0.015 0.009 0.019 0.096 0.004 0.001 0.038 0.685 93 H 0.046 0.013 0.001 0.015 0.006 0.014 0.105 0.001 0.001 0.032 0.766 94 L 0.013 0.018 0.001 0.015 0.008 0.011 0.129 0.002 0.001 0.023 0.779 95 G 0.063 0.274 0.002 0.009 0.006 0.008 0.095 0.011 0.001 0.031 0.500 96 K 0.111 0.605 0.001 0.004 0.001 0.002 0.034 0.010 0.001 0.041 0.189 97 D 0.038 0.283 0.003 0.009 0.002 0.003 0.040 0.002 0.001 0.443 0.175 98 E 0.008 0.795 0.002 0.003 0.004 0.005 0.023 0.004 0.001 0.070 0.085 99 F 0.030 0.886 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.017 0.001 0.007 0.045 100 W 0.044 0.674 0.004 0.007 0.006 0.008 0.015 0.010 0.001 0.089 0.141 101 S 0.038 0.577 0.009 0.004 0.005 0.012 0.036 0.005 0.007 0.121 0.185 102 V 0.150 0.178 0.139 0.005 0.006 0.012 0.052 0.033 0.068 0.150 0.208 103 M 0.324 0.024 0.058 0.007 0.007 0.011 0.067 0.018 0.055 0.068 0.360 104 D 0.102 0.003 0.001 0.004 0.003 0.008 0.087 0.002 0.001 0.024 0.765 105 H 0.026 0.005 0.002 0.015 0.003 0.010 0.126 0.002 0.001 0.031 0.782 106 R 0.012 0.004 0.001 0.025 0.012 0.033 0.203 0.005 0.001 0.081 0.623 107 N 0.003 0.003 0.001 0.086 0.075 0.194 0.111 0.001 0.001 0.097 0.430 108 L 0.002 0.001 0.001 0.147 0.104 0.232 0.065 0.001 0.001 0.086 0.361 109 I 0.001 0.002 0.001 0.189 0.179 0.222 0.051 0.001 0.001 0.036 0.319 110 Y 0.008 0.002 0.001 0.114 0.217 0.330 0.040 0.001 0.001 0.078 0.210 111 P 0.023 0.014 0.003 0.082 0.090 0.131 0.081 0.001 0.003 0.109 0.463 112 F 0.015 0.004 0.010 0.028 0.029 0.050 0.093 0.005 0.011 0.032 0.723 113 D 0.740 0.018 0.002 0.002 0.008 0.007 0.021 0.013 0.002 0.038 0.148 114 A 0.296 0.009 0.002 0.005 0.004 0.006 0.053 0.004 0.001 0.053 0.567 115 Q 0.017 0.006 0.001 0.009 0.008 0.025 0.064 0.002 0.001 0.018 0.850 116 G 0.028 0.009 0.001 0.012 0.059 0.085 0.095 0.002 0.001 0.038 0.672 117 L 0.010 0.002 0.001 0.010 0.116 0.081 0.100 0.001 0.001 0.027 0.652 118 R 0.010 0.006 0.001 0.020 0.076 0.088 0.119 0.001 0.001 0.027 0.652 119 R 0.059 0.009 0.002 0.017 0.033 0.038 0.127 0.007 0.001 0.046 0.660 120 Q 0.310 0.044 0.001 0.019 0.010 0.015 0.097 0.024 0.001 0.091 0.387 121 S 0.132 0.011 0.001 0.015 0.008 0.015 0.095 0.003 0.001 0.064 0.655 122 G 0.012 0.007 0.001 0.034 0.018 0.041 0.131 0.002 0.001 0.030 0.723 123 D 0.042 0.015 0.002 0.029 0.040 0.040 0.128 0.002 0.001 0.073 0.629 124 I 0.112 0.089 0.002 0.030 0.040 0.036 0.134 0.020 0.001 0.098 0.436 125 P 0.176 0.099 0.003 0.017 0.012 0.019 0.111 0.008 0.002 0.061 0.493 126 K 0.083 0.051 0.007 0.035 0.017 0.032 0.140 0.010 0.003 0.077 0.545 127 N 0.134 0.116 0.001 0.026 0.024 0.048 0.119 0.013 0.001 0.070 0.449 128 I 0.135 0.148 0.008 0.032 0.023 0.035 0.095 0.005 0.004 0.053 0.463 129 H 0.058 0.053 0.006 0.043 0.053 0.071 0.166 0.011 0.003 0.036 0.501 130 D 0.108 0.138 0.002 0.028 0.019 0.049 0.129 0.018 0.001 0.058 0.452 131 L 0.412 0.064 0.003 0.026 0.018 0.020 0.102 0.004 0.001 0.060 0.290 132 E 0.019 0.048 0.004 0.044 0.024 0.055 0.169 0.002 0.001 0.028 0.607 133 D 0.020 0.107 0.002 0.018 0.012 0.023 0.103 0.004 0.001 0.031 0.680 134 D 0.242 0.299 0.004 0.011 0.015 0.010 0.054 0.020 0.002 0.195 0.148 135 P 0.043 0.548 0.005 0.007 0.003 0.005 0.048 0.004 0.001 0.100 0.236 136 F 0.015 0.885 0.002 0.001 0.002 0.004 0.009 0.003 0.001 0.011 0.069 137 R 0.019 0.886 0.001 0.003 0.003 0.004 0.008 0.002 0.001 0.019 0.056 138 S 0.007 0.889 0.002 0.003 0.004 0.005 0.010 0.002 0.001 0.041 0.037 139 L 0.006 0.964 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.013 140 A 0.005 0.966 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.015 141 G 0.014 0.935 0.001 0.002 0.004 0.006 0.004 0.003 0.001 0.014 0.018 142 A 0.008 0.817 0.007 0.006 0.004 0.006 0.013 0.003 0.003 0.079 0.054 143 L 0.034 0.089 0.473 0.003 0.005 0.005 0.020 0.010 0.172 0.135 0.055 144 R 0.639 0.051 0.018 0.003 0.004 0.006 0.026 0.024 0.014 0.062 0.153 145 M 0.151 0.013 0.001 0.002 0.002 0.005 0.037 0.003 0.002 0.019 0.765 146 A 0.027 0.014 0.002 0.006 0.002 0.005 0.054 0.001 0.001 0.011 0.879 147 G 0.011 0.005 0.001 0.005 0.013 0.029 0.076 0.004 0.001 0.026 0.830 148 G 0.038 0.007 0.001 0.004 0.028 0.029 0.076 0.003 0.001 0.023 0.791 149 Y 0.116 0.032 0.002 0.032 0.021 0.029 0.098 0.005 0.001 0.035 0.630 150 A 0.131 0.072 0.001 0.022 0.014 0.023 0.105 0.015 0.001 0.035 0.583 151 K 0.179 0.015 0.001 0.021 0.024 0.028 0.122 0.006 0.001 0.025 0.579 152 V 0.005 0.012 0.001 0.076 0.052 0.070 0.132 0.001 0.001 0.010 0.640 153 I 0.016 0.030 0.002 0.045 0.017 0.024 0.088 0.001 0.001 0.034 0.741 154 I 0.100 0.269 0.002 0.029 0.055 0.021 0.080 0.025 0.001 0.151 0.266 155 P 0.053 0.492 0.002 0.016 0.003 0.006 0.047 0.003 0.001 0.036 0.341 156 F 0.011 0.714 0.004 0.019 0.007 0.011 0.020 0.002 0.001 0.066 0.146 157 S 0.008 0.858 0.001 0.003 0.005 0.006 0.012 0.003 0.001 0.044 0.060 158 E 0.011 0.916 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.044 0.019 159 F 0.005 0.732 0.002 0.007 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.201 0.036 160 G 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 0.013 161 W 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 162 A 0.007 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.012 163 D 0.015 0.914 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.028 0.031 164 F 0.043 0.513 0.125 0.002 0.001 0.001 0.023 0.024 0.052 0.140 0.076 165 L 0.390 0.295 0.019 0.005 0.001 0.002 0.041 0.025 0.011 0.091 0.121 166 R 0.085 0.163 0.008 0.009 0.002 0.006 0.087 0.005 0.007 0.057 0.572 167 R 0.050 0.067 0.003 0.008 0.003 0.006 0.112 0.002 0.001 0.025 0.722 168 R 0.072 0.086 0.006 0.015 0.009 0.021 0.106 0.008 0.003 0.065 0.609 169 I 0.046 0.118 0.004 0.007 0.005 0.011 0.088 0.005 0.002 0.021 0.694 170 D 0.193 0.414 0.006 0.007 0.003 0.006 0.035 0.014 0.003 0.019 0.302 171 R 0.312 0.184 0.004 0.007 0.004 0.007 0.043 0.013 0.001 0.059 0.365 172 D 0.073 0.112 0.005 0.024 0.012 0.028 0.089 0.005 0.002 0.076 0.575 173 L 0.100 0.069 0.010 0.042 0.014 0.026 0.101 0.004 0.002 0.073 0.559 174 L 0.126 0.087 0.003 0.039 0.025 0.025 0.114 0.011 0.002 0.066 0.503 175 S 0.168 0.049 0.001 0.012 0.009 0.013 0.104 0.004 0.001 0.031 0.608 176 D 0.019 0.024 0.001 0.017 0.007 0.015 0.131 0.004 0.001 0.034 0.748 177 S 0.033 0.198 0.002 0.011 0.006 0.009 0.125 0.004 0.001 0.058 0.554 178 F 0.021 0.756 0.002 0.004 0.002 0.002 0.024 0.007 0.001 0.022 0.160 179 D 0.033 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.013 0.042 180 D 0.019 0.790 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.114 0.059 181 A 0.007 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.026 0.026 182 L 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.015 183 A 0.008 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.030 0.027 184 E 0.005 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 0.028 185 A 0.012 0.926 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.002 0.016 0.022 186 M 0.069 0.705 0.008 0.002 0.001 0.001 0.012 0.011 0.003 0.131 0.059 187 K 0.048 0.430 0.009 0.003 0.001 0.001 0.036 0.004 0.005 0.257 0.205 188 L 0.076 0.467 0.012 0.004 0.001 0.001 0.059 0.008 0.004 0.091 0.277 189 A 0.106 0.405 0.025 0.008 0.002 0.003 0.055 0.014 0.009 0.061 0.314 190 K 0.055 0.470 0.002 0.004 0.001 0.003 0.041 0.005 0.001 0.015 0.403 191 S 0.085 0.465 0.006 0.003 0.001 0.003 0.037 0.009 0.004 0.057 0.330 192 R 0.209 0.310 0.036 0.006 0.001 0.002 0.048 0.019 0.009 0.152 0.207 193 E 0.280 0.215 0.007 0.010 0.002 0.008 0.059 0.016 0.003 0.069 0.331 194 A 0.210 0.034 0.005 0.020 0.005 0.010 0.074 0.003 0.002 0.061 0.577 195 R 0.028 0.027 0.003 0.062 0.016 0.029 0.159 0.003 0.001 0.044 0.628 196 H 0.060 0.022 0.002 0.029 0.011 0.021 0.121 0.005 0.001 0.039 0.688 197 L 0.179 0.033 0.003 0.029 0.031 0.033 0.157 0.019 0.002 0.088 0.426 198 P 0.068 0.021 0.003 0.024 0.007 0.019 0.148 0.005 0.002 0.043 0.660 199 G 0.115 0.020 0.003 0.036 0.016 0.039 0.121 0.014 0.001 0.062 0.574 200 W 0.116 0.010 0.001 0.038 0.026 0.046 0.120 0.006 0.001 0.084 0.553 201 C 0.025 0.005 0.002 0.050 0.021 0.055 0.118 0.001 0.001 0.036 0.685 202 G 0.019 0.005 0.002 0.053 0.032 0.057 0.111 0.002 0.001 0.039 0.679 203 V 0.090 0.009 0.001 0.019 0.030 0.027 0.124 0.004 0.001 0.051 0.643 204 E 0.075 0.008 0.001 0.012 0.014 0.018 0.136 0.007 0.001 0.039 0.689 205 E 0.052 0.008 0.001 0.009 0.011 0.017 0.128 0.006 0.001 0.031 0.737