# TARGET T0347 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.032 0.706 0.001 0.004 0.054 0.001 0.001 0.004 0.162 0.018 0.001 0.019 2 K 0.001 0.001 0.052 0.001 0.012 0.886 0.001 0.001 0.001 0.020 0.029 0.001 0.001 3 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 6 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 9 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 10 D 0.001 0.001 0.010 0.001 0.015 0.890 0.001 0.001 0.001 0.006 0.077 0.001 0.001 11 H 0.001 0.002 0.014 0.001 0.033 0.510 0.001 0.001 0.001 0.022 0.418 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.045 0.001 0.021 0.051 0.001 0.001 0.001 0.071 0.811 0.001 0.001 13 N 0.001 0.001 0.078 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.002 0.080 0.805 0.001 0.001 14 L 0.006 0.025 0.537 0.001 0.048 0.010 0.006 0.003 0.081 0.117 0.098 0.027 0.042 15 I 0.028 0.086 0.325 0.008 0.030 0.006 0.013 0.005 0.149 0.099 0.021 0.086 0.143 16 Y 0.023 0.019 0.390 0.015 0.005 0.003 0.007 0.006 0.173 0.045 0.004 0.179 0.132 17 P 0.035 0.018 0.362 0.018 0.009 0.004 0.007 0.009 0.138 0.047 0.036 0.080 0.236 18 F 0.018 0.178 0.333 0.008 0.022 0.005 0.003 0.003 0.043 0.195 0.071 0.028 0.093 19 D 0.001 0.032 0.681 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.008 0.186 0.036 0.008 0.030 20 A 0.001 0.003 0.075 0.001 0.046 0.015 0.001 0.001 0.001 0.163 0.694 0.001 0.003 21 Q 0.001 0.002 0.035 0.001 0.035 0.014 0.001 0.001 0.001 0.168 0.741 0.001 0.002 22 G 0.001 0.010 0.248 0.002 0.049 0.025 0.001 0.001 0.001 0.405 0.239 0.009 0.011 23 L 0.002 0.067 0.449 0.001 0.017 0.035 0.001 0.001 0.002 0.264 0.134 0.005 0.024 24 R 0.005 0.146 0.393 0.012 0.015 0.042 0.003 0.001 0.005 0.202 0.090 0.014 0.073 25 R 0.001 0.024 0.516 0.005 0.009 0.027 0.001 0.001 0.002 0.328 0.019 0.058 0.010 26 Q 0.001 0.063 0.710 0.001 0.017 0.039 0.001 0.001 0.002 0.111 0.015 0.001 0.042 27 S 0.001 0.001 0.020 0.001 0.779 0.108 0.001 0.001 0.001 0.011 0.079 0.001 0.001 28 G 0.001 0.001 0.013 0.001 0.694 0.115 0.001 0.001 0.001 0.027 0.148 0.001 0.001 29 D 0.001 0.006 0.028 0.001 0.759 0.094 0.001 0.001 0.001 0.022 0.087 0.001 0.003 30 I 0.001 0.012 0.342 0.001 0.061 0.307 0.001 0.001 0.008 0.204 0.046 0.005 0.015 31 P 0.001 0.007 0.216 0.010 0.126 0.430 0.001 0.001 0.002 0.045 0.149 0.004 0.009 32 K 0.002 0.006 0.062 0.001 0.248 0.422 0.001 0.001 0.002 0.065 0.185 0.003 0.003 33 N 0.001 0.020 0.048 0.001 0.294 0.482 0.001 0.003 0.005 0.035 0.101 0.002 0.009 34 I 0.001 0.006 0.049 0.001 0.447 0.370 0.001 0.001 0.005 0.033 0.080 0.001 0.005 35 H 0.001 0.005 0.028 0.009 0.368 0.310 0.001 0.002 0.008 0.046 0.216 0.005 0.003 36 D 0.001 0.010 0.092 0.004 0.402 0.131 0.001 0.001 0.016 0.062 0.271 0.003 0.007 37 L 0.001 0.033 0.395 0.001 0.105 0.082 0.001 0.001 0.019 0.211 0.118 0.006 0.028 38 E 0.001 0.030 0.299 0.003 0.057 0.065 0.001 0.001 0.007 0.141 0.372 0.015 0.009 39 D 0.001 0.054 0.263 0.001 0.043 0.071 0.001 0.001 0.004 0.286 0.252 0.005 0.019 40 D 0.001 0.019 0.697 0.001 0.019 0.052 0.001 0.001 0.003 0.172 0.027 0.002 0.007 41 P 0.001 0.004 0.075 0.001 0.089 0.298 0.001 0.001 0.001 0.067 0.461 0.001 0.003 42 F 0.001 0.004 0.049 0.001 0.128 0.359 0.001 0.001 0.001 0.037 0.414 0.001 0.004 43 R 0.002 0.006 0.149 0.001 0.083 0.626 0.001 0.001 0.003 0.082 0.036 0.005 0.007 44 S 0.005 0.013 0.072 0.001 0.014 0.829 0.001 0.001 0.003 0.018 0.028 0.002 0.015 45 L 0.006 0.003 0.009 0.001 0.006 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.004 46 A 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 47 G 0.005 0.001 0.004 0.001 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.002 48 A 0.007 0.001 0.004 0.001 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.004 49 L 0.009 0.001 0.005 0.001 0.012 0.936 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.002 0.009 50 R 0.005 0.003 0.007 0.002 0.015 0.920 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.004 0.004 51 M 0.002 0.002 0.009 0.001 0.015 0.876 0.001 0.001 0.001 0.008 0.081 0.001 0.005 52 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.283 0.001 0.001 0.001 0.009 0.684 0.001 0.001 53 G 0.001 0.001 0.018 0.001 0.016 0.087 0.001 0.001 0.001 0.018 0.859 0.001 0.001 54 G 0.003 0.013 0.348 0.002 0.145 0.116 0.001 0.001 0.001 0.151 0.189 0.010 0.021 55 Y 0.005 0.059 0.211 0.002 0.126 0.124 0.003 0.001 0.009 0.143 0.210 0.023 0.082 56 A 0.010 0.029 0.354 0.018 0.044 0.042 0.005 0.001 0.008 0.188 0.193 0.056 0.054 57 K 0.003 0.021 0.529 0.005 0.013 0.017 0.002 0.001 0.012 0.231 0.053 0.041 0.074 58 V 0.001 0.012 0.790 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.090 0.023 0.017 0.044 59 I 0.001 0.048 0.684 0.008 0.011 0.012 0.001 0.001 0.014 0.146 0.040 0.009 0.026 60 I 0.001 0.020 0.595 0.005 0.007 0.011 0.001 0.001 0.015 0.278 0.021 0.031 0.016 61 P 0.001 0.020 0.566 0.008 0.025 0.077 0.001 0.001 0.014 0.175 0.081 0.003 0.031 62 F 0.001 0.015 0.420 0.008 0.089 0.219 0.001 0.001 0.011 0.136 0.067 0.014 0.019 63 S 0.002 0.008 0.136 0.002 0.203 0.435 0.002 0.001 0.008 0.099 0.079 0.007 0.019 64 E 0.005 0.012 0.081 0.001 0.127 0.613 0.003 0.001 0.019 0.048 0.067 0.006 0.017 65 F 0.005 0.004 0.026 0.001 0.075 0.824 0.004 0.001 0.011 0.011 0.018 0.004 0.015 66 G 0.012 0.004 0.022 0.003 0.026 0.857 0.002 0.001 0.007 0.016 0.033 0.013 0.005 67 W 0.004 0.002 0.017 0.001 0.020 0.875 0.001 0.001 0.005 0.019 0.042 0.003 0.012 68 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.014 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.002 69 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.034 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 70 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 71 L 0.001 0.002 0.006 0.001 0.020 0.910 0.001 0.001 0.001 0.007 0.051 0.001 0.002 72 R 0.001 0.002 0.014 0.001 0.024 0.783 0.001 0.001 0.001 0.012 0.160 0.003 0.001 73 R 0.001 0.001 0.043 0.001 0.019 0.613 0.001 0.001 0.001 0.047 0.273 0.001 0.002 74 R 0.001 0.005 0.267 0.001 0.028 0.366 0.001 0.001 0.001 0.163 0.158 0.005 0.006 75 I 0.001 0.019 0.326 0.001 0.029 0.333 0.001 0.001 0.001 0.163 0.114 0.002 0.013 76 D 0.001 0.010 0.631 0.001 0.019 0.176 0.001 0.001 0.001 0.122 0.033 0.003 0.004 77 R 0.001 0.006 0.185 0.001 0.074 0.582 0.001 0.001 0.001 0.094 0.055 0.001 0.002 78 D 0.001 0.002 0.179 0.001 0.115 0.583 0.001 0.001 0.001 0.034 0.084 0.001 0.001 79 L 0.001 0.007 0.111 0.001 0.179 0.544 0.001 0.001 0.002 0.048 0.107 0.002 0.001 80 L 0.001 0.022 0.162 0.001 0.112 0.519 0.001 0.001 0.004 0.078 0.095 0.001 0.007 81 S 0.001 0.005 0.105 0.001 0.179 0.519 0.001 0.001 0.003 0.047 0.137 0.001 0.002 82 D 0.001 0.002 0.057 0.001 0.096 0.479 0.001 0.001 0.001 0.088 0.275 0.001 0.001 83 S 0.001 0.008 0.143 0.001 0.073 0.370 0.001 0.001 0.001 0.098 0.305 0.001 0.003 84 F 0.001 0.003 0.141 0.001 0.013 0.685 0.001 0.001 0.001 0.119 0.038 0.001 0.001 85 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 86 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 92 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.915 0.001 0.001 0.001 0.005 0.069 0.001 0.001 95 A 0.001 0.006 0.043 0.001 0.008 0.722 0.001 0.001 0.001 0.042 0.178 0.001 0.001 96 K 0.001 0.023 0.158 0.001 0.012 0.474 0.001 0.001 0.001 0.111 0.218 0.001 0.002 97 S 0.001 0.003 0.495 0.001 0.013 0.249 0.001 0.001 0.001 0.203 0.034 0.001 0.002 98 R 0.001 0.001 0.059 0.001 0.112 0.654 0.001 0.001 0.001 0.039 0.133 0.001 0.001 99 E 0.001 0.002 0.012 0.001 0.135 0.713 0.001 0.001 0.001 0.014 0.123 0.001 0.001 100 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.228 0.709 0.001 0.001 0.001 0.018 0.030 0.001 0.001 101 R 0.001 0.002 0.017 0.001 0.101 0.723 0.001 0.001 0.001 0.016 0.139 0.001 0.001 102 H 0.001 0.008 0.031 0.001 0.050 0.564 0.001 0.001 0.001 0.036 0.307 0.001 0.001 103 L 0.001 0.013 0.449 0.001 0.035 0.142 0.001 0.001 0.005 0.283 0.064 0.005 0.003 104 P 0.001 0.005 0.237 0.003 0.165 0.073 0.001 0.001 0.003 0.116 0.386 0.001 0.009 105 G 0.003 0.014 0.137 0.001 0.244 0.056 0.001 0.001 0.008 0.096 0.420 0.012 0.008 106 W 0.006 0.031 0.193 0.001 0.377 0.058 0.002 0.001 0.014 0.091 0.179 0.010 0.038 107 C 0.019 0.022 0.249 0.006 0.125 0.080 0.004 0.001 0.025 0.217 0.198 0.029 0.024 108 G 0.011 0.011 0.370 0.004 0.044 0.068 0.002 0.001 0.026 0.283 0.080 0.044 0.056 109 V 0.002 0.026 0.549 0.001 0.030 0.071 0.001 0.001 0.023 0.140 0.092 0.011 0.053 110 E 0.001 0.018 0.783 0.001 0.017 0.053 0.001 0.001 0.011 0.031 0.063 0.008 0.015 111 E 0.001 0.002 0.979 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004