# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.9885 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.004 0.004 0.012 0.013 0.021 0.021 0.001 0.001 0.001 0.902 2 T 0.020 0.003 0.002 0.027 0.025 0.035 0.062 0.001 0.001 0.002 0.823 3 H 0.121 0.004 0.002 0.024 0.021 0.032 0.116 0.001 0.001 0.007 0.672 4 I 0.135 0.009 0.003 0.034 0.032 0.052 0.096 0.001 0.001 0.005 0.634 5 Y 0.074 0.009 0.003 0.056 0.036 0.067 0.140 0.001 0.001 0.006 0.606 6 E 0.139 0.006 0.003 0.045 0.048 0.072 0.134 0.001 0.001 0.007 0.544 7 P 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.969 8 R 0.018 0.001 0.001 0.043 0.045 0.077 0.225 0.001 0.001 0.006 0.584 9 L 0.389 0.005 0.005 0.044 0.024 0.050 0.067 0.001 0.001 0.031 0.384 10 S 0.059 0.025 0.002 0.173 0.170 0.153 0.145 0.001 0.001 0.005 0.267 11 R 0.028 0.007 0.003 0.060 0.021 0.055 0.073 0.001 0.001 0.004 0.748 12 I 0.040 0.011 0.003 0.311 0.176 0.250 0.057 0.001 0.001 0.003 0.149 13 A 0.011 0.014 0.002 0.106 0.078 0.148 0.146 0.001 0.001 0.003 0.492 14 I 0.009 0.022 0.002 0.132 0.149 0.288 0.062 0.001 0.001 0.002 0.333 15 D 0.015 0.053 0.001 0.109 0.075 0.161 0.111 0.001 0.001 0.003 0.472 16 K 0.091 0.072 0.001 0.026 0.033 0.061 0.151 0.006 0.001 0.010 0.550 17 L 0.314 0.220 0.016 0.032 0.025 0.052 0.060 0.007 0.001 0.011 0.263 18 R 0.103 0.242 0.012 0.023 0.036 0.056 0.080 0.007 0.001 0.003 0.438 19 P 0.008 0.024 0.002 0.004 0.004 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.943 20 T 0.094 0.084 0.004 0.019 0.029 0.051 0.064 0.005 0.001 0.003 0.647 21 Q 0.260 0.169 0.009 0.023 0.024 0.032 0.071 0.006 0.001 0.007 0.400 22 I 0.057 0.413 0.007 0.058 0.078 0.098 0.063 0.003 0.001 0.003 0.219 23 A 0.050 0.435 0.006 0.077 0.050 0.131 0.074 0.003 0.001 0.003 0.171 24 V 0.026 0.544 0.003 0.110 0.057 0.092 0.030 0.004 0.001 0.002 0.130 25 G 0.041 0.564 0.008 0.052 0.037 0.060 0.036 0.006 0.001 0.004 0.192 26 F 0.028 0.585 0.023 0.037 0.030 0.084 0.041 0.003 0.001 0.002 0.166 27 R 0.015 0.546 0.002 0.059 0.062 0.074 0.023 0.008 0.001 0.001 0.210 28 E 0.056 0.619 0.006 0.013 0.015 0.036 0.042 0.005 0.001 0.004 0.205 29 V 0.029 0.799 0.006 0.010 0.020 0.030 0.011 0.005 0.001 0.001 0.089 30 E 0.040 0.827 0.003 0.009 0.007 0.026 0.012 0.006 0.001 0.001 0.068 31 L 0.033 0.755 0.006 0.005 0.007 0.015 0.011 0.008 0.001 0.001 0.158 32 K 0.073 0.703 0.004 0.003 0.004 0.005 0.007 0.011 0.001 0.001 0.189 33 R 0.088 0.705 0.018 0.003 0.003 0.008 0.020 0.012 0.001 0.002 0.141 34 K 0.047 0.571 0.008 0.005 0.005 0.007 0.027 0.013 0.001 0.001 0.317 35 E 0.090 0.561 0.005 0.002 0.002 0.002 0.035 0.006 0.001 0.001 0.295 36 W 0.060 0.727 0.006 0.003 0.002 0.004 0.016 0.004 0.001 0.001 0.178 37 R 0.040 0.722 0.004 0.005 0.004 0.010 0.027 0.006 0.001 0.001 0.180 38 E 0.104 0.674 0.004 0.003 0.002 0.007 0.032 0.010 0.001 0.002 0.161 39 T 0.187 0.608 0.006 0.002 0.002 0.003 0.006 0.012 0.001 0.001 0.173 40 R 0.141 0.542 0.008 0.003 0.004 0.003 0.013 0.017 0.001 0.001 0.268 41 K 0.109 0.375 0.021 0.006 0.004 0.009 0.038 0.021 0.001 0.004 0.414 42 K 0.126 0.338 0.023 0.005 0.003 0.006 0.058 0.016 0.001 0.002 0.423 43 D 0.283 0.262 0.005 0.007 0.005 0.004 0.088 0.044 0.001 0.003 0.300 44 G 0.277 0.241 0.015 0.009 0.003 0.004 0.062 0.016 0.001 0.008 0.366 45 D 0.024 0.177 0.016 0.005 0.003 0.004 0.112 0.003 0.001 0.003 0.653 46 D 0.032 0.159 0.001 0.006 0.008 0.010 0.325 0.008 0.001 0.005 0.445 47 F 0.262 0.449 0.002 0.013 0.015 0.019 0.086 0.020 0.001 0.009 0.125 48 L 0.101 0.727 0.002 0.008 0.014 0.017 0.046 0.018 0.001 0.004 0.063 49 G 0.188 0.485 0.005 0.005 0.005 0.010 0.015 0.027 0.001 0.002 0.257 50 N 0.526 0.157 0.014 0.011 0.008 0.011 0.010 0.076 0.001 0.003 0.183 51 H 0.394 0.025 0.049 0.033 0.028 0.013 0.049 0.055 0.001 0.004 0.349 52 I 0.021 0.001 0.150 0.053 0.014 0.027 0.027 0.002 0.001 0.002 0.704 53 V 0.004 0.001 0.006 0.426 0.136 0.220 0.066 0.001 0.001 0.001 0.140 54 P 0.001 0.001 0.001 0.056 0.007 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.918 55 V 0.003 0.001 0.001 0.470 0.120 0.189 0.032 0.001 0.001 0.001 0.184 56 V 0.010 0.001 0.001 0.356 0.101 0.185 0.041 0.001 0.001 0.003 0.304 57 A 0.009 0.001 0.001 0.363 0.126 0.214 0.041 0.001 0.001 0.003 0.244 58 G 0.009 0.001 0.001 0.133 0.210 0.266 0.080 0.001 0.001 0.004 0.297 59 P 0.002 0.001 0.001 0.018 0.022 0.027 0.038 0.001 0.001 0.002 0.890 60 K 0.009 0.001 0.001 0.015 0.027 0.048 0.240 0.001 0.001 0.013 0.647 61 D 0.435 0.001 0.002 0.010 0.014 0.015 0.120 0.001 0.001 0.086 0.317 62 R 0.318 0.005 0.008 0.040 0.046 0.034 0.218 0.001 0.001 0.033 0.298 63 A 0.040 0.002 0.018 0.128 0.129 0.163 0.164 0.001 0.001 0.010 0.346 64 Y 0.005 0.001 0.002 0.255 0.273 0.371 0.042 0.001 0.001 0.001 0.051 65 L 0.002 0.001 0.001 0.183 0.224 0.373 0.046 0.001 0.001 0.001 0.171 66 I 0.001 0.001 0.001 0.230 0.242 0.412 0.027 0.001 0.001 0.001 0.086 67 D 0.003 0.002 0.001 0.225 0.110 0.220 0.191 0.001 0.001 0.003 0.246 68 H 0.010 0.003 0.001 0.117 0.030 0.064 0.137 0.001 0.001 0.010 0.627 69 H 0.016 0.006 0.001 0.051 0.016 0.029 0.544 0.001 0.001 0.026 0.310 70 H 0.084 0.016 0.001 0.011 0.005 0.007 0.523 0.001 0.001 0.037 0.315 71 L 0.033 0.270 0.006 0.009 0.006 0.012 0.185 0.001 0.001 0.008 0.470 72 V 0.031 0.604 0.002 0.007 0.023 0.048 0.099 0.003 0.001 0.010 0.174 73 L 0.028 0.806 0.001 0.003 0.009 0.028 0.028 0.003 0.001 0.002 0.092 74 A 0.042 0.871 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.069 75 L 0.054 0.908 0.002 0.001 0.004 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.018 76 S 0.031 0.846 0.005 0.004 0.013 0.023 0.006 0.026 0.001 0.001 0.045 77 K 0.081 0.583 0.018 0.005 0.004 0.009 0.010 0.046 0.001 0.001 0.243 78 E 0.214 0.370 0.016 0.012 0.008 0.013 0.050 0.079 0.001 0.003 0.236 79 G 0.540 0.059 0.021 0.009 0.008 0.005 0.081 0.053 0.001 0.010 0.213 80 V 0.065 0.045 0.508 0.014 0.005 0.007 0.040 0.001 0.001 0.003 0.311 81 E 0.006 0.027 0.004 0.076 0.055 0.082 0.103 0.001 0.001 0.001 0.643 82 H 0.113 0.031 0.002 0.058 0.032 0.063 0.073 0.002 0.001 0.008 0.618 83 V 0.128 0.115 0.006 0.112 0.081 0.116 0.056 0.003 0.001 0.005 0.378 84 L 0.036 0.086 0.006 0.143 0.111 0.183 0.078 0.002 0.001 0.005 0.349 85 T 0.028 0.076 0.003 0.136 0.106 0.234 0.055 0.002 0.001 0.004 0.355 86 S 0.030 0.105 0.003 0.146 0.170 0.291 0.043 0.003 0.001 0.003 0.207 87 E 0.031 0.220 0.006 0.079 0.104 0.174 0.057 0.004 0.001 0.004 0.322 88 V 0.036 0.245 0.007 0.070 0.126 0.303 0.039 0.004 0.001 0.004 0.165 89 A 0.024 0.251 0.005 0.056 0.098 0.250 0.047 0.005 0.001 0.003 0.260 90 K 0.074 0.245 0.004 0.024 0.056 0.086 0.054 0.012 0.001 0.004 0.440 91 F 0.120 0.290 0.019 0.040 0.061 0.106 0.044 0.010 0.001 0.006 0.304 92 S 0.064 0.266 0.007 0.033 0.068 0.069 0.108 0.015 0.001 0.004 0.365 93 H 0.241 0.150 0.009 0.010 0.012 0.020 0.094 0.027 0.001 0.009 0.427 94 L 0.359 0.153 0.050 0.014 0.009 0.018 0.094 0.020 0.001 0.011 0.273 95 G 0.200 0.020 0.023 0.009 0.011 0.011 0.383 0.021 0.001 0.020 0.301 96 K 0.058 0.006 0.124 0.007 0.001 0.002 0.051 0.001 0.001 0.004 0.746 97 D 0.003 0.004 0.001 0.009 0.002 0.003 0.081 0.001 0.001 0.001 0.896 98 E 0.064 0.011 0.001 0.007 0.003 0.003 0.315 0.001 0.001 0.018 0.576 99 F 0.057 0.165 0.001 0.015 0.006 0.021 0.443 0.002 0.001 0.015 0.274 100 W 0.050 0.701 0.002 0.036 0.016 0.039 0.063 0.003 0.001 0.005 0.086 101 S 0.036 0.817 0.001 0.004 0.005 0.010 0.014 0.003 0.001 0.001 0.110 102 V 0.063 0.858 0.001 0.002 0.006 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 0.055 103 M 0.057 0.888 0.004 0.001 0.003 0.004 0.003 0.007 0.001 0.001 0.033 104 D 0.022 0.850 0.004 0.006 0.015 0.017 0.008 0.023 0.001 0.001 0.055 105 H 0.109 0.619 0.007 0.003 0.008 0.015 0.025 0.039 0.001 0.003 0.172 106 R 0.334 0.403 0.025 0.007 0.009 0.011 0.040 0.045 0.001 0.005 0.118 107 N 0.345 0.133 0.062 0.027 0.027 0.024 0.073 0.055 0.001 0.015 0.239 108 L 0.078 0.078 0.369 0.056 0.050 0.060 0.083 0.008 0.001 0.007 0.211 109 I 0.021 0.056 0.027 0.159 0.162 0.302 0.038 0.005 0.001 0.003 0.227 110 Y 0.017 0.018 0.004 0.156 0.194 0.321 0.041 0.002 0.001 0.001 0.246 111 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.951 112 F 0.007 0.003 0.001 0.132 0.140 0.417 0.109 0.001 0.001 0.004 0.187 113 D 0.051 0.011 0.001 0.100 0.091 0.145 0.182 0.002 0.001 0.012 0.405 114 A 0.102 0.041 0.001 0.066 0.049 0.055 0.183 0.003 0.001 0.016 0.485 115 Q 0.128 0.021 0.002 0.013 0.011 0.020 0.524 0.002 0.001 0.028 0.250 116 G 0.324 0.031 0.008 0.016 0.011 0.011 0.275 0.005 0.001 0.048 0.271 117 L 0.147 0.067 0.095 0.009 0.012 0.016 0.305 0.001 0.001 0.013 0.335 118 R 0.014 0.020 0.005 0.011 0.023 0.041 0.094 0.001 0.001 0.003 0.787 119 R 0.045 0.028 0.002 0.020 0.033 0.116 0.078 0.001 0.001 0.004 0.673 120 Q 0.098 0.037 0.001 0.006 0.024 0.029 0.040 0.002 0.001 0.001 0.761 121 S 0.084 0.069 0.001 0.014 0.023 0.040 0.032 0.003 0.001 0.003 0.730 122 G 0.136 0.050 0.002 0.008 0.008 0.016 0.123 0.005 0.001 0.005 0.647 123 D 0.502 0.062 0.008 0.023 0.010 0.014 0.095 0.011 0.001 0.010 0.264 124 I 0.358 0.089 0.016 0.026 0.013 0.020 0.129 0.008 0.001 0.005 0.337 125 P 0.010 0.004 0.005 0.004 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.965 126 K 0.018 0.006 0.005 0.027 0.009 0.029 0.118 0.001 0.001 0.003 0.784 127 N 0.095 0.007 0.001 0.020 0.015 0.014 0.211 0.003 0.001 0.004 0.631 128 I 0.234 0.066 0.005 0.066 0.018 0.035 0.051 0.002 0.001 0.008 0.515 129 H 0.036 0.077 0.002 0.089 0.047 0.117 0.222 0.002 0.001 0.005 0.404 130 D 0.198 0.045 0.001 0.025 0.013 0.014 0.092 0.006 0.001 0.005 0.601 131 L 0.467 0.133 0.014 0.034 0.008 0.014 0.034 0.006 0.001 0.006 0.283 132 E 0.081 0.071 0.012 0.055 0.036 0.048 0.252 0.017 0.001 0.011 0.416 133 D 0.187 0.026 0.014 0.034 0.013 0.022 0.106 0.009 0.001 0.015 0.575 134 D 0.225 0.026 0.007 0.023 0.011 0.013 0.240 0.007 0.001 0.007 0.441 135 P 0.016 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.937 136 F 0.017 0.008 0.003 0.019 0.013 0.034 0.634 0.001 0.001 0.016 0.257 137 R 0.288 0.056 0.004 0.068 0.032 0.078 0.223 0.003 0.001 0.033 0.215 138 S 0.101 0.383 0.002 0.070 0.026 0.037 0.046 0.003 0.001 0.003 0.332 139 L 0.044 0.323 0.003 0.030 0.042 0.047 0.052 0.003 0.001 0.003 0.453 140 A 0.065 0.518 0.005 0.057 0.038 0.119 0.046 0.007 0.001 0.006 0.140 141 G 0.031 0.674 0.005 0.037 0.036 0.072 0.042 0.005 0.001 0.003 0.095 142 A 0.035 0.702 0.003 0.013 0.015 0.023 0.026 0.005 0.001 0.001 0.177 143 L 0.061 0.717 0.004 0.016 0.028 0.038 0.014 0.005 0.001 0.001 0.118 144 R 0.029 0.760 0.006 0.018 0.019 0.054 0.020 0.006 0.001 0.002 0.086 145 M 0.049 0.715 0.009 0.006 0.014 0.042 0.022 0.010 0.001 0.001 0.131 146 A 0.101 0.621 0.003 0.007 0.012 0.013 0.013 0.030 0.001 0.001 0.200 147 G 0.317 0.302 0.009 0.007 0.008 0.008 0.031 0.060 0.001 0.005 0.252 148 G 0.142 0.116 0.397 0.005 0.003 0.006 0.044 0.004 0.001 0.004 0.278 149 Y 0.017 0.065 0.014 0.020 0.016 0.024 0.115 0.004 0.001 0.001 0.725 150 A 0.044 0.034 0.002 0.016 0.006 0.007 0.023 0.001 0.001 0.001 0.867 151 K 0.083 0.086 0.002 0.015 0.010 0.018 0.066 0.002 0.001 0.003 0.714 152 V 0.222 0.164 0.005 0.027 0.015 0.036 0.081 0.005 0.001 0.006 0.440 153 I 0.262 0.206 0.005 0.026 0.011 0.028 0.021 0.006 0.001 0.002 0.432 154 I 0.125 0.287 0.009 0.083 0.027 0.101 0.034 0.006 0.001 0.001 0.328 155 P 0.007 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 156 F 0.102 0.129 0.006 0.048 0.010 0.065 0.127 0.003 0.001 0.004 0.507 157 S 0.056 0.141 0.002 0.016 0.010 0.012 0.044 0.004 0.001 0.001 0.715 158 E 0.065 0.614 0.001 0.012 0.004 0.009 0.057 0.002 0.001 0.001 0.234 159 F 0.087 0.541 0.002 0.009 0.009 0.015 0.079 0.007 0.001 0.005 0.246 160 G 0.094 0.694 0.007 0.003 0.002 0.003 0.083 0.002 0.001 0.003 0.110 161 W 0.016 0.840 0.007 0.002 0.002 0.003 0.033 0.003 0.001 0.001 0.094 162 A 0.009 0.907 0.001 0.003 0.002 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.065 163 D 0.010 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.055 164 F 0.009 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.035 165 L 0.016 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 166 R 0.018 0.944 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.017 167 R 0.057 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.029 168 R 0.139 0.749 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.053 169 I 0.124 0.625 0.074 0.003 0.002 0.003 0.005 0.043 0.001 0.001 0.119 170 D 0.078 0.181 0.047 0.015 0.008 0.013 0.050 0.085 0.001 0.001 0.522 171 R 0.143 0.105 0.039 0.021 0.003 0.007 0.039 0.008 0.001 0.002 0.632 172 D 0.054 0.047 0.004 0.008 0.002 0.003 0.090 0.004 0.001 0.002 0.787 173 L 0.200 0.067 0.012 0.020 0.008 0.009 0.204 0.005 0.001 0.014 0.462 174 L 0.203 0.164 0.007 0.038 0.017 0.031 0.228 0.010 0.001 0.012 0.289 175 S 0.258 0.207 0.008 0.028 0.011 0.020 0.102 0.011 0.001 0.008 0.347 176 D 0.112 0.118 0.008 0.012 0.003 0.005 0.047 0.007 0.001 0.004 0.684 177 S 0.284 0.037 0.009 0.005 0.003 0.003 0.254 0.015 0.001 0.010 0.380 178 F 0.268 0.042 0.058 0.014 0.002 0.003 0.150 0.006 0.001 0.014 0.442 179 D 0.014 0.054 0.003 0.010 0.001 0.002 0.290 0.002 0.001 0.003 0.620 180 D 0.020 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.001 0.001 0.003 0.779 181 A 0.092 0.463 0.001 0.002 0.001 0.002 0.203 0.004 0.001 0.008 0.224 182 L 0.083 0.691 0.001 0.001 0.001 0.002 0.150 0.012 0.001 0.005 0.053 183 A 0.014 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.044 184 E 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 185 A 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 186 M 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 187 K 0.011 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 188 L 0.025 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.018 189 A 0.073 0.868 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.016 190 K 0.054 0.811 0.041 0.004 0.002 0.004 0.008 0.045 0.001 0.001 0.030 191 S 0.093 0.634 0.016 0.008 0.002 0.004 0.008 0.045 0.001 0.001 0.189 192 R 0.032 0.221 0.007 0.003 0.001 0.001 0.016 0.008 0.001 0.001 0.710 193 E 0.080 0.238 0.007 0.007 0.006 0.007 0.262 0.008 0.001 0.008 0.377 194 A 0.144 0.474 0.015 0.013 0.009 0.016 0.126 0.011 0.001 0.007 0.185 195 R 0.090 0.709 0.002 0.011 0.005 0.016 0.032 0.008 0.001 0.002 0.125 196 H 0.295 0.427 0.004 0.005 0.005 0.007 0.007 0.017 0.001 0.001 0.232 197 L 0.404 0.307 0.015 0.010 0.011 0.015 0.009 0.019 0.001 0.001 0.209 198 P 0.006 0.006 0.006 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.969 199 G 0.035 0.011 0.008 0.042 0.032 0.067 0.076 0.003 0.001 0.002 0.725 200 W 0.274 0.019 0.007 0.043 0.020 0.039 0.056 0.003 0.001 0.005 0.535 201 C 0.071 0.038 0.003 0.072 0.033 0.059 0.061 0.002 0.001 0.002 0.659 202 G 0.047 0.012 0.003 0.064 0.032 0.056 0.077 0.001 0.001 0.003 0.706 203 V 0.066 0.013 0.004 0.053 0.023 0.045 0.071 0.001 0.001 0.004 0.721 204 E 0.027 0.014 0.002 0.043 0.037 0.072 0.078 0.001 0.001 0.004 0.721 205 E 0.052 0.016 0.002 0.029 0.038 0.058 0.101 0.001 0.001 0.006 0.697