# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.9885 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.147 0.188 0.386 0.074 0.077 0.031 0.031 0.017 0.030 0.017 0.002 2 T 0.269 0.199 0.344 0.084 0.035 0.025 0.013 0.005 0.017 0.007 0.002 3 H 0.142 0.173 0.323 0.126 0.044 0.083 0.051 0.009 0.041 0.006 0.001 4 I 0.274 0.248 0.267 0.119 0.034 0.027 0.009 0.004 0.015 0.002 0.001 5 Y 0.192 0.232 0.279 0.136 0.045 0.050 0.022 0.010 0.026 0.007 0.002 6 E 0.045 0.207 0.421 0.006 0.039 0.023 0.020 0.002 0.229 0.007 0.001 7 P 0.322 0.006 0.510 0.014 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.130 8 R 0.253 0.175 0.309 0.107 0.039 0.064 0.016 0.007 0.024 0.003 0.002 9 L 0.150 0.317 0.339 0.096 0.029 0.035 0.008 0.002 0.021 0.001 0.002 10 S 0.093 0.454 0.199 0.070 0.115 0.021 0.013 0.002 0.027 0.004 0.001 11 R 0.043 0.335 0.468 0.023 0.031 0.069 0.009 0.002 0.017 0.001 0.003 12 I 0.005 0.764 0.137 0.003 0.041 0.016 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 13 A 0.005 0.103 0.769 0.001 0.003 0.106 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 14 I 0.871 0.035 0.037 0.015 0.005 0.026 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 15 D 0.956 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.333 0.030 0.011 0.591 0.019 0.003 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 17 L 0.100 0.139 0.537 0.125 0.017 0.041 0.019 0.004 0.014 0.002 0.002 18 R 0.060 0.248 0.412 0.002 0.078 0.015 0.036 0.003 0.130 0.017 0.001 19 P 0.550 0.004 0.385 0.015 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 20 T 0.746 0.043 0.076 0.092 0.015 0.009 0.005 0.009 0.004 0.002 0.001 21 Q 0.548 0.136 0.154 0.058 0.017 0.044 0.014 0.002 0.026 0.002 0.001 22 I 0.617 0.179 0.124 0.027 0.008 0.025 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 23 A 0.700 0.109 0.105 0.023 0.008 0.038 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 24 V 0.398 0.297 0.090 0.151 0.014 0.019 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 25 G 0.368 0.035 0.177 0.021 0.120 0.021 0.026 0.056 0.009 0.166 0.001 26 F 0.981 0.002 0.004 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.989 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.978 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.955 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.968 0.002 0.005 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 K 0.947 0.004 0.009 0.030 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 35 E 0.942 0.004 0.009 0.038 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.891 0.008 0.015 0.077 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 37 R 0.931 0.009 0.020 0.031 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.831 0.010 0.030 0.110 0.004 0.005 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 39 T 0.545 0.058 0.176 0.177 0.007 0.016 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 40 R 0.324 0.102 0.362 0.056 0.025 0.049 0.032 0.006 0.037 0.007 0.001 41 K 0.680 0.036 0.180 0.066 0.006 0.018 0.005 0.002 0.004 0.003 0.001 42 K 0.673 0.060 0.112 0.092 0.015 0.013 0.013 0.006 0.011 0.004 0.001 43 D 0.402 0.027 0.194 0.277 0.008 0.027 0.040 0.003 0.018 0.002 0.001 44 G 0.416 0.008 0.065 0.068 0.022 0.007 0.100 0.199 0.003 0.113 0.001 45 D 0.773 0.022 0.097 0.075 0.005 0.018 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 46 D 0.805 0.018 0.076 0.074 0.005 0.008 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 47 F 0.852 0.008 0.022 0.104 0.003 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 48 L 0.620 0.026 0.093 0.226 0.005 0.013 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 49 G 0.506 0.036 0.103 0.056 0.054 0.005 0.046 0.064 0.004 0.126 0.001 50 N 0.304 0.069 0.105 0.439 0.024 0.020 0.021 0.007 0.009 0.001 0.001 51 H 0.048 0.266 0.304 0.156 0.062 0.031 0.085 0.010 0.034 0.003 0.001 52 I 0.049 0.305 0.504 0.023 0.019 0.063 0.012 0.001 0.020 0.002 0.002 53 V 0.003 0.600 0.207 0.001 0.015 0.023 0.002 0.001 0.149 0.001 0.001 54 P 0.006 0.019 0.931 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 55 V 0.013 0.724 0.175 0.004 0.028 0.036 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 56 V 0.009 0.750 0.156 0.003 0.021 0.035 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 57 A 0.023 0.454 0.379 0.053 0.027 0.046 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 58 G 0.006 0.072 0.236 0.001 0.453 0.005 0.007 0.009 0.024 0.186 0.001 59 P 0.777 0.004 0.068 0.099 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 60 K 0.245 0.030 0.078 0.483 0.026 0.009 0.088 0.020 0.009 0.014 0.001 61 D 0.053 0.020 0.040 0.216 0.026 0.014 0.476 0.139 0.010 0.006 0.001 62 R 0.107 0.425 0.289 0.065 0.034 0.030 0.020 0.003 0.025 0.001 0.001 63 A 0.052 0.470 0.373 0.022 0.024 0.034 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 64 Y 0.046 0.630 0.209 0.010 0.054 0.025 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 65 L 0.087 0.574 0.219 0.010 0.018 0.058 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 66 I 0.236 0.394 0.123 0.033 0.023 0.088 0.004 0.001 0.096 0.002 0.001 67 D 0.455 0.070 0.154 0.058 0.032 0.118 0.041 0.007 0.048 0.012 0.005 68 H 0.618 0.035 0.034 0.132 0.013 0.080 0.043 0.013 0.018 0.007 0.005 69 H 0.673 0.046 0.049 0.118 0.011 0.057 0.027 0.004 0.011 0.002 0.001 70 H 0.736 0.041 0.049 0.058 0.014 0.048 0.032 0.006 0.015 0.001 0.001 71 L 0.944 0.006 0.006 0.024 0.001 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 72 V 0.984 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.970 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.914 0.006 0.013 0.060 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.853 0.018 0.038 0.060 0.003 0.005 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 78 E 0.470 0.016 0.079 0.420 0.003 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 79 G 0.042 0.002 0.022 0.018 0.016 0.002 0.106 0.694 0.002 0.095 0.001 80 V 0.297 0.125 0.402 0.089 0.017 0.050 0.006 0.001 0.011 0.002 0.001 81 E 0.440 0.151 0.143 0.200 0.029 0.016 0.009 0.004 0.005 0.003 0.001 82 H 0.146 0.449 0.173 0.098 0.076 0.023 0.008 0.002 0.023 0.001 0.001 83 V 0.045 0.711 0.133 0.010 0.029 0.017 0.003 0.001 0.052 0.001 0.001 84 L 0.087 0.260 0.523 0.013 0.009 0.089 0.002 0.001 0.015 0.001 0.002 85 T 0.145 0.490 0.176 0.039 0.110 0.022 0.004 0.002 0.011 0.002 0.001 86 S 0.097 0.584 0.123 0.014 0.151 0.013 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 87 E 0.076 0.687 0.172 0.007 0.017 0.025 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 88 V 0.205 0.445 0.215 0.024 0.011 0.066 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 89 A 0.493 0.268 0.111 0.027 0.064 0.016 0.007 0.001 0.011 0.002 0.001 90 K 0.332 0.190 0.161 0.105 0.061 0.067 0.035 0.003 0.044 0.001 0.001 91 F 0.434 0.149 0.141 0.220 0.017 0.018 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 92 S 0.551 0.096 0.129 0.124 0.039 0.013 0.017 0.009 0.010 0.011 0.001 93 H 0.295 0.069 0.091 0.375 0.032 0.032 0.067 0.011 0.021 0.005 0.001 94 L 0.189 0.098 0.302 0.325 0.017 0.028 0.020 0.002 0.019 0.001 0.001 95 G 0.052 0.039 0.259 0.043 0.155 0.023 0.079 0.092 0.009 0.248 0.001 96 K 0.638 0.042 0.119 0.133 0.018 0.017 0.012 0.005 0.006 0.009 0.001 97 D 0.701 0.027 0.131 0.104 0.009 0.011 0.005 0.007 0.003 0.002 0.001 98 E 0.936 0.005 0.016 0.029 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 99 F 0.981 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 W 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 S 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.965 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 M 0.801 0.011 0.025 0.143 0.001 0.006 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 104 D 0.852 0.013 0.037 0.052 0.003 0.012 0.022 0.003 0.004 0.002 0.001 105 H 0.698 0.047 0.035 0.179 0.013 0.008 0.011 0.003 0.003 0.003 0.001 106 R 0.191 0.036 0.051 0.622 0.017 0.008 0.052 0.012 0.009 0.002 0.001 107 N 0.024 0.050 0.058 0.064 0.034 0.026 0.644 0.064 0.033 0.003 0.001 108 L 0.075 0.461 0.344 0.036 0.024 0.046 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 109 I 0.046 0.598 0.214 0.028 0.023 0.053 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 110 Y 0.008 0.264 0.260 0.001 0.021 0.053 0.009 0.001 0.383 0.001 0.001 111 P 0.155 0.012 0.661 0.021 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 112 F 0.071 0.363 0.260 0.116 0.101 0.050 0.008 0.006 0.022 0.004 0.001 113 D 0.012 0.108 0.630 0.014 0.076 0.097 0.008 0.001 0.046 0.008 0.001 114 A 0.874 0.005 0.010 0.090 0.002 0.004 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 115 Q 0.277 0.005 0.037 0.667 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 116 G 0.035 0.001 0.021 0.037 0.010 0.001 0.137 0.716 0.001 0.041 0.001 117 L 0.217 0.153 0.428 0.136 0.013 0.025 0.011 0.002 0.013 0.002 0.001 118 R 0.109 0.130 0.594 0.038 0.017 0.043 0.021 0.006 0.035 0.007 0.001 119 R 0.104 0.143 0.676 0.020 0.015 0.028 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 120 Q 0.061 0.116 0.702 0.020 0.013 0.056 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 121 S 0.599 0.051 0.158 0.149 0.018 0.009 0.005 0.004 0.004 0.002 0.001 122 G 0.475 0.012 0.052 0.064 0.041 0.002 0.019 0.143 0.002 0.191 0.001 123 D 0.214 0.024 0.154 0.447 0.010 0.076 0.038 0.004 0.030 0.001 0.004 124 I 0.213 0.211 0.410 0.016 0.016 0.034 0.021 0.001 0.077 0.002 0.001 125 P 0.186 0.009 0.722 0.006 0.001 0.058 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 126 K 0.877 0.011 0.042 0.042 0.009 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 127 N 0.703 0.039 0.054 0.112 0.031 0.026 0.013 0.008 0.011 0.002 0.001 128 I 0.709 0.034 0.032 0.207 0.003 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 129 H 0.814 0.032 0.057 0.076 0.007 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 130 D 0.347 0.017 0.050 0.433 0.015 0.037 0.057 0.013 0.031 0.001 0.001 131 L 0.312 0.067 0.284 0.210 0.006 0.061 0.029 0.003 0.028 0.001 0.001 132 E 0.548 0.126 0.122 0.145 0.016 0.015 0.013 0.006 0.004 0.004 0.001 133 D 0.239 0.102 0.110 0.409 0.020 0.044 0.041 0.006 0.025 0.004 0.001 134 D 0.050 0.154 0.348 0.007 0.027 0.067 0.018 0.001 0.325 0.003 0.001 135 P 0.934 0.001 0.023 0.028 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 136 F 0.903 0.007 0.015 0.053 0.003 0.006 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 137 R 0.904 0.012 0.017 0.048 0.002 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 138 S 0.959 0.005 0.011 0.012 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 139 L 0.969 0.003 0.003 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 G 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.985 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.991 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.957 0.010 0.008 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.367 0.012 0.021 0.589 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 147 G 0.027 0.001 0.010 0.013 0.010 0.001 0.149 0.682 0.001 0.108 0.001 148 G 0.291 0.030 0.201 0.137 0.047 0.029 0.087 0.058 0.005 0.113 0.002 149 Y 0.248 0.193 0.341 0.079 0.061 0.028 0.017 0.004 0.020 0.008 0.001 150 A 0.360 0.071 0.377 0.084 0.023 0.046 0.016 0.005 0.010 0.004 0.004 151 K 0.265 0.330 0.195 0.070 0.065 0.020 0.015 0.005 0.033 0.002 0.001 152 V 0.187 0.232 0.394 0.073 0.018 0.064 0.010 0.002 0.018 0.001 0.002 153 I 0.106 0.364 0.337 0.060 0.023 0.053 0.011 0.001 0.042 0.001 0.001 154 I 0.025 0.433 0.322 0.001 0.020 0.025 0.008 0.001 0.165 0.001 0.001 155 P 0.108 0.005 0.785 0.004 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 156 F 0.532 0.077 0.135 0.082 0.047 0.038 0.035 0.024 0.021 0.008 0.001 157 S 0.871 0.024 0.037 0.041 0.010 0.006 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 158 E 0.747 0.042 0.031 0.146 0.011 0.010 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 159 F 0.642 0.064 0.080 0.129 0.024 0.028 0.011 0.006 0.011 0.004 0.001 160 G 0.820 0.039 0.038 0.029 0.019 0.020 0.014 0.007 0.009 0.005 0.001 161 W 0.929 0.007 0.006 0.041 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 162 A 0.985 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 F 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 L 0.944 0.002 0.002 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 R 0.969 0.003 0.006 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 167 R 0.869 0.007 0.009 0.107 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 168 R 0.700 0.015 0.035 0.208 0.003 0.008 0.020 0.001 0.009 0.001 0.001 169 I 0.503 0.086 0.191 0.153 0.009 0.026 0.008 0.002 0.018 0.001 0.001 170 D 0.190 0.061 0.216 0.178 0.014 0.221 0.063 0.004 0.046 0.006 0.001 171 R 0.843 0.021 0.042 0.066 0.007 0.006 0.007 0.003 0.005 0.002 0.001 172 D 0.834 0.008 0.046 0.070 0.002 0.022 0.009 0.003 0.006 0.001 0.001 173 L 0.779 0.011 0.017 0.179 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 174 L 0.622 0.041 0.071 0.201 0.007 0.032 0.013 0.002 0.008 0.002 0.001 175 S 0.577 0.071 0.117 0.142 0.042 0.016 0.010 0.004 0.012 0.010 0.001 176 D 0.737 0.012 0.060 0.125 0.021 0.013 0.017 0.009 0.002 0.003 0.001 177 S 0.341 0.031 0.122 0.213 0.019 0.155 0.015 0.003 0.098 0.002 0.001 178 F 0.918 0.001 0.003 0.068 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 179 D 0.989 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 D 0.965 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 A 0.971 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 A 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 M 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 K 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 L 0.912 0.001 0.003 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 A 0.621 0.019 0.091 0.226 0.004 0.015 0.010 0.004 0.009 0.001 0.001 190 K 0.502 0.031 0.128 0.259 0.010 0.032 0.022 0.005 0.008 0.004 0.001 191 S 0.147 0.081 0.604 0.049 0.036 0.051 0.003 0.003 0.023 0.003 0.001 192 R 0.964 0.001 0.010 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 E 0.879 0.003 0.011 0.100 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 194 A 0.820 0.015 0.064 0.072 0.003 0.014 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 195 R 0.848 0.009 0.027 0.109 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 196 H 0.370 0.043 0.073 0.432 0.015 0.016 0.029 0.007 0.015 0.001 0.001 197 L 0.017 0.158 0.513 0.002 0.007 0.017 0.013 0.001 0.273 0.001 0.001 198 P 0.177 0.004 0.746 0.012 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 199 G 0.115 0.062 0.183 0.063 0.231 0.010 0.020 0.152 0.006 0.158 0.001 200 W 0.232 0.143 0.303 0.190 0.056 0.036 0.009 0.005 0.019 0.005 0.003 201 C 0.123 0.251 0.263 0.252 0.059 0.018 0.009 0.003 0.019 0.002 0.001 202 G 0.085 0.082 0.249 0.042 0.257 0.010 0.027 0.104 0.007 0.138 0.001 203 V 0.135 0.279 0.420 0.066 0.041 0.031 0.003 0.002 0.016 0.003 0.004 204 E 0.134 0.254 0.351 0.073 0.066 0.036 0.019 0.014 0.034 0.018 0.001 205 E 0.178 0.198 0.263 0.089 0.112 0.032 0.053 0.024 0.022 0.027 0.002