# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.9885 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.006 0.027 0.019 0.035 0.055 0.004 0.828 2 T 0.016 0.009 0.021 0.024 0.038 0.073 0.004 0.815 3 H 0.030 0.007 0.011 0.014 0.024 0.056 0.005 0.853 4 I 0.112 0.016 0.021 0.019 0.037 0.100 0.010 0.685 5 Y 0.103 0.026 0.028 0.025 0.045 0.159 0.021 0.593 6 E 0.104 0.023 0.024 0.031 0.041 0.078 0.008 0.690 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 8 R 0.043 0.006 0.025 0.040 0.074 0.133 0.010 0.669 9 L 0.215 0.014 0.063 0.027 0.042 0.071 0.007 0.561 10 S 0.103 0.036 0.135 0.237 0.231 0.075 0.008 0.175 11 R 0.042 0.013 0.069 0.037 0.066 0.039 0.003 0.731 12 I 0.036 0.032 0.277 0.147 0.178 0.060 0.005 0.266 13 A 0.017 0.045 0.080 0.094 0.132 0.135 0.005 0.492 14 I 0.026 0.086 0.065 0.053 0.221 0.061 0.005 0.484 15 D 0.026 0.220 0.048 0.056 0.097 0.136 0.009 0.408 16 K 0.194 0.164 0.019 0.017 0.025 0.152 0.049 0.380 17 L 0.311 0.350 0.034 0.015 0.017 0.047 0.053 0.173 18 R 0.202 0.313 0.065 0.045 0.039 0.062 0.030 0.244 19 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 20 T 0.030 0.162 0.065 0.054 0.105 0.165 0.019 0.400 21 Q 0.157 0.285 0.058 0.026 0.027 0.064 0.023 0.359 22 I 0.036 0.324 0.084 0.034 0.040 0.066 0.013 0.402 23 A 0.105 0.324 0.080 0.068 0.075 0.114 0.016 0.219 24 V 0.109 0.415 0.046 0.067 0.067 0.053 0.013 0.231 25 G 0.026 0.358 0.036 0.056 0.069 0.050 0.012 0.393 26 F 0.061 0.299 0.036 0.063 0.128 0.075 0.013 0.325 27 R 0.036 0.364 0.012 0.060 0.060 0.084 0.012 0.372 28 E 0.112 0.354 0.012 0.032 0.074 0.142 0.008 0.266 29 V 0.015 0.878 0.005 0.023 0.022 0.011 0.002 0.044 30 E 0.005 0.924 0.004 0.010 0.015 0.005 0.002 0.035 31 L 0.008 0.920 0.003 0.009 0.010 0.005 0.003 0.040 32 K 0.031 0.903 0.003 0.004 0.006 0.008 0.008 0.037 33 R 0.021 0.920 0.005 0.003 0.005 0.006 0.006 0.035 34 K 0.016 0.863 0.004 0.002 0.002 0.016 0.008 0.088 35 E 0.032 0.851 0.003 0.002 0.002 0.021 0.007 0.082 36 W 0.025 0.921 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.040 37 R 0.020 0.887 0.003 0.001 0.004 0.017 0.005 0.062 38 E 0.033 0.859 0.004 0.001 0.002 0.020 0.009 0.072 39 T 0.054 0.883 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.043 40 R 0.057 0.839 0.005 0.002 0.003 0.008 0.012 0.075 41 K 0.071 0.528 0.019 0.005 0.010 0.029 0.020 0.318 42 K 0.086 0.408 0.015 0.005 0.009 0.092 0.018 0.368 43 D 0.131 0.412 0.009 0.003 0.004 0.094 0.023 0.324 44 G 0.210 0.393 0.017 0.004 0.008 0.037 0.025 0.306 45 D 0.070 0.312 0.037 0.010 0.016 0.074 0.015 0.466 46 D 0.050 0.268 0.020 0.010 0.020 0.087 0.011 0.534 47 F 0.147 0.519 0.013 0.012 0.029 0.084 0.014 0.182 48 L 0.098 0.688 0.017 0.023 0.034 0.023 0.014 0.103 49 G 0.212 0.303 0.026 0.026 0.034 0.038 0.061 0.300 50 N 0.236 0.105 0.084 0.036 0.023 0.038 0.096 0.381 51 H 0.326 0.036 0.102 0.077 0.059 0.052 0.084 0.264 52 I 0.005 0.003 0.080 0.012 0.019 0.023 0.006 0.851 53 V 0.011 0.001 0.455 0.208 0.183 0.043 0.004 0.094 54 P 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 55 V 0.001 0.001 0.344 0.085 0.243 0.027 0.001 0.298 56 V 0.013 0.001 0.458 0.190 0.127 0.028 0.002 0.180 57 A 0.015 0.002 0.172 0.169 0.299 0.035 0.003 0.305 58 G 0.021 0.001 0.109 0.158 0.333 0.073 0.003 0.303 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.993 60 K 0.006 0.001 0.008 0.024 0.048 0.149 0.005 0.759 61 D 0.249 0.001 0.012 0.020 0.017 0.102 0.040 0.560 62 R 0.472 0.001 0.036 0.027 0.046 0.255 0.009 0.154 63 A 0.041 0.003 0.106 0.201 0.173 0.113 0.003 0.359 64 Y 0.013 0.002 0.165 0.301 0.397 0.037 0.002 0.084 65 L 0.006 0.003 0.172 0.228 0.336 0.026 0.001 0.228 66 I 0.003 0.005 0.218 0.235 0.364 0.030 0.001 0.145 67 D 0.003 0.015 0.086 0.173 0.292 0.069 0.002 0.360 68 H 0.012 0.024 0.065 0.053 0.163 0.166 0.006 0.510 69 H 0.040 0.020 0.016 0.012 0.027 0.542 0.008 0.335 70 H 0.137 0.102 0.018 0.022 0.023 0.279 0.015 0.402 71 L 0.035 0.576 0.025 0.032 0.034 0.092 0.007 0.199 72 V 0.028 0.657 0.022 0.032 0.080 0.049 0.009 0.124 73 L 0.037 0.781 0.013 0.023 0.047 0.029 0.005 0.065 74 A 0.015 0.924 0.004 0.013 0.016 0.004 0.003 0.021 75 L 0.054 0.829 0.011 0.012 0.030 0.006 0.014 0.043 76 S 0.067 0.800 0.006 0.013 0.025 0.008 0.018 0.063 77 K 0.110 0.669 0.017 0.011 0.017 0.013 0.041 0.122 78 E 0.235 0.435 0.017 0.016 0.012 0.044 0.108 0.133 79 G 0.631 0.051 0.008 0.006 0.004 0.015 0.133 0.152 80 V 0.124 0.054 0.278 0.023 0.025 0.070 0.021 0.404 81 E 0.007 0.021 0.047 0.032 0.033 0.091 0.007 0.761 82 H 0.037 0.018 0.042 0.024 0.040 0.085 0.013 0.742 83 V 0.129 0.024 0.130 0.073 0.086 0.149 0.011 0.399 84 L 0.020 0.014 0.234 0.164 0.116 0.080 0.004 0.367 85 T 0.013 0.014 0.123 0.212 0.290 0.042 0.004 0.303 86 S 0.014 0.011 0.194 0.239 0.300 0.032 0.003 0.207 87 E 0.011 0.015 0.100 0.228 0.331 0.053 0.003 0.259 88 V 0.013 0.027 0.153 0.163 0.425 0.035 0.003 0.180 89 A 0.015 0.054 0.107 0.214 0.335 0.069 0.005 0.201 90 K 0.053 0.093 0.049 0.095 0.187 0.062 0.019 0.442 91 F 0.262 0.084 0.074 0.048 0.178 0.064 0.023 0.266 92 S 0.137 0.142 0.036 0.061 0.076 0.159 0.035 0.354 93 H 0.320 0.072 0.021 0.021 0.032 0.057 0.062 0.416 94 L 0.411 0.068 0.056 0.017 0.027 0.125 0.031 0.265 95 G 0.189 0.045 0.034 0.013 0.017 0.174 0.030 0.498 96 K 0.073 0.031 0.061 0.007 0.016 0.084 0.011 0.717 97 D 0.017 0.031 0.015 0.004 0.009 0.092 0.003 0.829 98 E 0.053 0.041 0.014 0.004 0.009 0.270 0.006 0.602 99 F 0.097 0.204 0.014 0.007 0.018 0.372 0.007 0.280 100 W 0.062 0.623 0.019 0.009 0.033 0.059 0.005 0.189 101 S 0.020 0.751 0.004 0.006 0.012 0.041 0.004 0.161 102 V 0.035 0.853 0.005 0.005 0.008 0.009 0.006 0.079 103 M 0.043 0.887 0.003 0.005 0.010 0.004 0.009 0.039 104 D 0.142 0.662 0.011 0.014 0.021 0.013 0.046 0.091 105 H 0.212 0.440 0.039 0.014 0.016 0.020 0.084 0.175 106 R 0.401 0.183 0.042 0.013 0.012 0.040 0.110 0.198 107 N 0.257 0.077 0.110 0.037 0.015 0.043 0.112 0.349 108 L 0.095 0.017 0.395 0.041 0.061 0.091 0.025 0.275 109 I 0.031 0.014 0.213 0.085 0.138 0.085 0.007 0.427 110 Y 0.014 0.008 0.222 0.167 0.156 0.068 0.003 0.363 111 P 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.988 112 F 0.009 0.004 0.087 0.091 0.255 0.119 0.002 0.433 113 D 0.064 0.018 0.033 0.089 0.162 0.085 0.006 0.544 114 A 0.064 0.034 0.035 0.048 0.087 0.109 0.010 0.612 115 Q 0.065 0.009 0.007 0.009 0.014 0.732 0.014 0.150 116 G 0.730 0.018 0.006 0.009 0.006 0.039 0.038 0.155 117 L 0.254 0.053 0.094 0.033 0.051 0.225 0.011 0.278 118 R 0.015 0.019 0.026 0.046 0.072 0.083 0.007 0.733 119 R 0.061 0.039 0.044 0.086 0.193 0.073 0.009 0.495 120 Q 0.033 0.018 0.018 0.035 0.076 0.094 0.005 0.720 121 S 0.028 0.014 0.014 0.014 0.033 0.051 0.005 0.842 122 G 0.059 0.024 0.014 0.014 0.023 0.106 0.013 0.747 123 D 0.162 0.021 0.014 0.009 0.012 0.155 0.025 0.602 124 I 0.356 0.025 0.024 0.017 0.023 0.119 0.011 0.424 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 126 K 0.007 0.014 0.021 0.024 0.073 0.176 0.002 0.683 127 N 0.147 0.062 0.018 0.010 0.022 0.169 0.011 0.561 128 I 0.247 0.267 0.031 0.018 0.057 0.053 0.009 0.317 129 H 0.121 0.230 0.046 0.023 0.035 0.176 0.013 0.357 130 D 0.235 0.193 0.018 0.010 0.018 0.080 0.023 0.424 131 L 0.367 0.225 0.042 0.011 0.025 0.050 0.029 0.251 132 E 0.122 0.184 0.049 0.019 0.024 0.200 0.033 0.369 133 D 0.122 0.113 0.052 0.010 0.017 0.107 0.049 0.530 134 D 0.212 0.093 0.030 0.011 0.013 0.148 0.018 0.475 135 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.986 136 F 0.008 0.015 0.008 0.003 0.009 0.805 0.003 0.148 137 R 0.372 0.153 0.013 0.004 0.008 0.293 0.007 0.150 138 S 0.012 0.875 0.006 0.005 0.005 0.019 0.001 0.078 139 L 0.020 0.815 0.007 0.006 0.012 0.028 0.005 0.107 140 A 0.051 0.810 0.007 0.005 0.014 0.026 0.007 0.080 141 G 0.036 0.873 0.002 0.006 0.010 0.018 0.007 0.049 142 A 0.016 0.945 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.025 143 L 0.011 0.937 0.003 0.004 0.007 0.003 0.006 0.029 144 R 0.009 0.944 0.004 0.006 0.009 0.003 0.004 0.021 145 M 0.019 0.905 0.007 0.008 0.011 0.004 0.011 0.035 146 A 0.054 0.791 0.018 0.014 0.010 0.006 0.037 0.070 147 G 0.516 0.152 0.018 0.019 0.008 0.009 0.150 0.128 148 G 0.090 0.057 0.308 0.027 0.022 0.038 0.024 0.433 149 Y 0.052 0.039 0.090 0.077 0.135 0.096 0.012 0.498 150 A 0.059 0.030 0.079 0.042 0.074 0.128 0.012 0.577 151 K 0.085 0.033 0.093 0.050 0.060 0.181 0.014 0.486 152 V 0.063 0.035 0.107 0.039 0.038 0.084 0.013 0.620 153 I 0.057 0.032 0.093 0.048 0.078 0.073 0.022 0.596 154 I 0.052 0.017 0.150 0.102 0.100 0.110 0.009 0.460 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 156 F 0.012 0.017 0.077 0.046 0.155 0.106 0.004 0.583 157 S 0.066 0.048 0.041 0.029 0.036 0.144 0.009 0.627 158 E 0.122 0.121 0.041 0.029 0.054 0.136 0.011 0.486 159 F 0.161 0.371 0.042 0.041 0.055 0.077 0.007 0.247 160 G 0.103 0.411 0.029 0.040 0.057 0.096 0.014 0.250 161 W 0.063 0.609 0.020 0.028 0.046 0.035 0.009 0.190 162 A 0.050 0.675 0.017 0.021 0.053 0.031 0.012 0.139 163 D 0.042 0.705 0.009 0.014 0.018 0.034 0.012 0.166 164 F 0.031 0.863 0.005 0.006 0.010 0.015 0.006 0.064 165 L 0.027 0.882 0.004 0.004 0.010 0.013 0.006 0.053 166 R 0.017 0.931 0.004 0.003 0.005 0.005 0.004 0.032 167 R 0.031 0.906 0.004 0.003 0.002 0.004 0.013 0.036 168 R 0.189 0.653 0.019 0.006 0.005 0.007 0.048 0.074 169 I 0.083 0.614 0.057 0.012 0.010 0.016 0.023 0.185 170 D 0.041 0.318 0.105 0.018 0.030 0.076 0.024 0.388 171 R 0.072 0.149 0.048 0.008 0.018 0.050 0.013 0.641 172 D 0.055 0.180 0.036 0.005 0.009 0.180 0.013 0.522 173 L 0.234 0.204 0.036 0.006 0.010 0.215 0.020 0.275 174 L 0.215 0.485 0.050 0.006 0.010 0.107 0.015 0.111 175 S 0.221 0.398 0.048 0.009 0.022 0.086 0.025 0.190 176 D 0.203 0.197 0.034 0.006 0.010 0.051 0.022 0.479 177 S 0.287 0.078 0.017 0.003 0.005 0.259 0.032 0.319 178 F 0.404 0.092 0.043 0.003 0.010 0.213 0.024 0.211 179 D 0.060 0.139 0.023 0.002 0.010 0.337 0.009 0.419 180 D 0.031 0.110 0.005 0.001 0.003 0.210 0.004 0.636 181 A 0.060 0.385 0.004 0.001 0.002 0.209 0.006 0.333 182 L 0.056 0.682 0.006 0.001 0.004 0.064 0.007 0.180 183 A 0.020 0.771 0.003 0.001 0.003 0.018 0.002 0.183 184 E 0.013 0.828 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.138 185 A 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.037 186 M 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 187 K 0.011 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 188 L 0.015 0.964 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 189 A 0.044 0.913 0.005 0.002 0.002 0.003 0.011 0.020 190 K 0.094 0.757 0.044 0.005 0.004 0.015 0.025 0.056 191 S 0.137 0.617 0.046 0.007 0.008 0.018 0.030 0.137 192 R 0.068 0.389 0.070 0.006 0.012 0.024 0.022 0.411 193 E 0.063 0.256 0.015 0.004 0.008 0.254 0.023 0.377 194 A 0.269 0.326 0.029 0.006 0.011 0.131 0.031 0.197 195 R 0.278 0.440 0.016 0.010 0.009 0.034 0.035 0.179 196 H 0.213 0.160 0.067 0.009 0.012 0.029 0.096 0.414 197 L 0.270 0.078 0.169 0.036 0.049 0.044 0.023 0.331 198 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 199 G 0.013 0.009 0.036 0.048 0.121 0.082 0.008 0.683 200 W 0.373 0.013 0.062 0.021 0.023 0.051 0.012 0.445 201 C 0.091 0.019 0.082 0.061 0.056 0.078 0.008 0.606 202 G 0.115 0.010 0.042 0.039 0.058 0.092 0.008 0.636 203 V 0.064 0.012 0.062 0.030 0.054 0.074 0.005 0.701 204 E 0.016 0.009 0.013 0.018 0.037 0.100 0.004 0.803 205 E 0.039 0.016 0.012 0.016 0.028 0.116 0.008 0.766