# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.9885 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.260 0.114 0.062 0.109 0.086 0.078 0.087 0.069 0.062 0.044 0.029 2 T 0.272 0.179 0.068 0.116 0.088 0.070 0.078 0.050 0.038 0.026 0.013 3 H 0.252 0.160 0.075 0.163 0.121 0.078 0.068 0.038 0.025 0.014 0.006 4 I 0.181 0.088 0.029 0.069 0.074 0.078 0.118 0.111 0.107 0.088 0.058 5 Y 0.149 0.147 0.103 0.167 0.131 0.096 0.085 0.046 0.035 0.024 0.017 6 E 0.310 0.157 0.068 0.145 0.098 0.066 0.067 0.037 0.026 0.016 0.009 7 P 0.418 0.175 0.083 0.113 0.076 0.050 0.039 0.020 0.014 0.008 0.004 8 R 0.304 0.202 0.097 0.184 0.099 0.053 0.036 0.012 0.007 0.003 0.002 9 L 0.029 0.026 0.023 0.064 0.078 0.098 0.156 0.143 0.157 0.129 0.096 10 S 0.064 0.091 0.106 0.163 0.142 0.130 0.139 0.074 0.048 0.027 0.016 11 R 0.139 0.140 0.155 0.321 0.143 0.062 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 12 I 0.008 0.010 0.015 0.022 0.034 0.060 0.146 0.166 0.212 0.185 0.140 13 A 0.067 0.243 0.158 0.303 0.143 0.052 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 14 I 0.009 0.006 0.005 0.009 0.014 0.023 0.083 0.118 0.222 0.233 0.279 15 D 0.205 0.164 0.136 0.237 0.135 0.070 0.039 0.009 0.004 0.001 0.001 16 K 0.214 0.218 0.101 0.214 0.115 0.064 0.048 0.014 0.007 0.003 0.002 17 L 0.011 0.012 0.009 0.029 0.034 0.053 0.118 0.137 0.190 0.208 0.200 18 R 0.025 0.070 0.059 0.196 0.228 0.197 0.130 0.046 0.027 0.013 0.008 19 P 0.057 0.055 0.069 0.098 0.093 0.093 0.178 0.123 0.111 0.075 0.048 20 T 0.029 0.028 0.032 0.097 0.118 0.132 0.208 0.134 0.106 0.067 0.049 21 Q 0.008 0.013 0.017 0.034 0.035 0.050 0.131 0.171 0.220 0.191 0.129 22 I 0.012 0.020 0.035 0.090 0.111 0.136 0.186 0.146 0.124 0.086 0.053 23 A 0.025 0.029 0.104 0.064 0.049 0.071 0.144 0.128 0.149 0.131 0.105 24 V 0.007 0.013 0.026 0.049 0.046 0.051 0.138 0.177 0.211 0.181 0.100 25 G 0.013 0.053 0.045 0.084 0.072 0.082 0.170 0.153 0.152 0.108 0.069 26 F 0.016 0.021 0.075 0.080 0.080 0.087 0.137 0.117 0.152 0.134 0.103 27 R 0.080 0.074 0.159 0.186 0.160 0.129 0.130 0.046 0.023 0.009 0.004 28 E 0.013 0.044 0.054 0.126 0.112 0.140 0.222 0.128 0.093 0.049 0.019 29 V 0.014 0.013 0.052 0.031 0.027 0.044 0.132 0.148 0.218 0.201 0.119 30 E 0.071 0.068 0.225 0.275 0.149 0.097 0.075 0.024 0.011 0.004 0.001 31 L 0.039 0.062 0.342 0.158 0.126 0.097 0.098 0.044 0.022 0.010 0.003 32 K 0.019 0.041 0.112 0.100 0.089 0.135 0.207 0.117 0.089 0.062 0.029 33 R 0.025 0.040 0.162 0.134 0.127 0.143 0.210 0.085 0.049 0.020 0.006 34 K 0.094 0.076 0.597 0.138 0.056 0.022 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 35 E 0.087 0.091 0.367 0.181 0.115 0.078 0.054 0.015 0.007 0.003 0.001 36 W 0.017 0.017 0.097 0.036 0.042 0.082 0.222 0.166 0.159 0.113 0.049 37 R 0.015 0.036 0.364 0.167 0.150 0.115 0.101 0.032 0.014 0.005 0.001 38 E 0.035 0.050 0.745 0.095 0.042 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 39 T 0.034 0.060 0.185 0.129 0.135 0.135 0.171 0.071 0.044 0.025 0.010 40 R 0.101 0.096 0.153 0.090 0.084 0.096 0.151 0.085 0.076 0.048 0.020 41 K 0.105 0.119 0.250 0.172 0.128 0.094 0.079 0.028 0.015 0.007 0.003 42 K 0.236 0.167 0.304 0.124 0.071 0.040 0.033 0.012 0.008 0.004 0.002 43 D 0.361 0.236 0.119 0.118 0.068 0.040 0.031 0.011 0.008 0.004 0.003 44 G 0.242 0.147 0.063 0.114 0.103 0.096 0.105 0.054 0.040 0.023 0.013 45 D 0.168 0.125 0.127 0.192 0.154 0.108 0.072 0.027 0.016 0.007 0.003 46 D 0.133 0.194 0.290 0.206 0.094 0.045 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 47 F 0.006 0.015 0.017 0.055 0.087 0.153 0.251 0.177 0.127 0.071 0.042 48 L 0.010 0.011 0.012 0.021 0.036 0.065 0.142 0.156 0.195 0.178 0.173 49 G 0.155 0.191 0.198 0.221 0.110 0.058 0.039 0.014 0.008 0.004 0.003 50 N 0.350 0.150 0.111 0.183 0.096 0.054 0.031 0.012 0.006 0.004 0.003 51 H 0.028 0.055 0.027 0.114 0.141 0.156 0.199 0.124 0.079 0.049 0.027 52 I 0.034 0.059 0.029 0.131 0.159 0.168 0.182 0.090 0.069 0.043 0.034 53 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.066 0.122 0.223 0.269 0.292 54 P 0.007 0.019 0.017 0.077 0.102 0.161 0.241 0.147 0.104 0.070 0.054 55 V 0.001 0.002 0.001 0.008 0.011 0.020 0.082 0.150 0.216 0.253 0.254 56 V 0.001 0.002 0.001 0.009 0.014 0.029 0.093 0.128 0.203 0.246 0.273 57 A 0.004 0.015 0.010 0.055 0.066 0.081 0.157 0.158 0.188 0.148 0.117 58 G 0.017 0.026 0.008 0.073 0.088 0.118 0.189 0.166 0.147 0.100 0.068 59 P 0.176 0.160 0.065 0.168 0.123 0.101 0.094 0.049 0.032 0.019 0.014 60 K 0.431 0.243 0.062 0.143 0.065 0.028 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 61 D 0.424 0.193 0.057 0.143 0.085 0.045 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002 62 R 0.013 0.049 0.028 0.145 0.213 0.192 0.182 0.091 0.052 0.025 0.012 63 A 0.001 0.003 0.003 0.023 0.061 0.151 0.289 0.211 0.139 0.079 0.042 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.047 0.170 0.238 0.230 0.179 0.109 65 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.076 0.154 0.239 0.280 0.226 66 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 0.018 0.068 0.129 0.239 0.275 0.250 67 D 0.001 0.004 0.003 0.017 0.025 0.042 0.129 0.185 0.239 0.212 0.143 68 H 0.002 0.008 0.008 0.036 0.056 0.079 0.203 0.228 0.185 0.134 0.060 69 H 0.005 0.010 0.016 0.043 0.063 0.087 0.171 0.175 0.198 0.148 0.083 70 H 0.009 0.013 0.026 0.054 0.063 0.087 0.191 0.182 0.171 0.128 0.075 71 L 0.002 0.005 0.013 0.028 0.034 0.054 0.154 0.175 0.216 0.193 0.126 72 V 0.001 0.003 0.016 0.014 0.012 0.020 0.066 0.110 0.208 0.281 0.269 73 L 0.003 0.006 0.034 0.068 0.085 0.114 0.199 0.170 0.164 0.102 0.056 74 A 0.003 0.006 0.041 0.032 0.042 0.070 0.202 0.181 0.189 0.145 0.089 75 L 0.001 0.002 0.013 0.017 0.018 0.028 0.086 0.131 0.226 0.263 0.215 76 S 0.002 0.007 0.016 0.049 0.092 0.142 0.263 0.174 0.147 0.073 0.035 77 K 0.134 0.112 0.243 0.179 0.110 0.091 0.074 0.029 0.017 0.008 0.004 78 E 0.127 0.105 0.062 0.134 0.125 0.140 0.169 0.070 0.039 0.020 0.007 79 G 0.404 0.246 0.049 0.092 0.048 0.036 0.037 0.026 0.025 0.021 0.017 80 V 0.065 0.070 0.027 0.078 0.095 0.105 0.157 0.124 0.117 0.090 0.072 81 E 0.328 0.252 0.104 0.158 0.079 0.040 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 82 H 0.116 0.113 0.066 0.183 0.161 0.130 0.115 0.057 0.034 0.017 0.008 83 V 0.035 0.035 0.022 0.079 0.094 0.124 0.176 0.137 0.128 0.097 0.073 84 L 0.020 0.032 0.028 0.068 0.081 0.116 0.172 0.140 0.156 0.115 0.074 85 T 0.026 0.031 0.036 0.090 0.093 0.117 0.182 0.138 0.130 0.096 0.061 86 S 0.060 0.052 0.057 0.112 0.106 0.111 0.152 0.120 0.106 0.075 0.049 87 E 0.029 0.051 0.046 0.126 0.140 0.148 0.193 0.113 0.081 0.048 0.024 88 V 0.019 0.024 0.041 0.068 0.070 0.084 0.142 0.140 0.162 0.144 0.108 89 A 0.033 0.049 0.099 0.157 0.180 0.156 0.155 0.079 0.052 0.027 0.014 90 K 0.133 0.196 0.225 0.234 0.106 0.050 0.033 0.011 0.006 0.003 0.001 91 F 0.008 0.012 0.013 0.031 0.052 0.079 0.197 0.176 0.190 0.148 0.092 92 S 0.325 0.206 0.106 0.148 0.084 0.051 0.041 0.018 0.012 0.006 0.004 93 H 0.217 0.116 0.070 0.132 0.111 0.098 0.123 0.056 0.042 0.023 0.012 94 L 0.041 0.030 0.016 0.037 0.053 0.079 0.189 0.165 0.164 0.140 0.085 95 G 0.278 0.437 0.063 0.096 0.050 0.030 0.021 0.010 0.008 0.005 0.003 96 K 0.197 0.161 0.076 0.199 0.150 0.108 0.063 0.024 0.013 0.006 0.003 97 D 0.526 0.185 0.072 0.098 0.055 0.030 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 98 E 0.158 0.163 0.129 0.287 0.137 0.068 0.041 0.011 0.004 0.001 0.001 99 F 0.015 0.015 0.017 0.039 0.049 0.082 0.201 0.204 0.185 0.133 0.062 100 W 0.005 0.006 0.032 0.046 0.088 0.185 0.288 0.162 0.110 0.054 0.026 101 S 0.015 0.044 0.481 0.280 0.097 0.043 0.024 0.009 0.005 0.003 0.001 102 V 0.002 0.012 0.031 0.085 0.132 0.217 0.282 0.126 0.064 0.035 0.013 103 M 0.004 0.004 0.022 0.011 0.011 0.018 0.075 0.128 0.242 0.254 0.232 104 D 0.019 0.042 0.134 0.202 0.213 0.159 0.149 0.047 0.021 0.010 0.004 105 H 0.029 0.100 0.392 0.201 0.113 0.070 0.054 0.020 0.012 0.006 0.002 106 R 0.031 0.040 0.057 0.124 0.150 0.154 0.202 0.109 0.070 0.042 0.023 107 N 0.165 0.102 0.054 0.129 0.108 0.112 0.160 0.085 0.050 0.025 0.011 108 L 0.007 0.032 0.041 0.122 0.152 0.185 0.202 0.115 0.080 0.043 0.020 109 I 0.002 0.003 0.003 0.008 0.009 0.018 0.070 0.142 0.244 0.285 0.216 110 Y 0.006 0.019 0.018 0.080 0.125 0.149 0.225 0.163 0.120 0.062 0.034 111 P 0.009 0.015 0.016 0.035 0.033 0.042 0.108 0.159 0.233 0.222 0.129 112 F 0.012 0.014 0.009 0.067 0.116 0.148 0.220 0.177 0.135 0.069 0.032 113 D 0.035 0.063 0.031 0.117 0.108 0.119 0.178 0.148 0.111 0.062 0.029 114 A 0.156 0.124 0.064 0.162 0.138 0.114 0.098 0.061 0.043 0.028 0.012 115 Q 0.346 0.213 0.075 0.151 0.080 0.050 0.042 0.020 0.012 0.007 0.003 116 G 0.222 0.092 0.031 0.079 0.079 0.071 0.112 0.095 0.099 0.075 0.045 117 L 0.128 0.176 0.072 0.172 0.137 0.100 0.100 0.050 0.036 0.020 0.011 118 R 0.089 0.108 0.053 0.156 0.139 0.109 0.135 0.081 0.064 0.041 0.025 119 R 0.076 0.069 0.050 0.115 0.138 0.138 0.161 0.107 0.078 0.044 0.023 120 Q 0.246 0.235 0.080 0.158 0.115 0.070 0.050 0.021 0.013 0.007 0.004 121 S 0.101 0.077 0.035 0.099 0.112 0.119 0.166 0.110 0.087 0.061 0.034 122 G 0.423 0.126 0.048 0.122 0.097 0.066 0.061 0.026 0.017 0.009 0.005 123 D 0.187 0.283 0.116 0.197 0.110 0.054 0.034 0.010 0.005 0.002 0.002 124 I 0.003 0.009 0.006 0.019 0.028 0.048 0.121 0.163 0.209 0.210 0.184 125 P 0.046 0.063 0.039 0.149 0.227 0.193 0.167 0.064 0.032 0.013 0.008 126 K 0.553 0.204 0.147 0.072 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 N 0.078 0.140 0.087 0.263 0.197 0.137 0.072 0.016 0.006 0.002 0.001 128 I 0.004 0.004 0.003 0.009 0.015 0.031 0.084 0.133 0.210 0.227 0.280 129 H 0.108 0.184 0.096 0.184 0.159 0.116 0.097 0.030 0.016 0.007 0.004 130 D 0.455 0.219 0.139 0.122 0.038 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 131 L 0.015 0.010 0.006 0.021 0.035 0.067 0.178 0.166 0.171 0.169 0.162 132 E 0.370 0.213 0.070 0.156 0.084 0.046 0.030 0.013 0.008 0.005 0.004 133 D 0.111 0.131 0.054 0.159 0.156 0.129 0.113 0.059 0.046 0.026 0.016 134 D 0.044 0.086 0.038 0.098 0.111 0.134 0.176 0.126 0.087 0.060 0.039 135 P 0.132 0.096 0.032 0.107 0.138 0.129 0.153 0.085 0.060 0.041 0.027 136 F 0.025 0.020 0.012 0.046 0.058 0.079 0.164 0.143 0.186 0.162 0.106 137 R 0.035 0.038 0.044 0.118 0.114 0.135 0.174 0.115 0.110 0.073 0.044 138 S 0.017 0.028 0.051 0.081 0.068 0.085 0.165 0.157 0.160 0.115 0.073 139 L 0.002 0.006 0.013 0.020 0.022 0.043 0.127 0.181 0.223 0.215 0.148 140 A 0.002 0.003 0.017 0.028 0.040 0.074 0.160 0.154 0.193 0.182 0.148 141 G 0.013 0.024 0.109 0.115 0.113 0.125 0.193 0.120 0.102 0.057 0.027 142 A 0.003 0.015 0.059 0.106 0.104 0.118 0.208 0.155 0.127 0.073 0.034 143 L 0.003 0.003 0.021 0.012 0.007 0.008 0.031 0.076 0.193 0.322 0.325 144 R 0.003 0.008 0.040 0.121 0.198 0.238 0.224 0.095 0.047 0.018 0.008 145 M 0.010 0.037 0.300 0.151 0.133 0.128 0.119 0.056 0.039 0.018 0.008 146 A 0.023 0.028 0.018 0.063 0.088 0.150 0.280 0.158 0.103 0.063 0.027 147 G 0.436 0.165 0.036 0.083 0.052 0.046 0.061 0.043 0.038 0.026 0.014 148 G 0.128 0.160 0.055 0.110 0.095 0.084 0.098 0.077 0.077 0.063 0.053 149 Y 0.067 0.060 0.024 0.073 0.078 0.089 0.147 0.123 0.135 0.109 0.095 150 A 0.222 0.162 0.068 0.146 0.128 0.094 0.082 0.041 0.029 0.016 0.012 151 K 0.349 0.190 0.084 0.145 0.091 0.055 0.041 0.020 0.014 0.007 0.004 152 V 0.261 0.097 0.047 0.105 0.094 0.097 0.104 0.066 0.056 0.041 0.032 153 I 0.053 0.079 0.034 0.113 0.140 0.136 0.163 0.108 0.081 0.055 0.037 154 I 0.071 0.099 0.034 0.095 0.104 0.103 0.163 0.120 0.095 0.071 0.046 155 P 0.069 0.031 0.014 0.061 0.081 0.100 0.175 0.136 0.141 0.114 0.077 156 F 0.046 0.025 0.015 0.053 0.074 0.098 0.177 0.144 0.150 0.120 0.097 157 S 0.024 0.044 0.029 0.082 0.075 0.088 0.152 0.142 0.157 0.121 0.086 158 E 0.010 0.017 0.016 0.046 0.053 0.088 0.183 0.188 0.185 0.137 0.078 159 F 0.047 0.037 0.054 0.073 0.071 0.088 0.154 0.140 0.152 0.114 0.069 160 G 0.035 0.044 0.093 0.163 0.150 0.137 0.184 0.100 0.054 0.027 0.014 161 W 0.001 0.005 0.025 0.029 0.023 0.031 0.106 0.150 0.232 0.240 0.157 162 A 0.001 0.002 0.021 0.018 0.024 0.052 0.174 0.177 0.210 0.187 0.133 163 D 0.011 0.024 0.260 0.262 0.168 0.117 0.090 0.036 0.019 0.009 0.004 164 F 0.001 0.004 0.026 0.037 0.069 0.135 0.292 0.191 0.133 0.081 0.032 165 L 0.001 0.001 0.010 0.008 0.006 0.009 0.044 0.098 0.231 0.309 0.283 166 R 0.001 0.004 0.029 0.055 0.120 0.175 0.332 0.146 0.086 0.037 0.015 167 R 0.012 0.038 0.399 0.213 0.139 0.095 0.062 0.023 0.011 0.005 0.002 168 R 0.007 0.016 0.027 0.055 0.086 0.145 0.298 0.169 0.110 0.062 0.023 169 I 0.016 0.010 0.012 0.017 0.024 0.045 0.142 0.168 0.205 0.205 0.156 170 D 0.111 0.265 0.176 0.179 0.115 0.061 0.051 0.021 0.012 0.007 0.003 171 R 0.166 0.117 0.107 0.188 0.146 0.118 0.090 0.035 0.020 0.010 0.003 172 D 0.648 0.144 0.069 0.067 0.031 0.016 0.013 0.005 0.003 0.002 0.002 173 L 0.053 0.057 0.044 0.086 0.108 0.128 0.200 0.116 0.097 0.066 0.045 174 L 0.047 0.079 0.052 0.082 0.088 0.115 0.158 0.121 0.113 0.091 0.054 175 S 0.147 0.180 0.138 0.189 0.144 0.089 0.071 0.023 0.012 0.005 0.002 176 D 0.541 0.131 0.181 0.089 0.034 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 177 S 0.058 0.184 0.074 0.174 0.159 0.138 0.107 0.043 0.029 0.019 0.013 178 F 0.007 0.010 0.011 0.021 0.039 0.099 0.208 0.181 0.200 0.136 0.087 179 D 0.309 0.165 0.216 0.165 0.085 0.038 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 180 D 0.187 0.144 0.440 0.177 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 181 A 0.002 0.004 0.013 0.013 0.015 0.047 0.154 0.170 0.209 0.209 0.164 182 L 0.001 0.002 0.019 0.019 0.044 0.134 0.358 0.192 0.130 0.068 0.034 183 A 0.009 0.021 0.864 0.079 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.004 0.017 0.221 0.210 0.219 0.199 0.102 0.019 0.006 0.002 0.001 185 A 0.001 0.001 0.016 0.003 0.003 0.006 0.046 0.102 0.245 0.286 0.291 186 M 0.001 0.002 0.044 0.076 0.162 0.268 0.300 0.089 0.038 0.015 0.004 187 K 0.008 0.023 0.851 0.077 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 188 L 0.001 0.006 0.036 0.037 0.083 0.182 0.379 0.136 0.079 0.041 0.019 189 A 0.003 0.002 0.008 0.003 0.003 0.007 0.048 0.096 0.209 0.308 0.313 190 K 0.016 0.083 0.246 0.223 0.176 0.120 0.077 0.028 0.014 0.010 0.006 191 S 0.021 0.062 0.426 0.161 0.137 0.089 0.063 0.021 0.013 0.005 0.002 192 R 0.401 0.126 0.136 0.118 0.078 0.055 0.049 0.017 0.010 0.005 0.004 193 E 0.161 0.140 0.141 0.162 0.105 0.090 0.109 0.041 0.029 0.013 0.009 194 A 0.010 0.007 0.017 0.017 0.023 0.052 0.138 0.156 0.200 0.194 0.186 195 R 0.133 0.164 0.255 0.220 0.114 0.062 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 196 H 0.093 0.169 0.281 0.181 0.115 0.078 0.050 0.017 0.010 0.004 0.002 197 L 0.007 0.010 0.010 0.023 0.035 0.063 0.150 0.162 0.195 0.189 0.155 198 P 0.101 0.079 0.034 0.088 0.100 0.115 0.167 0.105 0.098 0.067 0.045 199 G 0.199 0.097 0.059 0.112 0.101 0.082 0.103 0.075 0.080 0.053 0.038 200 W 0.048 0.058 0.032 0.088 0.101 0.121 0.199 0.138 0.104 0.071 0.038 201 C 0.067 0.100 0.043 0.125 0.123 0.117 0.139 0.104 0.086 0.061 0.035 202 G 0.178 0.115 0.046 0.116 0.117 0.109 0.115 0.080 0.061 0.042 0.022 203 V 0.457 0.158 0.064 0.102 0.061 0.044 0.047 0.026 0.019 0.014 0.007 204 E 0.347 0.161 0.067 0.133 0.102 0.070 0.060 0.028 0.019 0.010 0.005 205 E 0.525 0.202 0.036 0.081 0.047 0.029 0.026 0.018 0.015 0.012 0.008